... The bad news is it’s just a parts list” “The Human Genome Project has catalyzed striking paradigm changes in biology - biology is now an information science.” Leroy Hood, MD, PhD Institute for Systems ... million spots DNA microarray synthesis: http://www.hhmi.org/biointeractive/media/gene_chips-lg.mov Characteristics of Array Data Voluminous – tens of thousands of variables with relatively ... patterns and associations always find patterns and associations Experimental Design A fundamental challenge of microarray experiments: underdetermined systems Kohane IS, Kho AT, Butte AJ Microarrays...
... with activity as chaperones, one was a mitochondrial encoded chaperone (At1g14980), and two were luminal binding proteins (BiP) (At5g42020 and At5g28540) also characterized as chaperones [16] ... Nonetheless, this type of experiments specifically designed to characterize host responses to viral infection might contribute to elucidating the mechanisms underlying plant defense responses to virus ... regulatory networks in plant defense using microarrays Genome Biol 2001, 2:1001.1-1001.3 Whitham SA, Quan S, Chang HS, Cooper B, Estes B, Zhu T, Wang X, Hou YM: Diverse RNA viruses elicit the expression...
... response between wild-type and knockout responses in terms of foldchange expressed as the ratio of these responses For example, a foldchange of 2.0, or 1.0 in log base at a given time corresponds ... minimum magnitude foldchange fcmin (expressed in log base 2) Thus, we need to simultaneously test the G pairs of the twosided hypotheses 0.5 −0.5 −1 −1.5 −2 −2.5 −8 −6 −4 −2 Foldchange −4 −6 e2 ng ... FDR-CI on the foldchanges {µt (g) − ηt (g)}t=1,2,3 for the knockout versus wild-type study Upper and lower curves in each figure sweep out FDR-CI upper and lower boundaries on foldchange for all...
... region of genes by thermal asymmetric interlaced polymerase chain reaction Med Sci Monit 2001; 7: 345-9 14 Ogawa Y, Itoh H, Nakagawa O, et al Characterization of the 5'-flanking region and chromosomal ... (Shiono RIA BNP assay kit, Shionogi Co., Ltd., Tokyo, Japan) as described previously [12] Polymerase chain reaction - single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) Genomic DNA was extracted from ... and -1095 reduced transcriptional activity to approximately 30% These deleted sequences contain a characteristic CT-rich region (-1248 to -1191), followed by an Alu family sequence (-1190 to -934)...
... Sản phẩm công nghệ di truyền thực vật là: + Các trồng tạo từ mô tế bào + Các trồng chuyển gene có tính trạng phù hợp vớilợi ích người - Công nghệ di truyền thực vật gồm lĩnh vực là: + Công nghệ ... phương thức bảo quản invitro có vai trò lớn chủ yếu cần khoảng không gian nhỏ hẹp, lưu giữ số lượng lớn cá thể để chủ động công tác trồng trọt Nhiều loài trồng đưa vào bảo quản invitro như: cà phê, ... Như công nghệ gene ngày phát triển, ứng dụng rộng rãi công nghiệp, nông nghiệp, vi sinh, y học đặc biệt nông nghiệp Công nghê gene góp phần tạo giống trông , vật nuôi cógiá trị kinh tế cao phục...
... tiền bạc mà thời gian Sử dụng thị phân tử (marker) để xác định gen mong muốn cá thể từ hệ sớm giúp cho công tác chọn tạo giống trồng nói chung giống lúa nói riêng cách hiệu Cho tới có nhiều nghiên ... đoàn bố mẹ gồm 42 giống Cóthể thấy việc sử dụng thị BADH2 xác định toàn giống lúa thơm có mang gen thơm fgr với giống lúa không thơm Điều cho thấy thị phân tử BADH2 có độ tin cậy xác cao việc ... di ADN giống khác có đa hình: Các giống lúa không thơm Q5 94-30 sản phẩm điện di ADN khoảng gần 300 bp giống lại (trong có giống lúa thơm AC5, Bắc thơm, Hương thơm số giống lúa không thơm KD) cho...
... ethidium bromide liên kết với DNA phát sáng + Đốivới gen Invertase, hình xuất băng có kích thước 226bp + Đốivới gen CryIA(b), hình xuất băng có kích thước 184bp KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Hoàn thiện ... cho vào 360µl Isopropanol, trộn đem ly tâm (hay ủ nhiệt độ âm 20oC 30 phút đem ly tâm ) (giai đoạn gọi giai đoạn ly tâm để ngưng kết DNA) Ly tâm tốc độ 15000 vòng thời gian 15 phút 10oC (nếu không ... dựng để xác đònh có mặt gen lạ nhiều đối tượng khác - Nhà nước ta cần ban hành luật an toàn sinh học để quản lý tốt sản phẩm biến đổi di truyền LỜI CẢM ƠN Các tác giả cảm ơn thamgia phần thao tác...
... thước 226bp (có chuyển gen Invertase) Với cặp primer Bt, sản phẩm PCR sau chụp hình cho thấy có mẫu có band kích thước 184bp (có chuyển gen CryIA(b) Như vậy, bảy mẫu không phát có dấu hiệu chuyển ... ethidium bromide liên kết với DNA phát sáng + Đốivới gen Invertase, hình xuất băng có kích thước 226bp + Đốivới gen CryIA(b), hình xuất băng có kích thước 184bp KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Từ kết thu ... CryIA(b) KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT Kết luận - Tình trạng nhập bắp cóchuyển gene vào thò trường Việt Nam phổ biến Tất mẫu thu thập nghiên cứu có dấu hiệu cho thấy sản phẩm biến đổi di truyền Với primer Gic...
... morphogenetic protein adenoviral vector Hum Gene Ther 1999;10:2245-53 Amalfitano A, Chamberlain JS Isolation and characterization of packaging cell lines that coexpress the adenovirus E1, DNA polymerase, ... vector containing human genes is utilized should be pursued with caution Further study of this mechanism may be helpful to understand autoimmune diseases in the human clinical setting Besides the ... adenovirus vector gene therapy, the results of this study indicate that BMP gene therapy has unique characteristics and that the initial immune response may play a critical role in the process of...
... niệm: “vòng” tính khép kýn chuỗi DNA, không hình thểkhông gian - Chiều dài phân tử DNA: Các virus có phân tử acid nucleic ngắn nhất: DNA virus có từ vài ngàn tới vài chục ngàn nucleotide DNA prokaryote ... xem thông dụng công nghệ chuyển gene Phải thiết lập mối liên hệ liệu, tiến tới quản lý liệu cáchcó hệ thống hệ quản trị sở liệu nghiên cứu sử dụng công nghệ vào quản lý liệu Giao diện Web ... A: GIỚI THIỆU A GIỚI THIỆU I Đặt vấn đề Cóthể thấy năm gần nƣớc ta có đầu tƣ lớn vào phòng thí nghiệm, công trình nghiên cứu lĩnh vực Công Nghệ Sinh Học Các nhà khoa học, sinh viên theo lĩnh vực...
... có 61 codon mã hóa cho 20 amino acid Do ta nghĩ có 61 tRNA (qui tắc bổ sung codon-anticodon) Tuy nhiên, thực tế mRNA nhận biết nhiều codon mã hóa cho amino acid Nói cách khác không cần phải có ... sinh ra, thay đổi base thứ ba thƣờng không gây hậu quả, codon đột biến không làm thay đổi tRNA Các nối wobble cho phép tế bào tiết kiệm vật chất lƣợng: không cần 61 tRNA để nhận biết 61 codon ... toàn gene trình tự không mã hóa cá thể (A) (B) Hình 1.10: Các trình tự đƣợc chép DNA (gene) (A) chép sợi DNA (B) không liên tục gene Gene eukaryote không liên tục, mà bao gồm: Các exon trình tự...
... liệu, không cho ta cách nhìn hƣớng đối tƣợng Cách nhìn tạo hố ngăn cách giới đối tƣợng (rất phù hợp cho việc lập trình) với giới CSDL quan hệ (rất phù hợp cho việc lƣu trữ truy xuất liệu) Với tiến ... tƣợng đƣợc đƣa để khắc phục nhƣợc điểm lập trình có cấu trúc Lập trình hƣớng đối tƣợng giúp ta tƣ giải vấn đề nhƣ cách ta thực đời, giúp ta tiếp cận vấn đề cách dễ dàng Nói cách khác lập trình hƣớng ... thứ phát triển thay đổi theo thời gian, bất biến Và chƣơng trình ứng dụng không nằm quy luật đó, luôn thay đổi để ngày phù hợp với yêu cầu thực tế Tính khó thích nghi có thay đổi nhƣợc điểm quan...
... BLAST Có nhiều tùy chọn cho việc hiển thị kết Nhƣ thể hình ảnh (Graphical Overview), liên kết thông tin với bên (Linkout), có chức lấy trình tự (Sequence Retrieval)… Sau chọn cáchthể kết quả, bạn ... dạng để có đƣợc thông tin theo yêu cầu - Mục đích ta lấy trình tự sở liệu Trƣớc tìm kiếm ta phải tìm hiểu cấu trúc loại liệu này, cách thức tìm chúng (Xem phụ lục B) * Các bƣớc thực hiện: Vào trang ... 2.10: Trang kết Entrez Nucleotide sau tìm kiếm Có nhiều cách để lấy kết về, để thuận lợi cho việc xử lý liệu sau ta chọn cách lấy dạng text Cách lấy nhƣ sau: o Chọn mục send to, chọn text o...
... quan trọng không Làm ta lấy trình tự ta có primer loại gene số này? Ta biết BLAST có nhiều chƣơng trình khác phục vụ cho việc tìm kiếm trình tự tƣơng đồng, ta biết trình tự tƣơng đồng có tính chất ... (Chi tiết xem bảng tổng hợp trồng tính trạng biến đổi di truyền phụ lục) Tổng số primer dùng chẩn đoán sản phẩm biến đổi di truyền tổng hợp đƣợc: 114 cặp primer (Xem chi tiết phụ lục C) II Các kết ... định tính kháng với trùng rễ bắp Mỗi keyword cho thông tin trình tự khác Tuy nhiên, so sánh hai kết trên, ta thấy có vài trình tự giống hai kết (các số đƣợc khoanh tròn) Vấn đề với vài kết quả,...
... Java Servlet (sau cải tiến cách dùng JSP công cụ khác) Ở ta lấy ví dụ cụ thểcách tìm kiếm để minh họa cụ thểcách hoạt động trang web: Chúng ta nhập nội dung tìm kiếm vào khung Search for, ta ... Cụ thể: Trang tìm kiếm với giao diện hƣớng dẫn tạo thuận lợi cho tìm kiếm Kết tìm kiếm đƣợc hiển thị mặc định dạng thông tin tóm tắt tiện cho ngƣời dùng có khái niệm khái quát trình tự Cóthể ... THÀNH TRUNG PHẦN D: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 105 Giao diện web đƣợc thiết kế với hai công cụ thiết kế thông dụng Frontpage Dreamweaver, sau đƣợc chuyển mã vào Java Servlet Công nghệ Java Servlet cho...
... trình tự hoàn hảo hay không, nhiên kết cần cho tham khảo so sánh lần thí nghiệm hay thí nghiệm ngƣời với ngƣời khác Các trình tự chƣa thể đƣợc lƣu giữ sở liệu giới Vì cần có nơi tổ chức lƣu trữ ... http://biotech.jrc.it/documents/GMOmethods-Report-PCR.pdf NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 125 126 Phần phụ lục PHỤ LỤC A THỐNG KÊ DANH SÁCH TÍNH TRẠNG VÀ CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN BẢNG DANH SÁCH CÁC CÂY CHUYỂN GENE STT Tên Tiếng Anh Tên Tiếng ... tự này, đồng thời cung cấp công cụ cần thiết giúp nhà nghiên cứu thuận lợi việc thao tác với trình tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Cao Thị...
... (hoặc “neighbors”) Entrez cho phép bạn mở rộng tìm kiếm bạncách trích record với trình tự tƣơng tự, nội dung mô tả không quan tâm đƣợc dùng ngƣời submit Accession Cách tìm kiếm: accession [ACCN] ... kết tới vài GenBank record mà có trình diễn feature truyền thống khác Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY] Chỉ dẫn: để xem danh features có sẵn, tham khảo Bảng Feature (phiên 6.2) Sau đó, bạn chọn ... tự thay đổi theo cách nào, số GI đƣợc ấn định Một số GI riêng lẽ đƣợc ấn định với protein đƣợc dịch phạm vi record trình tự nucleotide, số GI đƣợc ấn định dịch protein thay đổi theo cách Sự xác...
... gene 173 Phần phụ lục PHỤ LỤC D MÃ (Code) CỦA MỘT SỐ ĐOẠN CHƢƠNG TRÌNH ĐÃ ĐƢỢC VIẾT TRONG QUÁ TRÌNH XỬ LÝ KẾT QUẢ I MÃ CÁC ĐOẠN CHƢƠNG TRÌNH ĐƢỢC XỬ LÝ BẰNG PERL Với nhiệm vụ cụ thể trên, mã số ... trình tao_hash_acc có nhiệm vụ tạo bảng băm với keys chứa tất Accession number values chứa tất nội dung tóm tắt tƣơng ứng vớigiá trị keys Ta kiểm tra hoạt động chương trình cách tạo chương trình ... @filetext; } Các thành phần chương trình chức thành phần Các phần chƣơng trình gồm: NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 174 Phần phụ lục Khai báo chƣơng trình sub read_dir{ } Chƣơng trình nhận tham...
... đƣợc kết hợp với FAST, công ty công cụ tìm kiếm NaUy tạo công cụ tìm kiếm chuyênbiệt khoa học Scirus tăng cƣờng phạm vi tính chuyênbiệt chỉ mục tới nguồn với thông tin khoa học Các trang web ... Phần phụ lục 199 16 Lớp Servlet PrintCdsAAcidSeqFastaHtml: xuất kết trình tự amino acid dƣới dạng FASTA NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 200 Phần phụ lục PHỤ LỤC E * Nguyên tắc hoạt động hai công ... TRUNG Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 193 Phần phụ lục 194 11 Lớp Servlet printSummaryHtml: xuất kết với thông tin tóm tắt trình tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 12...