Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Một số đặc tính của các chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM-1 kháng carbapenem

87 119 1
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Một số đặc tính của các chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM-1 kháng carbapenem

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

Thông tin tài liệu

Mục tiêu của luận văn nhằm mô tả thực trạng kháng kháng sinh và một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem tại 3 bệnh viện ở Hà Nội bao gồm bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pôn.

MỤC LỤC DANH MỤC CÁC BẢNG Bản g Tên Bảng Trang 1.1 Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Sự phát triển đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 12 1.3 Một số đặc tính của các enzym ly giải carbapenem của các  chủng vi khuẩn Gram âm 21 2.1 Trình tự mồi để phát hiện gen NDM­1 của vi khuẩn 38 2.2 3.1 3.2 Các trình tự mồi sử dụng trong kỹ thuật MLST đối với chủng A.  baumannii Nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn (MIC) của 23  chủng vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM­1 phân lập trong  nghiên cứu Phân tích kết quả MLST các chủng A. baumannii 40 53 61 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên Hình Trang 1.1 Sơ đồ nhiễm khuẩn bệnh viện Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập  cao Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập  thấp và trung bình Cơ chế kháng kháng sinh của các vi khuẩn Gram âm 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 Cấu trúc phân tử của carbapenem Sự phân bố và cách thức di truyền của các kiểu gen OXA trong  A. baumannii Tỷ lệ phân bố vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem tại 3  bệnh viện theo năm (n=582) Tỷ lệ phân bố của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng  carbapenem 3 bệnh viện theo giới (n=582) Phân bố theo giới của các chủng A. baumannii kháng carbapenem  trong từng bệnh viện (n=582) Hình ảnh đại diện cho các chủng vi khuẩn A. baumannii mang  gen NDM­1 trong nghiên cứu Tỷ lệ vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM­1 kháng  carbapenem trong nghiên cứu (n=23) Tỷ lệ phân bố A. baumannii mang gen NDM­1 ở 3 bệnh viện  (n=23) Tỷ lệ phân bố vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM­1 theo  khoa ở 3 bệnh viện (n=23) Tỷ lệ phân lập các chủng A. baumannii mang gen NDM­1 theo  độ tuổi (n=23) Tỷ lệ các chủng A. baumannii mang gen NDM­1 theo giới (n=23)  Hình ảnh đại diện cho kiểu gen PFGE của một số chủng A.  baumannii  mang gen NDM­1 kháng carbapenem trong nghiên  cứu Cây phân loại kiểu gen PFGE của các chủng A. baumannii mang  gen NDM­1 kháng carbapenem Kết quả đại diện phát hiện plasmid mang gen NDM­1 trên một  số chủng vi khuẩn A. baumannii phân lập tại 3 bệnh viện Hình ảnh đại diện cho PCR – MLST chủng A. baumannii 14 19 30 45 46 46 48 48 49 50 51 52 55 56 58 60 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký  hiệu Viết đầy đủ tiếng anh Viết giải nghĩa tiếng  việt DNA Deoxyribonucleic  Acid Phân tử axit nucleic bp Base pair Đơn vị đo trọng lượng  của phân tử DNA CDC Centers for Disease Control and Prevention Trung tâm kiểm sốt và  phòng ngừa bệnh dịch ESBL Extended­spectrum beta­lactamases Enzym kháng kháng sinh  phổ rộng beta lactam GARP Global Antibiotic Resistance Partnership Hiệp hội kháng kháng  sinh tồn cầu MBLs Metallo­beta­lactamase Enzym kháng kháng sinh  nhóm beta lactam MLST Multilocus Sequence Typing Phân loại dựa trên đa  điểm của trình tự gen NDM­1 New Delhi Metallo­beta­lactamase­1 New Delhi Metallo­beta­ lactamase­1 kháng  carbapenem PCR Polymerase chain reaction Chuỗi phản ứng trùng  hợp PFGE Pulsed­field gel electrophoresis Điện di xung trường WHO World Health Orgnization Tổ chức Y tế Thế giới MỞ ĐẦU Nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) hiện nay đang là một thách thức lớn đối   với các bệnh viện trong việc  điều trị  bởi tỷ  lệ  nhiễm khuẩn ngày càng cao   NKBV là một trong những nguyên nhân hàng đầu đe dọa đến tính mạng người  bệnh, là  nguyên nhân chính gây ra tỷ lệ mắc, tử vong cao cho các bệnh nhân tại  các bệnh viện trên thế giới [76]. NKBV thường gây nên bởi các vi khuẩn kháng  đa kháng sinh, gây rất nhiều khó khăn cho cơng tác điều trị, kéo dài thời gian mắc   bệnh, tăng biến chứng, tăng sự  kháng thuốc của vi sinh vật qua đó tăng mức sử  dụng kháng sinh, tăng chi phí dùng thuốc và là gánh nặng bệnh tật cho cả người   bệnh và hệ thống y tế. Theo báo cáo của tổ chức Y tế thế giới tại 55 bệnh viện   ở 14 nước trên thế giới đại diện cho các khu vực và đưa ra được tỷ  lệ NKBV là  8,7%. Ước tính ở bất cứ thời điểm nào cũng có hơn 1,4 triệu người bệnh trên thế  giới mắc NKBV [68]. Hàng năm thế  giới có khoảng 2 triệu người mắc NKBV   với 90.000 người tử vong, chi phí chăm sóc cho bệnh nhân tăng khoảng 4,5 tỉ đơ­ la [73]. Đây là một vấn đề  y tế nghiêm trọng mang tính tồn cầu đang được các  quốc gia trên thế giới cũng như Việt Nam quan tâm một cách đặc biệt Hiện nay Acinetobacter baumannii (A. baumannii) là một trong những tác  nhân gây bệnh quan trọng hàng đầu tác động đến các cơ sở điều trị trên thế giới   Tuy nhiên sự  gia tăng nhanh chóng của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng  lại     kháng   sinh   thuộc   nhóm   β­lactam,   bao   gồm       kháng   sinh   nhóm  carbapenem thuộc “nhóm lựa chọn cuối cùng”. Đặc biệt là sự  xuất hiện của các   chủng  Acinetobacter  mang   gen   New   Delhi   Metallo­beta­lactamase­1   (NDM­1)  kháng carbapenem được ghi nhận   một số quốc gia như  Đức và Vương quốc  Anh [64]. Điều này sẽ  dẫn đến nhiều hậu quả  nghiêm trọng như: khơng còn  kháng sinh để điều trị, tăng nguy cơ thất bại trong điều trị, giá thành cao, kéo dài  thời gian điều trị  và bệnh nhân có nguy cơ  tử  vong cao khi mắc các chủng   A.  baumannii kháng kháng sinh này [1]. Trong nghiên cứu gần đây của chúng tơi tại  một số bệnh viện ở Hà Nội, A. baumannii chiếm 53,33% (320/600) trong tổng số  chủng   vi   khuẩn   gram   âm   gây   NKBV       95%   số   chủng   kháng   lại   cephalosporin     hệ   3,   với         kháng   sinh   nhóm   carbapenem   Câu   hỏi  nghiên cứu được đặt ra là liệu các chủng A. baumannii kháng carbapenem phân  lập tại các bệnh viện có mang gen NDM­1 hay khơng? Do vậynghiên cứu này   được tiến hành nhằm phát hiện vi khuẩn  A. baumannii kháng carbapenem mang  gen NDM­1, đồng thời xác đinh một số đặc tính sinh học phân tử  của các chủng  A. baumannii mang gen NDM­1  ở Việt Nam là hết sức cần thiết để từ đó đưa ra  các biện pháp phù hợp phòng chống sự  lây lan và đề  xuất phác đồ  điều trị  phù  hợp cho bệnh nhân bị  mắc các chủng  A. baumannii  mang gen NDM­1 tại Việt  Nam. Chính sự cấp thiết và ý nghĩa thực tiễn nêu trên, chúng tơi tiến hành đề tài   nghiên cứu: “Một số  đặc tính của các chủng  Acinetobacter baumannii  gây  nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM­1 kháng carbapenem” với mục tiêu: Mục tiêu chung: Mô tả  thực trạng kháng kháng sinh và một số đặc điểm sinh học phân tử  của các chủng vi khuẩnA. baumannii  kháng carbapenem tại  3  bệnh viện  ở  Hà  Nội bao gồm bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pôn.  Mục tiêu cụ thể:  Mô   tả   thực   trạng   kháng   kháng   sinh       chủng  A   baumannii  kháng  carbapenem phân lập tại 3 bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pơn 2. Phát hiện tỷ lệ vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM­1 phân lập được trong  nghiên cứu 3. Xác định một số đặc tính sinh học phân tử  của vi khuẩn    A. baumannii mang  gen NDM­1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện Theo Tổ  chức Y tế  Thế  giới, nhiễm khuẩn bệnh viện (hospital­acquired   infection hay nosocomial infection) là “những nhiễm khuẩn người bệnh mắc phải  trong thời gian điều trị tại bệnh viện mà thời điểm nhập viện khơng thấy có yếu  tố  nhiễm khuẩn hay ủ bệnh nào. Nhiễm khuẩn bệnh viện thường xuất hiện sau  48 giờ kể từ khi người bệnh nhập viện” Hình 1.1. Sơ đồ nhiễm  khuẩn bệnh viện Để  chẩn  đoán  nhiễm khuẩn bệnh viện, người ta thường dựa vào định  nghĩa     tiêu   chuẩn   chẩn   đoán   cho     vị   trí  nhiễm   khuẩn   bệnh   viện   Ví  dụ: nhiễm khuẩn  vết mổ  sau phẫu thuật,   nhiễm khuẩn  máu có liên quan đến  dụng cụ  đặt trong lòng mạch,  nhiễm khuẩn  đường tiết niệu  Hiện nay, theo  hướng dẫn từ Trung tâm Giám sát và Phòng bệnh Hoa Kỳ (CDC) và các hội nghị  quốc tế đã mở rộng định nghĩa ca bệnh cho các vị  trí nhiễm khuẩn khác nhau và  đang được áp dụng để giám sát nhiễm khuẩn bệnh viện trên tồn cầu. Dựa trên  các tiêu chuẩn lâm sàng và sinh học, các nhà khoa học đã xác định có khoảng 50   loại nhiễm khuẩn bệnh viện khác nhau có thể xảy ra tại bệnh viện Bảng 1.1. Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện [76] Loại nhiễm khuẩn Nhiễm khuẩn vết mổ Nhiễm khuẩn tiết niệu Nhiễm khuẩn đường hơ  hấp Tiêu chuẩn Có dịch chảy ra từ vết mổ, abcess hoặc viêm mơ  lan tỏa tại vết mổ  trong tháng đầu tiên sau khi   phẫu thuật Ni cấy dương tính (1 hoặc 2 vi khuẩn) với  nồng độ  >105vk/ml, có hoặc khơng có các triệu  chứng lâm sàng Có tối thiểu 2 triệu chứng viêm nhiễm đường   hơ hấp xuất hiện trong thời gian nhập viện: Ho Có đờm mủ Có hình ảnh viêm phổi trên phim X­quang Nhiễm khuẩn khi đặt  catheter Có biểu hiện viêm, nổi hạch hoặc có mủ  chảy  ra từ vị trí đặt catheter Nhiễm khuẩn huyết Sốt hoặc rét và kết quả cấy máu dương tính với  ít nhất một tác nhân gây bệnh Hiện nay nhiễm khuẩn bệnh viện là một vấn đề  nghiêm trọng tác động  đến sức khoẻ tồn cầu. Theo báo cáo của tổ chức Y tế thế giới về nhiễm khuẩn   bệnh viện từ  năm 1995 đến 2010 cho thấy: Tỷ  lệ  nhiễm khuẩn bệnh viện tính  chung cho các quốc gia có thu nhập cao nằm trong khoảng từ 5% đến 12% (Hình   1.2) và tỷ  lệ chung cho tất cả các quốc gia này vào khoảng 7,6% [77]. Theo  ước  tính của trung tâm phòng chống và kiểm sốt bệnh châu Âu, hàng năm có khoảng  4.100.000 bệnh nhân bị nhiễm khuẩn bệnh viện và khoảng 37.000 trường hợp tử  vong. Phần lớn các trường hợp là nhiễm khuẩn tiết niệu tiếp theo là nhiễm  khuẩn đường hơ hấp, nhiễm khuẩn sau khi phẫu thuật, nhiễm khuẩn huyết và  một số nhiễm khuẩn khác (bao gồm tiêu chảy do  Clostridium difficile). S. aureus  kháng đa kháng sinh cũng chiếm khoảng 5% các trường hợp nhiễm khuẩn bệnh   viện tại liên minh châu Âu [24]. Tại Mỹ năm 2002, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện  vào khoảng 4,5% tương đương với khoảng 1,7 triệu bệnh nhân bị  mắc nhiễm   khuẩn. Nhiễm khuẩn đường tiết niệu chiếm tỷ  lệ  cao nhất (36%) tiếp theo là  nhiễm khuẩn vết mổ (20%), nhiễm trùng huyết và viêm phổi (11%) [37] Hình 1.2. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập  cao *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic Health Care­ Associated Infection Worldwide) [77] Tỷ  lệ  nhiễm khuẩn bệnh viện   các quốc gia có thu nhập trung bình và  thấp dao động từ  5,7% đến 19,9% và tỷ  lệ  tính chung là khoảng 10,1/100 bệnh   nhân   (Hình   1.3)   [77]   Trong     nhiễm   khuẩn   vết   mổ   chiếm   tỷ   lệ   cao     (29,1%), nhiễm khuẩn tiết niệu (23,9%), nhiễm khuẩn huyết (19,1%), đường hơ  hấp (14,8%) và các nhiễm khuẩn khác là 13,1% [77] Hình 1.3. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập  thấp và trung bình *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic  Health Care­Associated Infection Worldwide) [77] Có rất nhiều tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và sự tác động của các  tác nhân này cũng rất khác nhau giữa các nhóm bệnh nhân, các bệnh viện, khoa   điều trị  và giữa các quốc gia bao gồm: vi rút như  viêm gan B, C (lây qua đường  tiêm truyền, chạy thận nhân tạo và phẫu thuật nội soi). Vi rút rota và các vi rút  đường ruột (lây truyền qua đường phân­miệng) [8, 77]. Một số loại ký sinh trùng   Giardia   lamblia    nhiều   loại   nấm  Candida   albicans,   Aspergillus   spp.,   Cryptococcus neoformans  và  Cryptosporidium  gây nhiễm trùng cơ  hội cho các  bệnh nhân sau khi điều trị kháng sinh dài ngày và trên các bệnh nhân bị suy giảm  miễn dịch và có thể lây truyền dễ dàng trong bệnh viện [ 76]. Hiện nay vi khuẩn  là một trong căn nguyên quan trọng hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện bao   gồm như  C. perfringen  là nguyên nhân gây bệnh hoại thư  sinh hơi trong bệnh   viện [76]. Vi khuẩn Gram dương điển hình là S. aureus (sống ký sinh trên da và  mũi) là nguyên nhân gây nhiều loại nhiễm khuẩn trong bệnh viện như viêm phổi,  xương, tim và nhiễm khuẩn huyết [76]. Đặc biệt trong 10 năm vừa qua các vi  khuẩn   Gram   âm    Escherichia   coli  (E   coli),  Klebsiella   pneumoniae  (K.  10 44 Lim S., Mark A. T., Janis L. W.,Robin A. H.,Timothy R. W.,Karthikeyan K.  K   (2014),   "Plasmid   Carriage   of   blaNDM­1   in   Clinical   Acinetobacter  baumannii Isolates from India",  Antimicrob Agents Chemother. 58(7), pp.  4211–4213 45 McGregor, A. (1997), "Counterfeit  drugs  flood  developing  world", Lancet.  350, p. 1690 46 Michelle   Lowings,   Marthie   Magdaleen   Ehlers,   Andries   William   Dreyer,  Marleen   Magdalena   Kock   (2015),   "High   prevalence   of   oxacillinases   in  clinical   multidrug­resistant  Acinetobacter   baumannii  isolates   from   the  Tshwane region, South Africa – an update", BMC Infectious Diseases. 15, p.  521 47 Mugnier P. D., Poirel L., Naas T. et al (2010), "Worldwide Dissemination of  the   blaOXA­23   Carbapenemase   Gene   of  Acinetobacter   baumannii",  Emerging Infectious Diseases. 16 (1), pp. 35­40 48 Nemec   A.,   Křížová     L.,   Maixnerová   M   et   al   (2009),   "Emergence     of  carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii in the Czech Republic is  associated with the spread   ",  Journal Antimicrob Chemother. 62, pp. 484­ 489 49 Nizami S. Q., Khan I. A., Bhutta Z. A. (1996), "Drug prescribing practices of  general practitioners and paediatricians for childhood diarrhoea in Karachi,  Pakistan", Social Science & Medicine ­ Journal. 42, pp. 1133­1139 50 Nordmann   P.,   Dortet   L.,   Poirel   L   (2012),   "Carbapenem   resistance   in  Enterobacteriaceae: here is the storm",  Trends   in   Molecular Medicine. 18  (5), pp. 263­272 51 Okeke I., Lamikanra A. (1995), "Quality and bioavailability of tetracycline  capsules   in   a   Nigerian   semi­urban   community",  International   Journal   of   Antimicrobial Agents. 5, pp. 245­250 73 52 Paredes P., Pena M., Flores­Guerra E., Diaz   J., Trostle J. (1996), "Factors  influencing physicians’ prescribing behavior in the treatment of childhood  diarrhoea: knowledge may not be the clue",  Social Science & Medicine ­   Journal. 42, pp. 1141­1153 53 Park   Y   K.,   Lee   G   H.,   Baek   J   Y   et   al   (2010),   "A   single   clone   of   Acinetobacter   baumannii,   ST22,   is   responsible   for   high   antimicrobial  resistance   rates   of  Acinetobacter   spp   isolates   that   cause   bacteremia   and  urinary tract infections in Korea", Microbial Drug Resistance 16, pp. 143­9 54 Peleg  A   Y.,   Hooper   D   C   (2010),   "Hospital­Acquired  Infections   Due   to  Gram­Negative  Bacteria", New England Journal of Medicine. 362(19), pp.  1804­1813 55 Peleg  A   Y.,   Hooper   D   C   (2010),   "Hospital­Acquired  Infections   Due   to  Gram­Negative Bacteria", New England Journal of Medicine. 362 (19), pp.  1804­1813 56 Peleg A. Y., Seifert H., Paterson  D. L. (2008), "Acinetobacter  baumannii:  Emergence  of  a  Successful  Pathogen", Clinical  Microbiology  Reviews.  21 (3), pp. 538­582 57 Perez   F.,   Hujer   A   M.,   Hujer   K   M   (2007),   "Global     Challenge     of  MultidrugResistant   Acinetobacter  baumannii", Antimicrobiol  Agents  and   Chemotherapy American Society for Microbiology. 51 (10), pp. 3471­3484 58 Pierre   E. F., Herve´ Richet (2006), "The   Epidemiology   and   Control   of  Acinetobacter  baumannii   in  Health  Care  Facilities", Clinical  Infectious   Diseases. 42, p. 692 59 Prashanth   K.,   Vasanth   T.,   Saranathan   R   (2012),   "Antibiotic   Resistance,  Biofilms and Quorum Sensing in Acinetobacter Species, Antibiotic Resistant  Bacteria   ­   A     Continuous   Challenge     in     the     New     Millennium",  www.intechopen.com, Acceess on 15 Feb. 2012 74 60 Report,  ECDC  Technical  (2011),  "Updated ECDC  risk  assessment  on  the  spread   of   New   Delhi   metallo­β­lactamase   (NDM)   and   its   variants   within   Europe" 61 Rice,   L   B   (2009),   "The     clinical     consequences     of     antimicrobial  resistance", Current Opinion in Microbiology. 12, pp. 476­481 62 Rustam, I. A. (2010), "A brief history of the antibiotic era: lessons  learned  and  challenges  for  the  future", Front  Microbiology. 1(134), pp. 1­7 63 Schouten M. A., Voss A., Hoogkamp­Korstanje J. A. A. (1997), "VRE and  meat", Lancet. 349, p. 1258 64 Struelens   M   J.,   Monnet   D   L.,   Magiorakos   A   P.,   Santos   O'Connor   F.,  Giesecke   J   (2010),   "New   Delhi   metallo­β­lactamase   1­producing  Enterobacteriaceae:   emergence   and   response   in   Europe",  Euro   Surveill.  15(46), p. 19716 65 Taylor R. B., Shakoor O., Behrens R. H. (1995), "Drug quality, a contributor  to drug resistance?", Lancet. 346, p. 122 66 Tenover (2006), "Mechanisms of Antimicrobial Resistance in Bacteria", The  American Journal of Medicine. 119 (6), pp. 3­10 67 Thamarai   Schneiders,   Jacqueline   Findlay   et   al   (2008),   "Efflux   Pumps   in  Acinetobacter     baumannii,     Acinetobacter   Biology   and   Pathogenesis",  Springer.com, pp. 105 ­ 128 68 Tikhomirov, E. (1987), "Programme for the Control of Hospital Infections",  Chemiotherapia. 3, pp. 148­151 69 Villegas,   M   V.,   Hartstein    A   I   (2003),   "Acinetobacter  outbreaks,   1977­ 2000", Infect. Control Hosp. Epidemiology. 24, pp. 284­295 70 Wain J., Hoa N. T., Chinh N. T., Vinh H., Everett M. J., Diep T. S. et al  (1997), "Quinolone­resistant Salmonella typhi in Viet Nam: molecular basis  75 of resistance and clinical response to treatment", Clin Infect Dis. 25(6), pp.  1404­1410 71 Walsh,   T   R   (2003),   "Section   III:   Antibiotic   Resistance,   In:   Antibiotics:  Action,   Origins,   Resistance",  American  Society   for   Microbiology,   pp   89­ 155 72 Walsh   T   R.,   Weeks   J.,   Livermore   D   M.,   Toleman   M   A   (2011),  "Dissemination of NDM­1 positive bacteria in the New Delhi environment  and its implications for human health: an environmental point prevalence  study", Lancet. 11(5), pp. 355­62 73 Wegener   H   C.,   Aarestrup   F   M.,   Jensen   L   B   et   al   (1999),   "Use   of  antimicrobial growth promoter in food animals and  Enterococcus faecium  resistance   to   therapeutic   antimicrobial   drugs   in   Europe",  Emerging   Infectious Disease 5, pp. 329­332 74 Weinberg   J., Grimaud O., Newton   L. (1999), "Establishing priorities for  European   collaboration   in   communicable   disease   surveillance",  European  Journal of Public Health. 9, pp. 236­240 75 Willey   J.,   Sherwood   L.,   Woolverton   C   (2008),  Prescott’s   Principles   of   Microbiology, New York: McGraw­Hil 76 World   Health   Organization   (2002),   "Prevention   of   Hospital   Acquired  Infections. A Practical Guide, 2nd ed. Geneva: WHO Press" 77 World Health Organization (2011), Report on the Burden of Endemic Health   Care­Associated Infection Worldwide 78 Yokoe D. S., Mermel L. A., Anderson D. J. et al (2008), " A compendium of  strategies to prevent healthcare­associated infections in acute care hospitals",  Infection Control & Hospital Epidemiology. 29, pp. 12­21 79 Yong D., Toleman M. A., Giske C. G., Cho H. S., Sundman K., Lee K.,  Walsh T. R. (2009), "Characterization   of   a   new   metallo­beta­lactamase  76 gene, bla (NDM­1), and a novel erythromycin esterase gene carried on a  unique  genetic  structure  in Klebsiella  pneumoniae sequence  type  14 from  India", Antimicrob Agents Chemother. 53 (12), pp. 5046­5054 77 PHLC CCQUYTRèNHKTHUTTHCHINTRONGLUNN PCRphỏthingenNDMư1 ThnhphnhnhpphnngPCR Thnhphnphnng 1mu(àl) Nngcuicựng 2XGoưtaqMasterưMix(GoTaqđADN 15 1X NDM­1­F 0,1µM Polymerase:   400µM   dATP,   400µM  0,3 (10µM/ul) M ồi NDM­1­R 0,3 (10µM/ul) 0,1µM Nước siêu sạch  10 ADN 250ng Tổng số:  30µl  Chu trình nhiệt Các bước Biến  tính Biến tính  Gắn mồi  Tổng hợp  Kết thúc  Giữ ở nhiệt độ 40C  Nhiệt độ 940C 940C 600C 720C 720C Thời gian  4 phút  36 giây  36 giây          30 chu  50 giây  kỳ  5 phút  Quy trình thực hiện kỹ thuật MLST Thành phần phản ứng PCR Thành phần phản ứng 1 mẫu (µl) 10 Mẫu (µl) 2X Master­Mix 15 150 0.5 0.5 Nước siêu sạch 11 110 Tổng số: 27 270 Cặp primers Chu trình nhiệt Các bước Nhiệt độ Thời gian Biến  tính 940C 4 phút  Biến tính  950C 36 giây  Gắn mồi  500C 36 giây          30 chu kỳ  Tổng hợp  720C 50 giây  Kết thúc  720C 5 phút  Giữ ở nhiệt độ 40C  ­ Sau khi chạy PCR với chu trình nhiệt đặc trưng với từng đoạn gen bảo  tồn của vi khuẩn cho kỹ  thuật MLST, sản phẩm PCR sẽ được mang đi tinh   sạch bằng bộ kit ADN Gel purification (QIAGEN) ­ Thực hiện phản  ứng Bigdye – PCR với cả  mồi xi và mồi ngược của   từng đoạn gen bảo tồn Hỗn hợp cho phản ứng Bigdye PCR Thành phần phản ứng 1 mẫu (µl) Sản phẩm PCR tinh sạch 1.5µl Mồi xi hoặc ngược 2 µl Bigdye 3.1 3 µl Buffer 5X 4 µl Nước siêu sạch 9.5 µl Tổng số: 20 µl Chu trình nhiệt cho bigdye­PCR: 960C: 1 phút 960C: 30giây 500C: 30 giây            30 chu kỳ 600C: 4 phút   ­ Giữ ở 40C  Tinh     sản   phẩm   DNA:   Cho   45   µl   Sam   solution     10   µl   X­ termination/  mẫu bệnh  phẩm   Lắc  2000  vòng/30,   phút  Ly tâm  3000  vòng trong 2­3 phút lấy nước nổi cho vào máy giải trình tự gen ­ Đọc trình tự  gen bằng máy đọc trình tự  ABI­3130 (Applied Biosystem,   Mỹ) ­ Alignment 2 trình tự  xi và ngược của từng đoạn gen bảo tồn đã thu  được sau giải trình tự bằng phần mềm Bioedit.  ­ Nhập kết quả  thu được lên http://pubmlst.org/ để  xác định dữ  liệu về  Allele của các đoạn gen bảo tồn trong nghiên cứu ­ So sánh kết quả  về  Allele để  xác định ST (sequence type) của loại vị  khuẩn trong nghiên cứu ­ So sánh kết quả tìm được trong nghiên cứu với kết quả đã được cơng  bố trong cơ sở dữ liệu của ngân hàng gen thế giới KẾT QUẢ ĐẠI DIỆN CHO GIẢI TRÌNH TỰ TRONG KỸ THUẬT MLST  CÁC CHỦNG A. baumannii MANG GEN NDM­1 KHÁNG CARBAPENEM  ...DANH MỤC CÁC BẢNG Bản g Tên Bảng Trang 1.1 Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Sự phát triển đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 12 1.3 Một số đặc tính của các enzym ly giải carbapenem của các chủng vi khuẩn Gram âm... cơng tác phòng và điều trị các bệnh nhiễm trùng 1.2.2 Sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 1.2.2.1 Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh của vi khuẩn Trong tự  nhiên phần lớn các vi khuẩn đều sở  hữu riêng các gen kháng. ..   các chủng vi khuẩn kháng đa kháng sinh trong các bệnh viện.   Nhiễm khuẩn bệnh viện là yếu tố  quan trọng liên quan đến tính kháng kháng sinh của vi khuẩn trên thế  giới. Việc phòng chống nhiễm khuẩn bệnh

Ngày đăng: 16/01/2020, 12:22

Từ khóa liên quan

Mục lục

  • DANH MỤC CÁC BẢNG

  • DANH MỤC CÁC HÌNH

  • DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

  • MỞ ĐẦU

  • CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

  • CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG,VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

  • CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

  • KẾT LUẬN

  • KIẾN NGHỊ

Tài liệu cùng người dùng

  • Đang cập nhật ...

Tài liệu liên quan