Đang tải... (xem toàn văn)
Xây dựng phương pháp nhận diện và phân tích tính đa dạng di truyền của 21 dòng cacao (Theobroma cacao L.) bằng kỹ thuật Microsatellite phần 3
[...]... 18B 34 4 33 7 33 1 33 1 33 1 34 2 33 1 33 1 33 1 34 2 34 4 34 2 34 2 33 7 33 1 34 2 33 1 34 2 34 4 33 1 33 1 34 4 33 1 34 2 33 1 34 2 8A 34 6 34 4 34 4 34 6 34 2 34 4 34 6 34 6 34 2 34 4 34 6 34 4 34 4 34 4 34 2 34 4 34 6 34 4 34 6 34 6 34 4 34 6 34 6 34 4 34 2 34 4 8B 288 292 30 2 286 288 288 288 290 286 290 288 288 288 292 288 288 286 290 288 290 30 2 288 288 288 286 288 290 292 30 5 286 290 30 5 30 2 30 2 288 30 5 290 30 2 288 292 290 30 2 286 30 5 290 30 2 30 5... al 244), đây cũng chính là đặc tính của codominant-loci Bảng 3. 7: Dữ liệu microsatellite đưa vào phân tích trong phần mềm Cervus CODE BAL209 BAL244 BR25 KKM225 PBC1 23 PBC154 PBC157 ]PBC159 PBC 230 PBC 236 QH 12 13 QH22 QH441 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 A10 A11 A12 A 13 A14 15A 15B 252 244 235 235 235 232 235 235 235 235 252 232 232 244 235 232 235 235 252 235 235 252 235 232 235 232 18A 254 246 244 244 244 252... Chúng tôi dựa trên kết quả kiểm tra và nhận di n các cặp cá thể có sự đồng nhất di truyền do Cevus phân tích để định danh các mẫu mã hóa Do đó việc định danh sẽ chính xác và khách quan 3. 2.9 .Phương pháp phân tích tính đa dạng di truyền bằng phần mềm Genetix Genetix là một phần mềm tiếng Pháp dùng cho nghiên cứu di truyền quần thể dựa trên định luật Hardy-Weinberg và xử lý bằng phép toán thống kê Fichier... nhất di truyền của các cá thể và tìm ra đời bố mẹ của cá thể dựa trên các chỉ tiêu được lựa chọn Cervus phân tích tần số al dựa trên dữ liệu về kiểu gen của các codominant- loci Dữ liệu đưa vào phân tích ở dạng bảng trong Excel và kết quả phân tích sẽ được xuất ra dưới dạng file text Chúng tôi đưa vào dữ liệu di truyền microsatellite 13 dòng cacao thương mại và 13 mẫu mã hoá (từ A2 đến A14) với 3 primer... phối ngẫu nhiên và có sự phân ly ít trong quá trình di truyền sẽ giúp chỉ ra cấu trúc của quần thể và dưới quần thể Bảng 3. 8: Dữ liệu microsatellite được đưa vào phân tích trong Genetix 49 Biểu đồ 3. 1: 6 quần thể với số lượng cá thể Biểu đồ 3. 2:5 primer với số lượng al tương ứng tương ứng Bảng 3. 9: Kích thước các al phân tích với mỗi loại primer 50 Bảng 3. 10: Số lượng các al phân tích của mỗi quần thể... - Bước 3: Hút bỏ dịch trong - Bước 4: Hút 60µl Ethanol 70% cho vào mỗi ống Li tâm 12000 vòng trong 20 phút ở 4oC - Bước 5: Hút bỏ dịch trong Làm khô trong 30 phút - Bước 6: Hoà tan DNA đã tinh sạch trong 10µl nước cất tinh khiết Sau đó làm tiếp tục với ba bước phân tích trình tự như trên 3. 2.9 .Phương pháp phân tính mức độ đồng nhất di truyền bằng phần mềm Cevus 47 Cervus là một phần mềm phân tích tần... 30 2 30 5 290 30 2 30 5 288 288 Chọn các chỉ tiêu phân tích để tìm ra các cá thể có sự đồng nhất di truyền bằng công cụ “Identity Check” trong phần mềm Cervus Dựa trên các chỉ tiêu phân tích này, 48 Cervus sẽ tiến hành kiểm tra tất cả các cá thể và đưa ra dữ liệu của những cặp cá thể có sự đồng nhất về mặt di truyền thỏa mãn các chỉ tiêu đề ra Có 3 chỉ tiêu chính sau: Số lượng loci phân tích Số lượng... Genetix để tiến hành phân tích mối quan hệ di truyền gần hoặc xa giữa các quần thể và giữa các cá thể trong quần thể dựa trên biểu đồ 3D (3 chiều) Khoảng cách về chiều dài của các al microsatellite chứa thông tin về khoảng cách di truyền giữa các quần thể Hai quần thể càng tách biệt nhau về mặt di truyền thì tần số các al khác nhau càng rõ rệt Những tính toán về khoảng cách di truyền giữa các quần thể... loading dye (BioRad) Vận hành máy điện di ở 100V, 250A trong 15 phút Sau đó đem nhuộm ethium bromide trong 15 phút Các mẫu khác nhau nhưng được khuếch đại bởi cùng loại primer có băng điện di rất giống nhau nên không thể phân biệt được trên gel điện di agarose, cần phải tiếp tục phân tích trên máy giải trình tự DNA 3. 2.7 .Phương pháp phân tích trình tự bằng máy giải trình tự DNA Sản phẩm PCR được đưa vào... không bắt cặp lại với nhau • Bước 3: Bơm 10µl mẫu vào từng ô trên đĩa, sau đó đưa vào máy giải trình tự DNA đã được lắp đặt sẵn mao quản thích hợp và cài đặt chương trình phù hợp trong 46 phần mềm Gene Mapper, là phần mềm sẽ phân tích kích thước al chứa trình tự microsatellite Máy sẽ tiến hành điện di và phân tách các sản phẩm PCR bên trong mao quản Kết quả được phân tích tự động dựa trên số liệu trong