... được giảitrìnhtự trực tiếp không qua giai đoạn tạo
dòng phân tử. Kết quả được trình bầy ở hình 2 A và B. Gen HP1125 của Việt Nam đã
được đệ trình vào quĩ gen và có số mã là AY513613.
GIẢI TRÌNH ... ng/µl được sử dụng để giảitrìnhtự tại ADN Core, trường đại học tổng hợp
Michigan (Mỹ) theo phương pháp giảitrình của Hultman (6a)
Phân tích trìnhtự đoạn ADN: Chương trình Blast trên trang ...
Trình tự của toàn bộ gen HP1125 vừa được giải mã được so sánh với gen tương ứng của
các chủng nước ngoài bằng chương trình Blast. Nhìn chung, gen của Việt nam có sự
tương đồng khá cao với gen...
... trên một số trìnhtự của gen HP1125 đã được
Kết quả giảitrìnhtự
Sản phẩm PCR, sau khi làm sạch được giảitrìnhtự trực
tiếp không qua giai đoạn tạo dòng phân tử. Kết quả được
trình bầy ...
Trình tự của toàn bộ gen HP1125 vừa được giải mã được so
sánh với gen tương ứng của các chủng nước ngoài bằng
chương trình Blast. Nhìn chung, gen của Việt nam có sự
tương đồng khá cao với gen ...
Hai trong những giải pháp tốt nhất để chống vi khuẩn dạ
Phân tích trìnhtự đoạn ADN: Chương trình Blast trên trang
Web được sử dụng để phân tích trìnhtự cũng như protein
cuar gen.
KẾT QUẢ...
... Reaction Mix
SANGER DIDEOXY SEQUENCING
Phóng xạ tự ghi sợi AND đơn tổng
hợp trong mỗi ống phản ứng.
Đoạn ADN cần giảitrình tự
Đoạn ADN cần giảitrình tự
3 CCTATGGAATGC-
3 CCTATGGAATGC-
5
5
.
.
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
ống ... Sanger
Fred Sanger
Các phơng pháp giảitrìnhtự gen
Có 2 phơng pháp chính:
Phơng pháp hoá học Maxam Gilbert: đây là
phơng pháp đợc sử dụng đầu tiên để xác định
trình tựgen nhng hiện nay không còn ... định trìnhtự các nucleotide.
Ưu điểm của phơng pháp cải tiến
Tạo điều kiện thuận lợi cho việc tự động hoá.
Giảm giá thành phản ứng
Tăng tốc độ phản ứng
=> Nhiều trung tâm giảitrìnhtự gen...
... máy giải
trình tựgen và chạy máy giảitrìnhtự gen.
Bước 4: Phân tích kết quả từ các dữ
liệu do máy tính cung cấp
2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động
2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự ... Phương pháp giảitrìnhtựgentự động
2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động
Capillary
Máy sắc ký khối phổ
2.1 Phương pháp Maxam - Gibert
2.1 Phương pháp Maxam - Gibert
Giải trìnhtựgen (DNA ... DUNG
1. Khái niệm giảitrìnhtựgen và ý nghĩa của GTTG
2. Phương pháp giảitrìnhtự gen:
2.1 Phương pháp Maxam – Gilbert
2.2 Phương pháp Sanger
2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động
3. So...
... thuật giảitrìnhtựgen
và Real - Time PCR
Lê Văn Phủng*
Trờng Đại học Y Hà Nội
1. Kỹ thuật giảitrìnhtựgen
Giải trìnhtựgen là tìm ra trìnhtự sắp xếp của
các nucleotides trên đoạn gen ... việc giảitrìnhtự
gen ngày một cao; ngời ta có thể giải một trình
tự dài hàng nghìn cặp base chỉ trong vòng vài
tiếng đồng hồ, điều mà trớc đây phải làm hàng
tuần.
Có nhiều kỹ thuật giảitrình ... đợc xử lý vào
máy giảitrìnhtựgen để đọc tự động trìnhtự các
nucleotide trên FliC. Có thể chỉ đọc một sợi hoặc
đọc đồng thời cả hai sợi để tăng độ chính xác của
các trìnhtự đợc đọc ra.
Kết...
... Hà Nội II.
I. Giảitrìnhtự ADN tự động.
- Nguyên lí: Giảitrìnhtự ADN tự động dựa theo nguyên lí của phương
pháp dideoxy của F.Sanger (1977) được cải tiến dựa vào các thiết bị tự
động hóa ... Phần mềm
máy tính sẽ tự động giảitrìnhtự giữ liệu từ gel điện di và cho hình ảnh
kết quả giảitrình ADN.
- Các bước tiến hành:
+, Giảitrìnhtự ADN tự động bao gồm các thành phần chủ yếu sau:
1
... thể giảitrìnhtự mẫu nghiên cứu
trong 1 phản ứng (1 giếng điện di) thay vì cho 4 phản ứng trong (4
giếng) riêng biệt như phương pháp dideoxy của F.Sanger. Phần mềm
máy tính sẽ tự động giải trình...
... trên gel agarose 1%.
2.2.8. Phơng pháp xác định trìnhtự nucleotit
Gen NIb đợc xác định trìnhtự trên máy đọc tự động ABI PRIM
3100 Avant
Genetic Analyzer bằng cách sử dụng bộ hoá chất sinh ... tựgen NIb
của PRSV. Sử dụng chơng trình phần mềm DNAstar, BioEdit để so sánh các trìnhtự
của các gen NIb với nhau. Để nhân đợc toàn bộ gen NIb thì cần phải thiết kế mồi xuôi
nằm trong gen ... định trìnhtự nucleotit tự
động và các trang thiết bị khác.
2.2. Phơng pháp nghiên cứu
2.2.1. Phơng pháp thiết kế mồi
Khai thác dữ liệu trong Ngân hàng gen Quốc tế để tìm ra tất cả các trình tự...
... nguồn khác nhau.
Phương pháp giảitrìnhtự để định genotype HCV do chúng tôi phát triển và trình
bày trong công trình nghiên cứu này được thực hiện trên một trìnhtự dài không
quá 200bp của ... quả định
genotype bằng kỹ thuật giảitrìnhtự của Trugene vì đoạn trìnhtự đích của phương
pháp của chúng tôi và đoạn trìnhtự đích của phương pháp Trugen gần như phù
hợp nhau hoàn toàn. Sở ... pháp lai trên
vạch dò đặc hiệu genotype C (HCV-InoLIPA)
(Error! Reference source not found.)
và
phương pháp giảitrìnhtự với hệ thống giảitrìnhtự kín của Trugene
(Error! Reference
source...
... RT-PCR
và giảitrìnhtự
34
4.4 Kết quả giảitrìnhtự trực tiếp sản phẩm RT-PCR
Kết quả giảitrìnhtự sẽ cho ta trìnhtự dạng chữ (A, G, T, C) và trìnhtự dạng peak.
Trình tựgiải ... Trìnhtự tƣơng đồng
-: Trìnhtự không tƣơng đồng
anti: Trìnhtựgiải đƣợc nhờ Antisense primer
Sens: Trìnhtựgiải đƣợc nhờ Sense primer
Trình tự hoàn chỉnh của đoạn gen mong muốn sẽ có tổng ... sánh trìnhtựgiải đƣợc với
trình tự có sẵn trên ngân hàng gen (NCBI). Qua đây ta sẽ biết đƣợc trìnhtựgiải đƣợc
có phải là virus PLRV không và biết đƣợc mức độ tƣơng đồng giữa trìnhtự ta...
... tôi chỉ trình bày phần tách dòng và xác định trìnhtự nucleotid của gene mã
hoá kháng thể tái tổ hợp kháng lại lympho bào tách từ bệnh nhân ung thư vú.
Để tách dòng và xác định trìnhtự gene mã ... bình
thường.
- Nhóm gene sửa chữa: là nhóm gene chịu trách nhiệm điều chỉnh những sai
sót trong hoạt động của hai loại gene trên. Nếu loại gene này bị tổn thương
thì những biến dị của hai loại gene trên ... để phát hiện dideoxynucleotid đánh dấu
- Xử lý kết quả bằng các chương trình phần mềm máy tính.( máy xác định
trình tự gene tự động ABI PRISM 3100 – Avant)
32
Website: http://www.docs.vn Email...
... thể kết luận đoạn gen đã tách từ giun quế là gen mã hóa
lumbrokinase chúng tôi đã tiến hành phân tích trìnhtự nucleotide của gen này.
3.2. Phân tích trìnhtựgen lumbrokinase
Gen mã hóa lumbrokinase ... tái tổ hợp được phân tích trìnhtự bằng
máy ABI-3130. Trìnhtự nucleotide của gen mã hóa lumbrokinase được trình bày ở hình
4 và được so sánh với một số trìnhtự của gen mã hóa lumbrokinase từ ... công bố trên GenBank bằng chương trình BioEdit.
TRẦN QUỐC DUNG, ĐẶNG PHƯỚC HẢI 33
Trình tự nucletotide đoạn gen mã hóa lumbrokinase của giun quế được so sánh
với một số trìnhtựgen mã hóa...
... dung
dịch SAM, 10 l XTerm. Giảitrìnhtự đợc
thực hiện nhờ máy ABI PRISM 3100
(Applied Biosystem).
2.2.3. Phân tích trìnhtựgen pheS v xác
định loi
Số liệu trìnhtự thô đợc chuyển đến
AutoAssemble ... software 1.40 (applied
Biosystem) hoặc GeneBuilder (Applied
Maths), trìnhtự liên tục của gen PheS đợc
xác định. Trìnhtự liên tục ny sẽ đợc nhập
vo chơng trình Bionumeric 5.1 (Applied
417
Tp ... sánh với các loi trong
Ngân hng gen BCCM/LMG của Trờng Đại
học Gent (Gent, Bỉ) hoặc đợc so sánh với
Ngân hng trìnhtự nucleotit quốc tế
(EMBL). Sử dụng chơng trình FASTA để
xác định loi có...
... khuyếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS làm vật liệu
giải trìnhtự và gen hrpF đặc trƣng của vi khuẩn gây bệnh.
3. Do hạn chế phƣơng pháp giảitrìnhtựgen không mang lại kết quả. Tuy nhiên,
kết quả ... nƣớc 12
2.3. Vùng ITS (rDNA intergenic spacer) và gen hrpF
(hypersensitive reaction and pathogenicity). 13
2.3.1. Gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity). 13
13
trên cải ... Vùng 16S – 23S rDNA ITS (rDNA intergenic spacer) và gen hrpF
(hypersensitive reaction and pathogenicity)
2.3.1. Gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity)
Để xâm nhập và gây bệnh...