CƠ SỞ DỮ LIỆU Giới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) Cơ sở dữ liệu về cấu trúc (tuần 3) Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4) Các cơ sở dữ liệu  Cơ sở dữ liệu NCBI (National Center for Biotechnology Information)  Cơ sở dữ liệu EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute)  Cơ sở dữ liệu CIB-DDBJ (Center for Information Biology-DNA Data Bank of Japan) Mô hình dữ liệu NCBI  NCBI dựa trên 4 dữ liệu cơ bản: - Bài báo khoa học - Trình tự ADN - Trình tự protein - Cấu trúc ba chiều.  Ngoài ra còn có các cơ sở dữ liệu khác: - Taxonomy - Bản đồ genome Mô hình dữ liệu NCBI: Bài báo khoa học  Tên tác giả  Bài báo: Tên bài báo, tập, số, trang.  Patent  Yếu tố nhận dạng MEDLINE và PubMed: Để truy cập bài báo. - MEDLINE unique identifier (MUID): số nguyên - PubMed (Có chứa tất cả MEDLINE) với yếu tố nhận dạng: PubMed identifier (PMID). - Ghi chú: Bài báo có trong MEDLINE sẽ có cả PMID và MUID. Bài báo chỉ có trong PubMed sẽ chỉ có PMID. - PubMed Central: Bao gồm cả các bài báo điện tử hoặc trước khi xuất bản chính thức trong các tạp chí in. Mô hình dữ liệu NCBI: Yếu tố nhận dạng trình tự (SEQ-Ids)  Locus name: Nhằm cung cấp yếu tố nhận dạng duy nhất - Có trong GenBank, EMBL và DDBJ - Gồm một số số (<=10) và chữ in hoa  Accession Number: - 1 chữ in hoa kèm 5 số - Số mới gồm 2 chữ in hoa kèm 6 số  gi Number (GenInfo Identifiers) : yếu tố nhận dạng cho 1 trình tự riêng biệt, bao gồm: - Trình tự nucleotid từ DDBJ/EMBL/GenBank - Trình tự protein từ dịch mã vùng CDS - Trình tự protein từ SWISS-PROT, PIR, PRF, PDB, patent, … ưu điểm của gi: - Yếu tố nhận dạng trình tự được sử dụng trong nhiều CSDL. - Yếu tố nhận dạng chuyên biệt cho một trình tự chính xác - Yếu tố nhận dạng ổn định và dễ truy cập. Mô hình dữ liệu NCBI: Yếu tố nhận dạng trình tự (SEQ-Ids)  Accession.Version Combined Identifier: Do hợp tác của GenBank, EMBL và DDBJ đưa ra - Vẫn cho phép truy cập một bản ghi chỉ dựa trên số truy cập mà không có phiên bản. - Cho phép truy cập trình tự đã thay đổi sử dụng số truy cập và số phiên bản. - Cho biết trình tự đã thay đổi bao nhiêu lần dựa trên số phiên bản.  Accession Numbers on Protein Sequences: - Accession.version Numbers cũng đã được sử dụng cho trình tự protein trong CDS feature’s /protein ID qualifier. - Gồm 3 chữ in hoa kèm 5 số và 1 số chỉ phiên bản. . C SỞ DỮ LIỆU Giới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) C sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) C sở dữ liệu về c u tr c (tuần 3) C sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4) C c c sở dữ liệu . báo chỉ c trong PubMed sẽ chỉ c PMID. - PubMed Central: Bao gồm c c c bài báo điện tử ho c trư c khi xuất bản chính th c trong c c tạp chí in. Mô hình dữ liệu NCBI: Yếu tố nhận dạng trình tự. CIB-DDBJ (Center for Information Biology-DNA Data Bank of Japan) Mô hình dữ liệu NCBI  NCBI dựa trên 4 dữ liệu c bản: - Bài báo khoa h c - Trình tự ADN - Trình tự protein - C u tr c ba chiều. 