Dò tìm mô th ức gắn DNA của các nhân tố điều h òa phiên mã thông qua dữ liệu genome Một câu hỏi thường được đặt ra cho các nhà nghiên c ứu phân tích dữ liệu bộ gene là khi thực hiện l ọat thí nghiệm microarray trong đó hoạt tính của các protein điều hoà theo dạng cis luôn thay thì liệu có thể dự đoán được các mô thức gắn kết giữa các protein n ày và DNA vùng thượng nguồn của các gene đang chịu sự điều hoà của chính các protein này hay không? Một bài bào công bố tr ên tạp chí Microbiology (151, 3197– 3213, 2005) mô tả một nghiên cứu chuyên sâu về nội dung này. Trong một kỉ nguyên mà những dữ liệu đồ sộ về gene và chức năng của genome đang được tạo ra hàng ngày, một thách thức cho các nhà sinh học là ph ải phát triển những kĩ thuật cho phép trích xuất các thông tin hữu dụng mà từ đó có thể cung cấp các tin tức và hướng dẫn các nghiên cứu thực nghiệm xa hơn. Trong nghiên cứu này, Haluk Reasat và các đồng sự đã tập trung trên bộ gene của vi khuẩn quang hợp Rhodobacter sphaeroides nhằm tìm kiếm mô thức DNA mà ba nhân tố điều hòa phiên mã PrrA, PpsR và FnrL có thể gắn lên. Các nhân tố này được biết chính là các yếu tố điều hòa sự biểu hiện của gene quang tổng hợp. Hướng nghiên cứu của tác giả có thể chia làm hai bước. Bước đầu tiên tác giả cho biểu hiện các cụm gene vốn được chọn lọc theo một thuật tóan xác định sao cho sự biểu hiện của chúng tương tự nhau, thông qua ph ổ biểu hiện mRNA các tác giả từ đó nhận biết các gene thể hiện các mô hình biểu hiện tương tự nhau trong các điều kiện thí nghiệm khác nhau. Bước kế tiếp, các trình tự DNA thượng nguồn của những gene này đư ợc phân tích để tìm ra những vị trí nhận diện mà nó có thể đóng vai trò như các yếu tố đồng điều hoà. Những vị trí này sau đó được dùng để tạo ra những trình tự liên ứng tiên đóan; các trình tự liên ứng này sau đó sẽ tạo nên nền tảng cho việc tìm kiếm ở cấp độ toàn bộ bộ gene để xác định những gene đích mới cũng có cùng kiểu tương tác với các nhân tố điều hoà nói trên. Như là một xác nhận có tính giá trị đối với phương pháp này, Mao và cộng sự đã độc lập xác định những trình tự gắn với PpsR và FnrL mà nó tương thích với những trình tự liên ứng đã được công bố trước đó đối với những nhân tố phiên mã này. Các tác gỉa cũng đã mở rộng số lượng gene đích có thể được điều hoà bởi các protein trên. Những phân tích kĩ hơn về trình tự gắn lên DNA của PrrA chỉ ra rằng nó gồm hai vùng bảo tồn với một vùng đệm nằm giữa có kích thước khá biến đổi. Sau cùng, sử dụng ba trình tự liên ứng, khi phân tích to àn phần genome của R. sphaeroides đ ã hé mở rằng đơn vị điều hòa PrrA lớn hơn nhiều so với PpsR v à FnrL, từ đó cung cấp bằng chúng cho rằng PrrA là một yếu tố điều hoà phổ quát đối với sự biểu hiện của gene trong sinh vật . Các tác g ỉa chú ý rằng, tất cả những kĩ thuật dự đoán đều có thể sinh ra những kết qủa âm tính gỉahay dương tính gỉa; tuy nhiên kĩ thuật này đủ hiệu quả để giúp cho việc tiên đoán h ữu dụng của những gene được điều hòa bởi những nhân tố phiên mã này. Phương pháp này cũng nên được áp dụng với những nhóm gene khác nữa từ các dữ liệu microarray và thuận tiện cho việc xác định những nhân tố điều hòa cốt lõi đối với những qúa trình sinh học khác . . Dò tìm mô th ức gắn DNA của các nhân tố điều h òa phiên mã thông qua dữ liệu genome Một câu hỏi thường được đặt ra cho các nhà nghiên c ứu phân tích dữ liệu bộ gene là. sphaeroides nhằm tìm kiếm mô thức DNA mà ba nhân tố điều hòa phiên mã PrrA, PpsR và FnrL có thể gắn lên. Các nhân tố này được biết chính là các yếu tố điều hòa sự biểu hiện của gene quang tổng. tính của các protein điều hoà theo dạng cis luôn thay thì liệu có thể dự đoán được các mô thức gắn kết giữa các protein n ày và DNA vùng thượng nguồn của các gene đang chịu sự điều hoà của