ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC NGUYỄN VĂN QUỲNH ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU BẠCH ĐÀN TRẮNG CÓ KHẢ NĂNG KHÁNG BỆNH ĐỐM LÁ KHÁC NHAU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ RAPD LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thái Nguyên – 2013 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC NGUYỄN VĂN QUỲNH ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU BẠCH ĐÀN TRẮNG CÓ KHẢ NĂNG KHÁNG BỆNH ĐỐM LÁ KHÁC NHAU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ RAPD Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60 42 0201 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS CHU HOÀNG HÀ Thái Nguyên – 2013 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận văn hoàn toàn thực nghiên cứu thân hướng dẫn PGS.TS Chu Hoàng Hà, Phòng Công nghệ Tế bào Thực vật - Viện Công nghệ Sinh học Các hình ảnh, số liệu, kết nêu luận văn trung thực, thu trình nghiên cứu chưa công bố công trình nghiên cứu khác Tôi xin cam đoan thông tin trích dẫn khóa luận rõ nguồn gốc Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn thạc sĩ này, nỗ lực phấn đấu thân, nhận nhiều giúp đỡ, hướng dẫn tận tình cá nhân, tập thể đơn vị khác Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến PGS.TS Chu Hoàng Hà, Phòng Công nghệ Tế bào thực vật, Viện Công nghệ sinh học – người thầy tận tình hướng dẫn, bảo, dìu dắt, giúp đỡ thời gian học tập hoàn thành khóa luận Tôi xin bày tỏ lòng cảm ơn chân thành tới TS Lê Văn Sơn, KS Hồ Mạnh Tường với tập thể cán phòng Công nghệ Tế bào thực vật, Viện Công nghệ sinh học nhiệt tình giúp đỡ, truyền đạt nhiều kinh nghiệm quý báu cho suốt thời gian làm luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn phòng đào tạo thầy cô giáo Cơ sở đào tạo sau Đại học khoa học – Đại học Thái Nguyên quan tâm, tạo điều kiện thuận lợi cho trình học tập Cuối xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè người bên cạnh động viên, quan tâm giúp đỡ suốt trình học tập thực đề tài Thái Nguyên, ngày tháng năm 2013 Học viên Nguyễn Văn Quỳnh Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC BẢNG iv DANH MỤC HÌNH .v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT vi MỞ ĐẦU Rút ngắn thời gian đánh giá dòng, giảm bớt khối lượng công việc lai tạo vườn ươm, kết hợp phương pháp đánh giá vườn ươm nhanh chóng xác định, chọn lọc tổ hợp lai cho suất cao CHƯƠNG I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .4 1.1 Tổng quan bạch đàn .4 1.1.1 Đặc điểm phân loại .4 1.1.2 Đặc điểm hình thái .5 1.1.3 Đặc điểm phân bố .6 1.1.4 Đặc điểm kinh tế 1.2 Những nghiên cứu chọn tạo giống bạch đàn lâm nghiệp 1.2.1 Các nghiên cứu giới .7 1.2.2 Các nghiên cứu Việt Nam 10 1.3 Một số đặc điểm tình hình nghiên cứu bệnh đốm bạch đàn .13 1.3.1 Triệu trứng đặc điểm hình thái nấm bệnh 13 1.3.2 Tình hình nghiên cứu bệnh đốm bạch đàn .14 1.4 Các loại thị phân tử chọn giống .16 1.4.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) 16 1.4.2 Chỉ thị AFLP (Amplified fragment length polymorphism) .17 1.4.3 Chỉ thị SSR (Single Sequence Repeat hay Microsatelite) 20 1.4.4 Kỹ thuật RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) .20 CHƯƠNG II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .24 2.1 Vật liệu phương pháp nghiên cứu .24 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 24 2.1.2 Hóa chất thiết bị 25 2.2 Phương pháp nghiên cứu 27 2.2.1 Tách chiết DNA tổng số bạch đàn .27 2.2.2 Phương pháp đo nồng độ DNA quang phổ kế 28 2.2.3 Phương pháp PCR với mồi RAPD .28 2.2.4 Phương pháp điện di gel agarose 29 2.2.5 Phương pháp phân tích số liệu RAPD .30 CHƯƠNG III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 31 3.1 Kết tách chiết DNA tổng số 31 3.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu bạch đàn nghiên cứu .38 CHƯƠNG IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO 49 PHỤ LỤC 58 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iv DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Ký hiệu mẫu bạch đàn sử dụng nghiên cứu 24 Bảng 2.2 Tên trình tự 10 mồi RAPD sử dụng nghiên cứu 26 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng RAPD – PCR 28 Bảng 3.1 Kết đo độ hấp thụ bước sóng 260 nm, 280 nm nồng độ DNA tổng số 20 mẫu Bạch đàn trắng 33 Bảng 3.2 Sự đa hình 10 mồi RAPD nhận sau chạy PCR với DNA tổng số 20 mẫu bạch đàn trắng 38 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Hình ảnh bạch đàn trắng mọc tự nhiên .4 Hình 1.2 Bào tử nấm Cryptosporiopsis eucalypti soi kính hiển vi 13 Hình 1.3 Hình ảnh bạch đàn bị bệnh đốm nấm Cryptosporiopsis eucalypti gây 14 Hình 3.1 Kết điện di DNA tổng số 20 giống bạch đàn trắng 32 Hình 3.2 Điện di sản phẩm PCR-RAPD giống bạch đàn trắng với mồi OPG13 (M: Marker kb, giếng 1-20: tương ứng giống BD1-BD20) 34 Hình 3.3 Điện di sản phẩm PCR-RAPD giống bạch đàn trắng với mồi OPB10 (M: Marker kb, giếng 1-20: tương ứng giống BD1-BD20) 35 Hình 3.4 Điện di sản phẩm PCR-RAPD giống bạch đàn trắng với mồi OPR08 (M: Marker kb, giếng 1-20: tương ứng giống BD1-BD20) 35 Hình 3.5 Sản phẩm PCR-RAPD 20 giống bạch đàn trắng với mồi RA31 (M: Marker kb, giếng 1-20: tương ứng giống BD1-BD20) 36 Hình 3.6: Điện di sản phẩm PCR-RAPD giống bạch đàn trắng với mồi RA50 (M: Marker kb, giếng 1-20: tương ứng giống BD1-BD20) .37 Bảng 3.3 Bảng hệ sống tương đồng di truyền 20 giống bạch đàn trắng .40 Hình 3.7 Biểu đồ quan hệ di truyền giống bạch đàn trắng (gồm nhóm phân nhóm phụ) 42 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ vi DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DNA Deoxyribonucleic acid RAPD Random Amplified Polymorphic DNA SSR Simple Sequence Repeat AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism PCR Polymerase chain reaction PIC Polymorphic Information Content EtBr Ethidium Bromide cs Cộng kb kilo base CTAB Cetyltrimethyl amoniumbromide EDTA Ethylene Diamin Tetra Acetate dNTP Deoxynucleosid triphosphat TAE Tris-acetate-EDTA Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Bạch đàn số loài rừng trồng Việt Nam, trồng hầu hết tỉnh thành nước Trong đó, bạch đàn trắng Eucalyptus camaldulensis có phân bố tự nhiên rộng số loài bạch đàn Theo số liệu kiểm kê rừng Việt Nam tính đến tháng 12 năm 2006 nước có 2.333.000 rừng trồng loại diện tích rừng trồng loài bạch đàn chiếm 348.001 Bạch đàn trồng để phủ xanh đồi trọc vùng núi trung du để cải tạo đầm lầy, trồng bạch đàn xen kẽ với họ Ðậu keo tràm, keo tai tượng keo giậu để bù đắp chất đạm cho đất Gỗ bạch đàn sử dụng để đóng đồ gia dụng, công nghiệp dùng làm nguyên liệu giấy Ngoài ra, bạch đàn trắng Eualyptus camaldulensis giàu cineol (lá có tinh dầu: 1,3 - 2,25%) Lá bạch đàn trắng bạch đàn liễu để thay bạch đàn xanh (E globulus) loại sử dụng lâu đời nước châu Âu Dạng dùng: thuốc hãm, thuốc xông, pha chế thành dạng bào chế xiro cồn bạch đàn, dùng để chữa ho, sát khuẩn đường hô hấp, chữa bệnh nhiễm khuẩn đường hô hấp, ho, hen, v.v Tinh dầu bạch đàn dùng kỹ nghệ hương liệu để sản xuất nước hoa loại chất thơm khác có mùi thơm tự nhiên hoa, thay tinh dầu sả Java (Cymbopogon winterianus Jowitt) Do vậy, việc trồng bạch đàn trắng giúp phủ xanh đồi trọc đất trống mà mang lại hiệu kinh tế lớn Tuy nhiên, từ cuối năm 1980, đầu năm 1990 đến có nhiều dịch bệnh số loại nấm bệnh (như nấm Cryptosporiopsis eucalypti, Cylindrocladium quinqueseptatum – loài nấm nguy hiểm bạch đàn Việt Nam) gây bạch đàn tỉnh thuộc vùng Đông nam (Đồng Nai, Bình Dương, Bình Phước), Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ tỉnh miền trung (Quảng Nam, Đà Nẵng Thừa Thiên Huế) hay tỉnh miền bắc (Phú Thọ, Tuyên Quang) diện tích rừng trồng bạch đàn bị suy giảm Đã có số công trình nghiên cứu khảo nghiệm để chọn giống/dòng bạch đàn kháng bệnh đến đạt số kết định xác định dòng bạch đàn SM16, SM23, SM7, EF24, EF39, EF55 vừa có sinh trưởng nhanh vừa có tính kháng bệnh công nhận giốn tiến kĩ thuật giống quốc gia Tuy nhiên, việc khảo nghiệm trường có thời gian dài (từ 5-10 năm) tốn thời gian kinh phí Ngược lại, chọn giống kháng bệnh thị phân tử tiết kiệm thời gian kinh phí nhiều Trong lĩnh vực lâm nghiệp việc ứng dụng thị phân tử nghiên cứu hạn chế, chưa có công trình nghiên cứu sử dụng phương pháp thị phân tử để chọn giống bạch đàn hay loài rừng kháng bệnh Việt Nam Trên giới có nhiều công trình ứng dụng thị phân tử RAPD, AFLP, SSR để chọn giống trồng kháng bệnh nông nghiệp lâm nghiệp Trong kỹ thuật RAPD công cụ hữu hiệu bước đầu để chọn giống trồng mang tính trạng mong muốn, Vì thị phân tử RAPD thích hợp cho chọn tạo giống bạch đàn trắng kháng bệnh đốm Xuất phát từ lý tiến hành đề tài: “Đánh giá đa dạng di truyền số mẫu bạch đàn trắng có khả kháng bệnh đốm khác thị phân tử RAPD” Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 48 phát triển cho suất chất lượng cao Hai giống có khác biệt kiểu kiểu gen nên tiến hành lai tạo Kiến nghị Sử dụng thêm nhiều mồi RAPD để tiếp tục nghiên cứu xuất xứ khác nhau, từ có phân tích sâu toàn diện đa dạng di truyền loài bạch đàn trắng Việt Nam Sử dụng thêm loại thị phân tử để phân tích đa dạng di truyền loài bạch đàn trắng để có kết luận tốt mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu, điều giúp cho việc chọn giống trở nên dễ dàng hiệu Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt Đinh Thị Phòng Ngô Thị Lam Giang (2008) “ Phân tích mối quan hệ di truyền 19 giống đậu tương thị RAPD” Tạp chí Công nghệ Sinh học 6(13): 327-334 Hoàng Văn Thắng (2005) Nghiên cứu xây dựng mô hình trồng rừng hỗn loài loài rộng địa đất rừng thoái hoá tỉnh phía Bắc Báo cáo tổng kết đề tài, Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam Hồ Huỳnh Thùy Dương (2008) “Sinh học phân tử” Nhà xuất Giáo dục Nguyễn Đức Thuận, Nguyễn Thị Lang (2006), "Đánh giá đa dạng di truyền đậu nành phương pháp RAPD marker phân tử", Tạp chí Nông nghiệp Phát triển Nông thôn, kỳ tháng 3/2006: 65-68 Nguyễn Hoàng Nghĩa, Trần Quốc Trọng Nguyễn Đức Thành (2005) Kết bước đầu đánh giá đa dạng di truyền ba xuất xứ Lim xanh bàng thị RAPD DNA lục nạp Tạp chí Phát triển Nông thôn 65: 80-81 Nguyễn Trần Nguyên (1999) Early Growth and diseases assessment of a Eucalyptus camaldulensis progeny trial in the south-east of Viet Nam Professional Attachment Report of Australian Tree Seed Center, CSIRO Forestry and Forest Products Nguyễn Việt Cường, Phạm Đức Tuấn, Nguyễn Đức Thành (2007), Ứng dụng chi thị phân tử (RAPD DNA lục nạp) nghiên cứu đa dạng di truyền trội lựa chọn cặp bố mẹ để xây dựng vườn giống Keo tai Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 50 tượng Acacia mangium Tạp chí Nông nghiệp Phát triển Nông thôn 16: 56-59 Nguyễn Vĩnh Phúc Nguyễn Thị Lang (2005) Ứng dụng thị phân tử để đánh giá gen bệnh bạc (Bacterial Leaf Blight) lúa Orzasativa L Tạp chí Nông nghiệp Phát triển Nông thôn: 17: 28-30 Lê Duy Thành (2001), Cơ sở di truyền chọn giống thực vật, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội 10.Trần Hồ Quang, Nguyễn Văn Lâm, Trần Bá Lực, Ngô Thị Minh Duyên, Mai Phương Thúy, 2009 Đánh giá cấu trúc quần di truyền vườn giống bạch đàn urô (Eucalypytus urophylla) làm sở chọn giống Tạp chí Nông nghiệp phát triển nông thôn 140, 82-85 11 Trần Hồ Quang, Trần Thanh Trăng (2012) “Chọn tạo giống Bạch đàn trắng (Eucalyptus camaldulensis) kháng bệnh đốm (Cryptosporiopsis eucalypti) thị phân tử” Báo cáo tổng kết đề tài, Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam 12.Trịnh Đình Đạt (2008) Sách “Công nghệ sinh học- Tập 4- Công nghệ di truyền” (Tái lần thứ hai), NXB Giáo dục 13 Trương Quang Vinh, Nguyễn Thị Tâm, Đỗ Tiến Phát, Nguyễn Thành Danh (2008), "Đánh giá đa hình DNA số giống khoai tây (Solanumtuberosum L.) kỹ thuật RAPD", Tạp chí nông nghiệp phát triển nông thôn, số tháng 1/ 2008: 20 - 25 14.Võ Đại Hải, Nguyễn Xuân Quát,Trần Văn Con, Đặng Thịnh Triều (2006) Trồng rừng sản xuất miền núi phía Bắc, từ nghiên cứu đến phát triển Nhà xuất Nông nghiệp, 199 trang Tài liệu nước ngoài: Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 51 15.Agrama, H.A., George, T.L., Salah, S.F., 2002 Construction of genome map for Eucalyptus camaldulensis DEHN Silvae Genetica 51, 201-206 16.Akkaya M S., Bhagwat A A., & Cregan P B (1992), Length polymorphism of simple sequence repeat DNA in soybean, Genetic 132:1131-1139 17.Barlow, B.A (1991) The Australian flora: its origin and evolution In Flora of Australian 18.Blum, L.E.B., Dianese, J.C and Costa, C.L (1992) Comparative pathology of Cylindrocladium clavatum and C scoparium on Eucalyptus spp And screening of Eucalyptus provenances for sesistance to Cylindrocladium damping-off Tropical Pest Management 38: 2155-2159 19.Brondani, R.P.V., Brondani, C., Grattapaglia, D., 2002 Towards a genuswide reference linkage map for Eucalyptus based exclusively on highly informative microsatellite markers Mol Genet Genomics 267, 338-347 20.Brondani, R.P.V., Brondani, C., Tarchini, R., Grattapaglia, D., 1998 Development, characterization and mapping of microsatellite markers in Eucalyptus grandis and E-urophylla Theor Appl Genet 97, 816-827 21.Brondani, R.P.V., Williams, E.R., Brondani, C., Grattapaglia, D., 2006 A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus BMC Plant Biol 6, 22.Brooker, M.I.H., 2000 A new classification of the genus Eucalyptus L'Her (Myrtaceae) Aust Syst Bot 13, 79-148 23.Bundock, P.C., Hayden, M., Vaillancourt, R.E., 2000 Linkage maps of Eucalyptus globulus using RAPD and microsatellite markers Silvae Genetica 49, 223-232 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 52 24.Bundock, P.C., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2008 Detection and stability of quantitative trait loci (QTL) in Eucalyptus globulus Tree Genet Genomes 4, 85-95 25.Byrne, M., Hines, B., 2004 Phylogeographical analysis of cpDNA variation in Eucalyptus loxophleba (Myrtaceae) Aust J Bot 52, 459-470 26.Cupertino, F.B., Leal, J.B., Vidal, P.O., Gaiotto, F.A., 2009 Parentage testing of hybrid full-sib families of Eucalyptus with microsatellites Scand J Forest Res 24, 2-7 27.Freeman, J.S., Whittock, S.P., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2009 QTL influencing growth and wood properties in Eucalyptus globulus Tree Genet Genomes 5, 713-722 28.Gaiotto, F.A., Bramucci, M., Grattapaglia, D., 1997 Estimation of outcrossing rate in a breeding population of Eucalyptus urophylla with dominant RAPD and AFLP markers Theor Appl Genet 95, 842-849 29.Grattapaglia, D., Bertolucci, F.L.G., Penchel, R., Sederoff, R.R., 1996 Genetic mapping of quantitative trait loci controlling growth and wood quality traits in Eucalyptus grandis using a maternal half-sib family and RAPD markers Genetics 144, 1205-1214 30.Grattapaglia, D., Bradshaw, H.D., 1994 Nuclear DNA content of commercially important Eucalyptus species and hybrids Canadian Journal of Forest Research 24, 1074-1078 31.Iglesias-Trabado, G., Wilstermann, D., 2008 Eucalyptus universalis Global cultivated eucalypt forests map 2008 Version 1.0.1 In GIT Forestry Consulting’s EUCALYPTOLOGICS: Information resources on Eucalyptus cultivation worldwide Retrieved from [Mar 29th 2009] Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 53 32.Gaiotto, F.A., Bramucci, M., Grattapaglia, D., 1997 Estimation of outcrossing rate in a breeding population of Eucalyptus urophyllawith dominant RAPD and AFLP markers Theor Appl Genet 95, 842-849 33.Galderisi, U., M Cipollaro, et al (1999) "Identification of hazelnut (Corylus avellana) cultivars by RAPD analysis." Plant Cell Rep 18: 652655 34.Grattapaglia, D and Sederoff, R(1994) Genetic linkage maps of Eucalyptus grandis and Eucalyptus urophylla using Pseudo-Testcross: Mapping strategy and RAPDs marker Gentetics 137: 1121-1137 35.Harkins, D.M., Johnson, G.N., Skaggs, P.A., Delfino-Mix, A., Dupper, G.E., Devey, M.E., Kinloch, B.B., Neale, D.B (1998) Saturation mapping of a major gene for resistance to white pine blister rust in sugar pine Theor Appl Genent 97: 1335-1360 36.Jones, R.C., McKinnon, G.E., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2005 Genetic diversity and mating system of an endangered tree Eucalyptus morrisbyi Aust J Bot 53, 367-377 37.Junghans, D.T., Alfenas, A.C., Brommonschenkel, S.H., Oda, S., Mello, E.J., Grattapaglia, D., 2003 Resistance to rust (Puccinia psidii Winter) in Eucalyptus: mode of inheritance and mapping of a major gene with RAPD markers Theor Appl Genet 108, 175-180 38.Keil, M., Griffin, A.R., 1994 Use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers in the discrimination and verification of genotypes in Eucalyptus Theor Appl Genet 89, 442–450 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 54 39.Kha, L.D., Thinh, H.H., Cuong, N.V., 2003 Improvement of eucalypts for reforestation in Vietnam in Turnbull J (Ed.) Eucalypts in Asia ACIAR Proceedings 111, 71-81 40.Kirst, M., Cordeiro, C.M., Rezende, G., Grattapaglia, D., 2005 Power of microsatellite markers for fingerprinting and parentage analysis in Eucalyptus grandis breeding populations J Hered 96, 161-166 41.Li Z., & Nelson R L., (2002), RAPD marker diversity among cultivated and wild soybean accessions from four Chinese provinces Crop Science 42: 1737 - 1744 42.Michelmore, R W., Paran, and Kesseli, R V (1991) Identification of markers linked todisease-resistance genes by bulked segregant analysis: A rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations Proc Natl Acad Sci USA 88: 9828-9832 43.Nemann, F.G and Mark, G.C (1976) A synopsis of important pests and diseases in Australia forests nurseries Australian Forestry 39:83-102 44.Newcombe G Bradshaw H.D Chastagner G.A Stettler R.F (1996) A major gene for resistance to Melampsora medusa f sp Deltoidae in a hybrid poplar pedigree Phytopathology 86: 87-94 45.Marques, C.M., Brondani, R.P.V., Grattapaglia, D., Sederoff, R., 2002 Conservation and synteny of SSR loci and QTLs for vegetative propagation in four Eucalyptus species Theor Appl Genet 105, 474-478 46.Ottewell, K.M., Donnellan, S.C., Moran, G.F., Paton, D.C., 2005 Multiplexed microsatellite markers for the genetic analysis of Eucalyptus leucoxylon (Myrtaceae) and their utility for ecological and breeding studies in other Eucalyptus species J Hered 96, 445-451 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 55 47.Old, K.M., Dudzinski, M.J and Phạm Quang Thu (1999) Technical Worshop on Eucalypt Diseases (CSIRO Forestry and Forest Products, Canberra, and Forest Science Institute of Vietnam, Hanoi) 48.Paulo S (2004), Genetic diversity among maize (Zea may L.) landraces assessed by RAPD markers Genetics and molecular biology 27(2): 228236 49.Potts, B.M., Wiltshire, R.J.E., 1997 Eucalyptus genetics and genecology in Eucalyptus ecology: individuals to ecosystem, edited by J.E Williams & J C Z Woinarski University Press, Cambridge, UK 56-91 50.Pryor, L.D (1976) The Biology of Eucalypts (Edward Arnold: London) 51.Pryor, L.D and Johnson, L.A.S (1981) Eucalyptus, the universal Australian In Ecological Biography of Australian (Ed A Keast) pp 449536 (W Junk: The Hague) 52.Ranade R., & Gopalakrishna T (2001), Characterization of blackgram [Vigna mungo (L.) Hepper] varieties using RAPD Plant varieties & Seeds 14(3): 227-233 53.Rossi R L (2003), First report of Phakopsora pachyrhizi, the causal organism of soybean rust in the province of Misiones, Argentina Plant Dis 87, 102 54.Rungis, D., Berube, Y., Zhang, J., Ralph, S., Ritland, C.E., Ellis, B.E., Douglas, C., Bohlmann, J., Ritland, K., 2004 Robust simple sequence repeat markers for spruce (Picea spp.) from expressed sequence tags Theor Appl Genet 109, 1283-1294 55.Sharma, J.K., Mohanan, C and Florence, E.J.M (1985) Disease survey in nurseries and plantatintons of forest tree species grown in Kerala Research Repost 36 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 56 56.Steane, D.A., Vaillancourt, R.E., Russell, J., Powell, W., Marshall, D., Potts, B.M., 2001 Development and characterisation of microsatellite loci in Eucalyptus globulus (Myrtaceae) Silvae Genetica 50, 89-91 57.Verma D P S., & Shoemaker R C (1996), Soybean, genetics, molecular biology and biotechnology, Cab International, pp 37-40 58.Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., Vandelee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M., Zabeau, M., 1995 AFLP: a new technique for DNA fingerprinting Nucleic Acids Res 23, 4407-4414 59.Weber, J.L., May, P.E., 1989 Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction American Journal of Human Genetics 44, 388-396 60.Welsh, J., McClelland, M., 1990 Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers Nucleic Acids Res 1990, 7213-7218 61.White, T.L., Adams, W.T., Neale, D.B., 2007 Forest genetics CABI Publishing, CAB International, Wallingford, UK 62.Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., Tingey, S.V., 1990 DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers Nucleic Acids Res 18, 6531-6535 63.Williams, K and Potts, B.M (1996) The natural distribution of Eucalyptus species in Tsmania Tasforests 8: 39-164 64.Yasodha, R., Sumathi, R., Chezhian, P., Kavitha, S., Ghosh, M., 2008 Eucalyptus microsatellites mined in silico: survey and evaluation Journal of Genetics 87, 21-25 65.Zhou S., Sauve R., & Thannhauser T W (2009), Proteome changes induced by aluminium stress in tomato roots J Exp Bot 60: 1849-18 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 57 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 58 PHỤ LỤC Một số sản phẩm đa hình giống bạch đàn trắng nghiên cứu MỒI OPG13 0.25kb 0.3kb 0.35kb 0.4kb 0.45kb 0.5kb 0.6kb 0.65kb 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 10 0 0 1 11 1 1 0 12 1 1 0 13 0 1 1 14 1 1 0 15 1 1 0 16 1 1 1 1 17 1 1 1 18 0 1 1 19 0 1 0 20 1 1 0 Bảng Sản phẩm đa hình RAPD 20 giống bạch đàn trắng với mồi OPG13 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 59 MỒI OPB10 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 0.35kb 0.4kb 0.45kb 0.5kb 0.55 0.6 0.8 0.95 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 Bảng Sản phẩm đa hình RAPD 20 giống bạch đàn trắng với mồi OPB10 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 60 Một số hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD với mồi khác Hình 1: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RADP với mồi OPD20 Hình 2: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RADP với mồi OPF09 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 61 Hình 3: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RADP với mồi OPG09 Hình 4: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RADP với mồi RA45 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 62 Hình 5: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RADP với mồi RA46 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ [...]... Nguyễn Thị Lang và cs kết hợp phân tích đánh giá kiểu hình và đánh giá kiểu gen nhờ chỉ thị RAPD để phân tích đa dạng di truyền của 14 mẫu giống Dưa leo (Cucumis spp.) được sưu tập tại Đồng bằng sông Cửu long, kết quả đánh giá kiểu gen cho thấy các giống Dưa leo có sự sai khác về mặt di truyền, mức sai khác từ 0,33 đến 0,66 Tác giả Nguyễn Hoàng Nghĩa và cs (2007) sử dụng chỉ thị RAPD phân tích đa dạng di. .. dụng chỉ thị phân tử để nhận biết loài bạch đàn Eucalyptus grandis kháng bệnh rỉ sắt (Puccinia psidii Winter) Phương pháp được sử dụng là phân tích đa hình RAPD và phân tích bằng phương pháp BSA Ngoài ra, các chỉ thị RAPD còn được sử dụng trong chọn giống thực vật Gần đây, các nhà nghiên cứu còn khám phá một loạt các chỉ thị RAPD liên kết với gen kháng bệnh thối thân ở loài cải, gen kháng bệnh xoăn lá. .. dụng chỉ thị phân tử để nhận biết loài bạch đàn Eucalyptus grandis kháng bệnh rỉ sắt (Puccinia psidii Winter) Bệnh rỉ sắt là một trong những bệnh bạch đàn nguy hiểm nhất ở Brazil và cũng được xem như là loại bệnh nguy hiểm tiềm năng trên toàn thế giới Trong công trình nghiên cứu này, nhóm tác giả đã sử dụng một tổ hợp gồm 10 gia đình cây bạch đàn được lai chéo nhau giữa cây bạch đàn kháng bệnh và cây bạch. .. kỹ thuật RAPD được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu đa dạng di truyền Nhiều nghiên cứu đã cho thấy, RAPD là một phương pháp có hiệu quả trong việc xác định kiểu gen, phân tích quần thể và nguồn gốc loài, nghiên cứu di truyền và lập bản đồ di truyền Phương pháp này còn được ứng dụng trong việc đánh giá bộ gen của giống và khả năng phân tích Một số công trình nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử RAPD: Trên...3 2 Mục tiêu nghiên cứu + Xác định đa dạng và mối quan hệ di truyền của các giống bạch đàn nghiên cứu 3 Nội dung nghiên cứu + Tách chiết DNA tổng số của 20 mẫu bạch đàn khác nhau + Sử dụng kỹ thuật RAPD phân tích các mẫu DNA tổng số thu được với 10 mồi RAPD + Xây dựng biểu đồ biểu di n mối tương quan di truyền của các xuất xứ bạch đàn bằng phần mềm NTSYSpc 2.1 4 Ý nghĩa khoa học và thực... khảo nghiệm các loài bạch đàn ở Kerala và đã tìm ra loài E brassiana cũng có khả năng kháng bệnh cháy lá do nấm Cylindrocladium reteaudii gây ra [54] Tại Braxin, bệnh loét thân bạch đàn loài nấm Cryphonectria gây bệnh nghiêm trọng cho nhiều loài bạch đàn trồng ở nước này, do đó các nhà khoa đã tiến hành khảo nghiệm các dòng bạch đàn để tìm ra dòng có khả năng kháng bệnh này, kết quả cho thấy dòng bạch. .. làm tán lá bẹt lại, ảnh hưởng đến sự sinh trưởng về chiều cao của cây Khi bị bệnh nặng, rừng bạch đàn bị rụng lá, chỉ còn một số ít tập trung trên phía ngọn, số lá còn lại bị sần sùi và biến dạng Hình 1.3 Hình ảnh lá bạch đàn bị bệnh đốm lá do nấm Cryptosporiopsis eucalypti gây ra 1.3.2 Tình hình nghiên cứu bệnh đốm lá ở bạch đàn 1.3.2.1 Các nghiên cứu trên thế giới Quy mô trồng rừng bạch đàn trên... bạch đàn lai giữa E.grandis x E.urophylla có khả năng kháng rất cao Các nhà chọn giống cũng tiến hành khảo nghiệm các dòng lại giữa các loài bạch đàn để tìm ra dòng kháng bệnh loét thân do nấm Coniothyrium zuluense gây ra, kết quả chỉ ra các dòng lai giữa E.grandis x E.camaldulensis và E.grandis x E.urophylla có khả năng kháng bệnh rất cao Ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống cây trồng kháng bệnh. .. tuân theo quy luật của Melden (tỷ lệ 1:1) Để xác định các chỉ thị phân tử liên quan đến đoạn gen (locus) kháng bệnh, nhóm tác giả đã sử dụng 1000 cây con bạch đàn E grandis của gia đình phân ly chuẩn (G38xG21) và 980 mồi để phân tích nghiên cứu Phương pháp phân tích đa hình RAPD và phân tích bằng phương pháp BSA được sử dụng Một bản đồ liên kết (giữa các chỉ thị RAPD và gen kháng bệnh rỉ sắt) được xây... (gen kháng bệnh Puccina psidii), nhóm này bao gồm 6 chỉ thị RAPD với 1 cửa sổ gen dài 5 cM Chỉ thị RAPD AT9/917 cùng phân ly với gen Ppr1 mà không có sự tái tổ hợp nào trong tổng số 994 phân bào Từ đây các tác giả đã xây dựng lên chỉ thị STS dùng để nhận biết gen kháng bệnh rỉ sắt đối với bạch đàn Eucalyptus grandis 1.2.2 Các nghiên cứu ở Việt Nam Công việc chọn giống bạch đàn theo tiêu chí kháng bệnh ... NGUYỄN VĂN QUỲNH ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU BẠCH ĐÀN TRẮNG CÓ KHẢ NĂNG KHÁNG BỆNH ĐỐM LÁ KHÁC NHAU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ RAPD Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60 42 0201 LUẬN... cho chọn tạo giống bạch đàn trắng kháng bệnh đốm Xuất phát từ lý tiến hành đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền số mẫu bạch đàn trắng có khả kháng bệnh đốm khác thị phân tử RAPD Số hóa Trung tâm... dạng di truyền loài bạch đàn trắng 3.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu bạch đàn nghiên cứu Hệ số tương đồng di truyền Jaccard cho ta biết mối tương quan mặt di truyền mẫu phân tích Hệ số