Đang tải... (xem toàn văn)
Xây dựng phương pháp nhận diện và phân tích tính đa dạng di truyền của 21 dòng cacao (Theobroma cacao L.) bằng kỹ thuật Microsatellite phần 2
[...]... của tiến hóa (King và ctv., 1997, 1998) Do vậy microsatellite là một nguồn rất quan trọng trong việc nghiên cứu đa dạng di truyền và làm cơ sở cho sự thay đổi của tiến hóa 2. 5.5 Các phương pháp phát hiện microsatellite Có 2 phương pháp để phát hiện microsatllite: phương pháp lai và phương pháp PCR 2. 5.5.1 .Phương pháp lai Phương pháp lai ghép phân tử cho phép xác định chính xác kiểu microsatellite bằng. .. 0 0 0 0 0 0 0 mTcCIR15 20 3 0 0 mTcCIR15 22 1 0 0 mTcCIR15 23 3 0 0 mTcCIR15 23 9 0 1 mTcCIR15 24 9 -25 1 0 0 mTcCIR15 28 4 -28 5 1 0 mTcCIR15 300 1 0 1 1 1 0 1 0 0 00 00 00 00 1 1* 00 00 1 0 0 0 0 0 0 1* 0 1* 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 mTcCIR26 23 9 25 7 -25 8 26 4 -26 6 27 4-175 28 2 -28 3 29 2 29 2 0 1* 1* 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 010 0 0 0 mTcCIR26 29 4 -29 6 0 1* 1 0 1* 1 mTcCIR26 301 1 1 000 1 1 1 mTcCIR26 303 0 0 100 0 0 0 Trong... hơn, với mức độ đa hình cao gấp 7 lần so với phương pháp RAPD (Kraic và ctv., 1998) - Hiện nay, microsatellite là công cụ chủ yếu và đang thay thế phương pháp RFLP trong nghiên cứu lập bản đồ di truyền ở thực vật Ngoài ra, sự kết hợp giữa phương pháp microsatellite và phương pháp AFLP sẽ giúp cho việc xây dựng bản đồ di truyền một cách chi tiết - Đặc tính đồng trội (co-dominant) của microsatellite là... bản đồ di truyền, trong khi RAPD và AFLP không có đặc tính này - Powell và ctv., (1996) đã tiến hành thí nghiệm kiểm tra hiệu quả của các loại marker di truyền RFLP, RAPD, AFLP và Microsatellite trong phân tích di truyền trên cây đậu tương thông qua 2 chỉ tiêu: phân tích mức độ dị hợp và tỉ số multiplex (số loci phân tích được trong một lần thí nghiệm) Kết quả là marker microsatellite phân tích được... flanking và không được nằm ngay sát với trình tự microsatellite Primer forward được đánh dấu huỳnh quang, và màu huỳnh quang của sản phẩm khuếch đại bởi primer sẽ được phát hiện bằng tia laser khi đưa vào phân tích trình tự 29 2. 5.7.Ưu, khuyết điểm của phương pháp microsatellite so với các phương pháp khác - Phương pháp microsatellite hiệu quả hơn phương pháp RFLP ở chỗ đòi hỏi lượng DNA phân tích ít... phẩm PCR Kỹ thuật phân tích trình tự trực tiếp đối với sản phẩm PCR là một cải tiến kỹ thuật rất quan trọng trong phân tích genome Theo phương pháp này, chúng ta có thể biết được đặc điểm của sequence mà mình nghiên cứu một cách nhanh chóng, không cần phải xây dựng một kho lưu trữ clone, hoặc thanh lọc các clone Hình 2. 3: Cấu trúc của máy ABI 2. 5.Giới thiệu về microsatellite 2. 5.1.Khái niệm về microsatellite. .. nhiều kiểu 24 microsatellite bằng các mẫu dò khác nhau Tuy nhiên xác định chiều dài của chúng còn bị hạn chế Trong phương pháp lai có hai cách: phương pháp phát hiện nhờ đồng vị phóng xạ và phương pháp nhuộm bạc • Phương pháp phát hiện nhờ đồng vị phóng xạ Phương pháp hiệu quả và được dùng đầu tiên là đồng vị phóng xạ Người ta có thể đánh dấu vào một đầu của primer (end-labelling) hoặc đánh dấu và trộn... của band chính, nhưng band phụ cũng có thể được xem như 1 dấu hiệu để nhận biết sản phẩm khuếch đại đúng là microsatellite Hình 2. 8 :Dữ liệu microsatellite phân tích bằng điện di trên gel với band chính màu đen và band phụ màu xám MW: thang chuẩn để xác định kích thước sản phẩm PCR 27 Hình 2. 9 : Dữ liệu microsatellite phân tích tự động bằng điện di trên cappilary của máy giải trình tự DNA Vị trí của. .. hiệu quả trong việc nhận dạng di truyền các cá thể cacao thu nhận từ ngân hàng gen cacao Quốc tế ở Trinidad Lượng thông tin về tính đa hình thay đổi trong khoảng 0. 42 đến 0. 82 với giá trị trung bình là 0.67 trong số 15 loci Tính dị hợp thay đổi trong khoảng từ 0.51 đến 0.79 Xác suất đồng nhất tích lũy của 15 loci thay đổi từ 7.87x10 -5 và 1.485x10-9, phụ thuộc vào nguồn gốc di truyền của quần thể Kết... trình PCR và ngược lại 28 2. 5.6 .2. Thiết kế primer microsatellite Nếu chúng ta muốn áp dụng phương pháp microsatellite để nghiên cứu di truyền ở một loài nào đó thì trước tiên hãy thử áp dụng phân tích với primer microsatellite của những loài có quan hệ di truyền gần gũi với loài đó Trong trường hợp không tìm được primer microsatellite của những loài thân thuộc, chúng ta có thể tự thiết kế primer microsatellite,