Hướng dẫn cài ñặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server Trong bài viết này, sẽ giới thiệu với các bạn cách xây dựng giải pháp BIKA LIMS ñộc lập trên hệ thống Ubuntu server. Trước tiên, cần tải và cài ñặt Ubuntu Hardy Heron 8.04 từ Ubuntu repository Tại ñây chúng ta dùng LIMSERVER là tên của máy tính, giá trị USERNAME và PASSWORD bất cứ lúc nào cần thiết. Lựa chọn openssh và LAMP server tại những giá trị yêu cầu. Thêm vào ñó, hãy chắc chắn rằng LIMSERVER có thể truy cập qua giao thức WWW. và không bị chặn bởi tường lửa hay bất cứ ứng dụng nào khác. Khi cài ñặt thành công Ubuntu, ñăng nhập vào hệ thống và kiểm tra ñịa chỉ IP và các vấn ñề khác có liên quan tới DHCP server tới LIMSERVER bằng lệnh sau: ifconfig ðịa chỉ LIMSERVER local ip là giá trị số theo dãy ñịa chỉ ñầu tiên của inet. Ví dụ inet addr:192.168.2.8 có nghĩa ñịa chỉ local ip là 192.168.2.8 (không phải 127.0.0.1 vì ñó là ñịa chỉ loopback). Ghi nhớ lại những thiết lập này và tiếp tục làm việc với những máy tính khác trông cùng hệ thống. Tiến hành tải và cài ñặt ứng dụng tty client trên hệ thống ñể giao tiếp với LIMS server. Trong bài viết này chúng ta sử dụng putty. Tiếp theo, mở 1 ssh session (port 22) tới ñịa chỉ ip local của LIMSSERVER và ñăng nhập. Khởi tạo những thư mục phù hợp và cài ñặt các gói phần mềm yêu cầu: DOWNLOAD_DIR=~/temp BUILDS_DIR=~/builddirs MY_PRODUCTS_DIR=~/products Tạo thư mục Plone: SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9 # Plone software PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL # What do you want your Zope instance to be called? INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone Tạo thư mục bika: ROOT_LOGIN='admin' ROOT_PASSWORD='PASSWORD' BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1 BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/ REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4 REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/ BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip BIKAFONTS_DIR=linfonts BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE Cài ñặt những trình biên dịch cần thiết: sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ Tạo thư mục ñể download: mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR Cài ñặt python: sudo apt-get install python2.4 sudo apt-get install python2.4-dev sudo apt-get install python2.4-elementtree “Cách ly” Zope khỏi Internet và cài ñặt: sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR cd $ZOPE_BUILDDIR ./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME Các bạn có thể xem cách sử dụng cú pháp ./ như trên tại ñây. Biên dịch Zope: sudo apt-get install make make make install Chuẩn bị cho zope: $SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD Tải và cài ñặt Plone: sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR Tiếp theo, tạo biến plone ñộc lập: for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*; do echo $i; ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/; done ðối với 1 số phiên bản plone không ñầy ñủ, chúng ta cần cài ñặt thêm gói hỗ trợ plone: sudo apt-get install plone-site Tại thời ñiểm này, các trang Plone ñã ñược cài ñặt và hoạt ñộng mà không cần tới zope. Bước tiếp theo, tải, cài ñặt BIKA LIMS và reportlab: sudo wget $BIKA_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$BIKA_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR sudo wget $REPORTLAB_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzvf $DOWNLOAD_DIR/$REPORTLAB_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR Bạn nhớ chú ý phiên bản reportlab thích hợp với Hardy Heron và tương thích tốt với Ubuntu: sudo apt-get install python-reportlab Chuẩn bị thư mục ñể tải font BIKA và giải nén chúng vào nơi phù hợp: sudo mkdir $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR sudo wget $BIKAFONTS_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo cp $DOWNLOAD_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE sudo apt-get install unzip cd $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR sudo unzip -j $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE Xác ñịnh thư mục cài ñặt report lab: REPORTLAB_INSTALL_LOCATION=`sudo find / -name reportlab -print | grep python2.4` Tạo thư mục ñể chứa font của bika: INSTALLED_FONTS_DIR=$REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/fonts sudo mkdir $INSTALLED_FONTS_DIR sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/* $INSTALLED_FONTS_DIR Trỏ tới ñường dẫn thư mục cài ñặt font bika và copy chúng vào ñây: $INSTALLED_FONTS_DIR Như trong ví dụ này: usr/lib/python2.4/site-packages/reportlab/fonts Bước tiếp theo là ñiều chỉnh file cấu hình của reportlab ñể chỉ ñường dẫn tới bộ font bika: sudo nano $REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/rl_config.py Cài ñặt bika: sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKA_VERSION/PloneProducts/* $INSTANCE_HOME/Products -r sudo cp $INSTANCE_HOME/Products/bika/scripts/start-id-server $INSTANCE_HOME Bây giờ, chúng ta cần chỉnh sửa file zope.conf ñể sử dụng id-server mà chúng ta khởi tạo trên cổng 8081. Nhưng trước tiên, chúng ta phải tìm: ZOPECONF_FILE=`sudo find / -name zope.conf -print` Chỉnh sửa file này bằng ứng dụng nano hoặc các file chỉnh text bình thường: sudo nano $ZOPECONF_FILE Tiếp theo, bạn cần tìm 1 số biến “môi trường” chuyển ñổi và chỉnh lại sao cho giống như sau: <environment> IDServerURL http://localhost:8081 </environment> Lưu thay ñổi này lại và thoát khỏi ứng dụng chỉnh sửa. Cuối cùng, khởi ñộng id-server và zope: su USERNAME $INSTANCE_HOME/start-id-server $INSTANCE_HOME/bin/zopectl start Mở trình duyệt và gõ ñịa chỉ sau: http://LIMSERVERlocalip:8080 Lưu ý rằng thông số LIMSERVERlocalip là ñịa chỉ khi bạn gõ lệnh ifconfig phía trên. ðịa chỉ này sẽ ñưa bạn ñến giao diện quản lý của Zope. ðể bắt ñầu, bạn cần ñăng nhập với tài khoản admin và mật khẩu khởi tạo bên trên. Bạn phải tìm giá trị này trong file ñiều chỉnh mặc ñịnh của zope. Nếu không ñược, hãy quay lại trang ssh và tìm kiếm: sudo find / -name *password* Sau khi thành công, truy cập ñịa chỉ sau ñể bắt ñầu sử dụng hệ thống BIKA: http://LIMSERVERlocalip:8080/bika-site-nam . Hướng dẫn cài ñặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server Trong bài viết này, sẽ giới thiệu với các bạn cách xây dựng giải pháp BIKA LIMS ñộc lập trên. lập trên hệ thống Ubuntu server. Trước tiên, cần tải và cài ñặt Ubuntu Hardy Heron 8.04 từ Ubuntu repository Tại ñây chúng ta dùng LIMSERVER là tên của