Đang tải... (xem toàn văn)
Xác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ươngXác định tác nhân gây não úng thuỷ và nhiễm trùng sơ sinh bằng phương pháp giải trình tự RNA và 16S rRNA tại bệnh viện Nhi Trung ương
i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - NGÔ KHÁNH PHƯƠNG XÁC ĐỊNH TÁC NHÂN GÂY NÃO ÚNG THỦY VÀ NHIỄM TRÙNG SƠ SINH BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ RNA VÀ 16S rRNA TẠI BỆNH VIỆN NHI TRUNG ƯƠNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI - 2024 ii ` BỘ Y TẾ BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - NGÔ KHÁNH PHƯƠNG XÁC ĐỊNH TÁC NHÂN GÂY NÃO ÚNG THỦY VÀ NHIỄM TRÙNG SƠ SINH BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ RNA VÀ 16S rRNA TẠI BỆNH VIỆN NHI TRUNG ƯƠNG CHUYÊN NGÀNH: VI SINH VẬT HỌC MÃ SỐ: 9420107 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học : GS.TS ĐẶNG ĐỨC ANH PGS.TS HOÀNG THỊ THU HÀ HÀ NỘI - 2024 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi với hợp tác đồng nghiệp đồng ý cho công bố luận án Kết nghiên cứu luận án trung thực chưa công bố cơng trình khác Tơi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm lời cam đoan Tác giả luận án Ngô Khánh Phương ii LỜI CẢM ƠN Với lịng kính trọng biết ơn sâu sắc, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới: GS.TS Đặng Đức Anh, Nguyên Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương PGS.TS Hoàng Thị Thu Hà, Trưởng khoa Vi khuẩn - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, người thầy tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên, khuyến khích tơi suốt q trình xây dựng đề cương, thu thập số liệu, viết báo cáo hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Khoa Vi khuẩn; Phịng Hợp tác quốc tế; Phịng thí nghiệm Personalized Medicine - Đại học Bang Pennsyvania - Mỹ; GS TS Steven Schiff TS Joshep Paulson - Đại học Yale; PGS TS Phạm Quang Thái - Phó trưởng khoa Dịch tễ; thầy chương trình đào tạo Nghiên cứu sinh tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tơi suốt q trình học tập hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lịng kính trọng cảm ơn sâu sắc đến thầy cô tham dự hội đồng đánh giá luận án; Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc Ban lãnh đạo Trung tâm Đào tạo quản lý khoa học; Tập thể cán Trung tâm Đào tạo quản lý khoa học hỗ trợ, giúp đỡ tơi q trình thu thập số liệu, tạo điều kiện tốt suốt q trình nghiên cứu, hồn thiện luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban lãnh đạo anh/chị bác sĩ chuyên viên Bệnh viện Nhi Trung ương hỗ trợ trình nghiên cứu, thu thập số liệu cho luận án Tôi xin cảm ơn người bạn TS Christine Hehnly – Đại học Harvard, TS Mercedeh Movassagh - Đại học Yale, ThS Trịnh Sơn Tùng - Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford hỗ trợ nhiều trình phân tích hồn thiện số liệu cho luận án Tơi xin cảm tạ tình cảm vô bờ bố mẹ, người thân gia đình, bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ động viên ngày tháng học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2024 Ngô Khánh Phương iii MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chươ ng I TỔNG QUAN .3 1.1 Não úng thủy 1.1.1 Định nghĩa não úng thủy .3 1.1.2 Phân loại não úng thủy 1.1.3 Dịch tễ học bệnh não úng thủy trẻ em 1.1.4 Chẩn đoán điều trị não úng thủy trẻ nhỏ .7 1.2 Nhiễm trùng sơ sinh .10 1.2.1 Định nghĩa nhiễm trùng sơ sinh 10 1.2.2 Dịch tễ học nhiễm trùng sơ sinh 12 1.3 Tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 21 1.4 Các phương pháp sinh học phân tử chẩn đoán não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 27 1.4.1 PCR chẩn đoán vi sinh vật gây bệnh nhiễm trùng sơ sinh não úng thủy 29 1.4.2 Phương pháp Metagenomics giải trình tự gene hệ (NGS – whole geneome sequencing) 38 Chươn g ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 44 2.1 Thiết kế nghiên cứu 44 2.2 Địa điểm, thời gian nghiên cứu 44 2.3 Đối tượng nghiên cứu .45 2.3.1 Bệnh nhân não úng thủy 45 2.3.2 Bệnh nhân mắc nhiễm trùng sơ sinh 46 2.4 Cỡ mẫu lựa chọn đối tượng nghiên cứu 47 2.4.1 Cỡ mẫu 47 2.4.2 Lựa chọn đối tượng nghiên cứu 48 iv 2.4.3 Cách lấy mẫu .50 2.5 Thu thập thông tin 53 2.6 Kỹ thuật xét nghiệm 53 2.6.1 Tại Bệnh viện Nhi Trung ương 54 2.6.2 Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương 55 2.6.3 Tại trường đại học bang Pennsylvania 55 2.7 Quản lý phân tích số liệu 60 2.7.1 Nhập quản lý số liệu REDCap: .60 2.7.2 Phân tích thành phần phân lồi mẫu bệnh phẩm kỹ thuật metagenomics (qiime2, dada2, picrust, v.v.) 61 2.7.3 Xử lý phân tích số liệu .62 2.8 Vấn đề đạo đức nghiên cứu 63 Chươn g KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 64 3.1.Mô tả số đặc điểm lâm sàng cận lâm sàng bệnh nhi não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh bệnh viện Nhi trung ương, 2019-2020 64 3.1.1 Một số đặc điểm nhân học bệnh nhân não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 64 3.1.2 Các tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh trẻ sơ sinh Bệnh viện nhi Trung ương, 2019-2020 75 3.2.Giải trình tự gene hệ xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh .80 3.2.1 Ứng dụng giải trình tự gene 16S rRNA phát tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 80 3.2.2 Ứng dụng giải trình tự RNA sequencing phát tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 88 Chươn g BÀN LUẬN 99 4.1.Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân số tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 99 v 4.1.1 Một số đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 99 4.1.2 Một số nguyên gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh thông qua nuôi cấy PCR đa mồi .102 4.2.Xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 16S rRNA RNA-seq .106 4.3.So sánh tương đồng chẩn đoán tác nhân gây bệnh phương pháp .109 4.4 Hạn chế đề tài 117 KẾT LUẬN 118 KIẾN NGHỊ .120 TÀI LIỆU THAM KHẢO 122 vi CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ gốc tiếng anh Giải nghĩa BDL Bacteria DNA load Tải lượng DNA vi khuẩn CMV Cytomegalovirus Vi rút Cytomegalo CSF Cerebrospinal Fluid Dịch não tuỷs DNA Deoxyribonucleic Acid Axit Deoxyribonucleic dNTPs Deoxyribose nucleoside Phân tử Deoxyribose EBV triphosphats nucleosid triphotphat EOS Epstain Barr Virus Vi rút Epstain Barr GBS Eary Onset Sepsis Nhiễm trùng khởi phát sớm HEV Group B Streptococcus Liên cầu khuẩn nhóm B HIV Herpatitis E Virus Vi rút viêm gan E HSV Human immunodeficiency LOS virus Vi rút gây suy giảm miễn Herpes Simplex Virus dịch người NGS Vi rút Herpes Late Onset Sepsis Nhiễm trùng khởi phát NICHD muộn Measles Virus Vi rút gây bệnh Sởi Mumps Virus Vi rút gây bệnh quai bị Giải trình tự gene hệ Next Genaration Sequencing The Eunice Kennedy Shriver Viện Sức khỏe Trẻ em National Institute of Child Phát triển Con người Quốc Health and Human gia Development NIPH Từ viết tắt Từ gốc tiếng anhGiải nghĩa NTSS Non-Postinfectious Não úng thủy không NUT Hydrocephalus nhiễm trùng OTU Neonatal sepsis Nhiễm trùng sơ sinh PCA Hydrocephalus Não úng thủy Operational Taxonomic Unit Đơn vị phân loài PCoA Principal Component Analysis Phân tích thành phần PCR Principal Coordinate Analysis Phân tích toạ độ PIH Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi PSBI Polymerase RNA Post-Infectious Não úng thủy sau nhiễm RNA-seq Hydrocephalus trùng RSV Possible Serious Bacterial Nhiễm trùng nghiêm trọng SIRS Infection xảy Ribonucleic Acid Axit Ribonucleic UN IGME RNA sequencing Giải trình tự RNA Respiratory Syncytial Virus Vi rút hợp bào hô hấp VZV Systemic Inflammatory Hội chứng đáp ứng viêm WHO Response Syndrome toàn thân United Nations Inter-Agency Nhóm liên ngành Liên Group for Child Mortality hợp quốc Đánh giá Tỷ Estimation lệ Tử vong Trẻ em Varicella Zoster Virus Vi rút gây bệnh thuỷ đậu World Health Organization Tổ chức Y tế giới DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các tác nhân gây nhiễm trùng sơ sinh giới 23 Bảng 1.2 Tác nhân vi rút vi sinh vật khác gây não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh 26 Bảng 1.2 Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng PCR 16S rRNA 36 Bảng 2.1: Thể tích mẫu máu dịch não tủy cần lấy, so sánh với lượng máu dịch não tủy thể trẻ .52 Bảng 3.1 Một số đặc điểm nhân học nhóm bệnh nhân não úng thủy (n = 41) 64 Bảng 3.2 Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân não úng thủy 66 Bảng 3.3 Kết chẩn đoán bệnh nhân trước sau viện 66 Bảng 3.4 Đặc điểm bệnh nhi não úng thủy tử vong 67 Bảng 3.5 Một số đặc điểm nhân nhóm bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n = 142) 68 Bảng 3.6 Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n = 142) 70 Bảng 3.7 Chẩn đoán bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh viện (n=142) 70 Bảng 3.8 Đặc điểm bệnh nhi mắc nhiễm trùng sơ sinh tử vong 73 Bảng 3.9 Kết xét nghiệm miễn dịch tự động test nhanh bệnh nhân não úng thủy 74 Bảng 3.10 Kết xét nghiệm miễn dịch tự động test nhanh bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n=142) 74 Bảng 3.11 Kết nuôi cấy phát tác nhân gây bệnh nhiễm trùng sơ sinh 77 Bảng 3.12 Thành phần vi rút, vi khuẩn mẫu máu (nhóm nhiễm trùng sơ sinh) sau phân tích giải trình tự RNA-seq .88 Bảng 3.13 Thành phần vi rút, vi khuẩn mẫu dịch não tuỷ sau phân tích RNAseq 91