BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC BÁO CÁO Thiết bị Kỹ Thuật Công Nghệ Sinh học Sinh viên thực hiện: Nguyễn Thiên Ân - 21126269 Lê Thị Kiều Giang - 21126317 Cao Nguyễn Bảo Ân - 21126268 Phan Tấn Phát - 21126156 Tp.HCM, 10/2023 Đặt vấn đề Vật liệu phương pháp Kết thảo luận Đặt vấn đề Đặt vấn đề 1.1 Thực trạng Việt Nam nước nông nghiệp đà phát triển với nhiều loại hình sản xuất Cây cà phê đóng vai trị vơ quan trọng sản xuất nông nghiệp nước ta Đặt vấn đề 1.1 Thực trạng Cà phê Robusta, biết đến với tên gọi khác cà phê Canephora Ở Việt Nam Robusta cịn có tên gọi cà phê Vối Đây loại cà phê bán phổ biến ưa chuộng thị trường Việt Nam Hình 1.1 Biểu đồ diễn biến giá cà phê Vật liệu phương pháp Vật liệu phương pháp 2.1 Vật liệu 2.1.1 Cà phê Robusta Cà phê Robusta (Coffea canephora) có tiếng dịng cà phê có hương vị mạnh, nồng đặc trưng, hàm lượng caffeine có hạt, hàm lượng cao chiếm từ 3% – 4% Cây thường trồng độ cao 1000m so với mực nước biển Nhiệt độ lý tưởng dao động từ 24 đến 29 độ C Cây cà phê Robusta loại ưa nước với yêu cầu lượng mưa hàng năm trung bình 1000mm Đặc biệt, so với cà phê thông thường, cà phê Robusta phải trồng điều kiện ánh sáng thuận lợi Hình 2.1 Hạt cà phê Robusta Hình 2.2 Cây cà phê Robusta Vật liệu phương pháp 2.1.2 Tổng quan đánh dấu SCot Nhắm mục tiêu mã khởi đầu ( SCoT ) điểm đánh dấu trội tái tạo, có tảng từ vùng bảo tồn ngắn gen thực vật bao quanh codon khởi đầu (hoặc khởi đầu) dịch mã ATG có mồi 18 mer phản ứng chuỗi polymerase (PCR) 2.1.3 Tổng quan đánh dấu SCAR Các vùng khuếch đại đặc trưng trình tự (SCAR) phát triển dạng dấu hiệu di truyền dựa PCR Khi đoạn DNA gen locus xác định mặt di truyền khuếch đại PCR sử dụng cặp mồi oligonucleotide định, kết gọi SCAR Vật liệu phương pháp 2.1.Phương pháp nghiên cứu Nội dung 1: Tìm band đa hình dựa thị SCoT Ly trích DNA theo phương pháp Doyle & Doyle (1987) có hiệu chỉnh Đo OD PCR với 10 thị ScoT Điện di gel Agarose phát band khác biệt Nội dung 2: Tạo dịng đoạn DNA đa hình Thu hồi tinh đoạn khuếch đại từ Agarose gel Gel Extraction Kit Sản phẩm DNA tạo dòng vector pJET1.2/blunt biến nạp vào tế bào Escherichia coli TOP10 theo hướng dẫn nhà sản xuất Khuẩn lạc dương tính xác định PCR( dùng phương pháp biến nạp và khả nạp) Nội dung 3: Xác định trình tự band đa hình Tách plasmid gửi giải trình tự đoạn đặc hiệu Nội dung 4: Thiết kế cặp primer dựa trình tự nhận Sử dụng ứng dụng sinh tin chuyên dùng thiết kế primer dựa trình tự nhận Nội dung 5: Kiểm tra xác định độ đặc hiệu cặp primer Xây dựng quy trình PCR cho SCAR primer thiết kế Kiểm tra độ đặc hiệu SCAR primer cà phê robusta Kết thảo luận 10 Kết thảo luận 3.1.Tình hình nghiên cứu 3.1.1 Tình hình nghiên cứu nước Cùng với việc xác thực danh tính lồi, việc dự đốn nồng độ chất thực vật có hoạt tính cần thiết để kiểm soát chất lượng việc sử dụng nguyên liệu thực vật cho mục đích dược phẩm Việc phát triển dấu hiệu SCAR tương quan liệu dấu vân tay DNA với số lượng dấu hiệu hóa học thực vật chọn liên quan đến loại dược liệu cụ thể có ứng dụng rộng rãi việc kiểm sốt chất lượng nguyên liệu thô Những điểm đánh dấu thiết kế hoạt động công cụ định tính/định lượng 3.1.2 Tình hình nghiên cứu ngồi nước So với dấu hiệu phân tử thông thường, SCAR chứng minh đơn giản hơn, có khả tái tạo cao đáng tin cậy sử dụng để nhận dạng thực vật cấp độ nội và/hoặc liên lồi Ngồi ra, SCAR khơng yêu cầu đồng vị phóng xạ phát locus nhất, cho thấy SCAR có khả tái sản xuất cao đặc trưng cho locus áp dụng nghiên cứu lập đồ lựa chọn hỗ trợ đánh dấu cho đặc điểm kinh tế nông nghiệp di truyền tính kháng sinh học loại trồng khác 11 Tài liệu tham khảo Rhizosphere microbiome dataset of Robusta coffee (Coffea canephora L.) grown in the Central Highlands, Vietnam, based on 16S rRNA metagenomics analysis - ScienceDirect Cà phê Robusta - Nguồn gốc, hương vị, vùng trồng - Bonjour Coffee Sequence Characterized Amplified Region - Search (bing.com) Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR Advances in Coffea Genomics - ScienceDirect Sustainable Coffee Production | Oxford Research Encyclopedia of Environmental Science Advances in genomics for the improvement of quality in coffee (wiley.com) * Đặc điểm giống cà phê: cà phê chè, cà phê vối, cà phê mít (vuacaygiong.com) Thành phần hóa học hạt cà phê | PrimeCoffee (primecoffea.com) * 10 Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR 11 Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) Markers in Sengon (Paraseriathes falcataria (L.) Nielsen - ScienceDirect 12 Scar markers: Applications in plant science (pharmabiz.com) 12 Cảm ơn Thầy bạn lắng nghe 13