LOGO Nhóm 4 Đặng Thị Phượng Trần Thị Ngọc Nguyễn Minh Phương Nguyễn Thị Thương Phạm Thị Ngân B á o C á o T i n S i n h H ọ c C h u y ê n đ ề 0 4 B á o C á o T i n S i n h H ọ c C h u y ê n đ ề 0 4 Nội dung chuyên đề I. Tìm hiểu cách sử dụng một công cụ trên các ngân hàng CSDL (EBI, NCBI, ExpaSy và DDBJ) II. Tìm hiểu về đăng ký trình tự sinh học vào ngân hàng CSDL và Ý nghĩa của việc đăng ký trình tự vào ngân hàng dữ liệu. I. Tìm hiểu cách sử dụng một công cụ trên mỗi ngân hàng CSDL (EBI, NCBI, ExpaSy ,DDBJ) 1. Xác định khung đọc mở (ORF) 2. Xác định các vị trí nhận biết của enzym giới hạn đối với một trình tự DNA 3. Dự đoán cấu trúc phân tử 4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại 1. Xác định khung đọc mở (ORF)  Khung đọc mở (ORF- Open Reading Frame) được định nghĩa là đoạn trình tự của hệ gen có khả năng được dùng để mã hóa một chuỗi polypeptit.  ORF được xác định là đoạn trình tự nằm giữa một bộ ba mã mở đầu (start codon) và một bộ ba mã kết thúc (stop codon) có cùng khung đọc. ATG ATG Chuỗi ORF Chuỗi ORF TGA TAA TAG TGA TAA TAG  Trường hợp trình tự này mã hóa cho một protein gồm chuỗi codon: bộ ba mã mở đầu bộ ba mã mở đầu bộ ba mã kết thúc bộ ba mã kết thúc • Open Reading Frame (ORF) là một khung dịch mã cho phép sản phẩm mRNA từ trình tự DNA tương ứng được dịch mã thành một protein hoàn chỉnh. Vì sao cần tìm khung đọc mở ORF?  Trong nghiên cứu chức năng của một trình tự DNA, giúp chúng ta biết chính xác được trình tự mã hóa cho protein biết được chức năng của protein này được xác định bằng cách so sánh với các ORF của các gen đã biết được chức năng trong GenBank.  Trong kỹ thuật di truyền hay sinh học phân tử, cần thiết cho việc thiết kế mồi để dòng hóa và biểu hiện gen hay tạo những đột biến có định hướng liên quan tới chức năng của protein… Đặc điểm của ORF  Trong di truyền phân tử, một ORF là một bộ phận của gene của sinh vật mà bao gồm một chuỗi trình tự các bazơ có khả năng mã hóa cho một protein.  Trong một gene, mỗi trình tự ADN có thể đọc theo ba khung đọc khác nhau, phụ thuộc vào bazơ nào được chọn làm bazơ khởi đầu.  Trên mỗi phân đoạn ADN mạch kép về lý thuyết có thể có tối đa sáu khung đọc mở (RF) khác nhau. Cách sử dụng công cụ ORF Finder của ngân hàng NCBI [...]... bộ ba kết thúc 2 Xác định các vị trí nhận biết của enzym giới hạn đối với một trình tự DNA  Enzyme giới hạn là enzyme của vi khuẩn, có chức năng nhận biết và cắt DNA ở những vị trí cắt chuyên biệt Những vị trí cắt chuyên biệt này được gọi là vị trí giới hạn  Trong tế bào vi khuẩn, enzyme giới hạn có chức năng bảo vệ tế bào vi khuẩn khỏi sự xâm nhập của những DNA lạ, ví dụ như DNA của thực khuẩn thể... tích cấu trúc mô hình cuộn xoắn và các tương tác hóa học cho phép các nhà khoa học hiểu được protein hoạt động như thế nào  Cách sử dụng các công cụ:  Hầu hết các công cụ ở tất cả các ngân hàng CSDL đều sử dụng rộng rãi ứng dụng này  Công cụ Cn3D của ngân hàng NCBI cho phép hiển thị các trình tự và cấu trúc 3D cho các CSDL NCBI  Công cụ dali của ngân hàng EMBL/EBI cho phép xác định cấu trúc protein... trình tự protein (thành phần amino axit và thành phần nguyên tử, pI và hệ số tắt) Đây là công cụ phổ biến nhất hiện nay Để sử dụng công cụ này ta truy nhập vào trang web của Expasy: http://www.expasy.ch 4 Xây dựng cây phát sinh chủng loại  Cây phát sinh chủng loại ( phylogenic tree) miêu tả lịch sử tiến hóa của một nhóm các loài (species) với những đặc tính khác nhau nhưng cùng có mối quan hệ họ hàng . H ọ c C h u y ê n đ ề 0 4 B á o C á o T i n S i n h H ọ c C h u y ê n đ ề 0 4 Nội dung chuyên đề I. Tìm hiểu cách sử dụng một công cụ trên các ngân hàng CSDL (EBI, NCBI, ExpaSy và. LOGO Nhóm 4 Đặng Thị Phượng Trần Thị Ngọc Nguyễn Minh Phương Nguyễn Thị Thương Phạm Thị Ngân B á o C á o T i n S i n h H ọ c C h u y ê n đ ề 0 4 B á o C á o T i n . hạn là enzyme của vi khuẩn, có chức năng nhận biết và cắt DNA ở những vị trí cắt chuyên biệt. Những vị trí cắt chuyên biệt này được gọi là vị trí giới hạn  Trong tế bào vi khuẩn, enzyme giới