ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THANH NHUNG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG LÚA THU THẬP TẠI LÀO VỀ ĐẶC ĐIỂM NÔNG SINH HỌC LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2014 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THANH NHUNG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG LÚA THU THẬP TẠI LÀO VỀ ĐẶC ĐIỂM NÔNG SINH HỌC Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 604230 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: Hà Nội – 2014 TS LÊ HÙNG LĨNH TS ĐỖ THỊ PHÚC LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu luận văn Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, sơ đồ kết luận văn chưa công bố Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Học viên Nguyễn Thanh Nhung i LỜI CẢM ƠN Trước hết, xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Lê Hùng Lĩnh TS Đỗ Thị Phúc, người tận tình hướng dẫn, giúp đỡ bảo hỗ trợ tơi suốt q trình cơng tác thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn tới thầy cô cán công tác Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên giảng dạy tạo điều kiện thuận lợi cho suốt q trình học tập trường Tơi xin chân thành cảm ơn cán bộ, anh chị em Bộ môn Sinh học phân tử- Viện Di truyền Nông nghiệp giúp đỡ động viên q trình cơng tác thực luận văn Cuối xin gửi lời cảm ơn chân thành tới gia đình, bạn bè người thân động viên, khuyến khích giúp tơi vượt qua khó khăn suốt trình nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2014 Học viên Nguyễn Thanh Nhung ii MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHƢ̃ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌ NH vii MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu yêu cầu đề tài 2.1 Mục tiêu 2.2 Yêu cầu Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 3.1 Ý nghĩa khoa học 3.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tượng phạm vi nghiên cứu đề tài 4.1 Đối tượng 4.2 Phạm vi nghiên cứu CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI4 1.1 Giới thiệu chung lúa 1.1.1 Nguồn gốc, phân bố lúa 1.1.2 Phân loại lúa 1.2 Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền lúa 1.2.1 Vị trí tầm quan trọng đa dạng di truyền 1.2.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa nước 1.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa Việt Nam Lào 11 1.2.4 Các phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 13 CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Vật liệu nghiên cứu 22 2.2 Phương pháp nghiên cứu 24 2.2.1 Bố trí thí nghiệm 24 iii 2.2.2 Các tính trạng theo dõi đánh giá 24 2.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền thị ADN 27 2.2.4 Phương pháp phân loại loài 33 2.2.5 Phân tích xử lý số liệu 33 CHƢƠNG 3: KẾT QỦA VÀ THẢO LUẬN 35 3.1 Kết đánh giá số đặc tính nơng học mẫu giống lúa Lào 35 3.1.1 Đa dạng tính trạng hình thái số lượng 35 3.1.2 Đa dạng tính trạng hình thái chất lượng 45 3.2 Kết đánh giá đa dạng di truyền mẫu giống lúa Lào thị SSR 55 3.2.1 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử giống lúa nghiên cứu 55 3.2.2 Hệ số PIC, số alen thể cặp mồi 57 3.2.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giống lúa Lào 60 3.3 Kết phân loại loài mẫu giống lúa Lào 61 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 64 4.1 Kết luận 64 4.2 Đề nghị 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO 65 iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TĂT ADN Axit Deoxyribonucleic AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism (Đa dạng chiều dài đoạn nhân bản) BT7 Bắc Thơm cs Cộng CTAB Cetyltrimethyl Amonium Bromide D/R Tỷ lệ dài/rộng hạt thóc ĐC Đối chứng IRRI International Rice Research Institute (Viện Nghiên cứu Lúa Quốc tế) Kb Kilo base KL Khối lượng NSLT Năng suất lý thuyết PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) PIC Polymorphism Information Content - Chỉ số thông tin đa hình mồi RAPD Random Amplified Polymorphic DNA (ADN đa hình nhân bội ngẫu nhiên) RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa dạng chiều dài đoạn giới hạn) RGA Resistance Gene Analog – Vùng tương đồng gen kháng SNPs Single nucleotide polymorphism - Đa hình nucleotit đơn SSR Simple Sequence Repeats (Sự lặp lại trình tự đơn giản) STS Sequence Tagged Site - Điểm trình tự đánh dấu TBE Tris-Boric Acid-EDTA TE Tris-EDTA TGST Thời gian sinh trưởng TT Thứ tự v DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại chi Oryza Bảng 2.1 Danh sách mẫu giống lúa Lào dùng nghiên cứu 22 Bảng 2.2 Danh sách thị SSR dùng nghiên cứu 73 Bảng 23 Thành phần chất dùng cho phản ứng PCR với mồi SSR 29 Bảng 2.4 Chương trình chạy phản ứng PCR 29 Bảng 3.1 Sự đa dạng tính trạng hình thái số lượng 33 mẫu giống lúa Lào vụ mùa 2012 35 Bảng 3.2 Các yếu tố cấu thành suất 33 mẫu giống lúa thu thập Lào vụ mùa 2012 41 Bảng 3.3 Sự đa dạng kích thước hạt thóc 33 mẫu giống lúa Lào 43 Bảng 3.4 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thân 46 Bảng 3.5 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng 48 Bảng 3.6 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 49 Bảng 3.7 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng bơng 50 Bảng 3.8 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng hoa hạt 51 Bảng 3.9 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử giống lúa nghiên cứu 55 Bảng 3.10 Chỉ tiêu số alen số đa dạng di truyền PIC thị nghiên cứu 59 Bảng 3.11 Kết phân loại dung dịch phenol 33 mẫu giống lúa Lào giống đối chứng 62 vi DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Sơ đồ tiến hóa hai lồi lúa trồng Hình 2.1 Bản đồ vùng thu thập mẫu giống lúa Lào 22 Hình 3.1 Sự đa dạng chiều cao 33 mẫu giống lúa Lào 37 Hình 3.2 Sự đa dạng khối lượng 1000 hạt mẫu giống lúa 40 Hình 3.3 Sự đa dạng tính trạng hình thái thân 47 mẫu giống lúa nghiên cứu 47 Hình 3.4 Đa dạng hình thái tính trạng chất lượng lúa 33 mẫu giống lúa Lào47 Hình 3.5 Đa dạng tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 33 mẫu giống lúa Lào50 Hình 3.6 Đa dạng hình thái chất lượng 33 mẫu giống lúa Lào 51 Hình 3.7: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM110 58 Hình 3.8: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM18 58 Hình 3.9 Quan hệ di truyền 33 giống lúa Lào BT7 dựa 20 thị SSR 61 Hình 3.10 Phân loại loài mẫu giống lúa nghiên cứu 63 vii MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Nguồn tài nguyên di truyền thực vật đóng vai trị quan trọng sản xuất nông nghiệp theo hướng đa dạng hóa, đại hóa Do khác biệt điều kiện tự nhiên mà nước có nguồn tài nguyên thực vật khác Trong xu hội nhập quốc tế, hợp tác chia sẻ thông tin kinh nghiệm trao đổi nguồn gen góp phần khai thác có hiệu tiềm nguồn gen địa nhập nội lai tạo nhiều giống mới, thúc đẩy phát triển sản xuất nông nghiệp nước Hợp tác khu vực quốc tế lĩnh vực sử dụng hiệu bền vững nguồn tài nguyên thực vật thực cần thiết để góp phần thực mục tiêu an ninh lương thực mà Hội thảo kỹ thuật quốc tế tài nguyên di truyền thực vật lần thứ IV đề ra, nhằm phấn đấu giảm lượng dân số đói nghèo xuống nửa vào năm 2015 Lúa (Oryza sativa L.) lương thực quan trọng Hàng năm, quốc gia Châu Á tiêu thụ tới 90% sản lượng lúa gạo giới Cộng hào Dân chủ Nhân dân Lào nước có nhiều giống lúa cổ truyền với nguồn gen phong phú dùng để tạo giống lúa cải tiến với đặc tính mong muốn Theo điều tra, đánh giá sơ tập đoàn lúa địa phương Lào cho thấy nguồn vật liệu quý phong phú tính trạng chất lượng, chống chịu sâu bệnh điều kiện bất thuận môi trường chịu úng, chịu ngập, chịu mặn…Bên cạnh công tác thu thập bảo tồn, công tác nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen có ý nghĩa quan trọng việc lưu giữ, bảo tồn nguồn gen lúa phục vụ công tác chọn giống Nghiên cứu đa dạng di truyền dựa vào tính trạng hình thái, nơng học phương pháp cổ điển sử dụng rộng rãi khơng địi hỏi trang thiết bị đắt tiền, bố trí thí nghiệm phức tạp mà đảm bảo hiệu định, giúp nhà nghiên cứu phân biệt giống cách nhanh chóng đồng ruộng [8] CHƢƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận 1.Các tính trạng hình thái nơng học 33 mẫu giống lúa Lào phong phú đa dạng Phần lớn mẫu giống lúa Lào có TGST trung ngày vụ Mùa, 20/33 mẫu giống thuộc loại hạt to NSLT trung bình đạt 69,64 tạ/ha Kết đánh giá đa dạng di truyền 20 cặp thi SSR 33 mẫu giống lúa Lào với giống đối chứng Bắc thơm thu 82 loại alen khác nhau, trung bình 4,1 alen/locus Tỷ lệ dị hợp tử cao 20% giống VL62 Trong số 33 mẫu giống lúa nghiên cứu 25 giống khơng có alen di hợp tử giống cịn lại có alen di hợp tử Hệ số tương đồng di truyền giống dao động khoảng từ 0,112 đến 0,87, trung bình 0,535 Qua phân tích thị phân tử phân mẫu giống lúa Lào thành nhóm riêng biệt, nhóm I gồm 22 giống, nhóm II gồm 11 giống Trong số 33 mẫu giống lúa Lào nghiên cứu có 22 giống (chiếm 66,7%) thuộc loài phụ Indica và11 giống (chiếm 33,3%) thuộc loài phụ Japonica phân loại dung dịch phenol Bước đầu chọn 10 giống VL22, VL47, LP36, LP13, LP37, LP30, VL30, LP29, LP04, VL74 giới thiệu để tiếp tục nghiên cứu trồng Việt Nam 4.2 Đề nghị Tiếp tục đánh giá đa dạng di truyền tập đồn lúa hình thái nông học phân tử , khai thác đặc tính có lợi để phục vụ cho cơng tác lai tạo, bảo tồn nguồn tài nguyên di truyền lúa Lào Việt Nam Tiếp tục đánh giá 10 giống triển vọng để giới thiệu mở rộng sản xuất đáp ứng nhu cầu chất lượng gạo ngày cao người tiêu dùng 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1995), Ứng dụng công nghệ sinh học cải tiến giống lúa, NXB Nơng nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999), "Ứng dụng DNA marker đánh giá quỹ gen lúa", Báo cáo khoa học, Hội nghị Cơng nghệ sinh học tồn quốc, Hà Nội, – 10/12/1999, tr 1216 - 1273 Cục Bảo vệ môi trường (2007), Khái niệm đa dạng sinh học,Trang tin điện tử www.nea.gov.vn/html/DDSH/dulieu1/khainiem/ Bùi Huy Đáp (2002), Cây lúa Việt Nam kỷ 20, NXB Nông nghiệp, Hà Nội, Tập I, tr 173-229 Trịnh Đình Đạt (2006), Cơng nghệ sinh học tập 4, Nxb Giáo dục Trần Văn Đạt (2004), Tiến trình phát triển lúa gạo Việt Nam từ thời nguyên thủy đến đại, NXB Nơng nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Trần Văn Đạt (2005), Sản xuất lúa gạo giới: Hiện trạng khuynh hướng phát triển kỷ 21, NXB Nơng nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Vũ Thị Thu Hiền (2012), “Đa dạng di truyền dựa đặc điểm hình thái mẫu giống lúa có nguồn gốc khác nhau”, Tạp chí Khoa học phát triển 2012, Tập 10, số 6: 844-852 Trần Văn Minh (2004) (Chủ biên), Giáo trình lương thực, NXB Nơng nghiệp, Hà Nội 10 Nguyễn Hồng Nghĩa (1999), Bảo tồn đa dạng sinh học, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 11 Lã Tuấn Nghĩa (2000), “Đánh giá tính kháng QTL bệnh đạo ơn lúa”, Kết 65 nghiên cứu khoa học 1999-2000, Viện Di truyền Nông nghiệp, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 12 Trần Danh Sửu, Nguyễn Thị Lan Hoa, Hà Minh Loan, Ngơ Kim Hồi, Nguyễn Thị Vân Anh, Vũ Mạnh Hải (2010), Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa nếp địa phương tỉnh đồng Bắc thị SSR, Báo cáo khoa học, Trung tâm Tài nguyên thực vật 13 Trần Danh Sửu, Lưu Ngọc Trình (2001), "Sử dụng thị ADN để nghiên cứu quan hệ di truyền tiến hoá lúa địa phương vùng Tây Bắc Tây Nam nước ta", Thông tin công nghệ sinh học ứng dụng, Viện Di truyền nông nghiệp, (số 1/2001), tr 25-29 14 Lê Duy Thành (2000), Cơ sở di truyền chọn tạo giống thực vật, Nxb ĐHQG Hà Nội 15 Lê Duy Thành, Tạ Toàn, Đỗ Lê Thăng Trần Văn Diễn (1995), Di truyền học, NXB Khoa học kỹ thuật 16 Nguyễn Đức Thành, Phan Thị Bảy, Lê Hồng Điệp (1999), "Phát triển ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng lúa", Báo cáo khoa học, Hội nghị cơng nghệ sinh học tồn quốc 1999, tr 1205-1215 18 Đào Thế Tuấn (1970), Sinh lý ruộng lúa suất cao, NXB Khoa học kỹ thuật, Hà Nội 19 Ngơ Thị Hồng Tươi (2014), “Phân tích đa dạng di truyền mẫu giống lúa cẩm thị SSR”, Tạp chí Khoa học Phát triển 2014, tập 12, số 4: 485-494 20 Lưu Ngọc Trình (1995), Bài giảng lớp cao học, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam 66 21 Lưu Ngọc Trình (2005), Bài giảng lớp cao học, Viện Khoa học Kỹ thuật Nơng nghiệp Việt Nam 22 Lưu Ngọc Trình (2006), Báo cáo kết thực đề tài "Nghiên cứu khai thác nguồn gen địa phương (Lúa, Đậu xanh, Khoai mơn - Sọ,Bầu bí) phục vụ cải tiến giống đa dạng hoá trồng", Hà Nội Tài liệu tiếng Anh 23 Alba Alvarez, Jorge Luis Fuentes, Violeta Puldón, Pedro Julio Gómez, Leonor Mora, Miriam C Duque, Gerardo Gallego and Joe M Tohme (2007) “ Genetic diversity analysis of Cuban traditional rice (Oryza sativa L.) varieties based on microsatellite markers” Genetics and Molecular Biology 30 (4) pp: 1109-1117 24 Appa Rao S., C Bounphanousay, J.M Schiller and M.T Jackson (2002) “Collection, classification, and conservation of cultivated and wild rices of the Lao PDR”, Genetic Resources and Crop Evolution 49: 75–81 25 Bostein D., White, R.L., Skolnick, M and Davis, R.W (1980), "Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment Lenght Polymorphisms", Am.J.Hum Genet (32), pp 314-331 26 Brown SM, Hopkins MS, Mitchell SE, Senior ML, Wang TY, Duncan RR, Gonalez-Candelas F, Kresovich S (1996) “Multiple methods for the identfication of polymorphic simple sequence repeats (SSRs) in sorghum”[Sorghum bicolor (L.) Moench] Theor Appl Genet 93 : 190-198 27 Brown S,M,, Kresovick S (1996), Molecular Characterzation for plant genetic resoures counses conservation, In: genome mapping in plants, pp:85-93 28 Chang T T (1976), “The origin, evoluation, cultivation, dissemination and diversification of Asian and African rice”, Euphytica 25, pp 425 - 441 29 Chang T.T (1985), “Crop history and genetic conservation rice, A case study In: Iwova State”, Jounal of research, vol 59(4) 67 30 Chang T.T, D.A Vaughan (1991), Manual of operations and proceduré of the international genebank, IRRI 31 Chen D., Dela Vina M., et al (1999), “Molecular mapping of the blast resistance gene, Pi-44(t), in a line derived from a durably resistance rice cultivar,” Theor Appl Genet, 97, pp 345 – 355 32 Chen X M., Line R F., Leung H (1998), "Genome scanning for resistance gene analogs in rice, barley and wheat by high- resolution electrophoresis", Theor Appl Genet., 97, pp 345-355 33 Cheng C.Y., R Motohashi, S Tsuchimoto, Y Fukuta, H Ohtshuko (2003), “Polyphyletic origin of cultivated rice: base on the interspersion pattern of SINEs”, Mol Biol, (20), pp:67-75 34 Chu Hoang Lan , Chu Hoang Mau, Nguyen Tuan Anh (2011), “The diversity of some local upland rice cultivars in Northern of Vietnam”, International Conference on Life Science and Technology ,IPCBEE (3) IACSIT, Press, Singapore, pp:188-192 35 Food and Agriculture Organization (1996), The state of the world's plant genetic resources for food and agriculture, FAO, Rome 36 Giarrocco L.E.; Marassi M.A and Salerno G.L.(2007), “ Assessment of the genetic diversity in Argentine rice cultivars with SSR Markers”, Crop Science, 47 (2), pp: 853-860 37 Grant M R., et al (1995), “Structure of the Arabidopsis RPM1 gene enabling dual specificity disease resistance”, Science, 269: 843-846 38 IRRI (1996), Hệ thống tiêu chuẩn đánh giá nguồn gen lúa, Viện nghiên cứu lúa quốc tế, Manila, Philipines 39 Ishkawa., S YAMANAKA, K KANYAVONG, Y FUKUTA, Y-I SATO, L TANG, AND T SATO (2002), “Genetic resources of primitive upland rice in Laos”, Economic Botany 56(2) pp 192-197 68 40 J Nagaraju, M Kathirvel, R Ramesh Kumar, E A Siddiq, and Seyed E Hasnain (2002), “Genetic analysis of traditional and evolved Basmati and non-Basmati rice varieties by using fluorescence-based ISSR-PCR and SSR markers”, PNAS 99 (9) pp: 5836–5841 41 Jalaluddin M, Nakai H, and Yamamoto T ,( 2007), “Genetic diversity and DNA fingerprinting of some modern Indica and Japonica rice”, Breed and Genet SABRAO 39 (1): 43-52 42 Jingguo Wang, Tingbo Jiang, Detang Zou, Hongwei Zhao, Qiang Li, Hualong Liu & Changjun Zhou, (2013), “Genetic diversity and genetic relationships ofjaponica rice varieties in Northeast Asia based on SSR markers”, Biotechnology & Biotechnological Equipment, Volume 28, Issue 2, 2014, pages: 230-237 43 Joshi S.P., P.K Ranjekar (1999), “Molecular markers in plant genome analysis”, Current science online 44 Khush G (1997), “ Origin, dispersal cultivation and variation of rice”, Plant Mol Biol, 35, pp:25-34 45 Kobata T., Okuno T., Yamamoto T (1996), Japanese - Journal of Crop science (Japan), (65), pp 652 - 662 46 Lu, H., M,A, Redusm J.R Coburn, J.N Rutger, S.R McCouch And T.H Tai ( 2005), “Population structure and breeding patterns of 145 U.S rice cultivars based on SSR marker analysis”, Crop Sci (45) pp:66-76 47 Malik Ashiq Rabbani, Zahida Hassan Pervaiz, Muhammad Shahid Masood (2008), “Genetic diversity analysis of traditional and improved cultivars of Pakistani rice (Oryza sativa L.) using RAPD markers” Electronic Journal of Biotechnology 11(3): 10pp 48 Marilyn Warburton and Jose Crossa (2000), Data Analysis in the CIMMYT Applied Biotechnology Center For Fingerprinting and Genetic Diversity Studies CIMMYT 69 49 Michael J Thomson, Endang M Septiningsih, Fatimah Suwardjo, Tri J Santoso, Tiur S, Silitonga, Susan R McCouch (2007), “Genetic diversity analysis of traditional and improved Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using microsatellite markers”, Theor Appl Genet (114)pp:559– 568 50 40 Lee H.H.,Neoh P.P.N., Bong W.S.T., Puvaneswaran J., Wong S.C (2011), “Genotyping of Sarawak Rice Cultivars Using Microsatellite Markers” , Pertanika J Trop Agric Sci 34 (1) pp: 123 – 136 51 Luu Ngoc Trinh (1999), "A genetic diversity study of rice germplasm in Vietnam based on RAPD approach", Research study, NIAR, Japan 52 Natalya V Alpatyeva (2000), "Genetic diversity of Vietnamese landraces of rice by RFLP markers", Research study in NIAR, Japan 53 National Research Council (1993), Managing global genetic resources, National Academy Press, Washington, D C America 54 Nei, M.(1972), "Genetic distance between populations", Amer Naturalist, (106), pp 283-292 55 Nguyen Duy Bay, Nguyen H.T., Bui Chi Buu and Bui Ba Bong (2001), Genetic markers in genome research and plant breeding, Viện lúa Đồng Bằng sông Cửu Long, tr 44-58 56 Nguyen Van Tao, NT Lang, JL Pham, BC Bui (1999), "Isozyme analysis on some traditional varieties from South Vietnam", OMONRICE (7), pp 142151 57 Oka H I (1958), “Intervarietal variation and classification of cultivated rice”, Ind J Genet Plant breed, (17), pp 79-89, 1958a 58 O’Toole J.C., Cruz R.T (1983), “Genotypic variation in epicuticular wax of rice” Crop Sci (23) pp:329-394 59 Pham Trung Nghia, JPS Malik, MP Paandeey and NK Singh (1999), "Genetic distance analysis of hybrid rice parental lines based on morphological traits and DNA markers", In Omon Rice, Journal Cuulong 70 Delta Rice Research Institute, pp 49-59 60 Rohlf F (1999), NTSYS-pc: numerical taxonomy and multivariate analysis system, 2.1 edn Department of Ecology and Evolution, State University of NY, Stony Brook (ntsys) 61 S B Yu , W J Xu , C H M Vijayakumar , J Ali B Y Fu , J L Xu , Y Z Jiang, R Marghirang ,J Domingo, C Aquino , S S Virmani, Z K Li, (2003) “Molecular diversity and multilocus organization of the parental lines used in the International Rice Molecular Breeding Program”, Theor Appl Genet (108):131–140 62 S.C Wong, P.H Yiu, S.T.W Bong, H.H Lee, P.N.P Neoh and A Rajan (2009), “Analysis of Sarawak Bario Rice Diversity Using Microsatellite Markers”, American Journal of Agricultural and Biological Sciences (4): 298-304 63 Saghai Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, Allard RW (1984) “Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location , and population dynamics”, Proc Natl Acad Sci USA (81)pp: 8014-8018 64 Thaura Ghneim Herrera, Duina Posso Duque, Iris Pérez Almeida, Gelis Torrealba Núñez, Alejandro J Pieters, César P Martinez, Joe M Tohme (2008), “Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cultivars using simple sequence repeats markers”, Electronic Journal of Biotechnology 11(5):14pp 65 Vaughan D.A (1994), “The wild relative of rice” , A genetic resource handbook, IRRI, pp:3-5 66 Victoria C.L, Darshan S Bar, Toshinori Abe, Edilberto D Redona (2007), “Assessment of Genetic Diversity of Philippine Rice Cultivars Carring Good Quality trait using SSR marker”, Breeding Science (57) pp:263-270 67 Virk P.S., B.V Fork, M.T Jakson , H J New Bery (1995), “Use of RADP for the study of diversity within plant Germplasm collection” Heridity (74): 71 170-179 68 Vos P., R Hogers, M Bleeker, Reijans M et all (1995), "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting", Nucleic Acids Research, 23, (11), pp 4407-4414 69 Xu Y, B Henry , S.R Mc Couch (2004) “A marker approach to broading the genetic base of rice in the USA”, Crop Sci (44): 1847-1959 70 Yang G.P, M.A.S Maroof, C.G Xu, Q Zhang, R.M Biyashev (1994), “Comparative analysis of microsatellite DNA polymorphilism in landraces and cultivars of rice”, Mol Gen Genet (245) pp: 187-194 71 Yosuke Kuroda., Yo-Ichiro Sato.,Chay Bounphanousay., Yasuyuki Kono., Koji Tanaka (2007), “Genetic structure of three Oryza AA genome species (O rufipogon, O nivara and O sativa) as assessed by SSR analysis on the Vientiane Plain of Laos”, Conserv Genet 8:149–158 72 Zheng, Da-Li et al (2003), “Development of isogenic lines of morphological marker in Indica rice”, Acta Botanica Sinica, 45, (9), pp1116-1120 72 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Danh sách thị SSR dùng nghiên cứu TT Tên mồi RM3412 RM154 RM60 RM518 RM249 RM276 RM225 RM18 RM110 Trình tự mồi (5' tới đầu 3') AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC CCCATGTGCAATGTGTCTTC ACCCTCTCCGCCTCGCCTCCTC CTCCTCCTCCTGCGACCGCTCC AGTCCCATGTTCCACTTCCG ATGGCTACTGCCTGTACTAC AAGACACAAGCAAACAGCTCAACC AAGCTTGCTTGGTTCAAGAGAGG GGCGTAAAGGTTTTGCATGT ATGATTGCCATGAAGGTCAGC CTCAACGTTGACACCTCGTG TCCTCCATCGAGCAGTATCA TGCCCATATGGTCTGGATG GAAAGTGGATCAGGAAGGGC TTCCCTCTCATGAGCTCCAT GAGTGCCTGGCGCTGTAC TCGAAGCCATCCACCAACGAAG NST 6 7 TCCGTACGCCGACGAGGTCGAG 10 RM455 11 RM152 12 RM215 AACAACCCACCACCTGTCTC AGAAGGAAAAGGGCTCGATC AAGGAGAAGTTCTTCGCCCAGTGC GCCCATTAGTGACTGCTCCTAGTCG GAGCAGCAAGAGCAGCAGAGG GAGCAGCAAGAGCAGCAGAGG 73 TT Tên mồi 13 RM7175 14 SC3 15 RM23788 16 RM25022 Trình tự mồi (5' tới đầu 3') CGTGTCCATTGTGTGAAGCTACG ACGTGGTGCCTCCTTTCAAACC GCTAGTGCAGGGTTGACACA CTCTGGCCGTTTCATGGTAT ATCTTGGCATCTCGCCCTTGG CCGTTCTCCATGGACATCTCTCG ACATTCCGCGTTTGTGTGTAGC GCTTGGTAGTTGGGCTGATGG NST 9 10 CTGGCCATTAGTCCTTGG 17 RM228 18 RM206 19 RM26652 20 RM27877 GCTTGCGGCTCTGCTTAC ATCGATCCGTATGGGTTCTAGC GTCCATGTAGCCAATCTTATGTGG CAATCCATTGCTGGTTGATGC CAAGATCTCCAAGGTGCTGAGG GGAAGCCATGAAAGATGTGTTGC AATTTCTCCGAGCACCTGAAACG 74 10 11 11 12 Phụ lục Các tính trạng hình thái chất lƣợng 33 mẫu giống lúa Lào Độ STT Tên giống phủ Màu lông phiến lá (1) (2) Màu gốc Góc bẹ lá Góc Màu Dạng thìa thìa địng lìa lìa Màu cổ Màu tai Màu Góc sắc thân ống rạ Độ cứng Dạng (3) (4) (5) (6) (7) (8) (9) (10) (11) (12) (13) (14) (15) LP16 1 1 3 VL22 2 1 1 1 3 HVL14 1 1 1 5 VL47 1 1 1 5 LP36 2 1 1 1 3 LP13 1 1 1 1 VL62 1 1 1 XK10 1 1 1 LP37 1 1 1 3 10 VL-NT 1 1 1 5 11 OX01B 2 1 1 1 12 LP10 2 1 1 5 13 LP21 1 1 1 14 XK08 1 1 1 5 15 LP03 1 1 1 3 75 16 VL26 1 1 3 17 LP30 2 1 1 1 5 18 VL33 2 1 1 1 5 19 LP29 1 1 1 3 20 LP04 1 1 1 21 VL67 2 1 1 1 5 22 LP15 1 1 1 23 VL74 1 1 1 5 24 LP26 3 1 1 3 25 VL55 1 1 1 5 26 VLCP 1 1 1 5 27 VL50 1 3 5 28 VL36 1 1 1 29 VL72 2 1 1 1 5 30 LP01 1 1 1 1 31 HVL22 1 1 1 32 VLKT 1 1 1 33 VL61 1 1 1 76 Phụ lục Các tính trạng hình thái chất lƣợng 33 mẫu giống lúa Lào (tiếp) Độ TT Tên giống Trục cổ bơng (1) (2) Độ rụng hạt Độ Độ dai Màu Màu Màu Râu hạt phủ Màu Màu mỏ nhị vỏ lông mày vỏ hạt trấu vỏ hạt gạo trấu (16) (17) (18) (19) (20) (21) (22) (23) (24) (25) (26) LP16 5 1 VL22 3 HVL14 5 1 1 VL47 5 1 1 LP36 1 1 LP13 7 VL62 5 1 1 XK10 1 1 LP37 5 1 10 VL-NT 5 11 OX01B 3 1 1 12 LP10 5 1 1 13 LP21 1 1 14 XK08 5 1 1 15 LP03 3 3 16 VL26 1 1 17 LP30 5 1 4 1 18 VL33 5 1 19 LP29 1 20 LP04 5 1 21 VL67 3 1 3 1 22 LP15 5 1 1 23 VL74 5 1 1 24 LP26 1 25 VL55 1 1 26 VLCP 1 1 77 27 VL50 9 28 VL36 1 3 29 VL72 5 1 30 LP01 1 1 31 HVL22 5 1 32 VLKT 5 1 1 33 VL61 1 1 78