NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chũ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỎNG KÉT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2019 Tên đề tài: CHẦN ĐOÁN VÀ XÁC ĐỊNH ĐẶC ĐIẾM DI TRUYỀN HỌC CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TRÊN CHĨ TẠI TP HỒ CHÍ MINH Số hợp đồng: 2019.01.74/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Thân Văn Thái Đơn vị công tác: Viện Kỳ Thuật Công Nghệ Cao NTT Thời gian thực hiện: 06 tháng (05-12/2019) TP Hồ Chỉ Minh, ngày 25 tháng 11 năm 2019 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TÔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2019 Tên đề tài: CHÁN ĐOÁN VÀ XÁC ĐỊNH ĐẶC ĐIẾM DI TRUYỀN HỌC CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TRÊN CHĨ TP HỊ CHÍ MINH Sổ họp đồng: 2019.01.74/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Thân Văn Thái Đơn vị công tác: Viện Kỳ Thuật Công Nghệ Cao NTT Thời gian thực hiện: 06 tháng (05-12/2019) TP Hồ Chỉ Minh, ngày 25 thảng 11 năm 2019 MỤC LỤC MỞ ĐÀU CHƯƠNG TỒNG QUAN TÀI LIỆU CHƯƠNG NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cửu CHƯƠNG KÉT QUẢ VÀ THAO LUẬN 14 CHƯƠNG KÉT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 21 TÀI LIỆU THAM KHẢO 22 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIÉT TẮT CPV: Canine Parvovirus ORF: Khung đọc mở (Open Reading frames) SIRS: Hội chứng đáp ứng viêm tồn thân ARDS: Hội chứng suy hơ hấp cấp tính ALT: Alanine Transaminase AST: Aspartate Transaminase ELISA: Xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme (Enzuyme - Linked Immunosorbent Assay) EIA: Xét nghiệm miền dịch enzyme (Enzyme Immunoassay) PCR: Phản ứng chuồi polymerase (Polymerase Chain Reaction) NCBI: Trung tâm Thông tin Quốc gia Công nghệ sinh học Mỳ (National center for Biotechnology information) BLAST: The Basic Local Alignment and Search Tool DANH MỤC CÁC BẢNG BIÊU, sơ ĐỊ, HÌNH ẢNH Trang Hình 1.1 Bộ gen hoàn chỉnh cùa Canine parvovirus Hình 2.1 Thu thập mầu phân tiêu chảy chó 10 Hình 2.2 Phản ứng ELISA chẩn đốn CPVs 10 Hình 3.1 PCR chấn đoán phát chủng CPVs mẫu phân tiêu chảy chó 16 Hình 3.2 Kiếm tra hiệu chỉnh trình tự gene 17 Hình 3.3 Kết so sánh trang thông tin BLAST NCBI 22 Hình 3.4 Cây phả hệ phân tích mối tuơng quan gen VP2 chủng CPVs nghiên cứu với chùng CPVs tham chiếu 20 DANH MỤC CÁC BẢNG BIÊU Trang Bảng 2.1 Các thành phần phản ứng PCR 11 Bảng 2.2 Cặp mồi sử dụng phản ứng PCR 12 Bảng 2.3 Nhiệt độ thời gian phản ứng PCR 12 Bảng 3.1 Ket xét nghiệm nhanh mầu phân tiêu chảy chó với kít CPV-Ag 14 Bảng 3.2 Ket sau điều trị có bị nhiễm CPVs 15 Bảng 3.3 Kết chẩn đoán CPVs phưong pháp PCR 15 Bảng 3.4 Mức độ tưong đồng nucleotide chủng CPVs nghiên cứu với chủng CPVs tham chiếu 19 TÓM TẮT KÉT QUẢ NGHIÊN cửu Sản phẩm thực đạt Sản phẩn đăng ký thuyết minh > Báo cáo tong họp két đe tài > Báo cáo tong họp kểt đe tài > Bài báo khoa học đăng Ký yếu > Bài báo khoa học đãng tạp chí chuyên ngành Hội Nghị Công Nghệ khoa học chuyên ngành Sinh Học Toàn Quốc Năm 2019 (phụ lục) > Đã đào tạo sinh viên Nguyền Thanh Thoa, Khoa CNSH thực KLTN với nội dung tương đương bào vệ thành công KLTN Hội đong (phụ lục) Thời gian đăng ký: 06 tháng (05-12/2019) Thòi gian nộp báo cáo: 25/11/2019 > Đào tạo 01 sinh viên chuyên ngành CNSH MỞ ĐÀU Canine paroviruses (CPVs) tác nhân gây bệnh tiêu chảy cấp tính nguy hiểm chó, đặc biệt chó độ tuổi từ tuần tới tháng CPVs có khả lây lan nhanh qua đường tiêu hóa thức ăn dụng cụ nhiễm vi-rút Bệnh thường phát triển nhanh vòng từ 3-7 ngày, tỷ lệ tử vong khoảng 10% chó trưởng thành 91% chó Chó nhiễm CPVs khơng có thuốc đặc hiệu đe điều trị mà sử dụng biện pháp truyền dịch, bo sung chất điện giải nhằm tăng cường sức đề kháng, kết hợp sử dụng kháng sinh để tránh bội nhiễm vi khuẩn Do đó, sử dụng vaccine coi phương pháp hiệu phòng trị bệnh CPVs gây Việt Nam quốc gia có số lượng chó ni tương đối lớn có xu hướng ngày tăng, đặc biệt chó ni làm cảnh (thú cưng) Tuy nhiên, việc quản lý chăm sóc gặp nhiều khó khăn chó ni rộng rãi với nhiều loại giống khác nên sức đề kháng khác Bên cạnh yếu tố điều kiện ni dưỡng, vệ sinh, khí hậu nóng am, vv làm cho lây lan bệnh truyền nhiễm trở nên nghiêm trọng Tính đến nay, có số cơng bố nghiên cứu bệnh CPVs chó Việt Nam, nghiên cứu chủ yếu tập trung vào phương pháp chẩn đoán phát hiện, phân lập, đánh giá đặc điểm di truyền chủng CPVs lưu hành Do đó, đe xây dựng sở dừ liệu nhằm kiêm soát lựa chọn vaccine sử dụng phù hợp Việt Nam cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu dịch tề học phân tử CPVs Trong nghiên cứu này, tiến hành thu thập 90 mầu phân tiêu chảy chó số phịng khám Tp Hồ Chí Minh để chẩn đoán với CPVs phản ứng PCR Gen VP2 cùa 10 chủng CPVs giải trình tự để phân nhóm đánh giá đặc diem di truyền Ket cho thấy, phản ứng PCR dương tính với CPVs 75/90 (83.3%) mầu thí nghiệm; phân tích trình tự gen VP2 cho thấy 10 chùng CPVs thuộc nhóm CPV2c, chia sẻ mức độ tương đong cao trình tự nucleotide với với chùng tham chiếu, 99.8-100% 98.4-99.0% Kết cho thấy cần tiếp tục nghiên cứu đặc điểm dịch tề phân tử học cần thiết để dự đoán xu hướng phát triển CPVs tương lai đánh giá hiệu loại CPV vắc-xin sử dụng nước ta CHƯƠNG TÔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Khái niệm lịch sử bệnh tiêu chảy chó parvovirus Parvovirus chó (Canine parvovirus, CPV) loại vi-rút truyền nhiễm gây nên bệnh viêm ruột xuất huyết cấp tính viêm co tim chó, đặc biệt chó chưa tiêm vaccine sáu tháng tuổi [1] Bệnh CPV gây xuất vào cuối năm 1970 công nhận lần vào năm 1978 dựa phát chủng vi-rút đột biến gây bệnh bạch cầu mèo sau lây lan rộng phạm vi toàn giới Từ đầu năm 1979-1981, lưu hành chủng CPV2 ban đầu dần thay chủng CPV-2a Từ năm 1983- 1984, CPV-2a thay CPV-2b, khác với loại 2a có epitope nằm vị trí protein 426 cùa lớp vỏ protein VP2 Sau đó, thay đoi kháng nguyên CPV-2 không chép gây bệnh mèo biến chép chó quan sát thấy chủng gọi CPV-2c (đột biến Glam-426) phân lập từ chó nhà Ý vào năm 2000 Biến thể phát rộng rãi Việt nam nhiều nước giới [2] 1.2 Phân loại Canine parvovirus Phân loại khoa học: Họ (familia) : Parvoviridae Phân họ (isolate) : Parvovirinae Chi (genus) : Protoparvovỉrus Loài (species) : Canine parvovirus Hiện có hai loại Parvovirus lây nhiễm chó CPV-1 CPV-2 Trong CPV2 có phân nhóm CPV-2a, CPV-2b CPV-2c Các mầu kháng nguyên dạng biến thể CPV CPV-2a CPV-2b tương tự với CPV-2 gốc biến thể CPV-2c đánh giá có tính kháng ngun/tính độc mạnh 1.3 cấu trúc Canine parvovirus Canine parvovirus vi-rút DNA sợi đơn, đường kính từ 20-26 nm Bộ genome CPVs dài khoảng 5,3kb, phân chia thành vùng mã hóa bao gồm VP1, VP2, CPVgpl, CPVgp2, CPVgp5 Trong có gen mã hóa protein cấu trúc (VP1, VP2, CPVgp5) gen mã hóa protein khơng cấu trúc (CPVgp2, CPVgp5) vỏ capsid CPVs tạo thành từ phức hợp khoảng 60 hai protein cấu trúc VP1 (84 kDa) VP2 (67 kDa) với tỷ lệ tương đương khoảng 10% 90% (Rhode SL., 1985) Ngoài ra, protein VP2 yếu to độc lực có vai trị quan trọng khả gây bệnh kích thích hệ thống miễn dịch hình thành kháng the trung hịa; protein VP hình thành nên cấu trúc khối 20 mặt (icosahedral) đối xứng giúp vi-rút có khả chống lại axit, bazơ, dung môi nhiệt độ lên đến 50°C [3] Genes CPVgp2 NP_M14001 VP1 CPVgpl ► ► _ ► CPVgp5 ► Hình 1.1 Bộ gen hồn chỉnh Canine parvovirus [4] 1.4 Các đường lây nhiễm Canine parvovirus Canine parvovirus có khả chống lại tác động cùa nhiệt độ, chất tấy rửa cồn nên chúng có the tồn lâu từ năm tháng trở lên mơi trường tự nhiên có khả lây nhiễm cao Nguồn lây nhiễm CPV chất thải từ phân chó bệnh, dễ dàng lây truyền qua lơng chân chó bị nhiễm bệnh vật bị ô nhiễm lồng giày Bệnh lây nhiễm trực tiếp tiếp xúc với phân chó bệnh hay tiếp xúc gián tiếp qua quần áo, giày dép, thiết bị, dây xích, chuồn ni nhốt, da người tiếp xúc với mầm bệnh hay môi trường bị ô nhiễm bệnh viện thú y, cửa hàng thú cưng, sở chăn ni thương mại [5] Vì việc quản lý chăm sóc gặp nhiều khó khăn chó ni rộng rãi với nhiều loại giống khác nên sức đề kháng khác Bên cạnh yeu tố điều kiện nuôi ... Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TÔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2019 Tên đề tài: CHÁN ĐOÁN VÀ XÁC ĐỊNH ĐẶC ĐIẾM DI TRUYỀN HỌC CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TRÊN CHĨ TP HỊ CHÍ... chó parvovirus Parvovirus chó (Canine parvovirus, CPV) loại vi-rút truyền nhiễm gây nên bệnh viêm ruột xuất huyết cấp tính viêm co tim chó, đặc biệt chó chưa tiêm vaccine sáu tháng tuổi [1] Bệnh. .. thể Canine parvovirus (CPV-2a, CPV-2b CPV-2c) không ảnh hưởng đến đặc di? ?m tăng trưởng [14], Cũng năm 2018, De la Torre D cộng xác định di? ??n biến thể chó, đặc tính phân tử biến thể Canine parvovirus