Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định sự có mặt của Bovine Coronavirus (BCoV) gây tiêu chảy ở bò nuôi tại Hà Tĩnh và Nghệ An. Kỹ thuật RT-PCR đã xác định được 14/180 mẫu phân (7,78%) dương tính với BCoV. Tỷ lệ lưu hành BCoV cao nhất ở nhóm bê dưới 1 tháng tuổi (9,24%), sau đó đến nhóm bê 1-3 tháng tuổi (6,25%).
Vietnam J Agri Sci 2019, Vol 17, No 11: 916-924 Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam 2019, 17(11): 916-924 www.vnua.edu.vn NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CỦA BOVINE CORONAVIRUS GÂY TIÊU CHẢY Ở BÒ TẠI HÀ TĨNH VÀ NGHỆ AN Vũ Thị Ngọc, Bùi Thị Phương Thảo, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Trường, Cao Thị Bích Phượng, Lê Văn Phan* Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam * Tác giả liên hệ: letranphan@vnua.edu.vn Ngày chấp nhận đăng: 16.02.2020 Ngày nhận bài: 06.01.2020 TÓM TẮT Nghiên cứu thực nhằm xác định có mặt Bovine Coronavirus (BCoV) gây tiêu chảy bò ni Hà Tĩnh Nghệ An Kỹ thuật RT-PCR xác định 14/180 mẫu phân (7,78%) dương tính với BCoV Tỷ lệ lưu hành BCoV cao nhóm bê tháng tuổi (9,24%), sau đến nhóm bê 1-3 tháng tuổi (6,25%) Khơng phát thấy BCoV nhóm bò 4-12 tháng tuổi Kết giải trình tự gen phân tích trình tự gen S cho thấy chủng BCoV nghiên cứu thuộc nhóm di truyền C1, nhóm di truyền với chủng virus vacxin 0501 Hàn Quốc Từ khóa: Bovine Coronavirus, lưu hành, Hà Tĩnh, Nghệ An, RT-PCR, gen S Prevalence of Bovine Coronavirus Causing Diarrhea in Calves in Ha Tinh and Nghe An Province ABSTRACT This study was carried out to find the presence of Bovine Coronavirus (BCoV) causing diarrhea in calves in Ha Tinh and Nghe An province The detection of virus using the RT-PCR method showed that 14/180 (7.78%) stool samples were positive to BCoV The prevalence of BCoV was the highest in the calves group under month old (9.24%), followed by the calves group from to months old (6.25%) BCoV was not detected in the calves aged from to 12 months The S gene sequencing and analysis results revealed that the BCoV strains isolated in the present study belonged to the C1 group, the same as Korean vaccine strain 0501 Keywords: Bovine Coronavirus, prevalence, Ha Tinh, Nghe An, RT-PCR, S gene ĐẶT VẤN ĐỀ Bovine Coronavirus (BCoV) tác nhân gõy tiờu chõy v nhim trựng ỵng hụ hỗp cõ bờ v bủ trỵng thnh (Bidokhti & cs., 2012; Park & cs., 2006) BCoV thuộc chi Betacoronavirus, họ Coronavirinae, b Nidovirales (Bok & cs., 2015) Ging nhỵ Coronavirus khỏc, BCoV virus vĆi gen ARN sĉi đĄn dỵng, vi kớch thỵc khoõng 32 kb (Bidokhti & cs., 2013) Trong số protein cûa virus, protein S mt loọi protein cỗu trỳc ln nỡm trờn b mt cûa virus, đòng vai trđ quan trọng q trình sinh học cûa BCoV (Bidokhti & cs., 2013) Cho đến nay, 916 chỵa cũ h thng phõn loọi chớnh thc cûa BCoV toàn giĆi Dăa mối quan h di truyn cỷa protein S, BCoV lỵu hnh Nhờt Bõn ỵc chia thnh bn nhúm (Kanno & cs., 2007; Kanno & cs., 2009) Tuy nhiên, Shin & cs (2009) phån lội BCoV thành nhóm Nhóm C1 gm cỏc chỷng Chõu v Cu Ba ỵc phát sau nëm 2000 Nhòm C2 gồm chûng ỵc phỏt hin Chõu u Nhúm C3 gm cỏc chỷng BCoV ỵc phỏt hin trỵc nởm 2000 Hn na, đặc tính kháng ngun cûa BCoV thay đổi khơng chỵ giĂa nhóm khác mà mt nhúm (Kanno & cs., 2013) Do ũ, rỗt khũ để phát triển loäi vacxin hiệu Vũ Thị Ngọc, Bùi Thị Phương Thảo, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Trường, Cao Thị Bích Phượng, Lê Văn Phan q chống läi BCoV Phân tích protein S hồn chợnh cỷa BCoV lỵu hnh Thýy in v an Mọch giai oọn 2002-2010 cho thỗy s thay i axit amin (aa) lên đến 3%, să đột biến thay đổi aa thỵng din cỏc v trớ t 109-131 495527 (Bidokhti & cs., 2013) Ở Việt Nam, bệnh tiờu chõy virus bũ thỵng xuyờn xõy v gõy õnh hỵng nghiờm trng cho ngnh chởn nuụi bủ cõ nỵc Chao & cs (2014) cho bit bũ tọi Hu dỵng tớnh huyt hc vi BCoV Một nghiên cĀu khác đặc điểm di truyền cûa Coronavirus Vit Nam cỹng ó ỵc thc hin bi Shin & cs (2019) Trong nghiờn cu ny s lỵu hnh cỷa BCoV gõy tiờu chõy bủ ỵc nuụi täi hai tỵnh Nghệ An Hà Tïnh cüng ỵc khõo sỏt v ỏnh giỏ ồy l hai tợnh tờp trung s lỵng ln bũ sa cõ nỵc nĄi cò trang träi chën ni bđ sĂa quy mô công nghiệp cûa công ty Vinamilk TH-TrueMilk Kt quõ thu ỵc v s lỵu hnh cỹng nhỵ mt s c im di truyn cỷa BCoV gõy tiêu chây đàn bñ cĄ sć khoa hc quan trng vic nh hỵng la chn chỷng virus thớch hp cho cỏc nghiờn cu sõn xuỗt vacxin cỹng nhỵ nhờp khốu vacxin thớch hp phýc vý nhu cổu s dýng nỵc PHNG PHP NGHIấN CU 2.1 Nguyên liệu Nguyên liệu méu phân tiêu chõy cỷa bũ thu thờp ỵc tọi tợnh H Tùnh Nghệ An nëm 2019 2.2 Phương pháp tách chit ARN t mu bnh phm Trizol (Invitrogen) ỵc dựng tỏch chit ARN cỷa BCoV, cỏc bỵc tin hnh theo s hỵng dộn cý th cỷa nh sõn xuỗt Cý thể bổ sung 800 µL dung dðch Trizol vào 200 µL huyễn dðch méu bệnh phèm, vortex, û phút sau đò bổ sung tiếp 200 µL dung dðch Chloroform, vortex mänh 15 giây, û ć nhit phũng phỳt Huyn dch trờn ỵc ly tâm 12.000 vòng/phút 15 phút ć 4C Sau ly tâm, chuyển pha có chĀa ARN vào mt ng Eppendorf mi (vi lỵng khoõng 500 àL) Tỷa ARN cûa virus bìng cách bổ sung 500 µL dung dðch Isopropanol, û ć nhiệt độ phñng 10 phút, sau đò ly tåm 12.000 vòng/phút 10 phút ć 4C Rāa tûa ARN bìng mL dung dðch Ethanol 70%, ly tâm 12.000 vòng/phút phút ć 4C Hòa ARN 30 àL nỵc vụ trựng ó loọi Rnase bâo quân ć -20C 2.3 Tổng hợp cADN phõn ng PCR cADN ỵc tng hp t ARN ó ỵc tỏch chit nh enzyme phiờn mó ngỵc (reverse transcriptase) tọo cADN, b kit SuperScript TM (Invitrogen) ó ỵc sā dýng Thành phæn phân Āng điều kiện tổng hp cADN nhỵ sau: àL ARN tinh sọch, 4,5 àL nỵc ó loọi ARNse, àL dNTPs (2,5 mM lội), µL mồi oligo dT (200 pM/ µL ), µL Superscript TM II ARNse Hreverse transcriptase (200 U/µL), 0,5 µL ARNse inhibitor (10 U/µL ) µL 5x first strand buffer Phân Āng tổng hĉp cADN ỵc thc hin 37C 60 phỳt v sau đò 94°C vòng phút cADN sau tổng hp ỵc b sung trc tip vo ng phõn ng PCR sā dýng Kit PCR lot 595123 (Norgen) Kit có chĀa Taqpolymerase thành phỉn cỉn thiết cho trình khuếch đäi ADN Trong nghiên cĀu này, cặp mồi đặc hiệu để phát BCoV: BCoV-F1 (5’ - AGT GTA GAT GCC CGT CTC GTA -3’) BCoV-R1 (5’ - GCT GCA ATA ACA TAG TCA CCA -3’) cặp mồi dùng để giâi trình tă gen S: BCoV-S1F (5’-ATGTTTTTGATACTTTTAA TTT CC-3’) BCoV-S1R (5’-ACACCAGTAGATGGT GCTAT-3’) (Park & cs 2006) ó ỵc s dýng cho phõn ng PCR Sân phèm PCR sā dýng cặp mồi BCoV-F1/ BCoV-R1 cú kớch thỵc l 638 bp v sõn phốm PCR s dýng cp mi BCoV-S1F/ BCoV-S1R cũ kớch thỵc l 920 bp Phõn ng PCR ỵc thc hin theo chỵng trỡnh nhit nhỵ sau: 40 chu k (95C - phút, 54C - phút, 72C - phút) 72C - phút giĂ sân phèm ć 4C Sõn phốm PCR ỵc trn vi loading dye cat: R0611 (Thermo scientific) theo tỷ lệ 1:5 kiểm tra gel agarose cat: 17850 (Thermo scientific) 0,8% 917 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An 2.4 Giâi trình tự gen S xây dựng phâ hệ Sân phốm PCR c hiu cha oọn gen S ỵc gi sang cơng ty Macrogen cûa Hàn Quốc để giâi trình t gen Trỡnh t ADN thu ỵc ỵc phõn tớch bìng phỉn mềm BioEdit DNAstar VĆi trình tă gen S cỷa cỏc chỷng BCoV thu ỵc, cõy phõ h ó ỵc xõy dng bỡng phổn mm MEGA, s dýng phỵng phỏp Neighbor-Joining vi giỏ tr Bootstrap l 1.000 n vð KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Chẩn đoán xác định lưu hành BCoV đàn bò tỉnh Hà Tĩnh Nghệ An Trong nghiên cĀu này, 180 méu phân tiêu chây cûa bò ni täi träi/hộ gia đình đða bàn tỵnh Hà Tùnh v Ngh An ó ỵc thu thờp (Bõng 1) nëm 2019 Kết q chèn đốn bìng phân Āng RT-PCR cho thỗy 14/180 (7,78%) mộu phõn tiờu chõy cho kt quõ dỵng tớnh vi BCoV (Bõng v Hỡnh 1) Sõn phốm PCR thu ỵc cũ kớch thỵc l 638 bp, ỳng vi kớch thỵc ó ỵc cụng b trỵc ồy vi cp mi BCoV-F1/BCoV-R1 (Park & cs., 2006) Kt quõ chốn oỏn (Bõng 1) cho thỗy Ngh An cú 12/79 (15,19%) mộu bnh phốm dỵng tớnh vi BCoV đò täi Hà Tïnh chỵ có 2/101 (1,98%) mộu dỵng tớnh vi BCoV Kt quõ khỏc v t l mộu phõn tiờu chõy cỷa bủ dỵng tớnh vĆi BCoV tình hình chëm sòc, nuụi dỵng gia cỏc trọi/h gia ỡnh khỏc Kt quõ nghiờn cu trỵc ồy cỷa Chao v cs (2014) cho thỗy t l trồu bủ nuụi trờn a bn cỏc phỵng ven thnh ph Hu b tiờu chõy l 17,88% v 33,33% mộu xột nghim cho kt quõ dỵng tớnh huyt hc vi Coronavirus Nhng nghiờn cu trỵc ồy trờn th gii cho thỗy t l lỵu hnh BCoV ć bê täi Ấn Độ 20% (20/110 méu) (Hansa & cs., 2012), tỷ lệ nhiễm BCoV bò täi Hàn Quốc giai độn 2002-2003 không 58% (Park & cs., 2006), täi Brazil giai đoän 2000-2002 33,33% (17/51 méu) (Brandao & cs., 2006), täi Argentina giai đoän 1994-2010 5,95% (Bok & cs., 2015), täi Tây Algeria (Bíc Phi) tỷ lệ nhiễm BcoV cûa bò l 20,73% (Ammar & cs., 2014) Nhỵ vờy, kt quõ thu ỵc nghiờn cu ny v t l lỵu hành BCoV bò täi hai tỵnh Hà Tïnh (1,98%) v Ngh An (15,19%) thỗp hn cỏc kt quõ nghiờn cu tọi cỏc nỵc trờn, nhiờn cao hn t lệ nhiễm BCoV bò täi Argentina giai độn 1994-2010 Să khác biệt khác v iu kin chởn nuụi cỹng nhỵ yu t v khơng gian, thąi gian đða lí khác BCoV nhĂng nguyên nhân gây bệnh tiêu chây ć bò, bệnh kiết lỵ mùa đơng gåy tiêu chõy bũ v bnh hụ hỗp bờ t 1-30 ngày tuổi (Bok & cs., 2015) BcoV cüng tỏc nhõn gõy tiờu chõy trờn cõ bủ trỵng thnh tÿ 4-12 tháng tuổi (Hasoksuz & cs., 1999) Trong nghiên cu ny, t l v s lỵu hnh BcoV trờn bủ cỹng ó ỵc phõn tớch theo cỏc nhúm tui khỏc (Bõng 2) Kt quõ thu ỵc (Bõng 2) cho thỗy t l mộu phõn tiờu chõy cho kt quõ dỵng tớnh vi BCoV cao nhỗt nhúm bờ dỵi thỏng tui (9,24%), sau ũ n nhúm bờ 1-3 tháng tuổi (6,25%) Tuy nhiên să sai khác khơng có ý nghïa thống kê (p >0,05) Mặc dù BCoV nhiễm ć bò lĀa tuổi (Bok & cs., 2015; Park & cs., 2006) nhỵng nghiờn cu ny khụng phỏt hin ỵc BcoV nhúm bũ 4-12 tháng tuổi Bâng Kết quâ PCR phát BCoV mẫu bệnh phẩm 918 Dương tính Âm tính Số mẫu kiểm tra Số mẫu Tỷ lệ (%) Số mẫu Tỷ lệ (%) Hà Tĩnh 101 99 98,02 1,98 Nghệ An 79 67 84,81 12 15,19 Tổng 180 166 92,22 14 7,78 Tỉnh Vũ Thị Ngọc, Bùi Thị Phương Thảo, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Trường, Cao Thị Bích Phượng, Lê Văn Phan Ghi chú: Sản phẩm PCR thu có kích thước 638 bp Giếng 1-5: Các mẫu bệnh phẩm dương tính với BCoV Giếng 6: đối chứng âm M: thang ADN chuẩn Thermo Scientific lot 00566364 Hình Kết quâ chẩn đoán BCoV phân ứng RT-PCR Bâng Sự lưu hành BcoV theo lứa tuổi Dương tính Tháng tuổi Số mẫu kiểm tra Số mẫu Tỷ lệ (%) ≤1 119 11 9,24 1-3 48 6,25 4-12 13 0 Tng 180 14 7,78 Mt s nghiờn cu trỵc ồy trờn th gii cho thỗy 91/143 (63,64%) mộu dch müi phån tiêu chây cûa bê tÿ 2-30 ngày tuổi ni täi träi bò sĂa ć Ontario (Canada) cho kt quõ dỵng tớnh vi BCoV (Gomez & cs., 2017) Kt quõ nghiờn cu thu ỵc tọi Th Nhù Kỡ cho thỗy 13/33 (39,3%) bờ t 1-30 ngy tui 8/21 (38%) bò tÿ 4-12 tháng tuổi bð tiêu chõy cho kt quõ dỵng tớnh vi BCoV (Hasoksuz & cs., 1999) Tỷ lệ nhiễm BCoV theo lĀa tuổi cûa bò nghiên cĀu khác vĆi kết quâ nghiên cĀu kể Đặc biệt so sánh tỷ lệ nhiễm BCoV ć nhóm bò 4-12 tháng tuổi, nghiên cu ny khụng phỏt hin thỗy BCoV S sai khỏc v t l lỵu hnh BCoV trờn bũ nghiờn cĀu so vĆi nghiên cĀu kể theo chỳng tụi cú th l dung lỵng mộu nhú cûa nhóm bò 4-12 tháng tuổi (13/180 méu xét nghiệm) Chớnh vỡ s lỵng mộu s dýng nghiờn cu hän chế nên kết q nghiên cĀu có th chỵa phõn ỏnh ổy ỷ tỡnh hỡnh nhim BCoV theo nhúm tui lm rừ c im lỵu hnh cûa BCoV theo lĀa tuổi ć bò ni täi Hà Tïnh Nghệ An, cæn thăc nghiên cĀu tip theo vi dung lỵng mộu ln hn 3.2 Kt quâ phân tích gen S phâ hệ Gen S gen mã hóa cho kháng nguyên bề mặt v l gen thỵng xuyờn ỵc s dýng cỏc nghiên cĀu dðch tễ học phân tā cûa BCoV (Bidokhti & cs., 2013) Trong nghiên cĀu gen S cỷa BCoV ó ỵc giõi trỡnh t gen v so sánh vĆi trình tă gen S cûa chûng BCoV tham chiếu khác, bao gồm (i) chûng virus vacxin gồm chûng BC94 cûa Hàn Quốc (mã số truy cêp GenBank: EU401989), chûng NordenVacxin cûa Mỹ (mã số truy cêp GenBank: M64668), chûng 0501 cûa Hàn Quốc (mã số truy cêp GenBank: EU686689); (ii) chûng thăc đða SWUN/LN2 ć Trung Quốc (mã số truy cêp GenBank: MK095180); (iii) chûng thăc đða ć Việt Nam thu thêp nëm 2017-2018 gồm chỷng BL104, DT97, PL84 (mó s truy cờp GenBank tỵng Āng MH203065, MH203064, MH197037, M046005 MK046003), (iv) chûng Hymalayan Tahr1-10/01 (mã truy cêp GenBank: HM573327), (v) chûng thăc đða cổ điển Mebus (mã truy cêp GenBank: BCU00735) ć Mỹ 919 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An Ghi chú: Dấu “.” biểu thị nucleotide giống với trình tự chủng virus NA585 Hình So sánh trình tự gen S chủng BCoV nghiên cứu với chủng BCoV tham chiếu khác Kết q giâi trình tă gen phân tích trình tă gen S cûa chûng BCoV (chûng NA585 NA586 thu thờp ỵc Ngh An v chỷng HT666 thu thờp ỵc H Tùnh) nghiờn cu ny cho thỗy chỳng cú mc tỵng ng cao vi trình tă nucleotide (dao động không 97,8-99,5%) Kết quâ so sánh trình tă gen S cûa BCoV nghiên 920 cĀu vĆi chûng BCoV phân lờp ỵc tọi Vit Nam trỵc ồy (chỷng BL104, DT97 v PL84) (Shin & cs., 2019) cho thỗy t l tỵng ng v nucleotide giao ng t 97,8-99,7% Khi so sỏnh vi chỷng virus SWUN/LN2 phõn lờp ỵc tọi Trung Quc (Abi & cs., 2019), t l tỵng ng v trình tă gene S không 98,398,9% (Bâng Hình 2) Tỵng t so V Th Ngc, Bựi Th Phương Thảo, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Trường, Cao Thị Bích Phượng, Lê Văn Phan sánh trình tă gen S cûa chûng BCoV nghiên cĀu vĆi chûng virus vacxin (chûng 0501 BC94 cûa Hàn Quốc chûng Nodern cûa Mỹ), tỷ l tỵng ng v trỡnh t gene S khoõng tÿ 97,2-99,6% Kết q phân tích trình tă axit amin suy din (deduced amino acid) cỷa gen S cho thỗy chỷng nghiờn cu ny cú mc tỵng đồng vĆi aa khoâng 97-99,6% So sánh chûng BCoV nghiên cĀu vĆi chûng BL104 ỵc phỏt hin Bỡnh Lýc, H Nam nởm 2018 cho thỗy t l tỵng ng v aa khoõng 97,3-100% So sỏnh vi chỷng thc a SWUN/LN2 phõn lờp ỵc tọi Trung Quc nởm 2018 cho thỗy t l tỵng ng v aa khoõng 97,7-99,6% Tỵng t so sỏnh vĆi chûng virus vacxin cûa Hàn Quốc (0501 BC94) v M (Norden), t l tỵng ng v trỡnh tă aa cûa gen S dao động khoâng 93,1-97% Các chûng BCoV nghiên cĀu có tỷ lệ tỵng ng cao nhỗt v trỡnh t aa (96-97%) so sánh vĆi chûng virus vacxin 0501 cûa Hàn (Lee & Yoon, 2009; Lee & cs., 2009; Zhang & cs., 1991) (Bâng Hình 3) Bâng Mức độ tương đồng (%) trình tự nucleotide gen S chủng BCoV nghiên cứu với chủng BCoV tham chiếu khác giới STT Chủng virus NA585/VietNam/2019 NA586/VietNam/2019 97,8 HT666/VietNam/2019 97,8 99,5 MH203065/BL104/VietNam/2018 97,8 99,7 99,5 MH203064/DT97/VietNam/2017 97,8 99,7 99,5 100 MH197037/PL84/VietNam/2017 97,9 99,6 99,6 99,8 99,8 M64668/Norden/USA/1981 96,6 96,7 96,5 96,7 96,7 96,6 EU401989/BC94/Korea/1994 96,0 96,1 95,9 96,1 96,1 96,0 99,4 10 EU686689/0501/Korea/2005 97,0 97,8 97,6 97,8 97,8 97,7 97,6 97,0 10 BCU00735/Mebus/USA/1972 96,3 96,4 96,1 96,4 96,4 96,3 99,6 99,5 97,2 11 MK095180/SWUN/China/2018 98,3 98,9 98,6 98,9 98,9 98,8 97,2 96,7 97,8 96,9 12 HM573327/Tahr1/Korea/2010 97,3 97,9 97,7 97,9 97,9 97,8 97,7 97,1 99,4 97,3 11 12 98,1 Bâng Mức độ tương đồng trình tự axit amin gen S chủng BCoV nghiên cứu với chủng BCoV tham chiếu khác STT Chủng virus 10 NA585/VietNam/2019 NA586/VietNam/2019 97,3 HT666/VietNam/2019 97,0 99,6 MH203065/BL104/VietNam/2018 97,3 100 99,6 MH203064/DT97/VietNam/2017 97,3 100 99,6 MH197037/PL84/VietNam/2017 97,3 100 99,6 100 100 M64668/Norden/USA/1981 94,4 95,0 94,7 95,0 95,0 95,0 EU401989/BC94/Korea/1994 93,1 93,7 93,4 93,7 93,7 93,7 98,3 EU686689/0501/Korea/2005 96,0 97,0 96,7 97,0 97,0 97,0 96,0 94,7 10 BCU00735/Mebus/USA/1972 93,7 94,4 94,1 94,4 94,4 94,4 99,0 99,0 95,4 11 MK095180/SWUN/China/2018 97,7 99,6 99,3 99,6 99,6 99,6 95,4 94,1 97,3 94,7 12 HM573327/Tahr1/Korea/2010 96,7 97,7 97,3 97,7 97,7 97,7 96,0 94,7 99,3 95,4 11 12 100 98,0 921 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An Ghi chú: Dấu “.” biểu thị aa giống với trình tự chủng virus NA585 Hình So sánh trình tự aa gen S củaBCoV nghiên cứu với chủng tham chiếu khác giới Hình Cây phâ hệ dựa gen S BCoV Các chủng BCoV nghiên cứu đánh dấu hình tròn đen 922 Vũ Thị Ngọc, Bùi Thị Phương Thảo, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Trường, Cao Thị Bích Phượng, Lê Văn Phan Gen S mã hố cho protein kháng nguyên bề mặt cûa BCoV đồng thąi cỹng l protein cũ vai trũ chớnh cỗu trỳc cûa BCoV đðnh đến tính gây bệnh vờt chỷ Vỡ vờy, gen S thỵng xuyờn ỵc s dýng phân tích dðch tễ học phân tā BCoV (Shin & cs., 2019) Kết quâ phån tích cồy phõ h cho thỗy cỏc chỷng BCoV nghiờn cĀu thuộc nhòm di truyền C1, nhòm di truyn vi cỏc chỷng BCoV thu thờp ỵc nởm 2017-2018 täi Bình Lýc (chûng BL104), Duy Tiên (chûng DT97), Phû Lý (chûng PL84) cûa tỵnh Hà Nam, thành phố Hồ Chí Minh (chûng HCM304) Nghệ An (chûng NA226) (Shin & cs., 2019) Kết quâ phån tích cåy phâ h cỹng cho thỗy cỏc chỷng BCoV nghiờn cu nìm nhòm di truyền C1 vĆi chûng virus vacxin 0501 cûa Hàn Quốc (Lee & cs., 2009; Zhang & cs., 1991) cüng cò mối quan hệ phâ hệ gæn güi vĆi chûng phát ć Cuba, Trung Quc, Hn Quc nhỵng khụng nỡm cựng nhúm di truyền vĆi hai chûng virus vacxin läi BC94 Nodern (thuộc nhóm di truyền C3) (Hình 4) KẾT LUẬN Täi hai tỵnh Nghệ An Hà Tïnh, 14/180 méu phân tiêu chây cûa bò ni cho kết quõ dỵng tớnh vi BCoV T l lỵu hnh BCoV cao nhỗt nhũm bờ dỵi thỏng tui (9,24%), sau đò đến nhóm bê 1-3 tháng tuổi (6,25%) Khơng phỏt hin thỗy BCoV nhũm bủ trỵng thnh 4-12 tháng tuổi Các chûng BCoV nghiên cĀu thuộc nhóm di truyền C1, nhóm di truyền vĆi chûng virus vacxin 0501 cûa Hàn Quốc LỜI CẢM ƠN Nghiên cu ny ỵc thc hin t ngun kinh phớ cỷa ti cỗp Hc vin Nghiờn cu s lỵu hnh cûa Bovine Coronavirus gây tiêu chây đàn bñ täi Hà Tïnh vùng phý cên” mã số đề tài: T2019-03-12 TÀI LIỆU THAM KHẢO Abi K.M & Tang C (2019) Emergence of a novel bovine coronavirus strain with recombinat hemagglutinin/esterase gene in dairy calves in China.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MK0 95186.1 Ammar S.S., Mokhtaria K., Tahar B.B., Amar A.A., Redha B.A., Yuva B., Mohamed H.S., Abdellatif N & Laid B (2014) Prevalence of rotavirus (GARV) and coronavirus (BCoV) associated with neonatal diarrhea in calves in western Algeria Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine 4: 318-322 Bidokhti M.R., Tråvén M., Krishna NK., Munir M., Belák S., Alenius S & Cortey M (2013) Evolutionary dynamics of bovine coronaviruses: natural selection pattern of the spike gene implies adaptive evolution of the strains Journal of General Virology 94: 2036-2049 Bidokhti M.R , Tråvén M., Ohlson A., Baule C., Hakhverdyan M., Belák S., Liu L., Alenius S (2012) Tracing the transmission of bovine coronavirus infections in cattle herds based on S gene diversity The Veterinary Journal 193: 386-390 Bok M., Mino S., Rodriguez D., Badaracco A., Nuñes I., Souza SP., Bilbao G., Louge Uriarte E., Galarza R., Vega C., Odeon A., Saif LJ & Parreño V (2015) Molecular and antigenic characterization of bovine Coronavirus circulating in Argentinean cattle during 1994-2010 Veterinary Microbiology 184: 221-229 Brandao P.E., Gregori F., Richtzenhain L.J., Rosales C.A., Villarreal L.Y & Jerez J.A (2006) Molecular analysis of Brazilian strains of bovine coronavirus (BCoV) reveals a deletion within the hypervariable region of the S1 subunit of the spike glycoprotein also found in human coronavirus OC43 Archives of Virology 152: 1735-1748 Chao N.V., Hoa N.X., Hai P.V & Hai P.H.S (2014) Ứng dụng phương pháp Elisa xác định nguyên nhân gây tiêu chảy bê nuôi địa bàn phường ven thành phố Huế Tạp chí Khoa học Đại học Huế 94 Gomez D.E., Arroyo L.G., Poljak Z., Viel L & Weese J.S (2017) Detection of Bovine Coronavirus in Healthy and Diarrheic Dairy Journal of Veterinary Internal Medicine 31: 1884-1891 Hansa A., Rai R.B., Wani M.Y., & Dhama K (2012) ELISA and RT-PCR Based Detection of Bovine Coronavirus in Northern India Asian Journal of Animal and Veterinary Advances 7: 1120-1129 Hasoksuz M., Lathrop S., Al-dubaib MA., Lewis P & Saif L (1999) Antigenic variation among bovine enteric coronaviruses (BECV) and bovine respiratory coronaviruses (BRCV) detected using monoclonal antibodies Archives of Virology 144: 2441-2447 923 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An Kanno T., Hatama S , Ishihara R & Uchida I (2007) Molecular analysis of the S glycoprotein gene of bovine coronaviruses isolated in Japan from 1999 to 2006 Journal of General Virology 88: 1218-1224 Kanno T., Hatama S., Ishihara R., Uchida I (2013) Antigenic variation among recent Japanese isolates of bovinecoronaviruses belonging to phylogenetically distinct genetic groups Archives of Virology 158: 1047-1053 Kanno T., Kamiyoshi T., Ishihara R., Hatama S & Uchida I (2009) Phylogenetic Studies of Bovine Coronaviruses Isolated in Japan Journal of Veterinary Medical Science 71: 83-86 Lee G., Song J.-Y., Cho I.S & Yoon S (2009) Comparison of vaccine and field strains of Bovine coronavirus in Korea https://www.ncbi.nlm.nih gov/nuccore/EU401989.1 924 Lee G & Yoon S (2009) Comparision of vaccine and field strains of bovine coronavirus in Korea https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/196174730 Park S.J., Jeong C., Yoon S.S., Choy H.E., Saif L.J., Park S.H., Kim Y.J., Jeong J.H., Park S.I., Kim H.H., Lee B.J., Cho H.S., Kim S.K., Kang M.I & Cho K.O (2006) Detection and characterization of bovine coronaviruses in fecal specimens of adult cattle with diarrhea during the warmer seasons Journal of Clinical Microbiology 44: 3178-3188 Shin J., Tark D., Le V.P., Choe S., Cha R.M., Park G.N., Cho I.S., Nga B.T.T., Lan N.T An & D.J (2019) Genetic characterization of bovine coronavirus in Vietnam Virus Genes 55: 415-420 Zhang X.M., Kousoulas K.G & Storz J (1991) Comparison of the nucleotide and deduced amino acid sequences of the S genes specified by virulent and avirulent strains of bovine coronaviruses Virology 183: 397-404 ... 921 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An Ghi chú: Dấu “.” biểu thị aa giống với trình tự chủng virus NA585 Hình So sánh trình tự aa gen S củaBCoV nghiên cứu. .. respiratory coronaviruses (BRCV) detected using monoclonal antibodies Archives of Virology 144: 2441-2447 923 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ An Kanno T., Hatama... Hymalayan Tahr1-10/01 (mã truy cêp GenBank: HM573327), (v) chûng thăc đða cổ điển Mebus (mã truy cêp GenBank: BCU00735) ć Mỹ 919 Nghiên cứu lưu hành Bovine Coronavirus gây tiêu chảy bò Hà Tĩnh Nghệ