Một số khái niệm chung về Vi Sinh Vật ! Sơ lược một số khái niệm chung 1. Vi sinh học (microbiology) Là khoa học nghiên cứu các cơ thể sống hiển vi và siêu hiển vi, cấu tạo tế bào và quy luật hoạt động của chúng, sử dụng các vi sinh vật nhằm phục vụ lợi ích của con người và giữ vững hệ sinh thái trên trái đất. 2. Vi sinh vật (microorganisms) . Vi sinh vật là tên gọi chung để chỉ tất cả các sinh vật có hình thể bé nhỏ, muốn thấy rõ được, người ta phải sử dụng tới kính hiển vi. . Vi sinh vật không phải là một nhóm riêng biệt trong sinh giới. Chúng thậm chí thuộc về nhiều giới (kingdom) sinh vật khác nhau. Giữa các nhóm có thể không có quan hệ mật thiết với nhau nhưng chúng có một số đặc điểm chung (cái này sẽ tìm hiểu ở phần sau) 3. Virut (virus) Virut là nhóm vi sinh vật đặc biệt, chúng nhỏ bé tới mức chỉ có thể quan sát được qua kính hiển vi điện tử (electron microscope) . Virut chưa có cả cấu trúc tế bào. Virut là kí sinh nội bào bắt buộc có cấu tạo rất đơn giản, chỉ gồm một loại axit nuclêic được bao bởi vỏ protein, muốn nhân lên phải nhờ bộ máy tổng hợp của tế bào chủ. Một số vấn đề ban đầu về vi sinh vật 1.Đặc điểm của vi sinh vật 1.1 Kích thước nhỏ bé - Mắt con người khó có thể thấy được các vật nhỏ hơn 1 mm. Vậy mà vi sinh vật lại được đo bằng micromet, virut thường được đo bằng nanomet. - Vì vi sinh vật có kích thước nhỏ bé nên diện tích bề mặt của một tập đoàn vi sinh vật hết sức lớn. VD: Số lượng cầu khuẩn chiếm thể tích 1cm3 có diện tích bề mặt là 6m 1.2 Hấp thu nhiều, chuyển hoá nhanh - Vi sinh vật tuy nhỏ bé nhất trong sinh giới nhưng lại có năng lực hấp thu và chuyển hoá vượt xa các sinh vật bậc cao. VD: Vi khuẩn lactic (lactobasillus) trong một giờ có thể phân giải 1 lượng đường lactozơ nặng hơn 1000 – 10000 lần khối lượng chúng. Nếu tính số microlit O2 mà mỗi mg chất khô của cơ thể sinh vật tiêu hao trong một giờ(biểu thị là – QO2 thì ở mô lá hoặc mô rễ thực vật là 0,5 – 4, ở tổ chức gan và thận động vật là 10 – 20, ở nấm men rượu (Sacharomyces cerevisiae) là 110, ở vi khuẩn thuộc chi Pseudomonas là 1200, ở vi khuẩn thuộc chi Azôtbacter là 2000. - Năng lực chuyển hoá sinh hoá mạnh mẽ của vi sinh vật (VSV) dẫn đến những tác dụng rất lớn lao của chúng trong thiên nhiên cũng như trong hoạt động sống của con người. 1.3 Sinh trưởng nhanh, phát triển mạnh So với các sinh vật khác thì VSV có tốc độ sinh trưởng và sinh sôi nảy nở cực kì lớn. Ví dụ: Vi khuẩn Escherichiacoli trong các điều kiện thích hợp cứ khoảng 12 – 20 phút lại phân cắt một lần. Nếu lấy thời gian thế hệ (generation time) là 20 phút thì mỗi giờ phân cắt 3 lần, 24 giờ phân cắt 72 lần, từ một tế bào ban đầu sẽ sinh ra 4.722.366.500.000.000.000.000 tế bào (nặng 4722 tấn!). Tất nhiên trong thực tế không thể tạo ra số lượng tế bào như vậy cho nên số lượng vi khuẩn thu được trong một ml dịch nuôi cấy thường chỉ đạt tới mức độ 10^8 – 10^9 tế bào. 1.4. Năng lực thích ứng mạnh và dễ phát sinh biến dị - Năng lực thích ứng của VSV vượt rất xa so với thực vật và động vật. Trong quá trình tiến hoá lâu dài, VSV đã tạo cho mình những cơ chế điều hoà trao đổi chất để thích ứng với những điều kiện sống bất lợi. Người ta nhận thấy số lượng enzim thích ứng chiếm tới 10% lượng chứa protein trong tế bào VSV. + Phần lớn VSV có thể giữ nguyên sức sống ở nhiệt độ của nitơ lỏng (-196 độ C) thậm chí ở nhiệt độ của hiđrô lỏng (-253 độ C). Một số VSV có thể sinh trưởng ở nhiệt độ 250 độ C, thậm chí có thể 300 độ C. Một số VSV có thể thích nghi với nồng độ 32% NaCl. Ví dụ: vi khuẩn thiobacillus thioxidans có thể sinh trưởng ở pH = 0,5; trong khi đó vi khuản thiobacillus denitrificans lại thích hợp phát triển ở pH = 10,7. + Ở nơi sâu nhất trong đại dương (11034m), nơi có áp lực tới 1103,4 atm, vẫn thấy có vi sinh vật sinh sống, nhiều VSV thích nghi với điều kiện sống hoàn toàn thiếu oxi (VSV kị khí bắt buộc – obligate anaerobes), một số nấm sợi có thể phát triển thành váng dày trong bể ngâm xác có nồng độ phenol rất cao. - VSV rất dễ phát sinh biến dị bởi vì thường là đơn bào, đơn bội, sinh sản nhanh, số lượng nhiều, tiếp xúc trực tiếp với môi trường sống. Tần số biến dị ở VSV thường là 10^- 5 —> 10^-10. Hình thức biến dị thường gặp là đột biến gen và dẫn đến những thay đổi về hình thái, cấu tạo, kiểu trao đổi chất, sản phẩm trao đổi chất, tính đề kháng….Bên cạnh các biến dị có lợi, VSV cũng sinh ra những biến dị có hại đối với nhân loại, chẳng hạn biến dị về tính kháng thuốc. 1.5 Phân bố rộng, chủng loại nhiều - VSV phân bố ở khắp mọi nơi trên trái đất, chúng có mặt trên cơ thể người, động vật, thực vật, trong đất, nước, không khí, trên mọi đồ dùng, vật liệu, từ biển khơi đến núi cao, từ nước ngọt đến nước biển… - Về chủng loại: Trong khi toàn bộ giới Động vật có khoảng 1,5 triệu loài, thực vật có khoảng 0,5 triệu loài thì VSV cũng có tới trên 100 nghìn loài. Đúng nhà VSV học người Nga nổi tiếng A.A.Imsenhetskii đã nói : “Các loài VSV mà ta đã biết đến hiện nay nhiều lắm cũng không quá đuợc 10% tổng số loài VSV có sẵn trong thiên nhiên”./. 2. Vị trí của vi sinh vật trong hệ thống sinh giới Vị trí của các nhóm vi sinh vật đã được xếp vào các hệ thống sinh giới khác nhau. 2.1 Hệ thống 5 giới của Whittaker (1969) - Giới khởi sinh (Monera) (vi khuẩn) - Giới nguyên sinh (Protista) (VSV nhân chuẩn đơn bào) - Giới nấm (Fungi) - Giới thực vật - Giới động vật 2.2 Hệ thống 4 giới của Takhtakjan (1970) - Giới vi khuẩn - Giới nấm (từ nấm đơn bào đến đa bào) - Giới thực vật (từ TV đơn bào đến đa bào) - Giới động vật (Từ ĐV nguyên sinh đến bậc cao) 2.3 Hệ thống 3 nhóm giới của Trần Thế Tương (1979) - Nhóm giới sinh vật vô bào: giới virut - Nhóm giới sinh vật nhân sơ (nhân nguyên thủy): giới vi khuẩn và vi khuẩn lam - Nhóm giới sinh vật nhân chuẩn: giới thực vật, giới nấm và giới động vật * Năm 1980, Woese nhận thấy thứ tự nucleotit của ARN của ribôxôm 16S và 5S (có thể là 18S) ở một số vi khuẩn có sai khác rất lớn so với ở đa số các vi khuẩn khác, quá trình dịch mã không chịu tác dụng của cloramphenicol nhưng lại bị ức chế bởi độc tố của vi khuẩn bạch hầu. Và ông xếp chúng thành một giới riêng gọi là giới vi khuẩn cổ (Archaebacteria). Như vậy, hệ thống phân loại sinh giới của ông lại chỉ có 3 giới là Sinh vật nhân thật (Eukaryota), Vi khuẩn thật (Eubacteria). (Theo Whittaker, thì vi khuẩn cổ vẫn thuộc về giới khởi sinh). 3. Phương pháp nuôi cấy Vi sinh vật 3.1. Pha loãng mẫu trong nước vô trùng. 3.2. Cấy lên môi trường 3.3. Điều chỉnh độ pH, nhiệt độ, dinh dưỡng để mẫu phát triển thành khuẩn lạc. 3.4. Dùng thao tác vô trùng cấy từ khuẩn lạc sang một môi trường mới —> thu được chủng vi sinh vật thuần khiết. 4. Môi trường nuôi cấy Vi Sinh Vật Có 2 loại môi trường là môi trường liên tục và môi trường không liên tục. - Môi trường liên tục là môi trường thường xuyên cung cấp thêm chất dinh dưỡng, đồng thời lấy đi một lượng chất thải tương đương. - Môi trường không liên tục là không bổ sung chất dinh dưỡng mới và không lấy đi các sản phẩm trao đổi chất. 5. Sinh trưởng kép - Đường cong sinh trưởng gồm 2 pha lag và 2 pha log. - Nguyên nhân: Khi môi trương (MT) nuôi cấy có 2 chất hữu cơ cung cấp cacbon khác nhau cung cấp cho VSV, sau khi vi khuẩn tổng hợp enzim để chuyển hoá nguồn C thứ nhất, chúng trải qua giai đoạn tiềm phát 2 (pha lag), tổng hợp enzim chuyển hoá nguồn C thứ 2 nên có 2 pha lag và 2 pha log. Vi sinh vật thuộc giới sinh vật nào? Vi sinh vật không phải là một nhóm phân loại trong sinh giới mà là bao gồm tất cả các sinh vật có kích thước hiển vi, không thấy rõ được bằng mắt thường, do đó phải sử dụng kính hiển vi thường hoặc kính hiển vi điện tử. Ngoài ra muốn nghiên cứu vi sinh vật người ta phải sử dụng tới phương pháp nuôi cấy vô khuẩn. Từ trước đến nay có rất nhiều hệ thống phân loại sinh vật. Các đơn vị phân loại sinh vật nói chung và vi sinh vật nói riêng đi từ thấp lên cao là Loài (Species), Chi (Genus), Họ (Family), Bộ (Order), Lớp (Class), Ngành (Phylum), và Giới (Kingdom). Hiện nay trên giới còn có một mức phân loại nữa gọi là lĩnh giới (Domain). Đấy là chưa kể đến các mức phân loại trung gian như Loài phụ (Subspecies), Chi phụ (Subgenus), Họ phụ (Subfamily), Bộ phụ (Suborder),Lớp phụ (Subclass), Ngành phụ (Subphylum). John Ray (1627-1705) Carl Von Linnaeus (1707-1778) * Xưa kia John Ray (1627-1705) và Carl Von Linnaeus (1707-1778) chỉ chia ra 2 giới là Thực vật và Động vật. Năm 1866 E. H. Haeckel (1834-1919) bổ sung thêm giới Nguyên sinh (Protista). Năm 1969 R. H. Whitaker (1921-1981) đề xuất hệ thống phân loại 5 giới : Khởi sinh (Monera), Nguyên sinh (Protista), Nấm (Fungi), Thực vật (Plantae) và Động vật (Animalia). - Khởi sinh bao gồm Vi khuẩn (Bacteria) và Vi khuẩn lam (Cyanobacteria). - Nguyên sinh bao gồm Động vật nguyên sinh (Protzoa), - Tảo (Algae) và các Nấm sợi sống trong nước (Water molds). * Gần đây hơn có hệ thống phân loại 6 giới- như 5 giới trên nhưng thêm giới Cổ vi khuẩn (Archaebacteria), giới Khởi sinh đổi thành giới Vi khuẩn thật (Eubacteria) (P. H. Raven, G. B. Johnson, 2002). * T. Cavalier-Smith (1993) thì lại đề xuất hệ thống phân loại 8 giới: + Vi khuẩn thật (Eubacteria), + Cổ vi khuẩn (Archaebacteria), + Cổ trùng (Archezoa), + Sắc khuẩn (Chromista), + Nấm (Fungi), + Thực vật (Plantae) và + Động vật (Animalia). Theo R. Cavalier-Smith thì Cổ trùng (như Giardia) bao gồm các cơ thể đơn bào nguyên thuỷ có nhân thật, có ribosom 70S, chưa có bộ máy Golgi, chưa có ty thể (mitochondria) chưa có thể diệp lục (Chloroplast), chưa có peroxisome. Sắc khuẩn bao gồm phần lớn các cơ thể quang hợp chứa thể diệp lục trong các phiến (lumen) của mạng lưới nội chất nhăn (rough endpplasmic reticulum) chứ không phải trong tế bào chất (cytoplasm), chẳng hạn như Tảo silic , Tảo nâu, Cryptomonas, Nấm noãn. * Năm 1980, Carl R. Woese dựa trên những nghiên cứu sinh học phân tử phát hiện thấy Cổ khuẩn có sự sai khác lớn trong trật tự nucleotid ở ARN của ribosom 16S và 18S. Ông đưa ra hệ thống phân loại ba lĩnh giới (Domain) bao gồm + Cổ khuẩn (Archae), + Vi khuẩn (Bacteria) và + Sinh vật nhân thực (Eucarya). Cổ khuẩn là nhóm vi sinh vật có nguồn gốc cổ xưa. Chúng bao gồm các nhóm vi khuẩn có thể phát triển được trong các môi trường cực đoan (extra), chẳng hạn như nhóm ưa mặn (Halobacteriales), nhóm ưa nhiệt (Thermococcales, Thermoproteus, Thermoplasmatales), nhóm kỵ khí sinh mêtan (Methanococcales, Methanobacteriales, Methanomicrobiales), nhóm vi khuẩn lưu huỳnh ưa nhiệt (Sulfobales, Desulfurococcales). Monera trong hệ thống 5 giới tương đương với Vi khuẩn và Cổ khuẩn trong hệ thống 8 giới và trong hệ thống 3 lĩnh giới. Nguyên sinh trong hệ thống 5 giới tương đương với 3 giới Cổ trùng (Archaezoa), Nguyên sinh (Protista-Protozoa) và Sắc khuẩn (Chromista) trong hệ thống 8 giới và tương đương với 5 nhóm sau đây trong hệ thống 3 lĩnh giới (domain): Archaezoa, Euglenozoa, Alveolata, Stramenopila và Rhodophyta. Theo hệ thống 3 lĩnh giới thì Archaezoa bao gồm Diplomonad, Trichomonad và Microsporidian. Euglenozoa ao gồm Euglenoid và Kinetoplastid. Alveolata bao gồm Dinoflagellate, Apicomplexan, và Ciliate. Strmenopila bao gồm Tảo silic (Diatoms) , Tảo vàng (Golden algae), Tảo nâu (Brown algae) và Nấm sợi sống trong nước (Water mold) . Rhodophyta gồm các Tảo đỏ (Red algae). Riêng Tảo lục (Green algae) thì một phần thuộc Nguyên sinh (Protista) một phần thuộc Thực vật (Plantae) Hệ thống phân loại 5 giới sinh vật Hệ thống phân loại 6 giới sinh vật Hệ thống phân loại 8 giới sinh vật . Một số khái niệm chung về Vi Sinh Vật ! Sơ lược một số khái niệm chung 1. Vi sinh học (microbiology) Là khoa học nghiên cứu các cơ thể sống hiển vi. 2 pha log. Vi sinh vật thuộc giới sinh vật nào? Vi sinh vật không phải là một nhóm phân loại trong sinh giới mà là bao gồm tất cả các sinh vật có kích