BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC Hà Nội - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Động vật học Mã số: 60 42 10 LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS ĐẶNG TẤT THẾ Hà Nội - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn i Lời cam đoan Đề tài nghiên cứu “Mối quan hệ di truyền số quần thể chim yến sào (giống Aerodramus) Việt Nam” thực hiện, chưa công bố công trình khác Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010 Người thực Nguyễn Giang Sơn Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn ii Lời cảm ơn Đề tài nghiên cứu thực Phòng Hệ thống học phân tử Di truyền bảo tồn, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật Qua đây, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới ban lãnh đạo Viện tạo điều kiện để công việc chuyên môn đề tài tiến hành thuận lợi Khi thực đề tài, nhận động viên giúp đỡ nhiệt tình thầy cô, bạn bè đồng nghiệp Sự ủng hộ mặt tinh thần dẫn, góp ý, chia sẻ kinh nghiệm, tài liệu vô quý báu khiến thực cảm kích, biết ơn Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới NCVC TS Đặng Tất Thế, người thầy tận tình hướng dẫn trình hoàn thiện luận văn Tôi vô biết ơn ThS Phạm Đỗ Loan, người quan tâm giúp đỡ công tác học tập Cuối cùng, cảm ơn gia đình, người thân bên tôi, hậu phương, động lực để vượt qua khó khăn Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010 Học viên Nguyễn Giang Sơn Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn iii MỤC LỤC Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt v Danh mục bảng vi Danh mục hình vii MỞ ĐẦU PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Các nghiên cứu chim yến 1.1.1 Khái quát phân loại học 1.1.2 Các vấn đề phân loại chim yến sào a Tình hình nghiên cứu nước b Tình hình nghiên cứu nước 11 1.2 Cách tiếp cận thiết kế nghiên cứu 14 1.2.1 Ứng dụng kỹ thuật phân tử DNA nghiên cứu hệ thống học 14 1.2.2 Sử dụng hệ gen ty thể nghiên cứu hệ thống học 16 PHẦN II: NGUYÊN LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 Nguyên liệu 19 2.1.1 Mẫu vật nghiên cứu 19 2.2.2 Các trình tự gen sử dụng nghiên cứu 20 2.2.3 Một số hóa chất, vật tư sử dụng nghiên cứu 21 2.2.4 Một số thiết bị sử dụng nghiên cứu 21 2.2 Nội dung phương pháp nghiên cứu 23 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 23 2.2.2 Lựa chọn locus, thiết kế mồi điều kiện thí nghiệm 24 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn iv 2.2.3 Phân tích kết 27 PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 29 3.1 Nhân vùng gen đích PCR 29 3.2 Giải trình tự đoạn gen đích từ mẫu nghiên cứu 30 3.3 Mô hình phân tích 48 3.4 Mối quan hệ di truyền quần thể 49 3.4.1 Đánh giá đa dạng di truyền 49 a Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến đảo 52 b Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến nhà 53 3.4.2 Sự phân hóa quần thể 53 3.4.3 Tổng hợp quan hệ phát sinh chủng loại 57 3.4.4 Vị trí phân loại nhóm chim yến đảo chim yến nhà 62 3.4.5 Mối quan hệ di truyền phân loài chim yến tổ trắng 63 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71 TÀI LIỆU THAM KHẢO 73 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn v Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt BLAST: Basic Local Alignment Search Tool BI: Bayesian Inference bp: base pair ctgk: tác giả khác DNA: Deoxyribo Nucleotide Acid EDTA: Ethylene Diamine Tetraacetic Acid ME: Minimum Evolution ML: Maximum Likelihood MP: Maximum Parsimony mtDNA: mitochondrion DNA NJ: Neighbor Joining OD260(280): Optical Density at 260nm (280nm) PCR : Polymerase Chain Reaction RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn vi Danh mục bảng Bảng 2.1 Danh sách mẫu vật nghiên cứu 20 Bảng 2.2 Các trình tự gen tham khảo 20 Bảng 2.3 Thành phần PCR 25 Bảng 2.4 Chu trình PCR 25 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng giải trình tự 26 Bảng 2.6 Chu trình phản ứng giải trình tự 26 Bảng 3.1 So sánh trình tự nucleotide 30 Bảng 3.2 Thành phần nucleotide mẫu chim yến đảo 42 Bảng 3.3 Thành phần nucleotide mẫu chim yến nhà 43 Bảng 3.4 So sánh trình tự amino axit 44 Bảng 3.5 Những khác biệt trình tự nucleotide chim yến đảo chim yến nhà 60 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn vii Danh mục hình Hình 1.1 Bản đồ phân bố loài giống Aerodramus Hình 1.2 Cấu trúc gen ty thể động vật có xương sống 17 Hình 2.1 Địa điểm thu mẫu 19 Hình 2.2 Sơ đồ nghiên cứu 23 Hình 3.1 Ảnh điện di sản phẩm PCR 29 Hình 3.2 Ma trận khoảng cách di truyền trình tự nghiên cứu 51 Hình 3.3 Cây phát sinh chủng loại ME 54 Hình 3.4 Cây phát sinh chủng loại MP 55 Hình 3.5 Cây phát sinh chủng loại ML 58 Hình 3.6 Ma trận khoảng cách di truyền trình tự phân loài chim yến tổ trắng 65 Hình 3.7 Cây phát sinh phân loài chim yến tổ trắng A fuciphagus 67 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn MỞ ĐẦU Hiện nay, chim yến đối tượng quan tâm đặc biệt nguồn lợi yến sào Các đảo, hang yến, nhà yến địa điểm hấp dẫn du lịch Bên cạnh đó, chim yến thiên địch nhiều loài côn trùng gây hại rầy nâu, mối… Nuôi yến vừa trực tiếp mang lại giá trị kinh tế vừa giúp bảo vệ mùa màng, giữ cân sinh thái Chim yến cho tổ có giá trị bao gồm số loài phân loài, phân bố nhiều vùng lãnh thổ rộng giới, Đông Nam Á khu vực cư trú quần thể chim yến sào với số lượng lớn Chim yến sào cư trú Việt Nam có lịch sử lâu đời, chúng làm tổ tập đoàn hang động tự nhiên đảo ven biển Tổ chim yến định giá cao thị trường Nhu cầu tiêu thụ lớn đặt áp lực lên quần thể tự nhiên Một số quần thể bị khai thác mức dẫn đến suy giảm số lượng Thời gian gần đây, xuất nhiều đàn chim yến sào vào làm tổ công trình xây dựng, đất liền Đây hội phát triển kinh tế địa phương Tuy nhiên, vấn đề bảo tồn lưu giữ nguồn gen quý loài trở nên cấp thiết thông tin phân loại nguồn gốc quần thể chưa rõ ràng Trong phương pháp phân loại truyền thống dựa đặc điểm hình thái thường khó khăn phân biệt loài đồng hình tiếp cận thông tin phân loại loài phân tích di truyền lại hiệu việc tìm hiểu đặc điểm phân biệt quần thể Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read ... CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Động vật học Mã số: 60... 48 3.4 Mối quan hệ di truyền quần thể 49 3.4.1 Đánh giá đa dạng di truyền 49 a Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến đảo 52 b Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến nhà ... - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn i Lời cam đoan Đề tài nghiên cứu Mối quan hệ di truyền số quần thể chim yến sào (giống Aerodramus) Việt Nam thực