Đang tải... (xem toàn văn)
Mục tiêu của luận văn nhằm mô tả thực trạng kháng kháng sinh và một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem tại 3 bệnh viện ở Hà Nội bao gồm bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pôn.
MỤC LỤC DANH MỤC CÁC BẢNG Bản g Tên Bảng Trang 1.1 Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Sự phát triển đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 12 1.3 Một số đặc tính của các enzym ly giải carbapenem của các chủng vi khuẩn Gram âm 21 2.1 Trình tự mồi để phát hiện gen NDM1 của vi khuẩn 38 2.2 3.1 3.2 Các trình tự mồi sử dụng trong kỹ thuật MLST đối với chủng A. baumannii Nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn (MIC) của 23 chủng vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 phân lập trong nghiên cứu Phân tích kết quả MLST các chủng A. baumannii 40 53 61 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên Hình Trang 1.1 Sơ đồ nhiễm khuẩn bệnh viện Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập cao Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập thấp và trung bình Cơ chế kháng kháng sinh của các vi khuẩn Gram âm 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 Cấu trúc phân tử của carbapenem Sự phân bố và cách thức di truyền của các kiểu gen OXA trong A. baumannii Tỷ lệ phân bố vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem tại 3 bệnh viện theo năm (n=582) Tỷ lệ phân bố của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem 3 bệnh viện theo giới (n=582) Phân bố theo giới của các chủng A. baumannii kháng carbapenem trong từng bệnh viện (n=582) Hình ảnh đại diện cho các chủng vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 trong nghiên cứu Tỷ lệ vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 kháng carbapenem trong nghiên cứu (n=23) Tỷ lệ phân bố A. baumannii mang gen NDM1 ở 3 bệnh viện (n=23) Tỷ lệ phân bố vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 theo khoa ở 3 bệnh viện (n=23) Tỷ lệ phân lập các chủng A. baumannii mang gen NDM1 theo độ tuổi (n=23) Tỷ lệ các chủng A. baumannii mang gen NDM1 theo giới (n=23) Hình ảnh đại diện cho kiểu gen PFGE của một số chủng A. baumannii mang gen NDM1 kháng carbapenem trong nghiên cứu Cây phân loại kiểu gen PFGE của các chủng A. baumannii mang gen NDM1 kháng carbapenem Kết quả đại diện phát hiện plasmid mang gen NDM1 trên một số chủng vi khuẩn A. baumannii phân lập tại 3 bệnh viện Hình ảnh đại diện cho PCR – MLST chủng A. baumannii 14 19 30 45 46 46 48 48 49 50 51 52 55 56 58 60 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh Viết giải nghĩa tiếng việt DNA Deoxyribonucleic Acid Phân tử axit nucleic bp Base pair Đơn vị đo trọng lượng của phân tử DNA CDC Centers for Disease Control and Prevention Trung tâm kiểm sốt và phòng ngừa bệnh dịch ESBL Extendedspectrum betalactamases Enzym kháng kháng sinh phổ rộng beta lactam GARP Global Antibiotic Resistance Partnership Hiệp hội kháng kháng sinh tồn cầu MBLs Metallobetalactamase Enzym kháng kháng sinh nhóm beta lactam MLST Multilocus Sequence Typing Phân loại dựa trên đa điểm của trình tự gen NDM1 New Delhi Metallobetalactamase1 New Delhi Metallobeta lactamase1 kháng carbapenem PCR Polymerase chain reaction Chuỗi phản ứng trùng hợp PFGE Pulsedfield gel electrophoresis Điện di xung trường WHO World Health Orgnization Tổ chức Y tế Thế giới MỞ ĐẦU Nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) hiện nay đang là một thách thức lớn đối với các bệnh viện trong việc điều trị bởi tỷ lệ nhiễm khuẩn ngày càng cao NKBV là một trong những nguyên nhân hàng đầu đe dọa đến tính mạng người bệnh, là nguyên nhân chính gây ra tỷ lệ mắc, tử vong cao cho các bệnh nhân tại các bệnh viện trên thế giới [76]. NKBV thường gây nên bởi các vi khuẩn kháng đa kháng sinh, gây rất nhiều khó khăn cho cơng tác điều trị, kéo dài thời gian mắc bệnh, tăng biến chứng, tăng sự kháng thuốc của vi sinh vật qua đó tăng mức sử dụng kháng sinh, tăng chi phí dùng thuốc và là gánh nặng bệnh tật cho cả người bệnh và hệ thống y tế. Theo báo cáo của tổ chức Y tế thế giới tại 55 bệnh viện ở 14 nước trên thế giới đại diện cho các khu vực và đưa ra được tỷ lệ NKBV là 8,7%. Ước tính ở bất cứ thời điểm nào cũng có hơn 1,4 triệu người bệnh trên thế giới mắc NKBV [68]. Hàng năm thế giới có khoảng 2 triệu người mắc NKBV với 90.000 người tử vong, chi phí chăm sóc cho bệnh nhân tăng khoảng 4,5 tỉ đơ la [73]. Đây là một vấn đề y tế nghiêm trọng mang tính tồn cầu đang được các quốc gia trên thế giới cũng như Việt Nam quan tâm một cách đặc biệt Hiện nay Acinetobacter baumannii (A. baumannii) là một trong những tác nhân gây bệnh quan trọng hàng đầu tác động đến các cơ sở điều trị trên thế giới Tuy nhiên sự gia tăng nhanh chóng của các chủng vi khuẩn A. baumannii kháng lại kháng sinh thuộc nhóm βlactam, bao gồm kháng sinh nhóm carbapenem thuộc “nhóm lựa chọn cuối cùng”. Đặc biệt là sự xuất hiện của các chủng Acinetobacter mang gen New Delhi Metallobetalactamase1 (NDM1) kháng carbapenem được ghi nhận một số quốc gia như Đức và Vương quốc Anh [64]. Điều này sẽ dẫn đến nhiều hậu quả nghiêm trọng như: khơng còn kháng sinh để điều trị, tăng nguy cơ thất bại trong điều trị, giá thành cao, kéo dài thời gian điều trị và bệnh nhân có nguy cơ tử vong cao khi mắc các chủng A. baumannii kháng kháng sinh này [1]. Trong nghiên cứu gần đây của chúng tơi tại một số bệnh viện ở Hà Nội, A. baumannii chiếm 53,33% (320/600) trong tổng số chủng vi khuẩn gram âm gây NKBV 95% số chủng kháng lại cephalosporin hệ 3, với kháng sinh nhóm carbapenem Câu hỏi nghiên cứu được đặt ra là liệu các chủng A. baumannii kháng carbapenem phân lập tại các bệnh viện có mang gen NDM1 hay khơng? Do vậynghiên cứu này được tiến hành nhằm phát hiện vi khuẩn A. baumannii kháng carbapenem mang gen NDM1, đồng thời xác đinh một số đặc tính sinh học phân tử của các chủng A. baumannii mang gen NDM1 ở Việt Nam là hết sức cần thiết để từ đó đưa ra các biện pháp phù hợp phòng chống sự lây lan và đề xuất phác đồ điều trị phù hợp cho bệnh nhân bị mắc các chủng A. baumannii mang gen NDM1 tại Việt Nam. Chính sự cấp thiết và ý nghĩa thực tiễn nêu trên, chúng tơi tiến hành đề tài nghiên cứu: “Một số đặc tính của các chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM1 kháng carbapenem” với mục tiêu: Mục tiêu chung: Mô tả thực trạng kháng kháng sinh và một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩnA. baumannii kháng carbapenem tại 3 bệnh viện ở Hà Nội bao gồm bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pôn. Mục tiêu cụ thể: Mô tả thực trạng kháng kháng sinh chủng A baumannii kháng carbapenem phân lập tại 3 bệnh viện Việt Đức, Thanh Nhàn, Xanh Pơn 2. Phát hiện tỷ lệ vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 phân lập được trong nghiên cứu 3. Xác định một số đặc tính sinh học phân tử của vi khuẩn A. baumannii mang gen NDM1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện Theo Tổ chức Y tế Thế giới, nhiễm khuẩn bệnh viện (hospitalacquired infection hay nosocomial infection) là “những nhiễm khuẩn người bệnh mắc phải trong thời gian điều trị tại bệnh viện mà thời điểm nhập viện khơng thấy có yếu tố nhiễm khuẩn hay ủ bệnh nào. Nhiễm khuẩn bệnh viện thường xuất hiện sau 48 giờ kể từ khi người bệnh nhập viện” Hình 1.1. Sơ đồ nhiễm khuẩn bệnh viện Để chẩn đoán nhiễm khuẩn bệnh viện, người ta thường dựa vào định nghĩa tiêu chuẩn chẩn đoán cho vị trí nhiễm khuẩn bệnh viện Ví dụ: nhiễm khuẩn vết mổ sau phẫu thuật, nhiễm khuẩn máu có liên quan đến dụng cụ đặt trong lòng mạch, nhiễm khuẩn đường tiết niệu Hiện nay, theo hướng dẫn từ Trung tâm Giám sát và Phòng bệnh Hoa Kỳ (CDC) và các hội nghị quốc tế đã mở rộng định nghĩa ca bệnh cho các vị trí nhiễm khuẩn khác nhau và đang được áp dụng để giám sát nhiễm khuẩn bệnh viện trên tồn cầu. Dựa trên các tiêu chuẩn lâm sàng và sinh học, các nhà khoa học đã xác định có khoảng 50 loại nhiễm khuẩn bệnh viện khác nhau có thể xảy ra tại bệnh viện Bảng 1.1. Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện [76] Loại nhiễm khuẩn Nhiễm khuẩn vết mổ Nhiễm khuẩn tiết niệu Nhiễm khuẩn đường hơ hấp Tiêu chuẩn Có dịch chảy ra từ vết mổ, abcess hoặc viêm mơ lan tỏa tại vết mổ trong tháng đầu tiên sau khi phẫu thuật Ni cấy dương tính (1 hoặc 2 vi khuẩn) với nồng độ >105vk/ml, có hoặc khơng có các triệu chứng lâm sàng Có tối thiểu 2 triệu chứng viêm nhiễm đường hơ hấp xuất hiện trong thời gian nhập viện: Ho Có đờm mủ Có hình ảnh viêm phổi trên phim Xquang Nhiễm khuẩn khi đặt catheter Có biểu hiện viêm, nổi hạch hoặc có mủ chảy ra từ vị trí đặt catheter Nhiễm khuẩn huyết Sốt hoặc rét và kết quả cấy máu dương tính với ít nhất một tác nhân gây bệnh Hiện nay nhiễm khuẩn bệnh viện là một vấn đề nghiêm trọng tác động đến sức khoẻ tồn cầu. Theo báo cáo của tổ chức Y tế thế giới về nhiễm khuẩn bệnh viện từ năm 1995 đến 2010 cho thấy: Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện tính chung cho các quốc gia có thu nhập cao nằm trong khoảng từ 5% đến 12% (Hình 1.2) và tỷ lệ chung cho tất cả các quốc gia này vào khoảng 7,6% [77]. Theo ước tính của trung tâm phòng chống và kiểm sốt bệnh châu Âu, hàng năm có khoảng 4.100.000 bệnh nhân bị nhiễm khuẩn bệnh viện và khoảng 37.000 trường hợp tử vong. Phần lớn các trường hợp là nhiễm khuẩn tiết niệu tiếp theo là nhiễm khuẩn đường hơ hấp, nhiễm khuẩn sau khi phẫu thuật, nhiễm khuẩn huyết và một số nhiễm khuẩn khác (bao gồm tiêu chảy do Clostridium difficile). S. aureus kháng đa kháng sinh cũng chiếm khoảng 5% các trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện tại liên minh châu Âu [24]. Tại Mỹ năm 2002, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện vào khoảng 4,5% tương đương với khoảng 1,7 triệu bệnh nhân bị mắc nhiễm khuẩn. Nhiễm khuẩn đường tiết niệu chiếm tỷ lệ cao nhất (36%) tiếp theo là nhiễm khuẩn vết mổ (20%), nhiễm trùng huyết và viêm phổi (11%) [37] Hình 1.2. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập cao *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic Health Care Associated Infection Worldwide) [77] Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện các quốc gia có thu nhập trung bình và thấp dao động từ 5,7% đến 19,9% và tỷ lệ tính chung là khoảng 10,1/100 bệnh nhân (Hình 1.3) [77] Trong nhiễm khuẩn vết mổ chiếm tỷ lệ cao (29,1%), nhiễm khuẩn tiết niệu (23,9%), nhiễm khuẩn huyết (19,1%), đường hơ hấp (14,8%) và các nhiễm khuẩn khác là 13,1% [77] Hình 1.3. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập thấp và trung bình *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic Health CareAssociated Infection Worldwide) [77] Có rất nhiều tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và sự tác động của các tác nhân này cũng rất khác nhau giữa các nhóm bệnh nhân, các bệnh viện, khoa điều trị và giữa các quốc gia bao gồm: vi rút như viêm gan B, C (lây qua đường tiêm truyền, chạy thận nhân tạo và phẫu thuật nội soi). Vi rút rota và các vi rút đường ruột (lây truyền qua đường phânmiệng) [8, 77]. Một số loại ký sinh trùng Giardia lamblia nhiều loại nấm Candida albicans, Aspergillus spp., Cryptococcus neoformans và Cryptosporidium gây nhiễm trùng cơ hội cho các bệnh nhân sau khi điều trị kháng sinh dài ngày và trên các bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch và có thể lây truyền dễ dàng trong bệnh viện [ 76]. Hiện nay vi khuẩn là một trong căn nguyên quan trọng hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện bao gồm như C. perfringen là nguyên nhân gây bệnh hoại thư sinh hơi trong bệnh viện [76]. Vi khuẩn Gram dương điển hình là S. aureus (sống ký sinh trên da và mũi) là nguyên nhân gây nhiều loại nhiễm khuẩn trong bệnh viện như viêm phổi, xương, tim và nhiễm khuẩn huyết [76]. Đặc biệt trong 10 năm vừa qua các vi khuẩn Gram âm Escherichia coli (E coli), Klebsiella pneumoniae (K. 10 44 Lim S., Mark A. T., Janis L. W.,Robin A. H.,Timothy R. W.,Karthikeyan K. K (2014), "Plasmid Carriage of blaNDM1 in Clinical Acinetobacter baumannii Isolates from India", Antimicrob Agents Chemother. 58(7), pp. 4211–4213 45 McGregor, A. (1997), "Counterfeit drugs flood developing world", Lancet. 350, p. 1690 46 Michelle Lowings, Marthie Magdaleen Ehlers, Andries William Dreyer, Marleen Magdalena Kock (2015), "High prevalence of oxacillinases in clinical multidrugresistant Acinetobacter baumannii isolates from the Tshwane region, South Africa – an update", BMC Infectious Diseases. 15, p. 521 47 Mugnier P. D., Poirel L., Naas T. et al (2010), "Worldwide Dissemination of the blaOXA23 Carbapenemase Gene of Acinetobacter baumannii", Emerging Infectious Diseases. 16 (1), pp. 3540 48 Nemec A., Křížová L., Maixnerová M et al (2009), "Emergence of carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii in the Czech Republic is associated with the spread ", Journal Antimicrob Chemother. 62, pp. 484 489 49 Nizami S. Q., Khan I. A., Bhutta Z. A. (1996), "Drug prescribing practices of general practitioners and paediatricians for childhood diarrhoea in Karachi, Pakistan", Social Science & Medicine Journal. 42, pp. 11331139 50 Nordmann P., Dortet L., Poirel L (2012), "Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae: here is the storm", Trends in Molecular Medicine. 18 (5), pp. 263272 51 Okeke I., Lamikanra A. (1995), "Quality and bioavailability of tetracycline capsules in a Nigerian semiurban community", International Journal of Antimicrobial Agents. 5, pp. 245250 73 52 Paredes P., Pena M., FloresGuerra E., Diaz J., Trostle J. (1996), "Factors influencing physicians’ prescribing behavior in the treatment of childhood diarrhoea: knowledge may not be the clue", Social Science & Medicine Journal. 42, pp. 11411153 53 Park Y K., Lee G H., Baek J Y et al (2010), "A single clone of Acinetobacter baumannii, ST22, is responsible for high antimicrobial resistance rates of Acinetobacter spp isolates that cause bacteremia and urinary tract infections in Korea", Microbial Drug Resistance 16, pp. 1439 54 Peleg A Y., Hooper D C (2010), "HospitalAcquired Infections Due to GramNegative Bacteria", New England Journal of Medicine. 362(19), pp. 18041813 55 Peleg A Y., Hooper D C (2010), "HospitalAcquired Infections Due to GramNegative Bacteria", New England Journal of Medicine. 362 (19), pp. 18041813 56 Peleg A. Y., Seifert H., Paterson D. L. (2008), "Acinetobacter baumannii: Emergence of a Successful Pathogen", Clinical Microbiology Reviews. 21 (3), pp. 538582 57 Perez F., Hujer A M., Hujer K M (2007), "Global Challenge of MultidrugResistant Acinetobacter baumannii", Antimicrobiol Agents and Chemotherapy American Society for Microbiology. 51 (10), pp. 34713484 58 Pierre E. F., Herve´ Richet (2006), "The Epidemiology and Control of Acinetobacter baumannii in Health Care Facilities", Clinical Infectious Diseases. 42, p. 692 59 Prashanth K., Vasanth T., Saranathan R (2012), "Antibiotic Resistance, Biofilms and Quorum Sensing in Acinetobacter Species, Antibiotic Resistant Bacteria A Continuous Challenge in the New Millennium", www.intechopen.com, Acceess on 15 Feb. 2012 74 60 Report, ECDC Technical (2011), "Updated ECDC risk assessment on the spread of New Delhi metalloβlactamase (NDM) and its variants within Europe" 61 Rice, L B (2009), "The clinical consequences of antimicrobial resistance", Current Opinion in Microbiology. 12, pp. 476481 62 Rustam, I. A. (2010), "A brief history of the antibiotic era: lessons learned and challenges for the future", Front Microbiology. 1(134), pp. 17 63 Schouten M. A., Voss A., HoogkampKorstanje J. A. A. (1997), "VRE and meat", Lancet. 349, p. 1258 64 Struelens M J., Monnet D L., Magiorakos A P., Santos O'Connor F., Giesecke J (2010), "New Delhi metalloβlactamase 1producing Enterobacteriaceae: emergence and response in Europe", Euro Surveill. 15(46), p. 19716 65 Taylor R. B., Shakoor O., Behrens R. H. (1995), "Drug quality, a contributor to drug resistance?", Lancet. 346, p. 122 66 Tenover (2006), "Mechanisms of Antimicrobial Resistance in Bacteria", The American Journal of Medicine. 119 (6), pp. 310 67 Thamarai Schneiders, Jacqueline Findlay et al (2008), "Efflux Pumps in Acinetobacter baumannii, Acinetobacter Biology and Pathogenesis", Springer.com, pp. 105 128 68 Tikhomirov, E. (1987), "Programme for the Control of Hospital Infections", Chemiotherapia. 3, pp. 148151 69 Villegas, M V., Hartstein A I (2003), "Acinetobacter outbreaks, 1977 2000", Infect. Control Hosp. Epidemiology. 24, pp. 284295 70 Wain J., Hoa N. T., Chinh N. T., Vinh H., Everett M. J., Diep T. S. et al (1997), "Quinoloneresistant Salmonella typhi in Viet Nam: molecular basis 75 of resistance and clinical response to treatment", Clin Infect Dis. 25(6), pp. 14041410 71 Walsh, T R (2003), "Section III: Antibiotic Resistance, In: Antibiotics: Action, Origins, Resistance", American Society for Microbiology, pp 89 155 72 Walsh T R., Weeks J., Livermore D M., Toleman M A (2011), "Dissemination of NDM1 positive bacteria in the New Delhi environment and its implications for human health: an environmental point prevalence study", Lancet. 11(5), pp. 35562 73 Wegener H C., Aarestrup F M., Jensen L B et al (1999), "Use of antimicrobial growth promoter in food animals and Enterococcus faecium resistance to therapeutic antimicrobial drugs in Europe", Emerging Infectious Disease 5, pp. 329332 74 Weinberg J., Grimaud O., Newton L. (1999), "Establishing priorities for European collaboration in communicable disease surveillance", European Journal of Public Health. 9, pp. 236240 75 Willey J., Sherwood L., Woolverton C (2008), Prescott’s Principles of Microbiology, New York: McGrawHil 76 World Health Organization (2002), "Prevention of Hospital Acquired Infections. A Practical Guide, 2nd ed. Geneva: WHO Press" 77 World Health Organization (2011), Report on the Burden of Endemic Health CareAssociated Infection Worldwide 78 Yokoe D. S., Mermel L. A., Anderson D. J. et al (2008), " A compendium of strategies to prevent healthcareassociated infections in acute care hospitals", Infection Control & Hospital Epidemiology. 29, pp. 1221 79 Yong D., Toleman M. A., Giske C. G., Cho H. S., Sundman K., Lee K., Walsh T. R. (2009), "Characterization of a new metallobetalactamase 76 gene, bla (NDM1), and a novel erythromycin esterase gene carried on a unique genetic structure in Klebsiella pneumoniae sequence type 14 from India", Antimicrob Agents Chemother. 53 (12), pp. 50465054 77 PHLC CCQUYTRèNHKTHUTTHCHINTRONGLUNN PCRphỏthingenNDMư1 ThnhphnhnhpphnngPCR Thnhphnphnng 1mu(àl) Nngcuicựng 2XGoưtaqMasterưMix(GoTaqđADN 15 1X NDM1F 0,1µM Polymerase: 400µM dATP, 400µM 0,3 (10µM/ul) M ồi NDM1R 0,3 (10µM/ul) 0,1µM Nước siêu sạch 10 ADN 250ng Tổng số: 30µl Chu trình nhiệt Các bước Biến tính Biến tính Gắn mồi Tổng hợp Kết thúc Giữ ở nhiệt độ 40C Nhiệt độ 940C 940C 600C 720C 720C Thời gian 4 phút 36 giây 36 giây 30 chu 50 giây kỳ 5 phút Quy trình thực hiện kỹ thuật MLST Thành phần phản ứng PCR Thành phần phản ứng 1 mẫu (µl) 10 Mẫu (µl) 2X MasterMix 15 150 0.5 0.5 Nước siêu sạch 11 110 Tổng số: 27 270 Cặp primers Chu trình nhiệt Các bước Nhiệt độ Thời gian Biến tính 940C 4 phút Biến tính 950C 36 giây Gắn mồi 500C 36 giây 30 chu kỳ Tổng hợp 720C 50 giây Kết thúc 720C 5 phút Giữ ở nhiệt độ 40C Sau khi chạy PCR với chu trình nhiệt đặc trưng với từng đoạn gen bảo tồn của vi khuẩn cho kỹ thuật MLST, sản phẩm PCR sẽ được mang đi tinh sạch bằng bộ kit ADN Gel purification (QIAGEN) Thực hiện phản ứng Bigdye – PCR với cả mồi xi và mồi ngược của từng đoạn gen bảo tồn Hỗn hợp cho phản ứng Bigdye PCR Thành phần phản ứng 1 mẫu (µl) Sản phẩm PCR tinh sạch 1.5µl Mồi xi hoặc ngược 2 µl Bigdye 3.1 3 µl Buffer 5X 4 µl Nước siêu sạch 9.5 µl Tổng số: 20 µl Chu trình nhiệt cho bigdyePCR: 960C: 1 phút 960C: 30giây 500C: 30 giây 30 chu kỳ 600C: 4 phút Giữ ở 40C Tinh sản phẩm DNA: Cho 45 µl Sam solution 10 µl X termination/ mẫu bệnh phẩm Lắc 2000 vòng/30, phút Ly tâm 3000 vòng trong 23 phút lấy nước nổi cho vào máy giải trình tự gen Đọc trình tự gen bằng máy đọc trình tự ABI3130 (Applied Biosystem, Mỹ) Alignment 2 trình tự xi và ngược của từng đoạn gen bảo tồn đã thu được sau giải trình tự bằng phần mềm Bioedit. Nhập kết quả thu được lên http://pubmlst.org/ để xác định dữ liệu về Allele của các đoạn gen bảo tồn trong nghiên cứu So sánh kết quả về Allele để xác định ST (sequence type) của loại vị khuẩn trong nghiên cứu So sánh kết quả tìm được trong nghiên cứu với kết quả đã được cơng bố trong cơ sở dữ liệu của ngân hàng gen thế giới KẾT QUẢ ĐẠI DIỆN CHO GIẢI TRÌNH TỰ TRONG KỸ THUẬT MLST CÁC CHỦNG A. baumannii MANG GEN NDM1 KHÁNG CARBAPENEM ...DANH MỤC CÁC BẢNG Bản g Tên Bảng Trang 1.1 Phân loại một số nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Sự phát triển đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 12 1.3 Một số đặc tính của các enzym ly giải carbapenem của các chủng vi khuẩn Gram âm... cơng tác phòng và điều trị các bệnh nhiễm trùng 1.2.2 Sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 1.2.2.1 Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh của vi khuẩn Trong tự nhiên phần lớn các vi khuẩn đều sở hữu riêng các gen kháng. .. các chủng vi khuẩn kháng đa kháng sinh trong các bệnh viện. Nhiễm khuẩn bệnh viện là yếu tố quan trọng liên quan đến tính kháng kháng sinh của vi khuẩn trên thế giới. Việc phòng chống nhiễm khuẩn bệnh