Đang tải... (xem toàn văn)
Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.Muỗi cát (diptera: psychodidae) và thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tại 6 tỉnh miền Bắc Việt Nam.
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DICH TỄ TRUNG ƯƠNG TRẦN HẢI SƠN MUỖI CÁT (DIPTERA: PSYCHODIDAE) VÀ THỰC TRẠNG NHIỄM FLAVIVIRUS, LEISHMANIA TẠI TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Chuyên ngành : VI SINH VẬT HỌC Mã số 62 42 01 07 Hướng dẫn khoa học :TS Trần Vũ Phong PGS TS Nguyễn Lê Khánh Hằng Hà Nội, 2023 i LỜI CAM ĐOAN Sau thời gian học tập thực đề tài nghiên cứu, hồn thành chương trình học tập theo quy định cho nghiên cứu sinh hoàn thành Luận án tiến sĩ với đề tài: “Muỗi cát (diptera: psychodidae) thực trạng nhiễm Flavivirus, Leishmania tỉnh miền Bắc Việt Nam” Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thực hướng dẫn TS Trần Vũ Phong PGS.TS Nguyễn Lê Khánh Hằng, với đồng ý GS.TS Vũ Sinh Nam - chủ nhiệm đề tài “Sinh thái học loài muỗi cát vùng sâu vùng xa miền Bắc Việt Nam nguy lây truyền Leishmania sang người” tài trợ quỹ Nafosted, mã số 106-YS.05-2015.42 Các số liệu, kết nêu luận án trung thực chưa cơng bố cơng trình tác giả khác Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với cam kết nội dung luận án Hà nội, ngày … tháng … năm 2023 Người cam đoan Trần Hải Sơn LỜI CẢM ƠN Với lịng biết ơn sâu sắc, tơi xin trân trọng cảm ơn GS.TS Vũ Sinh Nam nguyên Phó Cục trưởng Cục Y tế dự phòng, Bộ Y tế, TS Trần Vũ Phong - Trưởng khoa Côn trùng Động vật Y học, PGS.TS Nguyễn Lê Khánh Hằng - Phó Trưởng khoa Vi rút, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương người Thầy/Cơ tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên tơi suốt q trình học tập, xây dựng đề cương, thu thập, phân tích số liệu, viết báo cáo hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, Khoa Côn trùng Động vật Y học, Khoa Virus, Trung tâm Đào tạo Quản lý Khoa học - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương hỗ trợ, tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ suốt trình học tập triển khai nghiên cứu thực địa, phịng thí nghiệm hồn thiện luận án Tơi xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo Sở Y tế, Lãnh đạo cán Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thuộc tỉnh: Lào Cai, Sơn La, Hà Giang, Lạng Sơn, Ninh Bình Quảng Ninh hỗ trợ, giúp đỡ tơi q trình tổ chức triển khai, thu thập số liệu, tạo điều kiện tốt suốt q trình nghiên cứu, hồn thiện luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Bộ Khoa học Công nghệ - Quỹ Nafosted hỗ trợ tài cho nghiên cứu Tơi xin tri ân tình cảm vơ bờ bà, bố mẹ, vợ bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ động viên ngày tháng học tập nghiên cứu Hà nội, ngày … tháng … năm 2023 Nghiên cứu sinh Trần Hải Sơn MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục ii Danh mục bảng .vii Danh mục hình .viii Danh mục số từ viết tắt .x Đặt vấn đề .1 Chương Tổng quan tài liệu 1.1 Muỗi cát số đặc điểm dịch tễ 1.1.1 Bậc phân loại muỗi cát 1.1.2 Sinh học, sinh thái phân bố muỗi cát .6 1.1.3 Các loài muỗi cát Việt Nam 10 1.1.4 Vai trò muỗi cát việc truyền leishmania 11 1.1.5 Tỷ lệ nhiễm Flavivirus muỗi cát nghiên cứu 14 1.2 Flavivirus số đặc điểm dịch tễ 17 1.2.1 Đặc điểm chung virút nhóm flavivirus .17 1.2.2 Sự nhân lên vi rút thuộc nhóm flavivirus 20 1.2.3 Đặc tính kháng nguyên (tham khảo thêm) 21 1.2.4 Phương pháp chẩn đốn flavivirus phịng thí nghiệm .22 1.2.5 Bệnh flavivirus lây truyền qua véc tơ lưu hành Việt Nam 24 1.3 Leishmania số đặc điểm dịch tễ 27 1.3.1 Bậc phân loại leishmania 27 1.3.2 Ký sinh trùng leishmania chu kỳ sống 28 1.3.3 Đặc điểm gen leishmania 30 1.3.4 Phương pháp chẩn đốn leishmania phịng thí nghiệm 37 1.3.5 Leishmaniasis số đặc điểm dịch tễ 42 1.3.6 Đặc điểm lâm sàng, điều trị phòng ngừa 46 Chương Phương pháp nghiên cứu .48 2.1 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 49 2.1.1 Địa điểm nghiên cứu 49 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu .49 2.1.3 Thời gian thu mẫu .49 2.1.4 Thiết kế nghiên cứu 49 2.1.5 Cỡ mẫu .49 2.1.6 Phương pháp thu thập muỗi cát sinh cảnh khác 49 2.1.7 Phương pháp làm tiêu 51 2.1.8 Phương pháp định loại muỗi .52 2.1.9 Các số đầu nghiên cứu 52 2.1.10 Nhập liệu phân tích 52 2.2 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 52 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu 52 2.2.2 Đối tượng nghiên cứu .52 2.2.3 Thiết kế nghiên cứu 52 2.2.4 Cỡ mẫu .52 2.2.5 Sinh phẩm trang thiết bị .53 2.2.6 Xác định/định danh flavivirus kỹ thuật RT-PCR .54 2.2.7 Giải trình tự gen phương pháp Sanger .57 2.2.8 Nhập liệu phân tích 58 2.3 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 58 2.3.1 Địa điểm nghiên cứu 59 2.3.2 Đối tượng nghiên cứu .59 2.3.3 Thiết kế nghiên cứu 59 2.3.4 Cỡ mẫu .59 2.3.5 Sinh phẩm trang thiết bị .59 2.3.6 Phản ứng Nested PCR 59 2.3.7 Phương pháp giải trình tự gen NGS (Next generation sequencing) 60 2.3.8 Phân tích bữa ăn máu 67 2.3.9 Nhập liệu phân tích 67 Chương Kết nghiên cứu 68 3.1 Thành phần loài số đặc điểm phân bố muỗi cát tỉnh miền bắc việt nam, 2016-2018 68 3.1.1 Thành phần loài muỗi cát theo giống, mật độ độ phong phú 68 3.1.2 Phân bố muỗi cát theo tỉnh .71 3.1.3 Phân bố muỗi cát theo sinh cảnh đặt bẫy 75 3.1.4 Phân bố muỗi cát tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam, 2016 78 3.2 Thực trạng nhiễm flavivirus muỗi cát địa điểm nghiên cứu 79 3.2.1 Sàng lọc flavivirus muỗi cát 79 3.2.2 Xác định flavivirus phương pháp giải trình tự gen Sanger .81 3.2.3 Một số đặc điểm flavivirus loài muỗi cát .82 3.3 Thực trạng nhiễm Leishmania muỗi cát địa điểm nghiên cứu 83 3.3.1 Sàng lọc Leishmania phương pháp Nested-PCR 83 3.3.2 Xác định Aeishmania phương pháp giải trình tự gen NGS 85 3.3.3 Một số đặc điểm leishmania quần thể muỗi cát 93 Chương Bàn luận .94 4.1 Thành phần loài số đặc điểm sinh học sinh muỗi cát tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam, 2016-2018 94 4.1.1 Định loài muỗi cát Việt Nam đặc điểm hình thái 94 4.1.2 Sinh học sinh thái sinh cảnh muỗi cát tỉnh điều tra 102 4.2 Thực trạng nhiễm Flavivirus muỗi cát địa điểm nghiên cứu 103 4.2.1 Xác định flavivirus muỗi cát .103 4.2.2 Tỷ lệ nhiễm Flavivirus muỗi cát 105 4.2.3 Một số đặc điểm Flavivirus loài muỗi cát .106 4.3 Thực trạng nhiễm Leishmania muỗi cát địa điểm nghiên cứu nguy lây truyền sang người 107 4.3.1 Leishmania xác định Quảng Ninh .107 4.3.2 Leishmania xác định Sơn La .110 4.3.3 Leishmania xác định Ninh Bình .111 Kết luận 114 Khuyến nghị 116 Danh mục báo công bố .117 Tài liệu tham khảo .118 Phụ lục Phụ lục 01: Phiếu thu thập thông tin sinh cảnh đặt bẫy muỗi cát .1 Phụ lục 02: Hình ảnh chụp tiêu muỗi cát 117 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các phương pháp xét nghiệm chẩn đốn vi rút nhóm flavivirus 22 Bảng 1.2 Bảng tổng hợp phương pháp xác định chẩn đoán leishmania .39 Bảng 3.1 Số lượng, giới tính, mật độ độ phong phú muỗi cát theo loài tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam, 2016 69 Bảng 3.2 Số lượng muỗi cát, độ phong phú, mật độ số lượng loài theo tỉnh 73 Bảng 3 Số lượng muỗi cát, độ phong phú, mật độ số lượng loài theo sinh cảnh 76 Bảng 3.4 Thông tin mẫu nghi nhiễm flavivirus quần thể muỗi cát 82 Bảng 3.5 Mẫu nghi nhiễm leishmania phương pháp Nested-PCR (n=20) .85 Bảng 3.6 Kết blast trình tự thu phương pháp NGS lên sở liệu NCBI 86 Bảng 3.7 Kết phân tích mẫu có trình tự có tương đồng với leishmania phương pháp NGS .87 Bảng 3.8 So sánh trình tự mẫu leishmania Ninh Bình Vietnam/NB28062006 88 Bảng 3.9 So sánh trình tự mẫu leishmania Sơn La - Vietnam/ SL210102016 89 Bảng 3.10 Thông tin mẫu leishmania quần thể muỗi cát (n=3) 93 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Bậc phân loại từ tới phân giống muỗi cát Hình 1.2 Hình thái pha vịng đời muỗi cát Hình 1.3 Các địa điểm xuất muỗi cát miền bắc Việt Nam năm 1935 10 Hình 1.4 Sự phát triển leishmania đường tiêu hóa muỗi cát 12 Hình 1.5 Cây chủng loại phát sinh nhóm flavivirus 14 Hình 1.6 West Nile Virus Koutango lineage (PM148 sandfly MN057643.1) phân lập từ muỗi cát Niger, 2016 15 Hình 1.7 Chủng flavivirus (MN090154 - Dreznica) phân lập từ muỗi cát Bosnia Herzegovina, 2020 .16 Hình 1.8 Phân nhóm họ Flaviviridae phát sinh lồi .17 Hình 1.9 Mơ hình cấu trúc gen vi rút thuộc nhóm flavivirus 19 Hình 1.10 Cấu trúc sợi đơn ARN flavivirus 19 Hình 1.11 Phân bố típ huyết Dengue lưu hành Việt Nam .25 Hình 1.12 a Leishmania đại thực bào, b: Leishmanias infantum đại thực bào bị phá huỷ, nhuộm Giemsa vết bơi tuỷ xương 28 Hình 1.13 Bản đồ phân bố 21 loài leishmania gây bệnh cho người 28 Hình 1.14 Dạng promastigotes amastigotes nhuộm Giemsa vật kính 100 29 Hình 1.15 Vòng đời Leishmania infantum 30 Hình 1.16 Bản đồ di truyền gen rDNA (nằm nhiễm sắc thể số 27) với độ dài đoạn tương ứng loài leishmania 32 Hình 1.17 kDNA maxicircle, gen thành phần độ dài đoạn loài leishmania: L major, L donovani, L amazonensis, L braziliensis L tarentolae 36 Hình 1.18 kDNA minicircle lồi leishmania mảnh thành phần CSB: Khối trình tự bảo tồn 37 Hình 1.19 Leishmaniasis tổng hợp Trung Quốc 2004-2010 44 Hình 1.20 Leishmaniasis tổng hợp Thái Lan 2004-2010 44 Hình 1.21 Leishmaniasis báo cáo Việt Nam 45 Hình Quy trình giải trình tự gen NGS với mẫu dương tính với nhóm leishmania61 Hình 2.2 Đo nồng độ DNA Qubit 62 Hình 3.1 Các điểm thu thập thành phần loài muỗi cát tỉnh miền Bắc Việt Nam, 2016 72 Hình 3.2 Sự phân bố muỗi cát tỉnh nghiên cứu, 2016 79 Hình 3.3 Kết RT-PCR sàng lọc flavivirus muỗi cát 80 Hình 3.4 Tỷ lệ sàng lọc flavivirus muỗi cát 81 Hình 3.5 Kết định lồi flavivirus web https://www.rivm.nl .82 Hình 3.6 Kết Nested-PCR sàng lọc leishmania muỗi cát 84 Hình 3.7 Cây chủng loại phát sinh gen kDNA minicircle mẫu thu thập Ninh Bình (Vietnam/NB28062006) 87 Hình 3.8 Cây chủng loại phát sinh gen kDNA minicircle mẫu thu thập Sơn La (Vietnam/SL210102016) 88 Hình 3.9 Cây chủng loại phát sinh gen NST 27 mẫu thu thập Quảng Ninh (Vietnam/QN01062016) 90 Hình 3.10 So sánh trình tự mẫu thu thập Quảng Ninh (Vietnam/QN01062016) với chủng L donovani CP022642.1 91 Hình 3.11 So sánh trình tự mẫu thu thập Quảng Ninh (Vietnam/QN01062016) với chủng L infantum LR812960.1 92 Hình 4.1 Khố định loại vắn tắt hình ảnh muỗi cát Việt Nam 95 Hình 4.2 Hình ảnh phần đầu, bụng phần phụ sinh dục Ph yunshengensis 97 Hình 4.3 Hình thái hàm 100 Hình 4.4 Các trình tự khuếch đại mồi cFD2 FS778 flavivirus 104 Hình 4.5 Sự phân bố địa lý véc tơ muỗi cát giới theo loài leishmania ổ chứa động vật Cựu Tân Thế giới 110