Đang tải... (xem toàn văn)
Tăng cường năng lực giám sát và khống chế bệnh lở mồm long móng (LMLM) trên trâu bò và heo để góp phần tăng cường an toàn sinh học cho quốc gia - Milestone 3
Ministry of Agriculture & Rural Development Báo cáo kỹ thuật Dự Án CARD 072/04 VIE “ Tăng cường lực giám sát khống chế bệnh lở mồm long móng (LMLM) trâu bị heo để góp phần tăng cường an toàn sinh học cho quốc gia” Milestone Hoạt động hiệu phịng thí nghiệm tham chiếu quốc gia phịng thí nghiệm cấp Vùng By Chris Morrissy Mục lục Thông tin đơn vị _ lược dự án _ Báo cáo tóm tắt _ 4 Giới thiệu bối cảnh _ 5 Hoạt động hiệu phịng thí nghiệm tham chiếu quốc gia phịng thí nghiệm cấp vùng 5.1 5.2 Xây dựng lực 5.3 Những điểm đánh ý Quảng bá Kết luận _ Phụ lục _10 7.1 Phụ lục 1: Phiếu quản lý xét nghiệm, phiếu kết quả, mẫu lưu trữ kết đối chứng nội thí dụ LMLM 3ABC ELISa 10 7.2 Phụ lục 2:Kết định serotype LMLM Việt Nam 2005-2009 _ 14 7.3 Phụ lục :Kết giải mã gen từ 2005-2009 dự án 15 7.4 Phụ lục 4:Kết giám sát huyết 24 Thông tin đơn vị Tên dự án : CARD 072/04 VIE Đơn vị Việt Nam Trung Tâm Thú Y Vùng TP Hồ Chí Minh ( Cơ Quan Thú Y Vùng VI ) Giám đốc dự án phía Việt Nam Bs Đồng Mạnh Hòa Đơn vị Úc Australian Animal Health Laboratory (AAHL), PMB 24, Geelong, 3213, Australia Nhân Úc Mr Chris Morrissy Ngày bắt đầu 01/06/2005 Ngày kết thúc ( theo dự kiến ban 01/06/2008 đầu) Ngày kết thúc ( thay đổi) Chu kỳ báo cáo Cán liên lạc Ở Úc: Cố vấn trưởng Tên: Mr Chris Morrissy Telephone: +61 5227 5000 Chức vụ Diagnostic Virologist Fax: +61 5227 5555 Supervisor Mammalian Virology Tổ chức Australian Laboratory Animal (AAHL), Health Email: PMB chris.morrissy@csiro.au 24, Geelong, 3213, Australia Ở Úc: Đầu mối liên hệ hành Tên : Mr Chris Morrissy Telephone: +61 5227 5000 Chức vụ : Patents Contracts Officer Fax: +61 5227 5555 Tổ chức Australian Animal Health Email: Laboratory (AAHL), PMB 24, Geelong, 3213, Australia christopher.morrissy@csiro.au Ở Việt Nam Tên : Bs Đồng Mạnh Hòa Telephone: + 84 8568220 Chức vụ : Giám đốc Fax: + 84 38569050 Tổ chức Trung Tâm Thú Y Vùng TP Hồ Email: Chí Minh ( Cơ Quan Thú Y Vùng VI ) rahchcmc@hcm.vnn.vn Trích lược dự án Sự tăng cường lực chẩn đoán cho phép xác định định danh sớm virus LMLM giúp cho công tác khống chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn ni sản xuất Mục đích dự án tăng cường gấp đôi khả giám sát chẩn đốn bệnh lớ mồm long móng (LMLM) ( bệnh khác) cấp độ phịng thí nghiệm trường, điều tra lưu hành type virus LMLM Việt Nam việc sử dụng vaccin thất bại Các phịng thí nghiệm cấp vùng xây dựng với nguyên vật liệu phương pháp sẳn sàng để xác định virus LMLM thực xét nghiệm huyết học Chiến lược khống chế LMLM sở nắm bắt dịch tễ cải thiện qua lớp tập huấn cán phịng thí nghiệm thú y sở Dự án làm bật tầm quan trọng phải có hệ thống phịng thí nghiệm để xác định điều xảy trường làm cách để ngăn chặn, kiểm soát ổ dịch Những khu vực thí điểm xây dựng tỉnh có biên giới Việt Nam với nước để nghiên cứu serotype virus thực địa để xác định nguồn gốc chúng Số lượng chất lượng mẫu ngày cải thiện, cung cấp nhiều liệu tình hình lưu hành bệnh LMLM Việt Nam Các nghiên cứu phân lập virus sinh học phân tử tiến hành mẫu thu thập từ trường nghiên cứu dịch tễ học phân tử mẫu virus phân lập từ tỉnh đưa nhìn sâu hiệu kiểm soát lưu hành virus LMLM vùng biên giới Sự tăng cường lực chẩn đoán cho phép phát xác định sớm bệnh LMLM giúp cho công tác khống chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn nuôi nhờ tăng xuất sản xuất Báo cáo tóm tắt Trong suốt q trình thực dự án, hoạt động ngồi trường phịng thí nghiệm ngày cải thiện tốt Chất lượng xét nghiệm chẩn đoán Trong suốt dự án, chuyên viên từ AAHL làm việc với phịng thí nghiệm chẩn đốn – Cơ Quan Thú y vùng VI ( Tp Hồ Chí Minh) , Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương (Hà Nội) , Cơ Quan Thú y vùng VII (Cần Thơ) Cơ Quan Thú y vùng IV (Đà Nẵng) nhằm tăng cường lực chẩn đoán LMLM theo dõi tiến trình dự án Phịng thí nghiệm Cơ Quan Thú y vùng VI Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương thiết lập kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM bao gồm phân lập virus, trung hoà virus, ELISA, PCR kỹ thuật giải mã gen Dự án hợp tác với phòng nghiên cứu NAVETCO để thiết lập lực chẩn đoán huyết học bệnh LMLM kỹ thuật ELISA Hiện nay, Cơ quan Thú y vùng VI thiết lập kỹ thuật Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương ứng dụng kỹ thuật để chẩn đoán bệnh khác Việt Nam Ví dụ: Cơ quan Thú y vùng VI phân lập virus đậu dê, PRRS CSF; Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương dùng kỹ thuật phân lập virus để phát chủng virus PRRS Việt Nam Phịng thí nghiệm Cần Thơ Đà Nẵng có lực chẩn đoán định serotype xét nghiệm huyết học sau tiêm phòng LMLM kỹ thuật LP-ELISA Thêm vào đó, Cơ quan Thú y vùng VI đào tạo kỹ thuật sản xuất kháng nguyên sản xuất kháng nguyên từ virus LMLM phân lập Việt Nam để dùng phản ứng ELISA để chẩn đoán bệnh LMLM Sự phát triển kỹ thuật cho thấy Cơ quan thú Y Vùng VI có khả khắc phục khó khăn kỹ thuật ELISA giải khó khăn ni cấy virus LMLM Nhân viên Cơ Quan Thú y vùng VI Trung tâm chẩn đoán Thú y Trung ương tập huấn theo kế hoạch năm dự án theo dự án hợp tác khác AAHL Đối với hoạt động trường, số lượng chất lượng mẫu giám sát định type gởi đến phịng thí nghiệm có cải thiện rõ rệt Điều giúp cho Cục Thú y hiểu rỏ lưu hành serotype LMLM Việt Nam tự tin để tổ chức đợt giám sát huyết diện rộng Số lượng liệu thu thập qua giai đoạn dự án cải thiện đáng kể Hiện Cơ quan Thú y vùng VI có phịng dịch tễ dự án giúp nhân viên phát triển kỹ dịch tễ áp dụng giám sát huyết thanh, kiểm sốt ổ dịch điều tra tìm ngun nhân thất bại việc chủng ngừa Kết giám sát huyết dự án xem xét đưa báo cho thấy thành công cơng tác tiêm phịng tỷ lệ nhiễm LMLM Dữ liệu trình bày họp OIE/SEA FMD thuộc vùng Đông Nam Á Cục Thú y Dự án mời đến nhiều họp vùng để trình bày liệu kiểm soát LMLM Việt Nam Với kết nêu trên, Việt Nam trở thành ví dụ cho quốc gia khác khu vực việc loại thơng tin thu thập q trình giám sát huyết điều tra ổ dịch Các hoạt động kết hợp với dự án xây dựng lực AusAID giúp dự án đạt mục tiêu kết hợp huấn luyện kỹ thuật PCR giải mã gen virus LMLM song song với giải mã gene virus cúm gia cầm, PRRS dịch tả heo phân lập từ Việt Nam Dịch cúm gia cầm PRRS tác động mạnh đến hoạt động phịng thí nghiệm hoạt động trường dự án làm công việc đội ngũ nhân viên Cục Thú Y bị tải Giới thiệu bối cảnh Mục tiêu dự án Thiết lập mạng lưới phịng thí nghiệm để chẩn đốn kiểm sốt bệnh LMLM thông qua việc đào tạo nhân viên phương pháp xét nghiệm theo quy định quản lý chất lượng Cung cấp số liệu xác để lý giải thất bại vaccin chương trình khống chế LMLM đề xuất chiến lược sử dụng vaccin có hiệu Khi hồn thành mục tiêu không nâng cao lực chẩn đốn phịng thí nghiệm thú y Việt nam mà cịn giúp huấn luyện cơng tác điều tra khống chế bệnh cho cán thú y Cục thú y Do tăng cường lực cho ngành thú y , quan có vai trò quan trọng , giúp cho Việt Nam tăng khả cạnh tranh trình hội nhập kinh tế Cải thiện sức khỏe vật nuôi làm phát triển sản xuất vùng nông thôn nhờ tăng sản phẩm chăn nuôi gián tiếp tăng sản lượng trồng Vật nuôi khỏe mạnh giúp người chăn nuôi nhỏ tăng khả cạnh tranh thị trường nội địa Việc khống chế LMLM bệnh khác tạo điều kiện cho hộ nghèo có thu nhập ổn định, giảm tác động bất lợi từ tự nhiên kinh tế Việc thiết lập hệ thống chẩn đoán trải dài từ Bắc tới Nam Việt nam, từ phịng thí nghiệm đến trại chăn ni củng cố qua huấn luyện đào tạo thường xuyên giúp Việt Nam thiết lập mơ hình kiểm sốt dịch bệnh Điều trực tiếp làm tăng khả cạnh tranh, sản xuất chăn nuôi hệ thống ngành Nông nghiệp Việt Nam tập trung chủ yếu vùng trọng điểm thuộc đồng sông Cửu long duyên hải miền Trung Mục tiêu cụ thể cho phịng thí nghiệm • Tài liệu đào tạo cho phịng thí nghiệm bao gồm nhiều kỹ thuật chẩn đốn • Thiết lập kỹ thuật xét nghiệm Cơ quan thú y vùng VI ( TP Hồ Chí Minh ) Trung tâm chẩn đoán thú y trung ương ( Hà Nội) giúp phịng thí nghiệm hoạt động phịng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia • Thiết lập kỹ thuật ELISA Cơ quan thú y vùng IV ( Đà Nẳng), Cơ quan thú y vùng VII ( Cần Thơ) phịng thí nghiệm NAVETCO giúp phịng thí nghiệm hoạt động phịng thí nghiệm cấp vùng • Các quy trình hướng dẫn gửi mẫu, quản lý mẫu phản hối kết xét nghiệm • Xây dựng kiểm tra hồ sơ quản lý chất lượng Xem xét hồ sơ quản lý kết đối chứng nội xét nghiệm phịng thí nghiệm Hướng thực chiến lược Phương thức chuyển giao kỹ thuật thiết lập AAHL thành công áp dụng cho dự án trước Vietnam, Thailand Indonesia Phương pháp tiếp cận dự án coi thích hợp cho việc phát triển hiểu biết dịch tễ học LMLM Vietnam Các nghiên cứu thực địa giám sát huyết học thiết kế, lên kế hoạch với Cục thú y để có thơng tin cần thiết xác thể tình hình LMLM Viet Nam hiệu vaccin LMLM Các kỹ thuật chẩn đoán sử dụng dự án xét nghịêm tiêu chuẩn sử dụng rộng rãi giới nghiên cứu LMLM theo hướng dẫn Tổ chức thú y giới OIE Các chuyên viên AAHL có nhiều kinh nghiệm điều tra thực địa để xác định tỷ lệ lưu hành kháng thể dự án ACIAR Laos Thailand LMLM Philippines ví dụ khác, nơi mà xét nghiệm chẩn đoán tiêu chuẩn theo OIE sử dụng để khống chế loại trừ bệnh LMLM Hoạt động hiệu phịng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia phịng thí nghiệm cấp vùng 5.1 Những điểm đáng ý Các thành tựu dự án • Các kỹ thuật chẩn đốn sau thiết lập phịng thí nghiệm tham gia dự án: Cơ quan Thú Y Vùng VI Trung Tâm Chẩn Đoán Thú Y Trung Ương thiết lập kỹ thuật nuôi cấy tế bào, phân lập virus, trung hòa virus, xác định kháng thể kháng nguyên ELISA, PCR giải mã gene Cơ quan thú y vùng IV vùng VII có khả chẩn đoán định serotype kỹ thuật ELISA (phát kháng nguyên) để xác định ổ dịch giám sát kháng thể bệnh LMLM để giám sát huyết sau tiêm phịng phản ứng ELISA • Hệ thống chất lượng áp dụng phòng thí nghiệm chẩn đốn FMD bao gồm phương pháp tiêu chuẩn hóa, xây dựng hệ thống đối chứng nội lưu giữ liệu xet nghiệm tốt Tiêu chuẩn hóa phương pháp xét nghiệm phương pháp ELISA, nuôi cấy tế bào, PCR, giải mã gene thu thập liệu (ví dụ: phương pháp ELISA đính kèm email gởi báo cáo này.) Các phiếu quản lý xét nghiệm, bảng kết báo cáo hệ thống đối chứng lưu giữ theo mẫu ( thí dụ mẫu ELISA phụ lục 1) • Đã tăng cường cộng tác phịng thí nghiệm ngày tốt từ dự án bắt đầu • Cải thiện chất lượng số lượng mẫu gửi đến phịng thí nghiệm để định type LMLM ( tổng kết kết định serotype phụ lục 2) Điều giúp cho Cục Thú Y hiểu rõ lưu hành serotype virus LMLM Việt Nam Chất lượng mẫu thu thập cải thiện giúp phân lập virus từ mẫu trường, điều chưa thực tốt trước có dự án, nhờ việc giải mã gene virus LMLM phân lập thực tốt • Giải mã gene, phân loại kiểu gene phân tích gần 100 mẫu virus FMD phân lập Việt Nam từ năm 2006 Sự giải mã phân tích kiểu gene thực AAHL nhà khoa học AAHL Cơ quan Thú y vùng VI Dữ liệu mã gene gửi đến phịng thí nghiệm tham chiếu LMLM giới để chứng thực so sánh với virus LMLM khác phân lập Thông tin chia với chương trình khống chế LMLM vùng Đơng Nam Á (SEAFMD) nhằm hỗ trợ dự án cấp vùng kiểm soát LMLM • Giải mã gene/ định kiểu gene 2006/2008 Serotype O: topotype Cathay (33%), ME-SA (PanAsia) (6%) & SEA (Myanmar 98) (41%) Heo: chủ yếu Cathay & SEA Trâu bò: chủ yếu SEA Serotype A: Thailand/Malaysia 97 Vaccine LMLM Serotype A dùng cần chuyển từ từ A 22 sang A Malaysia 97 (kể kháng nguyên cho xét nghiệm huyết học) Serotype Asia 1: Jiangsu-China-2005 (được phân lập từ miền Bắc miền Trung) Myanmar (được phân lập từ miền Trung) Đã khẳng định có nguồn gốc virus LMLM serotype Asia tồn Việt Nam 10 • Các phân tích trình tự gene virus LMLM phân lập từ Việt Nam dùng để so sánh với trình tự gene virus LMLM khắp giới trình bày bảng phụ lục • Chất lượng số lượng mẫu huyết gởi đến phịng thí nghiệm để làm phản ứng huyết học ELISA cải thiện giúp cục Thú Y có hiểu biết rõ nguy đàn gia súc với LMLM tình hình tiêm chủng vaccine Việt Nam Giám sát huyết thanh: thực hai lần năm lấy mẫu lần đầu trước tiêm chủng lần thứ hai sau tiêm chủng Dữ liệu từ giám sát huyết cho thấy tỷ lệ tiêm phòng số lượng gia súc có nguy bị nhiễm LMLM (Ví dụ: bảng tóm tắt ví dụ đính kèm theo e-mail) Có thể đưa khuyến cáo nhằm cải thiện tinh hình giám sát huyết • Một số mẫu huyết xét nghiệm lại nhằm so sánh hiệu giá kháng thể mẫu từ tỉnh phép xác định huyết học serotype lưu hành Các kết khẳng định xét nghiệm kết hợp giửa phát kháng thể kháng kháng nguyên không cấu trúc 3ABC 3ABC-ELISA chuẩn độ kháng thể kháng kháng nguyên cấu trúc LP-ELISA dùng để xác định serotype LMLM lưu hành ngoai trường (xem bảng phụ lục 4) • Trong suốt dự án, chuyên gia AAHL thăm phịng thí nghiệm để Thiết lập kỹ thuật ELISA chẩn đốn bệnh LMLM chuẩn hóa kỹ thuật Đánh giá kháng nguyên Cơ quan thú Y vùng VI sản xuất từ mẫu virus phân lập Việt Nam để sử dụng cho phản ứng ELISA Việc sản xuất kháng nguyên LMLM cho ELISA giúp cho phịng thí nghiệm chủ động bắt đầu cho thấy có khả tự sản xuất nguyện liệu phục chẩn đoán Thiết lập xem xét lại kỹ thuật nuôi tế bào phân lập virus LMLM từ trường Nuôi tế bào kỹ thuật quan trọng dùng để phân lập nuôi cấy virus LMLM giúp thực phân tích sâu virus kỹ thuật PCR giải mã gene Kỹ thuật nuôi tế bào ứng dụng để thực phản ứng huyết trung hòa virus để phân lập virus gây bệnh khác đậu dê cừu, dịch tả heo, PRRS Xem xét lại kỹ thuật phân tử thiết lập trình tự bước thực để xử lý mẫu kiểm tra để đảm bảo chất lượng kết phản ứng Đánh giá hồ sơ đảm bảo chất lượng thu thập liệu để kết lưu trữ kết hiểu 11 cố vấn việc kiểm soát LMLM dự án sữ dụng mơ hình để bổ sung cho kế hoạch kiểm soát LMLM họ Mặc dù giám sát khống chế cúm gia cầm gần bệnh PRRS cấp thiết phủ Việt Nam cam kết thực kiểm soát bệnh LMLM Điều chứng minh hoạt động chương trình kiểm sốt LMLM quốc gia hàng năm Dự án cho thấy cần thiết phải có cộng tác phịng thí nghiệm thú y sở kiểm soát LMLM, kết giám sát huyêt sau tiêm phòng phòng thí nghiệm cung cấp giúp hiểu hiệu tiêm phịng tình hình nhiễm bệnh gia súc Đối với phịng thí nghiệm, điều quan trọng phải có ngun liệu xét nghiệm thích hợp với chủng virus lưu hành trường (cũng cho thấy tầm quan trọng việc tăng cường định danh virus LMLM) trường, thông tin từ trường kết hợp với kết phịng thí nghiệm giúp đánh giá tình hình xác Điều quan trọng hệ thống thú y kiểm sốt dịch bệnh, cần phải có mối quan hệ bền vững phịng thí nghiệm trường để đảm bảo kết đánh giá thu xác Dự án thiết lập tiêu chuẩn cần thiết để hệ thống phịng thí nghiệm hoạt động có hiệu quả, học từ dự án áp dụng việc đối phó với ổ dịch cúm gia cầm có độc lực cao PRRS Việt Nam cho dự án điều tra 14 Phụ lục Mẫu quản lý xét nghiệm, kết lưu trữ kết đối chứng nội , lấy xét nghiệm FMD 3ABC ELISA làm thí dụ: 7.1.1 Phiếu quản lý xét nghiệm 3ABC C-ELISA Tên xét nghiệm : FMD 3ABC COMPETITION ELISA Số đăng ký Ký hiệu mẫu Tên xét nghiệm (3ABC c-ELISA): Người giám sát: Ngày phủ đĩa: Người thực hiện: Ngày thực xét nghiệm: Người thực hiện: Phương pháp rữa đĩa: Tủ ấm: Máy lắc đĩa: Các pipettes: Số đĩa: Pha kháng nguyên 3ABC: Số lô kháng thể phát : Số lơ kháng thể phát hiện: Pha lỗng huyết đối chứng huyết mẫu: Ngày sản xuất dung dịch phủ đĩa: Ngày sản xuất dung dịch Block: Số lơ Conjugate: Pha lỗng conjugate: Thời gian ủ Substrate: Ngày báo cáo kết Ký tên 15 7.1.2 Kết sơ đồ đĩa Sơ đồ đĩa ELISa 10 11 12 A S1 S1 S9 S9 S17 S17 S25 S25 S33 S33 C++ C++ B S2 S2 S10 S10 S18 S18 S26 S26 S34 S34 C++ C++ C S3 S3 S11 S11 S19 S19 S27 S27 S35 S35 C+ C+ D S4 S4 S12 S12 S20 S20 S28 S28 S36 S36 C+ C+ E S5 S5 S13 S13 S21 S21 S29 S29 S37 S37 C- C- F S6 S6 S14 S14 S22 S22 S30 S30 S38 S38 OD OD MAX MAX OD OD MAX MAX CC CC G S7 S7 S15 S16 H S8 S15 S16 S23 S24 S23 S24 S31 S32 S31 S32 S39 S40 S39 S40 S8 7.1.3 Phiếu quản lý chất lượng Ngày C++ C+ C- OD Max Kháng Số Đăng ký nguyên Serotype Ghi Chuẩn Chuẩn Chuẩn Tỷ lệ ức Tỷ lệ ức Tỷ lệ ức chế chế chế 80 – 100% 50 – 80% < 30% 0.8 – 1.5 16 Mhân viên 7.1.4 Tóm tắt qui trình FMD – 3ABC C-ELISA Phủ đĩa 50μl/giếng 3ABC(D) baculovirus-expressed antigen (protein thơ hịa tan được) pha lỗng 1:2000 Carbonate Bicarbonate Coating Buffer Ủ lắc đĩa 37OC (Có thể để 4OC, ủ qua đêm) Rửa đĩa lần với dung dịch PBS Block đĩa với 100uL/giếng Blocking buffer Ủ lắc đĩa 30 phút 37OC Rửa đĩa lần với dung dịch PBS Thêm 40uL Blocking buffer vào giếng sau thêm 10uL huyết trộn mẫu (dùng pipette trộn lên xuống) ODmax and Background (Bkg) giếng nhận 50uL Blocking buffer Ủ lắc đĩa 30 phút 37OC KHƠNG RỬA ĐĨA Pha lỗng chicken egg antibody pool 1:100 Blocking buffer thêm 50uL vào tất giếng, trực tiếp phía tên mẫu test Mỗi giếng Bkg nhận 50uL buffer 10 Ủ lắc đĩa 30 phút 37OC 11 Trong thời gian ủ, chuẩn bị conjugate (ít 30 phút trước dùng.) 12 Rửa đĩa lần với dung dịch PBS 13 Thêm vào 50μl/giếng conjugate 14 Ủ lắc đĩa 37OC 15 Chuẩn bị substrate (KHƠNG ĐƯỢC HOẠT HĨA) 16 Rửa đĩa lần với dung dịch PBS 17 Thêm 100μl Substrate cho giếng 18 Ủ nhiệt độ phịng 10 phút (KHƠNG lắc) 19 Dừng phản ứng với 100μl Stopping Solution 20 Đọc đĩa với máy đọc có bước sóng 450nm 17 Phụ lục 7.2 Kết định serotype virus LMLM Việt Nam từ 2005-2009 Năm Tổng lượng mẫu Các mẫu Các mẫu Các mẫu Âm tính/ Khơng (Cơ Quan Thú Y vùng VI dương tính dương tính dương tính phù hợp Trung Tâm Chẩn Đoán Serotype O Serotype A Thú y trung Ương) 2005 Serotype Asia 251 207 17 13 12/2 216 180 17 11 6/2 803 663 128/4 506 467 33/4 224 177 7/0 123 115 7/0 154 86 59 * RAHO - 2006 2007 2008 *poor quality sample was a 22 14 0 problem north 8/0 2009 18 2/0 in Phụ lục Thí dụ thơng tin giải mã gen dự án 7.3 kết giải mã gen virus LMLM serotype O 2008-2009 48 FMDV/Type O/08-6415-E2 65 FMDV/Type O/08-6415 E3 FMDV/Type O/08-6924 E4 100 FMDV/Type O/08-5515-12 99 71 FMDV/Type O/08-5515-14 49 O/UKG/35/2001|AJ539141| ME-SA 56 O/India/53/79|AF292107| ME-SA O/O1 Manisa/87|AY593823| ME-SA 70 67 O/India/R2/75|AF204276| ME-SA O/MYA/7/98|DQ164925| SEA 56 94 O/CAM/3/98|AJ294910| SEA O/SUD/2/86|DQ165075| EA3 O/KEN/83/79|AJ303511| EA1 99 68 94 O/UGA/5/96|AJ296327| EA1 73 O/GHA/5/93|AJ303488| WA 100 O/CIV/8/99|AJ303485| WA O/MAL/1/98|DQ165074| EA2 O/UGA/3/2002|DQ165077| EA2 100 63 O/KEN/5/2002|DQ165073| EA2 O/ISA/9/74|AJ303502| ISA-1 92 100 O/ISA/8/83|AJ303503| ISA-1 O/ISA/1/62|AJ303500| ISA-1 O/ISA/1/74|AJ303501| ISA-2 100 61 O/JAV/5/72|AJ303509| ISA-2 O/Corrientes/Arg/06|DQ834727| EURO-SA 70 O/O3 Venezuela/51|AJ004645| EURO-SA 91 O/O2Brescia/ITL/47|M55287| EURO-SA 58 39 O/O1BFS 1860/UK/67|AY593815| EURO-SA O/HKN/21/70|AJ294911| Cathay O/HKN/6/83|AJ294919| Cathay 100 O/PHI/7/96|AJ294926| Cathay 100 O/Yunlin/TAW/97|AF308157| Cathay 84 44 FMDV/Type O/08-4856 100 FMDV/Type O/08-4923-4 64 FMDV/Type O/08-4923-3 100 FMDV/Type O/09-1045-KH2 FMDV/Type O/09-1045 KH3 100 FMDV/Type O/09-1045 KH5 FMDV/Type O/09-1045 KH6 0.01 19 Report on 34 FMDV O VP1 sequences from Vietnam received from AAHL Software: MEGA No of Taxa : 173 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VITaahl1.meg Data Title : Vietnam Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== ->Method : Neighbor-Joining ->Phylogeny Test and options : Bootstrap (500 replicates; seed=64238) Include Sites : ============================== ->Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion ->Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== ->Model : Nucleotide: Maximum Composite Likelihood ->Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions ->Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) ->Rates among sites : Uniform rates No of Sites : 639 No Of Bootstrap Reps = 500 Only bootstrap vales of 70% and above are shown 8 9 104A A HL 0738K TPHCM 84A A HL 0748BG2 BaRiaV ungTau 86A A HL 0745 DongNai 107A A HL 0758T TPHCM 106A A HL 0751QM TPHCM 87A A HL 0750 PhuY en 85A A HL 0748PH1 BaRiaV ungTau 103A A HL 06467 Soc trang 90A A HL 0779DH1 LongA n 82A A HL 0708 LamDong 89A A HL 0762 DongNai 112A A HL 06466 TPHCM O/V IT/7/2006 O/V IT/5/2006 O/V IT/4/2006 O/V IT/6/2006 O/TA I/15/05* ( TRRL) O/TA I/14/05* (TRRL) 0 O/TA I/3/2003 ( DQ164981) O/MA Y /1/2005 O/MA Y /2/2005 0 O/V IT/6/2005 0 O/MY A /4/2004 O/MY A /5/04* (TRRL) O/TA I/21/05* (TRRL) O/MA Y /9/2007 O/MA Y /7/2007 9 O/MA Y /4/2007 O/MA Y /5/2007 9 O/MA Y /6/2007 66A A HL ThanhHoa O/MA Y /5/2006 0 O/TA I/8/2004 O/TA I/37/04* ( TRRL) O/MY A /3/04* (TRRL) O/MY A /4/04* (TRRL) O/TA I/5/99 O/MY A /2/2000 ( DQ164927) O/V IT/4/2005 O/TA I/36/04* ( TRRL) 0 O/MY A /1/04* (TRRL) O/MY A /2/04* (TRRL) O/TA I/189/87* ( TRRL) O/TA I/2/2000 (DQ164979) 0 O/MA Y /1/2002 (DQ164923) O/TA I/44-2/02R2B3* (TRRL) O/TA I/8/99 (DQ164977) O/BUR/2/89 0 9 O/V IT/2/97 O/V IT/7/97 O/CA M/12/94 O/CA M/3/98 O/CA M/6/99 0 O/CA M/1/98 O/CA M/2/98 O1/Manis a/TUR/69 ( A J251477) O/LA O/17/2003 (DQ164912) 0 O/LA O/2/2006 O/LA O/19/2003 (DQ164913) O/LA O/20/2003 O/MA Y /1/2006 O/MA Y /2/2006 O/MA Y /7/2005 O/MA Y /3/2005 0 O/MA Y /4/2005 O/MA Y /6/2005 O/MA Y /3/2006 O/MA Y /9/2005 9 O/LA O/3/2006 O/LA O/4/2006 O/LA O/31/2003 (DQ164918) O/LA O/28/2003 (DQ164916) O/LA O/23/2003 (DQ164915) O/TA I/20/04R2* (TRRL) O/V IT/1/2004 (DQ165032) O/LA O/21/2003 (DQ164914) O/LA O/5/2006 O/LA O/30/2003 (DQ164917) O/LA O/12/2003 (DQ164910) 0 O/LA O/11/2003 (DQ164909) O/LA O/13/2003 ( DQ164911) O/LA O/3/2003 (DQ164908) 98A A HL 06452T TienGiang 0 101A A HL 06459CT1 LongA n 9 O/CA M/4/2006 O/V IT/17/2005 O/V IT/14/2002 (DQ165026) O/V IT/1/2003 (DQ165030) 0 0 O/CA M/2/2000 (A J318828) O/CA M/4/2000 (A J318829) O/TA I/2/2003 ( DQ164980) 9 O/V IT/8/2004 9 O/V IT/7/2005 O/V IT/7/2004 9 O/V IT/16/2002 (DQ165027) O/V IT/12/2002 ( DQ165024) O/V IT/3/2005 O/TA I/1/2000 O/V IT/6/2002 ( DQ165020) O/V IT/20/2002 (DQ165029) O/V IT/7/2002 O/V IT/10/2002 ( DQ165023) O/TA W/2/99 O/SKR/1/2000 (A J318854) O/JPN/2000 (A B050978) O/SKR/2/2002 O/TA I/9/99 (DQ164978) O/HKN/6/83 109A A HL 06482T Soc Trang 113A A HL 06482 Soc Trang 99A A HL 06453V Soc Tr ang 100A A HL 06457H CaMau 114A A HL 06443 CanTho 110A A HL 06476 115A A HL 06457 CaMau 102A A HL 06463 V inhLong 105A A HL 0739 CanTho 92A A HL 0757 V inhLong 88A A HL 0753 CanTho 111A A HL 0716 75 CanTho 116A A HL 0715C V inhLong O/V IT/3/2006 0 O/V IT/1/2006 O/V IT/2/2006 83A A HL 0716 CanTho 95A A HL 06430 HauGiang 96A A HL 06434B HauGiang 9 93A A HL 0779CD1 LongA n 97A A HL 06443T Bac Lieu 9 O/MA Y /8/2005 O/V IT/9/2005 9 O/V IT/1/2005 0 O/PHI/21/2003 ( DQ164953) O/PHI/23/2003 ( DQ164954) O/TA I/54-1/05B1* (TRRL) O/TA I/54- 2/05B1* ( TRRL) O/TA I/53-2/05* (TRRL) O/TA I/64- 1/05* ( TRRL) 0 O/TA I/64-2/05* (TRRL) O/TA I/35/05B2* ( TRRL) 0 108A A HL 0735 DongThap O/V IT/2/2004 (DQ165033) O/V IT/3/2004 (DQ165034) O/V IT/11/2005 9 O/TA W/81/97 0 O/TA W/4/99 O/TA W/83/97 O/HKN/16/96 O/PHI/5/95 ( DQ164946) O/PHI/7/96 O/V IT/3/97 O/V IT/13/2002 ( DQ165025) O/HKN/7/96 O/HKN/20/96 9 O/HKN/12/2005 O/HKN/15/2005 O/HKN/14/2005 O/HKN/9/2005 O/HKN/10/2005 9 O/HKN/17/2005 O/HKN/18/2005 O/HKN/19/2005 0 O/HKN/20/2005 O/HKN/25/2005 O/HKN/24/2005 O/HKN/3/2006 4 O/HKN/22/2005 O/HKN/23/2005 O/HKN/1/2006 O/HKN/5/2006 O/HKN/2/2006 O/HKN/4/2006 O1/BFS 1860/UK/67 (J02185) 9 9 N.J Knowles & J Wadsworth, March 2008 Page of 0.02 20 SE A M E -SA CAT H AY E U R O -S A SEA topotype 8 9 1 0 104A A HL 0738K TPHCM 84A A HL 0748BG2 BaRiaV ungTau 86A A HL 0745 DongNai 107A A HL 0758T TPHCM 106A A HL 0751QM TPHCM 87A A HL 0750 PhuY en 85A A HL 0748PH1 BaRiaV ungTau 103A A HL 06467 Soc trang 90A A HL 0779DH1 LongA n 82A A HL 0708 LamDong 89A A HL 0762 DongNai 112A A HL 06466 TPHCM O/V IT/7/2006 O/V IT/5/2006 O/V IT/4/2006 O/V IT/6/2006 O/TA I/14/05* ( TRRL) 0 O/TA I/3/2003 (DQ164981) O/MA Y /1/2005 O/MA Y /2/2005 9 O/V IT/6/2005 0 O/MY A /4/2004 O/MY A /5/04* (TRRL) O/TA I/21/05* (TRRL) O/MA Y /9/2007 O/MA Y /7/2007 9 O/MA Y /4/2007 O/MA Y /5/2007 O/MA Y /6/2007 66A A HL ThanhHoa 67A A HL LangSon O/MA Y /5/2006 0 O/TA I/8/2004 O/TA I/37/04* (TRRL) O/MY A /3/04* (TRRL) O/MY A /4/04* (TRRL) O/TA I/5/99 O/MY A /2/2000 (DQ164927) O/V IT/4/2005 O/TA I/36/04* (TRRL) 0 O/MY A /1/04* (TRRL) O/MY A /2/04* (TRRL) 8 O/TA I/189/87* (TRRL) O/TA I/2/2000 (DQ164979) 0 O/MA Y /1/2002 (DQ164923) O/TA I/44-2/02R2B3* (TRRL) O/TA I/8/99 (DQ164977) O/BUR/2/89 9 O/V IT/2/97 O/V IT/7/97 O/CA M/12/94 O/CA M/3/98 O/CA M/6/99 0 O/CA M/1/98 O/CA M/2/98 0.02 21 O/TA I/15/05* ( TRRL) ME-SA topotype O1/Manis a/TUR/69 ( A J251477) O/LA O/17/2003 ( DQ164912) O/LA O/2/2006 O/LA O/19/2003 (DQ164913) O/LA O/20/2003 O/MA Y /1/2006 O/MA Y /2/2006 O/MA Y /7/2005 O/MA Y /3/2005 0 O/MA Y /4/2005 O/MA Y /6/2005 O/MA Y /3/2006 O/MA Y /9/2005 9 O/LA O/3/2006 O/LA O/4/2006 O/LA O/31/2003 ( DQ164918) O/LA O/28/2003 ( DQ164916) O/LA O/23/2003 ( DQ164915) O/TA I/20/04R2* ( TRRL) O/V IT/1/2004 ( DQ165032) O/LA O/21/2003 ( DQ164914) O/LA O/5/2006 O/LA O/30/2003 ( DQ164917) O/LA O/12/2003 ( DQ164910) 0 O/LA O/11/2003 ( DQ164909) O/LA O/13/2003 (DQ164911) O/LA O/3/2003 ( DQ164908) 98A A HL 06452T TienGiang 0 101A A HL 06459CT1 LongA n 9 O/CA M/4/2006 O/V IT/17/2005 O/V IT/14/2002 ( DQ165026) O/V IT/1/2003 ( DQ165030) O/CA M/2/2000 ( A J318828) O/CA M/4/2000 ( A J318829) O/TA I/2/2003 ( DQ164980) 9 O/V IT/8/2004 9 O/V IT/7/2005 O/V IT/7/2004 9 O/V IT/16/2002 ( DQ165027) O/V IT/12/2002 ( DQ165024) O/V IT/3/2005 O/TA I/1/2000 O/V IT/6/2002 ( DQ165020) O/V IT/20/2002 ( DQ165029) O/V IT/7/2002 O/V IT/10/2002 ( DQ165023) O/TA W/2/99 O/SKR/1/2000 ( A J318854) O/JPN/2000 ( A B050978) O/SKR/2/2002 O/TA I/9/99 ( DQ164978) 0 9 8 1 0 0.01 Page of 22 CATHAY topotype O/HKN/6/83 9 9 0 7 9 0 109A A HL 06482T Soc Tr ang 113A A HL 06482 Soc Trang 99A A HL 06453V Soc Tr ang 100A A HL 06457H CaMau 114A A HL 06443 CanTho 110A A HL 06476 115A A HL 06457 CaMau 102A A HL 06463 V inhLong 105A A HL 0739 CanTho 92A A HL 0757 V inhLong 88A A HL 0753 CanTho 111A A HL 0716 75 CanTho 116A A HL 0715C V inhLong O/V IT/3/2006 O/V IT/1/2006 O/V IT/2/2006 83A A HL 0716 CanTho 95A A HL 06430 HauGiang 96A A HL 06434B HauGiang 9 93A A HL 0779CD1 LongA n 97A A HL 06443T Bac Lieu O/MA Y /8/2005 O/V IT/9/2005 9 O/V IT/1/2005 0 O/PHI/21/2003 ( DQ164953) O/PHI/23/2003 ( DQ164954) O/TA I/54- 1/05B1* ( TRRL) O/TA I/54-2/05B1* (TRRL) O/TA I/53- 2/05* ( TRRL) O/TA I/64-1/05* (TRRL) 0 O/TA I/64-2/05* (TRRL) O/TA I/35/05B2* (TRRL) 108A A HL 0735 DongThap O/V IT/2/2004 (DQ165033) O/V IT/3/2004 (DQ165034) O/V IT/11/2005 9 O/TA W/81/97 O/TA W/4/99 O/TA W/83/97 O/HKN/16/96 O/PHI/5/95 (DQ164946) O/PHI/7/96 O/V IT/3/97 O/V IT/13/2002 (DQ165025) O/HKN/7/96 O/HKN/20/96 O/HKN/12/2005 O/HKN/15/2005 O/HKN/14/2005 O/HKN/9/2005 O/HKN/10/2005 9 O/HKN/17/2005 O/HKN/18/2005 O/HKN/19/2005 O/HKN/20/2005 O/HKN/25/2005 O/HKN/24/2005 O/HKN/3/2006 O/HKN/22/2005 O/HKN/23/2005 O/HKN/1/2006 O/HKN/5/2006 O/HKN/2/2006 O/HKN/4/2006 0.02 Page of 23 No of Taxa : 154 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VIT2006B.MEG Data Title : Vietname - AAHL Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== Method : Neighbor-Joining Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64238) Include Sites : ============================== Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) Rates among sites : Uniform rates No of Sites : 639 No Of Bootstrap Reps = 1000 * Not a WRLFMD ref no IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar) TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong N.J Knowles, 12 Feb 2007 ME-SA SEA 9 EURO-SA CATHAY O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O /P A K /9 /2 0 O /P A K /1 /2 0 9 O /N E P /2 /2 0 O /N E P /5 /2 0 ( D Q 6 ) O /B H U /1 /2 0 ( D Q ) O /B H U /4 /2 0 O /B H U /4 /2 0 ( D Q ) O /B H U /4 /2 0 ( D Q ) O /B H U /2 /2 0 ( D Q ) O /B H U /2 /2 0 ( D Q 4 ) O /B H U /3 /2 0 ( D Q 5 ) O /B H U /3 /2 0 ( D Q ) O /B H U /4 /2 0 ( D Q ) O /P A K /9 /2 0 O /P A K /1 /2 0 O /P A K /6 /2 0 O /P A K /4 /2 0 O /P A K /1 /2 0 O /J O R /5 /2 0 9 O /J O R /6 /2 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 O / IR N / / 0 9 O /M A Y /6 /2 0 ( D Q 5 ) O /M A Y /7 /2 0 O /M A Y /9 /2 0 0 O /M A Y /7 /2 0 O /M A Y /3 /2 0 0 O /M A Y /4 /2 0 O /M A Y /3 /2 0 O /M A Y /6 /2 0 O /M A Y /1 /2 0 O /M A Y /2 /2 0 O / IN D / / * ( IV R I) O / IN D / / * ( IV R I) 0 O / IN D / 5 / * ( IV R I) O /L A O /1 /2 0 ( D Q 1 ) O /L A O /1 /2 0 ( D Q 9 ) 0 O /L A O /5 /2 0 O /L A O /2 /2 0 ( D Q ) O /L A O /2 /2 0 ( D Q ) O /L A O /2 /2 0 ( D Q ) O / V IT / / 0 ( D Q ) O /L A O /3 /2 0 O /L A O /4 /2 0 9 0 O / V IT / / 0 V IT / - * ( A A H L ) O / V IT / / 0 O / T A I/ / 0 ( D Q ) O /J P N /2 0 ( K a n n o ) O / T A I/ / 9 ( D Q ) O /S K R /2 /2 0 O /S K R /1 /2 0 ( A J 8 ) O /T A W /2 /9 O /M A Y /2 /2 0 ( A J 8 ) O / T A I/ / 0 O / V IT / / 0 O / V IT / / 0 0 O / V IT / / 0 O /L A O /1 /2 0 ( D Q ) O /L A O /2 /2 0 0 O / M a n is a / T U R / ( A J 7 ) O /L A O /4 /9 ( D Q ) 9 O / T A I/ / 9 ( D Q 7 ) O /M A Y /1 /2 0 ( D Q ) 0 O / T A I/ 4 - / R B * ( T R R L ) 9 O /M Y A /1 /8 ( D Q ) O / T A I/ / * ( T R R L ) 9 O / T A I/ / 0 0 O / T A I/ / 0 O /M A Y /5 /2 0 O /M Y A /3 /0 * ( T R R L ) O /M Y A /4 /0 * ( T R R L ) O /M Y A /1 /9 O /M Y A /5 /9 ( D Q ) O /M Y A /2 /2 0 ( D Q ) O /M A Y /2 /2 0 O /M A Y /3 /2 0 ( D Q ) 0 O / T A I/ / 0 O / V IT / / 0 O /M A Y /5 /2 0 ( D Q ) 9 O /M A Y /6 /2 0 ( D Q 2 ) O /L A O /4 /2 0 ( D Q ) O /L A O /2 /2 0 O /M Y A /7 /2 0 ( D Q ) O / T A I/ / 0 9 O /M A Y /1 /2 0 O /M A Y /2 /2 0 O / T A I/ / 0 ( D Q ) O / V IT / / 0 V IT / - * ( A A H L ) O / V IT / / 0 O / V IT / / 0 0 O / V IT / / 0 V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / 2 - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) O / V IT / / 0 V IT / - * ( A A H L ) O /B F S /U K /6 O /H K N /6 /8 O / P H I/ / 0 ( D Q ) O / P H I/ / 0 O / P H I/ / 0 ( D Q ) O /T A W /4 /9 O / P H I/ / ( D Q ) O / P H I/ / O /H K N /1 /2 0 O /H K N /1 /2 0 0 O / T A I/ / 0 O / V IT / / 0 ( D Q 3 ) 0 V IT / - * ( A A H L ) O / V IT / 1 / 0 0 V IT / 3 - * ( A A H L ) O / V IT / / 0 O / V IT / / 0 9 V IT / - * ( A A H L ) 0 O /M A Y /8 /2 0 V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / 1 - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) V IT / - * ( A A H L ) O / V IT / / 0 V IT / - * ( A A H L ) 0 0 24 A/VIT/10/2005 A/VIT/44-05* (AAHL) A/VIT/43-05* (AAHL) A/VIT/8/2005 78 A/VIT/13/2005 98 A/VIT/45-05* (AAHL) A/TAI/45/04* (TRRL) 95 A/TAI/48-2/04R2* (TRRL) A/TAI/66/04R1* (TRRL) A/TAI/3-3/05* (TRRL) 75 A/TAI/1/05R2B2* (TRRL) A/TAI/4/05R1* (TRRL) A/TAI/6/05* (TRRL) A/TAI/3/2005 A/VIT/10/2004 A/VIT/6/2004 95 97 A/VIT/42-04* (AAHL) A/TAI/9/2004 A/VIT/4/2004 70 A/LAO/36/2003 A/LAO/1/2006 A/MAY/4/2003 A/TAI/8/04R2* (TRRL) A/VIT/12/2004 A/TAI/28-04* (TRRL) A/TAI/11/2003 70 A/TAI/12/2003 A/TAI/6/2004 A/TAI/11/04* (TRRL) A/TAI/2/04R2* (TRRL) A/TAI/10/2003 72 A/TAI/4/2003 A/TAI/5/2003 A/TAI/4/04R2* (TRRL) A/TAI/7/2003 A/TAI/6-3/04* (TRRL) A/MAY/1/2003 77 A/MAY/3/2003 A/TAI/8/2003 A/TAI/3507/47R2* (TRRL) A/VIT/11/2004 A/VIT/5/2004 94 99 A/VIT/9/2004 A/TAI/11/2005 A/VIT/18/2005 A/VIT/14/2005 100 A/VIT/46-05* (AAHL) A/TAI/7/2002 A/MAY/2/2002 100 85 A/TAI/3/2002 A/TAI/3/2001 A/TAI/2/2002 A/TAI/1/2001 A/TAI/2/97 (EF208778) A/TAI/6/99 A/TAI/2/98 A/TAI/1/99 A/TAI/4/2005 A/TAI/7/2005 100 A/MAY/5/2005 A/TAI/2/2005 A/TAI/14-1/04* (TRRL) A/TAI/118/87* (EF208777) A/IND/68/2001* (AF390659) A/IND/7/82 (1980) 86 No of Taxa : 93 Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\a\VIT2005B.MEG Data Title : Vietnam A (AAHL) Data Type : Nucleotide (Coding) Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== Method : Neighbor-Joining Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64843) Include Sites : ============================== Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding Substitution Model : ============================== Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) Rates among sites : Uniform rates No of Sites : 642 N.J Bootstrap 12 = 1000 No OfKnowles,RepsFeb 2007 * Not a WRLFMD ref no IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar) TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong N.J Knowles, 12 Feb 2007 99 99 75 71 99 75 100 A/IND/17/77* (AF204108) A22/IRQ/24/64 (AJ251474) A/IRN/87 A/SAU/41/91 A/IRN/22/99 (EF208772) A/IRN/1/96 (EF208771) A/SAU/23/86 86 A/BHU/41/2002 100 A/BHU/7/2003 A/BHU/27/2003 100 78 ASIA 99 100 A15/Bangkok/TAI/60 (AY593755) A/EGY/1/2006 (EF208757) A/K35/80* A/K5/80* A10/HOL/42 (M20715) A24/Cruzeiro/BRA/55 (K03340) 99 AFRICA 87 EURO-SA 97 89 100 86 0.02 25 A/IND/16/2000* (AF390610) A/IND/78/2000* (AF390664) A/IND/50/2000* (AF390653) A/IND/24/2001* (AF390624) A/IND/38/2000* (AF390643) A/IND/173/2000* (AF390616) A/IND/84/2000* (AF390668) A/IND/126/2000* (AF390599) A/IND/80/2000* (AF390665) A/PHI/1/77 A/PHI/10/75 A/PHI/1/76 Asia Sequence sp147 Da Nang sp148 North 3kimron iso61.seq isrl3-63.seq IND 63-72.seq YNBS-58.seq pak iso3.seq Jiangsu-China-2005.seq spl47 spl48 AFG 1-2001 BHU 27-2002 HNK-CHA-05.seq Leb83.seq leb-89 iso89.seq 0.1 26 Phụ lục 7.4.Các kết từ giám sát huyết năm 2007 từ tỉnh thành dự án Bảng sau cho biết kết ELISA cho tỉnh với số gia súc dương tính với serotype sau tiêm phịng vaccine số gia súc có kháng thể kháng ngun khơng cấu trúc dương tính (3ABC ELISA dương tính) bị nhiễm virus LMLM Province DongThap Species Cow Vaccinated O A Asia 3ABC 101 80 79 56 68 Pig BinhPhuoc 120 15 0 Cow 109 43 87 57 Pig KienGiang 0 60 0 0 Cow 60 42 59 59 13 Pig LongAn Cow Pig TayNinh 0 0 Cow 120 32 30 23 40 Pig AnGiang 117 0 0 Cow 120 79 56 37 44 Pig 0 67 29 40 17 0 0 Cow 120 95 119 115 Pig 0 0 Cow *1 1 0 Pig KonTum 120 Cow Pig QuangNam Vaccinated with O, A Asia vaccine Vaccinated in Feb 2007 Samples Collected April 10 2007 0 0 Cow Pig QuangNinh LangSon Lưu ý: Các bảng cho thấy xác định có lưu hành vius LMLM Đồng Tháp huyết học Dữ liệu điều tra huyết dùng thấy serotyp O, A virus LMLM lưu hành tỉnh Đồng Tháp năm 2007 Dữ liệu cho thấy hai serotype A O lưu hành năm 2007 Mẫu từ trường ( ổ dịch ) gửi đến phịng thí nghiệm, phát serotype O Nhưng kết huyết học cho thấy có khả co1 serotype O A lưu hành 27 Sample B09 B10 B15 B16 B17 B19 B20 B21 B22 B23 B26 B27 B29 B31 B32 B33 B34 B35 B44 B46 Field Sample number Serotype O Titer final PI 1280 52 320 58 80 53 80 65 80 57 640 65 2560 56 320 55 1280 54 1280 53 320 58 80 58 80 63 80 57 80 56 80 61 80 57 1280 56 80 60 320 56 Elisa Result PI Type O LP ELISA RESULT 2007 Serotype A Serotype Asia Titer final PI Titer final PI 320 57 80 57 160 56 40 52 1280 54 80 53 1280 54 80 54 320 53 40 56 2560 56 80 67 2560 67 80 74 320 61 40 65 320 56 80 57 320 57 80 57 2560 65 320 57 320 56 80 52 320 64 80 56 640 58 80 53 640 65 160 53 320 72 160 53 640 67 320 52 2660 63 320 54 80 57 40 52 320 65 80 63 Elisa Result PI Titre Type A Elisa Result PI Titre Asia Titre B-242 68 160 70 160 38 neg B-250 55 160 68 160 73 80 B-253 74 320 70 320 71 160 B-254 70 320 71 320 70 160 B-257 67 160 60 320 29 neg B-260 65 160 53 640 69 80 B-263 70 160 62 640 65 160 B-264 59 160 57 320 41 neg B-265 63 160 75 640 75 160 B-269 72 160 77 1280 77 320 14A-B12 67 160 55 320 76 80 14A-B14 72 160 70 320 69 80 14A-B24 74 320 59 640 73 80 14A-B25 70 320 57 640 70 80 14A-B47 65 80 64 160 65 80 14A-B48 73 160 59 320 72 80 14A-B49 65 160 57 640 54 160 14A-B87 56 160 51 640 63 80 160 51 640 71 71 160 68 640 74 Vaccinated in 2007 with O, A Asia vaccine All 3ABC Negative Outbreak O 2006/07 & A 2005 Can Serology be used to identify circulating FMDV? 80 14A-B89 All 3ABC Positive Outbreak O 2006/07 & A 2005 Can Serology be used to identify circulating FMDV? Serum from Dong Thap 2007 80 14A-B88 Serum from Dong Thap 2007 Vaccinated in 2007 with O, A Asia vaccine 80 28 ... O/KEN/5/2002|DQ1650 73| EA2 O/ISA/9/74|AJ3 035 02| ISA-1 92 100 O/ISA/8/ 83| AJ3 035 03| ISA-1 O/ISA/1/62|AJ3 035 00| ISA-1 O/ISA/1/74|AJ3 035 01| ISA-2 100 61 O/JAV/5/72|AJ3 035 09| ISA-2 O/Corrientes/Arg/06|DQ 834 727| EURO-SA... B-2 53 74 32 0 70 32 0 71 160 B-254 70 32 0 71 32 0 70 160 B-257 67 160 60 32 0 29 neg B-260 65 160 53 640 69 80 B-2 63 70 160 62 640 65 160 B-264 59 160 57 32 0 41 neg B-265 63 160 75 640 75 160 B-269 72... O/Yunlin/TAW/97|AF308157| Cathay 84 44 FMDV/Type O/0 8-4 856 100 FMDV/Type O/0 8-4 92 3- 4 64 FMDV/Type O/0 8-4 92 3- 3 100 FMDV/Type O/0 9-1 045-KH2 FMDV/Type O/0 9-1 045 KH3 100 FMDV/Type O/0 9-1 045 KH5 FMDV/Type O/0 9-1 045