BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN MẠNH KIÊN NGHIÊN CỨU SỰ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA POLYMERASE CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 ĐƯƠNG NHIỄM TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành : HÓA SINH Y HỌC Mã số : 62 72 01 12 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS.TS. LÊ THANH HÒA 2. PGS.TS. ĐẶNG THỊ NGỌC DUNG HÀ NỘI – 2014 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án của mình, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới các Thầy (Cô): - PGS.TS. Lê Thanh Hòa – Viện Công nghệ sinh học, - PGS.TS. Đặng Thị Ngọc Dung – Trường Đại học Y Hà Nội, đã trực tiếp hướng dẫn, tận tình động viên và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu để hoàn thành luận án này. - Thầy Chủ tịch Hội đồng và các Thầy (Cô) trong Hội đồng chấm luận án, cùng các nhà khoa học trong cả nước, đã có nhiều ý kiến quí báu, giúp tôi hoàn thiện luận án của mình. Trong quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu và hoàn thành luận án của mình, tôi nhận được sự giúp đỡ quí báu của Nhà trường, đơn vị công tác, tập thể, các nhà khoa học, gia đình và bè bạn. Tôi xin trân trọng cảm ơn: - Ban giám hiệu Trường Đại học Y Hà Nội; Ban lãnh đạo Bệnh viện quân y 7A, Cục Hậu cần, Quân khu 7, đã tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu tại trường. - Thầy, cô và các anh, chị trong Bộ môn Hóa sinh, Phòng Quản lý đào tạo Sau đại học, Trung tâm Gen và Protein – Trường Đại học Y Hà Nội, Phòng Miễn dịch học – Viện Công nghệ sinh học, đã tạo điều kiện giúp đỡ chỉ bảo tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu và hoàn thành luận án. - Cơ quan thú y các vùng trong cả nước hết lòng ủng hộ, cung cấp mẫu bệnh phẩm và thông tin dịch bệnh giúp tôi thực hiện đề tài nghiên cứu. - Ban chủ nhiệm đề tài: “Nghiên cứu virus cúm A/H5N1 ở Việt Nam và Thái Lan: Dịch tễ phân tử, chẩn đoán và vắc-xin phòng chống”, trong khuôn khổ Nhiệm vụ “Nghị định thư hợp tác nghiên cứu với Thái Lan”, đã giúp đỡ hỗ trợ tôi kinh phí thực hiện đề tài nghiên cứu của mình. - Cuối cùng, tôi xin được cảm ơn gia đình và người thân, đã hỗ trợ động viên tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu của mình. Hà Nội, ngày …tháng 8 năm 2014 NGHIÊN CỨU SINH Nguyễn Mạnh Kiên LỜI CAM ĐOAN - Tôi xin cam đoan số liệu trong luận án là một phần số liệu đề tài nghiên cứu Nghị định thư hợp tác nghiên cứu với Thái Lan có tên: “Nghiên cứu virus cúm A/H5N1 ở Việt Nam và Thái Lan: Dịch tễ phân tử, chẩn đoán và vắc - xin phòng chống”. Phần kết quả trong đề tài luận án này là thành quả nghiên cứu của tập thể mà tôi là một thành viên chính. Tôi đã được sự đồng ý của Chủ nhiệm đề tài và toàn bộ các thành viên trong nhóm nghiên cứu, cho phép sử dụng phần số liệu trên vào trong luận án để bảo vệ lấy bằng tiến sĩ. - Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là hoàn toàn trung thực. Một phần số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận án đã được công bố trên các Tạp chí khoa học chuyên ngành, với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả. Phần còn lại chưa từng được ai công bố trong bất kì công trình nào khác. Hà Nội, ngày ….tháng 08 năm 2014 TÁC GIẢ Nguyễn Mạnh Kiên i MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cảm ơn Lời cam đoan Mục lục i Danh mục chữ viết tắt trong luận án iv Danh mục các bảng v Danh mục các hình và sơ đồ vii ĐẶT VẤN ĐỀ 1 Chương 1. TỔNG QUAN 3 1.1. ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VIRUS CÚM A 3 1.1.1. Cấu tạo chung của virus cúm A 3 1.1.2. Đặc điểm cấu tạo hệ gen của virus cúm A 4 1.1.3. Cấu tạo và chức năng của các phân đoạn RNA hệ gen virus cúm A 5 1.1.4. Đặc điểm cấu tạo và chức năng của các gen PB2, PB1 và PA 7 1.1.5. Phức hợp enzym polymerase của virus cúm A 12 1.1.6. Đặc tính biến đổi di truyền các gen và hệ gen virus cúm A 14 1.2. ĐẠI DỊCH CÚM A VÀ ĐẶC ĐIỂM BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA VIRUS CÚM A GÂY ĐẠI DỊCH CÚM Ở NGƯỜI 16 1.2.1. Các đại dịch cúm A ở người trong lịch sử 16 1.2.2. Đặc điểm biến đổi các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A gây đại dịch cúm ở người 17 1. 3. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ VÀ SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1 22 1.3.1. Đặc điểm dịch tễ virus cúm A/H5N1 22 1.3.2. Đặc điểm sinh học của virus cúm A/H5N1 26 1.4. NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1, PA LIÊN QUAN ĐỘC LỰC VÀ LÂY TRUYỀN Ở NGƯỜI CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 28 1.4.1. Trên thế giới 28 1.4.2. Tại Việt Nam 30 Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1. ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ TRANG THIẾT BỊ NGHIÊN CỨU 33 2.1.1. Đối tượng và vật liệu nghiên cứu 33 2.1.2. Dụng cụ, trang thiết bị 35 2.1.3. Các bộ kit sinh học phân tử sử dụng trong nghiên cứu 36 2.1.4. Môi trường sử dụng trong dòng hóa 36 2.1.5. Các hóa chất sử dụng trong điện di trên gel agarose 36 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 2.2.1. Kỹ thuật tách chiết ribonucleic acid tổng số 38 2.2.2. Thiết kế các trình tự mồi nucleotide sử dụng trong nghiên cứu 38 2.2.3. Kỹ thuật RT-PCR 41 2.2.4. Tinh sạch DNA sản phẩm PCR 44 2.2.5. Kỹ thuật điện di nucleic acid trên gel agarose 45 2.2.6. Kỹ thuật dòng hóa DNA 45 ii 2.2.7. Giải trình tự DNA 48 2.2.8. Xử lí, kiểm chứng, thu nhận trình tự nucleotide và amino acid của các gen nghiên cứu 50 2.3. VẤN ĐỀ ĐẠO ĐỨC TRONG NGHIÊN CỨU 52 Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 53 3.1. KẾT QUẢ THU NHẬN VÀ GIẢI TRÌNH TỰ CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 53 3.1.1. Kết quả tách chiết RNA tổng số và chuyển đổi cDNA hệ gen virus 53 3.1.2. Kết quả PCR thu nhận và dòng hóa DNA các gen PB2, PB1 và PA 54 3.1.3. Kết quả giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA 60 3.2. KẾT QUẢ SO SÁNH THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG THẾ GIỚI 61 3.2.1. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 61 3.2.1.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 61 3.2.1.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PB2 65 3.2.2. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 67 3.2.2.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 67 3.2.2.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PB1 69 3.2.2.3 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1-F2 69 3.2.2.4 Kết quả xác định trình tự khung đọc mở gen PB1-N40 73 3.2.3. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PA 73 3.2.3.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PA 73 3.2.3.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PA 77 3.3. KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 79 3.3.1. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PB2 79 3.3.2. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PB1 82 3.3.3. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PA 85 Chương 4. BÀN LUẬN 88 4.1. VỀ KẾT QUẢ THU NHẬN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 88 4.1.1. Về kết quả thu nhận các gen PB2, PB1 và PA 88 4.1.2. Về qui trình nghiên cứu thu nhận các gen PB2, PB1 và PA 88 4.2. VỀ KẾT QUẢ SO SÁNH THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID CÁC GEN PB2, PB1, PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 89 4.2.1. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 89 4.2.2. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 93 4.2.2.1 Về kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 93 4.2.2.2 Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB1-F2 94 4.2.2.3 Về kết quả xác định trình tự khung đọc mở gen PB1-N40 96 4.2.3. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PA 97 4.3. VỀ KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1, CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC iii CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 99 4.3.1. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB2 99 4.3.2. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB1 102 4.3.3. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PA 103 4.4. PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI PHỨC HỢP ENZYM POLYMERASE, TỔ HỢP CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 105 4.3.1. Về đặc điểm biến đổi phức hợp enzym polymerase liên quan bệnh học và dịch tễ học lây truyền sang người của virus cúm A/H5N1 105 4.3.2. Về nguồn gốc tổ hợp các gen PB2, PB1 và PA polymerase 108 KẾT LUẬN 114 KIẾN NGHỊ 116 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Nhãm báng s©u (40 Nhãm báng trung b× (20 Nhãm ®¾p trªn vïng BÖnh nh©n nghiªn cøu (80 Nhãm c¾t ho¹i tö (20 Nhãm m« h¹t (20 bÖnh iv DANH MỤC CÁC CHỮ, KÝ HIỆU VIẾT TẮT Chữ viết tắt/ Ký hiệu Tên đầy đủ bp base pair Da dalton DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxyribonucleotide Triphosphate ddNTP Dideoxynucleotide Triphosphate FAO Food and Agriculture Organization HA Hemagglutinin kb kilobase M Matrix protein MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis NA Neuraminidase NEP Nuclear Export Protein NP Nucleoprotein NS Non-structural protein OIE Office International des Epizooties PA Polymerase acidic protein PB1 Polymerase basic protein 1 PB2 Polymerase basic protein 2 RT-PCR Reverse transcription - polymerase chain reaction RNA Ribonucleic acid RNP Ribonucleoprotein (-) ssRNA Negative single-strand Ribonucleic Acid WHO cs. World Health Organization Cộng sự v DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1. Tóm tắt đặc tính cấu tạo 8 phân đoạn RNA hệ gen và chức năng các protein của virus cúm A 6 1.2. Tóm tắt lịch sử các đại dịch và dịch cúm A ở người 17 1.3. Các vị trí thay đổi amino acid trong protein PB2, PB1 và PA, giữa virus cúm A ở gia cầm với chủng virus A/H1N1/1918 và virus cúm A ở người 19 1.4. Số người nhiễm và tử vong do virus cúm A/H5N1 từ 2003 đến nay 23 1.5. Các vị trí thay đổi amino acid ở 3 protein PB2, PB1 và PA, liên quan đến độc lực và thích nghi lây truyền của virus cúm A/H5N1 trên người 29 2.1. Danh sách 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 sử dụng trong nghiên cứu 33 2.2. Danh sách 19 chủng virus cúm A/H5N1 đại diện sử dụng trong so sánh đặc tính di truyền các gen PB2, PB1 và PA 34 2.3. Danh sách 31 chủng virus cúm A/H5N1 bổ sung xây dựng cây phả hệ nguồn gốc các gen PB2, PB1 và PA 35 2.4. Danh sách mồi chuyển cDNA, kiểm tra cDNA hệ gen, thu nhận và giải trình tự các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A/H5N1 trong nghiên cứu 39 2.5. Thành phần và qui trình phản ứng chuyển đổi cDNA hệ gen virus cúm A/H5N1 từ RNA tổng số trong nghiên cứu 42 2.6. Thành phần phản ứng của kỹ thuật PCR kiểm tra cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 43 2.7. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR kiểm tra cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 43 2.8. Thành phần phản ứng của kỹ thuật PCR thu nhận DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 44 2.9. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR thu nhận DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 44 2.10. Thành phần phản ứng ghép-nối đoạn cDNA sản phẩm PCR vào plasmid pCR ® 2.1-TOPO ® 47 2.11. Thành phần phản ứng cắt DNA plasmid tái tổ hợp bằng E.coRI 48 2.12. Thành phần phản ứng PCR giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 49 2.13. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 50 3.1. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 63 3.2. Các vị trí thay đổi amino acid trong protein PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 được so sánh 64 vi Bảng Tên bảng Trang 3.3. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 66 3.4. Các vị trí sai khác nucleotide trong trình tự protein PB1 dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PB1 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 68 3.5. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 70 3.6. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PB1-F2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 71 3.7. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 75 3.8. Các vị trí thay đổi amino acid trong trình tự gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 được so sánh 76 3.9. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 78 4.1. Các vị trí thay đổi amino acid ở 3 protein PB2, PB1 và PA polymerase, liên quan độc lực gây bệnh, lây truyền của virus cúm A/H5N1 trên người 106 4.2. Nguồn gốc tiến hóa xác định theo genotype của các gen PB2, PB1 và PA polymerase, trong hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu và các chủng virus tham chiếu phân lập từ năm 2003 đến nay 109 vii DANH MỤC CÁC HÌNH VÀ SƠ ĐỒ Hình/ Sơ đồ Tên hình, sơ đồ Trang 1.1. Mô hình và ảnh chụp các tiểu phần virus cúm A 4 1.2. Mô hình cấu trúc hệ gen virus cúm A 5 1.3. Sơ đồ sắp sếp và trình tự vị trí codon AUG xác định điểm khởi đầu các ORF trong vùng đầu 5’- RNA thông tin gen PB1 virus cúm A 9 1.4. Mô hình phân bố các vùng chức năng của protein PA 12 1.5. Mô hình cấu trúc 3D và vị trí phức hợp polymerase trong cấu trúc mỗi phân đoạn RNP hệ gen của virus cúm A 12 1.6. Cơ chế xâm nhiễm và nhân lên của virus cúm A ở tế bào chủ 13 1.7. Sơ đồ minh họa đặc tính biến đổi di truyền của các phân đoạn và hệ gen virus cúm A 15 1.8. Sơ đồ hình thành các virus cúm A gây đại dịch cúm ở người 21 1.9. Cây phả hệ minh họa sự hình thành và lưu hành xâm nhiễm gây bệnh ở người của các clade HA(H5) virus cúm A/H5N1 ở châu Á từ 2003 – 2011 23 1.10. Sơ đồ minh họa tái tổ hợp hình thành các genotype Z, G và V của virus cúm A/H5N1 24 1.11. Các genotype virus cúm A/H5N1 hình thành ở Việt Nam 26 2.1. Sơ đồ qui trình tổng quát nghiên cứu các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus cúm A/H5N1 37 2.2. Sơ đồ bố trí vị trí bám mồi chuyển cDNA, thực hiện kỹ thuật PCR và giải trình tự các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A/H5N1 41 2.3. Sơ đồ nguyên lí của kỹ thuật PCR 41 2.4. Sơ đồ cấu trúc của vector pCR ® 2.1TOPO (Invitrogen) 47 3.1. Kết quả điện di kiểm tra DNA một phần gen HA(H5) với cặp mồi H5F1 – H5R1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 53 3.2. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PB2 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 54 3.3. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PB1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 55 3.4. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 56 3.5. Kết quả điện di kiểm tra các mẫu DNA plasmid tái tổ hợp gen PB2 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sau cắt bằng enzym EcoRI 57 3.6. Kết quả điện di kiểm tra các mẫu DNA plasmid tái tổ hợp gen PB1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sau cắt bằng enzym EcoRI 58 3.7. Kết quả điện di kiểm tra các mẫu DNA plasmid tái tổ hợp gen PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sau cắt bằng enzym EcoRI 59 [...]... luận và thực tế trên, chúng tôi tiến hành đề tài: Nghiên cứu sự biến đổi di truyền các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus cúm A/H5N1 đương nhiễm tại Việt Nam Nhằm các mục tiêu: 1- Giải trình tự, so sánh biến đổi đặc tính di truyền, tương đồng về nucleotide và amino acid các gen PB2, PB1, PA, của một số biến chủng virus cúm A/H5N1 đương nhiễm tại Việt Nam từ năm 2007 – 2011 với các chủng A/H5N1. .. biến điểm trong các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A gây đại dịch cúm ở người: Các kết quả nghiên cứu phân tích so sánh cho thấy, hệ gen của các chủng virus cúm A gây đại dịch cúm ở người có nhiều đột biến khác biệt xảy ra trong các phân đoạn gen, gồm cả các gen PB2, PB1 và PA, so với hệ gen của phân type virus cúm A tương ứng ở gia cầm [1], [2], [6] + Nghiên cứu của Taubenberger và cs., (2005) [45]... trọng giúp cho virus cúm A thích ứng xâm nhiễm dễ dàng tế bào cảm thụ ở đường hô hấp của người, cùng với sự biến đổi của các gen M, NP và NS giúp virus nhân lên và ngăn cản các phản ứng không đặc hiệu của cơ thể chống lại virus [1], [6], [48], [61], [62] Sự biến đổi đặc tính di truyền của các gen PB2, PB1 và PA trong hệ gen, của các chủng virus cúm A gây đại dịch cúm ở người so với virus cúm gia cầm,... Mỹ và Âu-Á Trong đó, hệ gen của chủng virus này chứa 2 gen PB2 và PA, từ virus cúm lợn tái tổ hợp trước đó ở Bắc Mỹ giữa virus cúm chim A/H1N1 và virus cúm lợn A/H3N2, cùng với gen PB1 có nguồn gốc từ virus cúm người A/H3N2 (Hình 1.8) [10], [52], [53] Như vậy, ngoại trừ các gen PB2, PB1 và PA của chủng virus A/H1N1/1918 chưa rõ nguồn gốc, có thể do biến đổi trực tiếp từ các virus cúm gia cầm Hệ gen của. .. gốc phả hệ các gen nói trên của các biến chủng virus cúm A/H5N1 trong nghiên cứu với các chủng virus A/H5N1 của Việt Nam và thế giới 3 Chương 1 TỔNG QUAN 1.1 ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VIRUS CÚM A Virus cúm A (influenza A virus) là nhóm virus thuộc họ Orthomyxoviridae, bộ Mononegavirales, còn gọi là virus cúm chim (avian influenza virus, AIV) hay virus cúm gia cầm Vị trí phân loại của virus cúm A trong... chức y tế thế giới xác định Việt Nam là 1 trong các quốc gia có người nhiễm và tử vong do virus cúm A/H5N1 cao, và là trung tâm dịch tễ biến đổi của cúm A/H5N1 cần quan tâm giám sát [68] Các chủng virus cúm A/H5N1 lưu hành gây bệnh dịch tại Việt Nam, đều có nguồn gốc từ virus cúm A/H5N1 hình thành tại Nam Trung Quốc, do vị trí địa lí, tập quán di cư của chim di trú và trao đổi sản phẩm thương mại từ... gen của các chủng virus cúm A/H2N2/1957 và A/H3N2/1968, đều chứa gen PB1 có nguồn gốc từ virus cúm gia cầm kết hợp với 2 gen PB2 và PA từ các virus cúm A thích nghi trên người trước đó Kết quả là hình thành tổ hợp 3 gen PB2, PB1 và PA tương tác với các gen khác trong hệ gen virus tái tổ hợp, tạo ra các sản phẩm gen 22 thích hợp giúp chủng virus cúm A mới, lây truyền dễ dàng và gây ra đại dịch cúm A ở... hệ gen của chủng virus A/H1N1/2009, chứa gen PB1 có nguồn gốc từ virus cúm A/H3N2 ở người, tái tổ hợp với 2 gen PB2 và PA từ virus cúm gia cầm, so với các virus gây ra đại dịch cúm A ở người trước đó [5], [53] 1.3 ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ VÀ SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1 1.3.1 Đặc điểm dịch tễ virus cúm A/H5N1 * Trên thế giới: Virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao (highly pathogenic avian influenza A/H5N1, HPAI A/H5N1) ... nghiên cứu giám sát ở virus cúm A/H5N1 gây bệnh dịch ở gia cầm và người hiện nay Bên cạnh đó, dữ liệu di truyền của các gen PB2, PB1 và PA cùng với các gen trong hệ gen virus cúm A/H5N1 đương nhiễm, là cơ sở khoa học cho phép dự báo sớm di n biến dịch tễ học virus ở mức độ phân tử, nghiên cứu phát triển vaccine tái tổ hợp và sử dụng vaccine phòng chống bệnh cúm A/H5N1 cho người và gia cầm trong tương... nhiên Đặc biệt, một số biến chủng virus mới được hình thành qua quá trình biến đổi của virus cúm A, có khả năng thích nghi xâm nhiễm và lây truyền gây bệnh trên nhiều loài vật chủ mới bao gồm cả người [1], [6], [46] 1.2 ĐẠI DỊCH CÚM A VÀ ĐẶC ĐIỂM BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA VIRUS CÚM A GÂY ĐẠI DỊCH CÚM Ở NGƯỜI Vật chủ tự nhiên của virus cúm A là các loài chim hoang dã, phổ biến là chim thủy sinh . của virus cúm A 12 1.1.6. Đặc tính biến đổi di truyền các gen và hệ gen virus cúm A 14 1.2. ĐẠI DỊCH CÚM A VÀ ĐẶC ĐIỂM BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA VIRUS CÚM A GÂY ĐẠI DỊCH CÚM Ở NGƯỜI. BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN MẠNH KIÊN NGHIÊN CỨU SỰ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA POLYMERASE CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 ĐƯƠNG NHIỄM TẠI VIỆT NAM Chuyên. thành các genotype Z, G và V của virus cúm A/H5N1 24 1.11. Các genotype virus cúm A/H5N1 hình thành ở Việt Nam 26 2.1. Sơ đồ qui trình tổng quát nghiên cứu các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus