... học dùng trong Bioinformatics. Giai đoạn 2: Xây dựng và tổchức các dữ liệu. Tìm kiếm dữliệu cho đề tài (bài báo khoa học, trình tự). Tiến hành xây dựng trang tìm kiếm với dữliệu trình ... lập các mối liên hệ trongdữ liệu, tiến tới quản lý dữliệu một cách có hệ thống bằng một hệ quản trị cơ sở dữliệu hoặc nghiên cứu sử dụng công nghệ mới vào quản lý dữ liệu. Giao diện Web ... + Trong một chƣơng trình có cấu trúc nhiều phần khác nhau có thể truy cập cùng một dữ liệu. Điều này nghĩa là nếu một chƣơng trình cần thay đổi cách tổchứcdữ liệu, ta phải tìm tất cả các chức...
... miền nhớ khi ta tổchức chương trình trực tiếp bằng đệ quy.2. Tổchứcdữliệu và chương trình: Tổchứcdữliệu tính toán dần theo từng bước, nên tìm cách khử đệ quy. Thông thường, trong các bài ... giá trị thẩm mỹ sẽ là: T(i,j-1). Tổng hợp lại ta có giá trị tối ưu khi cắm i bó hoa vào j lọ sẽ là: T(i,j)=max {T(i-1,j-1)+v[i,j], T(i,j-1)}.2. Tổchứcdữliệu và chương trình: Nếu dùng mảng ... hoa.Thí dụ: Ngoài ra ta còn cần đặt trong mỗi ô của bảng trên một mảng dữliệu bao gồm n phần tử để đánh dấu lọ hoa nào được chọn cho mỗi tình huống. Gọi mảng dữliệu đó là L[i,j], ta dễ thấy là...
... lắp dữ liệu, tổng hợp danh sách tổng hợp 85 II.3.2. Tải trình tự 90 III. Các kết quả thu đƣợc từ quá trình tải trình tự từ Genbank 92 IV. Tổchứcdữliệu 93 IV.1. Cách thức tổchứcdữliệu ... xây dựng CSDL 57 II. TÌM KIẾM DỮLIỆU BÀI BÁO 58 II.1. Tìm kiếm tổng hợp tính trạng 58 II.2. Tổng hợp dữliệu Primer dùng trong phát hiện GMO 64 III. TÌM KIẾM DỮLIỆU TRÌNH TỰ 66 III.1. Tìm ... học dùng trong Bioinformatics. Giai đoạn 2: Xây dựng và tổchức các dữ liệu. Tìm kiếm dữliệu cho đề tài (bài báo khoa học, trình tự). Tiến hành xây dựng trang tìm kiếm với dữliệu trình...
... DDBJ đã hợp tác với hai ngân hàng dữliệu thông qua trao đổi dữ liệu và thông tin trên Internet và tổchức hai cuộc họp, cuộc họp ban cố vấn ngân hàng dữ liệu DNA quốc tế ( the International ... đổi dữliệu hàng ngày với EMBL/EBI và GenBank/NCBI, nên ba cơ sở dữliệu này chia sẽ cùng dữliệu tại bất kỳ thời điểm nào. DDBJ cũng cung cấp nhiều công cụ cho phân tích và lấy ra các dữliệu ... cứu và tạo ra số Accession number cho dữ liệu trình tự đƣợc gởi tới. DDBJ tập hợp dữliệu chủ yếu từ các nhà khoa học Nhật, tuy nhiên cũng chấp nhận dữliệu và tạo Accession number cho các nhà...
... + Trong một chƣơng trình có cấu trúc nhiều phần khác nhau có thể truy cập cùng một dữ liệu. Điều này nghĩa là nếu một chƣơng trình cần thay đổi cách tổchứcdữ liệu, ta phải tìm tất cả các chức ... trật tự các dòng phù hợp từ nguồn dữ liệu. Để tạo thuận lợi trong sinh học mới, các nhà sinh học phải làm quen với máy tính. Truy xuất dữliệu từ trang web dữliệu sinh học và những công cụ phân ... Biến mảng giống nhƣ biến vô hƣớng, nó đƣợc tạo ra để lƣu dữ liệu. Tuy nhiên dữ liệu là một danh sách (list) (danh sách là một nhóm dữliệu vô hƣớng đƣợc sắp xếp theo thứ tự). Mở đầu biến mảng...
... cơ sở dữliệu khác trên thế giới. - Thông tin trong các cơ sở dữliệu này là rất lớn và luôn đƣợc cập nhật thƣờng xuyên (sau mỗi 24 giờ). - Trong phạm vi đề tài tập hợp và tổchứcdữliệu ... PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Tìm kiếm dữliệu trình tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 72 Choose database: giới hạn phạm vi cơ sở dữliệu tìm kiếm trong các cơ sở dữ liệu của chƣơng trình BLAST. ... dạng trình tự sinh học đƣợc lƣu trữ phổ biến trong các cơ sở dữliệu sinh học. Hiện nay, các thông tin này đƣợc lƣu trữ chủ yếu trong các cơ sở dữliệu lớn trên thế giới nhƣ hệ thống GenBank...
... 93 IV. Tổchứcdữliệu IV.1. Cách thức tổchứcdữliệu Về khía cạnh công nghệ thông tin, nguyên tắc tổchức một hệ thống ứng dụng phần mềm nhƣ sau: Sơ đồ 4.1: Mô hình tổchức một ... TRUNG 94 IV.2. Tiến hành tổ chức, phân loại dữliệu Nhận xét về dữliệu mà ta đang có, sẽ có rất nhiều cách để phân loại dữliệu này, tuy nhiên khi phân tích các dữliệu ta thấy mỗi trình tự ... cách để phân loại dữ liệu, tuy nhiên việc phân loại dữliệu cũng phải phụ thuộc vào việc khảo sát dữliệu có đƣợc. Dữliệu của ta là các record Genbank, ta thấy khi khảo sát dữliệu mỗi record,...
... toán tử AND, OR, NOT. Theo mặc định keywords đƣợc tìm kiếm trong cơ sở dữliệu NLBI (Nông Lâm Bioinformatics Group). Các cơ sở dữliệu Genbank, EMBL, DDBJ hiện tại chƣa tích hợp đƣợc. Ta ... dùng chọn lựa khi submit. Tại lớp Controller đầu tiên sẽ nhận vào cơ sở dữliệu cần tìm, đọc nội dung trong folder dữliệu và lần lƣợt lấy hết các tham số cần thiết cho việc tìm kiếm nhƣ: nội ... sẽ lấy nội dung “/translation=” trong CDS và thực hiện in tuần tự mỗi hàng 60 ký tự. VI. Kết quả giao diện tìm kiếm với dữliệu tập hợp đƣợc Sau khi xử lý dữliệu với Java Servlet và thiết...
... NGHỊ 1. Có biện pháp lọc dữliệu tốt hơn và tổchứcdữliệu hợp lý hơn Hiện tại chúng tôi chƣa đƣa ra đƣợc phƣơng án hoàn hảo cho việc chọn lọc thông tin, vì thế dữliệu hiện nay của chúng ... thêm các cơ sở dữliệu khác cũng liên quan đến cây trồng biến đổi di truyền nhƣ: o Cơ sở dữliệu các vector dùng trong chuyển gene vào thực vật. o Cơ sở dữliệu primer dùng trong chẩn đoán ... GMO. o Xây dựng cơ sở dữliệu cho tất cả các gene chỉ thị (Marker Genes) dùng trong quá trình chuyển gene. 3. Vấn đề quan tâm khác Trong quá trình tìm hiểu các cơ sở dữliệu trình tự GenBank/EMBL/DDBJ...
... trƣng trong cơ sở dữliệu GenBank. Số xác định này thƣờng đƣợc định dạng accession.version theo qui ƣớc của GenBank/EMBL/DDBJ vào tháng 2 năm 1999. Nếu bạn có bất kỳ thay đổi trongdữliệu ... khu vực trong GenBank (GenBank Division). GenBank phân chia record một trong các trƣờng thể hiện ngắn gọn thuộc bẳng 3 ký tự tóm tắt. Trong ví dụ trên GenBank Division là PLN. Cơ sở dữliệu GenBank ... đã đƣợc kết nối với cơ sở dữliệu NCBI Taxonomy, nơi chứa những tham khảo giữa tên thông thƣờng, tên đặc biệt và những sinh vật tƣơng đồng đã đƣợc giữ trong cơ sở dữliệu trình tự. Organism...
... cả đường dẫn tới các file text # trong đường dẫn. return @filetext; } Các thành phần trong chương trình con và chức năng của từng thành phần Các phần chính trong chƣơng trình gồm: Phần phụ ... %hash); close FH; } } 4) Nhiệm vụ 4: Tổng hợp thành 1 file chƣơng trình hoàn chỉnh, với đầy đủ cả 3 chức năng trên và tạo thành một file kết quả tổng hợp. (lƣu file tên là hashloc.pl) #!usr/bin/perl ... $!"; Chức năng di chuyển hay sao chép một file tới thƣ mục đƣợc chỉ ra. Module File::Path; Cú pháp: mkpath(["$dir/$foldername"],1, 0711); Chức năng tạo một thƣ mục trong một...
... sở dữ liệu Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin, Khoa CNTT, ĐHBKHN 4Nội dung9Tổng quan về tổ chứcbộ nhớ ngoài{ Tổ chứctệp đống{ Tổ chứctệpbăm{ Tổ chứctệpchỉ dẫn{Cây cân bằng Tổ chứctệp ... sở dữ liệu Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin, Khoa CNTT, ĐHBKHN 9 Tổ chứctệpchỉ dẫn(Index File){Tệp chỉ dẫn theo khoá được chọn trong bản ghi{Tệp chỉ dẫn bao gồm các cặp (k,d), trong ... sở dữ liệu Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin, Khoa CNTT, ĐHBKHN 12Các phép toán{Tìm kiếm1 bản ghi{Thêm 1 bản ghi{Xoá 1 bản ghi{Sửa đổimộtbản ghiSo sánh các cách tổchứcdữ liệu {Tệp...
... 79 Tổchức tệp băm (Hash File) Tổchức tệp dữ liệu Phân chia các bản ghi vào các cụm Mỗi cụm gồm một hoặc nhiều khối Mỗi khối chứa số lượng bản ghi cố định Tổchức lữu trữ dữliệutrong ... phần nhỏ các bản ghi trong một tệp dữliệu hay một vài trường (đặc biệt là các trường khoá) của các bản ghi dữ liệu. Xác định các yêu cầu này cho phép thiết kế dữliệu vật lý hiệu quả thông ... bản ghi Tìm kiếm + đánh dấu xóa hệ thống cần tổchức lại đĩa theo định kỳ Sửa đổi một bản ghi: Tìm kiếm và sửa các trường9 Tổchứcdữliệu vật lý ...
... := d; end; Dĩ nhiên trong bài này phương pháp thứ nhất sẽ hiệu quả hơn, tuy nhiên ta thực hiện cả hai phương pháp vì hàm Dem là một tiện ích trong loại hình tổchứcdữliệu theo tiếp cận Find-Union. ... MC; id: MI; Sáng tạo trong Thuật toán và Lập trình Tập I 94 cây khung, xác định thành phần liên thông, xác định chu trình… sẽ phải vận dụng cách tổ chứcdữliệu tương tự như thuật ... Như vậy, tập A có phần tử đại diện là 3 và tập B có phần tử đại diện là 2. Dữ liệu của tập A khi đó sẽ được tổchức như sau: A = {3 3, 4 3, 7 3}. Như vậy 3 là phần tử đại diện của tập...