Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Nghiên cứu xác định và phân tích một số gen chức năng trong Salmonella spp. phân lập từ thịt gia cầm bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới.
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Nguyễn Thành Trung NGHIÊN CỨU XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH MỘT SỐ GEN CHỨC NĂNG TRONG Salmonella spp PHÂN LẬP TỪ THỊT GIA CẦM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI LUẬN ÁN TIẾN SĨ VI SINH VẬT HỌC Hà Nội – 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Nguyễn Thành Trung NGHIÊN CỨU XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH MỘT SỐ GEN CHỨC NĂNG TRONG Salmonella spp PHÂN LẬP TỪ THỊT GIA CẦM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI LUẬN ÁN TIẾN SĨ VI SINH VẬT HỌC Mã sỗ: 42 01 07 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Phạm Xuân Đà TS Trần Thị Thanh Huyền Hà Nội – 2023 iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ vii MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đặc điểm sinh học Salmonella 1.1.1 Một số đặc điểm chung Salmonella 1.1.2 Đặc điểm hình thái 1.1.3 Tính chất ni cấy 1.1.4 Sức đề kháng Salmonella 1.1.5 Phân loại Salmonella 1.1.6 Khả gây bệnh Salmonella 1.1.7 Cấu trúc hệ gen Salmonella .10 1.1.8 Plasmid 12 1.2 Tình hình nhiễm, kháng kháng sinh, kháng chất tẩy rửa Salmonella 13 1.2.1 Tình hình nhiễm kháng kháng sinh giới 13 1.2.2 Tình hình nhiễm kháng kháng sinh Việt Nam 20 1.2.3 Tình hình kháng chất tẩy rửa Salmonella 21 1.3 Cơ chế kháng họ gen liên quan đến tính kháng Salmonella 23 1.3.1 Cơ chế kháng kháng sinh Salmonella họ kháng sinh Beta lactam 23 1.3.2 Gen độc lực, đảo SPI Salmonella 28 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .33 2.1 Đối tượng, địa điểm, thời gian nghiên cứu .33 2.1.1 Đối tượng 33 2.1.2 Địa điểm 33 2.1.3 Thời gian thực 33 iv 2.2 Mơi trường, hóa chất, dụng cụ thí nghiệm 33 2.2.1 Môi trường nuôi cấy 33 2.2.2 Chủng chuẩn 34 2.2.3 Kháng huyết Salmonella 34 2.2.4 Kháng sinh 34 2.2.5 Dụng cụ, trang thiết bị máy móc phịng thí nghiệm 34 2.3 Phương pháp nghiên cứu .36 2.3.1 Phương pháp lấy mẫu 36 2.3.2 Phương pháp phân lập khẳng định Salmonella spp 39 2.3.3 Kỹ thuật MALDI – TOF định danh vi sinh vật 40 2.3.4 Phương pháp xác định khả mẫn cảm với kháng sinh 41 2.3.5 Xác định Salmonella sinh enzym β-lactamase 43 2.3.6 Giải trình tự hệ gen chủng Salmonella phân lập 44 2.3.7 Phân tích kết giải trình tự hệ gen chủng Salmonella 49 2.3.8 Phương pháp xác định MIC chất tẩy rửa gen mã hóa khả kháng chất tẩy rửa 51 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 53 3.1 Xác định tỉ lệ nhiễm Salmonella spp thịt gia cầm (gà, vịt ngan) thu thập chợ Hà Nội 53 3.2 Đánh giá mức độ kháng kháng sinh, chất tẩy rửa chủng Salmonella spp phân lập từ thịt gà, vịt ngan 58 3.2.1 Sự nhạy cảm kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập từ gà 69 3.2.2 Sự nhạy cảm kháng sinh chủng Salmonella phân lập từ vịt 69 3.2.3 Sự nhạy cảm kháng sinh chủng Salmonella phân lập từ ngan 69 3.2.4 Kiểu hình kháng kháng sinh Salmonella phân lập từ gà, vịt ngan 70 3.2.5 Đánh giá khả kháng chất tẩy rửa bề mặt số chủng Salmonella spp đa kháng kháng sinh 73 3.3 Kết phân tích gen kháng kháng sinh từ số chủng Salmonella phân lập 84 3.3.1 Đặc điểm hệ gen Salmonella 84 3.3.2 Kết xác định tuýp huyết MLST 88 v 3.3.3 Kết gen kháng kháng sinh 92 3.3.4 Nhóm gen liên kết 103 3.3.5 Kết phân tích hệ gen đơn vị chép plasmid, gen độc SPI 111 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 120 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO 122 PHỤ LỤC .147 vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt AM Viết đầy đủ Tên tiếng việt Ampicillin Kháng sinh ampicillin AMR Antimicrobial resistance kháng thuốc kháng sinh BGS Brilliant green Sulfa agar Thạch BGS BHI Brain heart Infusion Broth Canh thang não tim BKC Benzalkonium chloride BPW Buffered Peptone Water Đệm pepton Chloramphenicol Kháng sinh chloramphenicol C C63PI CAZ CDC The pathogenicity centisome 63 Ceftazidime island of Đảo gây bệnh C63 Kháng sinh ceftazidime Centers for Disease Control and Trung tâm kiểm soát Prevention phòng ngừa dịch bệnh CI Confidence interval Khoảng tin cậy CIP Ciprofloxacin Kháng sinh ciprofloxacin CLSI Clinical Laboratory Institute Standards Viện Tiêu chuẩn xét nghiệm y học Một tập hợp đoạn ADN Contig Contiguous cắt từ trình tự có trình tự phủ vào vii CPC Cetylpyridinium chloride Carbapenem-resistant Vi khuẩn đường ruột kháng Enterobacteriaceae kháng sinh Carbapenem CRO Ceftriaxone Kháng sinh Ceftriaxone CS54 Centisome 54 Nhân CS54 CTX Cefotaxime Kháng sinh Cefotaxime CXM Cefuroxime Kháng sinh Cefuroxime DNA Deoxyribonucleic Acid Axit đêôxiribônuclêic CRE EFSA The European Food Safety Cơ quan An toàn thực phẩm Authority Châu Âu ERY Erythromycin Kháng sinh Erythromycin ESBL Extended spectrum beta lactamase Beta-lactamase phổ mở rộng European Committee EUCAST Antimicrobial FOX FSIS on Ủy ban Châu Âu Thử Susceptibility nghiệm tính nhạy cảm với Testing Kháng sinh Cefoxitin Kháng sinh Cefoxitin The Food Safety and Inspection Cơ quan Thanh tra An Service toàn Thực phẩm GI Genomic Island Đảo gen GN Gentamycin Kháng sinh gentamycin viii HACCP I Hazard Analysis and Critical Hệ thống phân tích mối nguy Control Point Systems kiểm sốt điểm tới hạn Intermediate Trung gian KSĐ Kháng sinh đồ LCS Longest Contig Size Độ dài contig dài LIA Lysine Ion agar Thạch Lysin sắt LPS Lipopolysaccharide Lớp lipopolysaccharid National Antimicrobial Resistance Hệ thống giám sát kháng NARMS Monitoring System kháng sinh quốc gia Multidrug Đa kháng thuốc MDR Multidrug Resistance Đa kháng kháng sinh MIC Minimum inhibitory concentration Nồng độ ức chế thấp MD MLST NARMS Multilocus sequence typing The National Định tuýp dựa vào trình tự nhiều locus gen Antimicrobial Hệ thống giám sát kháng Resistance Monitoring System kháng sinh Mỹ OMP Outer Membrane Protein Protein màng PBP Penicillin-binding protein Protein gắn penicillin PLAD Provincial-level divisions administrative Cục Quản lý cấp tỉnh thực phẩm Trung quốc 158 Hình 3.16 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella - 21 159 Hình 3.17 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 22 - 42 160 Hình 3.18 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 22 - 42 161 Hình 3.19 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 43 - 60 162 Hình 3.20 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 43 - 60 163 Hình 3.21 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 61 - 80 164 Hình 3.22 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 61 - 80 165 Hình 3.23 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 79 - 102 166 Hình 3.24 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 79 - 102 167 Hình 3.25 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 103 - 125 168 Hình 3.26 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 103 - 125 169 Hình 3.27 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 128 - 155 170 Hình 3.28 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 128 - 155 171 Hình 3.29 Kết PCR phát gen quaE chủng Salmonella 156 - 172 172 Hình 3.30 Kết PCR phát gen quaEdelta chủng Salmonella 156 - 172