BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH MỘT SỐ VI SINH VẬT CÓ KHẢ NĂNG KÍCH THÍCH SINH TRƢỞNG THỰC VẬT Ở VƢỜN QUỐC GIA CÁT TIÊN Ngành học: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa : 2003-2007 Sinh viên thực hiện: PHAN TRUNG HẬU Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ************************** PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH MỘT SỐ VI SINH VẬT CÓ KHẢ NĂNG KÍCH THÍCH SINH TRƢỞNG THỰC VẬT Ở VƢỜN QUỐC GIA CÁT TIÊN Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện: PGS.TS BÙI VĂN LỆ PHAN TRUNG HẬU ThS KIỀU PHƢƠNG NAM Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 LỜI CẢM ƠN Khóa luận được hoàn thành với sự quan tâm giúp đỡ rất nhiều các thầ y cô, các anh chị các bạn Em xin gửi lời cảm ơn chân thà nh đế n: PGS.TS Bùi Văn Lê ̣ , người đã tâ ̣n tin ̀ h hướng dẫn và ta ̣o mo ̣i điề n kiê ̣n để em thực hiê ̣n khóa luâ ̣n này Thạc sĩ Kiều Phương Nam , người thầy hết lòng tận tụy tuyền đạt kinh nghiệm q báo suốt quá trình làm đề tài Em xin cảm ơn thầy rất nhiều! Quý thầy cô môn công nghệ sinh học, các thầy cô trường Đại học Nơng Lâm thành phố Hồ Chí Minh dạy truyền đạt cho chúng em kiến thức quý báu suốt năm học qua Em cảm ơn anh Bình cùng toàn thể các bạn sinh viên năm tư trường ĐH Khoa ho ̣c Tự nhiên , ĐH Mở sẵn sàng giúp đỡ và đô ̣ng viên những lúc gă ̣p khó khăn đề tài Cảm ơn tất các thành viên lớp CNSH 29 các ba ̣n thân đã cùng chia sẻ nỗi buồn vui năm đa ̣i ho ̣c Và hết , cảm ơn ba má , các anh chị đã chăm lo , ủng hộ, tin tưởng khích lệ lúc khó khăn nhất để có thể vững bước đường chọn Tháng 9/2007 Phan Trung Hậu iii TÓM TẮT Đề tài “Phân lập định danh số vi sinh vật có khả kích thích sinh trƣởng thực vật vƣờn quốc gia Cát Tiên” được thực tại trại thực nghiệm sinh học, Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh từ tháng 3/2007 đến tháng 8/2007 Kết quả: - Phân lập làm được 75 chủng vi sinh vật từ vườn Quốc Gia Cát Tiên Trong đó có 45 chủng môi trường chọn lọc MMS (khoáng MS+1% methanol) 30 chủng môi trường chọn lọc MSo (môi trường MS loại bỏ các thành phần chứa nitrogen) - Sàng lọc qua hệ thống (khả tác động lên chồi thuốc lá điều kiện in vitro khả kích thích hạt nảy mầm hạt đậu xanh điều kiện in vivo), chúng chọn lọc được chủng vi sinh vật có khả kích thích sinh trưởng thực vật bao gồm: 6012a, 6019a, 6019b, 6021a, 6027a, ON16a, ON20a, ON28a ON29b Kết định danh: Chủng 6012a 6027a được định danh tới cấp độ giống vi khuẩn thuộc chi Methylobacterium Riêng chủng 6012a có thể loài mới Các chủng 6019a, 6019b, 6021a, ON16a, ON20a, ON28a, ON29b nấm men có đặc điểm tương đồng với các giống nấm men sau: - Các chủng 6019b, ON16a, ON20a, ON29b có điểm tương đồng với giống Pichia - Chủng 6019a có điểm tương đồng với giống Cocidiascusc - Chủng 6021a có điểm tương đồng với giống Rhodotorula - Chủng ON28a có điểm tương đồng với giống Endomycopsis iv MỤC LỤC CHƢƠNG .TRANG Trang tựa i Lời cảm ơn iii Tóm tắt iv Mục lục v Danh sách các chữ viế t tắ t viii Danh sách các hình ix Danh sách các sơ đồ biểu đồ xi Danh sách các bảng xii Chƣơng 1: MỞ ĐẦU Error! Bookmark not defined 1.1 Đặt vấn đề Error! Bookmark not defined 1.2 Mục tiêu Error! Bookmark not defined 1.3 Yêu cầu Error! Bookmark not defined Chƣơng 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU Error! Bookmark not defined 2.1 Vườn Quốc gia Cát Tiên Error! Bookmark not defined 2.2 Sơ lược sự tương tác vi sinh vật thực vật Error! Bookmark not defined 2.2.1 Phân nhóm vi sinh vật tương tác với thực vật dựa vào chất sự tương tác 2.2.1.1 Các vi sinh vật ức chế tác hại mầm bệnh lên thực vật Error! Bookmark not defined 2.2.1.2 Vi sinh vật gia tăng dinh dưỡng cho Error! Bookmark not defined 2.2.2 Vi khuẩn sản xuất các chất kích thích lên sự sinh trưởng thực vật Error! Bookmark not defined 2.3 Các phương pháp định danh vi sinh vật Error! Bookmark not defined 2.3.1 Phương pháp truyền thống Error! Bookmark not defined v 2.3.1 Phương pháp đại Error! Bookmark not defined vi Chƣơng 3: VẬT LIỆU - PHƢƠNG PHÁP Error! Bookmark not defined 3.1 Thời gian địa điểm Error! Bookmark not defined 3.2 Vật liệu Error! Bookmark not defined 3.2.1 Mẫu thí nghiệm Error! Bookmark not defined 3.2.2 Thiết bị dụng cụ Error! Bookmark not defined 3.2.3 Hóa chất Error! Bookmark not defined 3.2.3.1 Môi trường phân lập làm vi sinh vật biến dưỡng methyl (MMS)……………… Error! Bookmark not defined 3.2.3.2 Môi trường chọn lọc vi sinh vật cố định nitơ (MSO) Error! Bookmark not defined 3.2.3.3 Môi trường nhân sinh khối vi khuẩn (CMS) Error! Bookmark not defined 3.2.3.4 Các môi trường khác Error! Bookmark not defined 3.3 Phương pháp thí nghiệm Error! Bookmark not defined 3.3.1 Phân lập làm Error! Bookmark not defined 3.3.1.1 Lấy mẫu tăng sinh mẫu: Error! Bookmark not defined 3.3.1.2 Phân lập chọn lọc Error! Bookmark not defined 3.3.1.3 Giữ giống ………………………………………………………………….Error! Bookmark not defined 3.3.2 Định tính Error! Bookmark not defined 3.3.2.1 Khảo sát khả kích thích sinh trưởng thực vật các chủng kiện in vitro in vivo Error! Bookmark not defined 3.3.2.2 Xử lý thống kê Error! Bookmark not defined 3.3.2.3 Quan sát hình thái Error! Bookmark not defined 3.3.3 Định danh vi khuẩn Error! Bookmark not defined 3.3.3.1 Khảo sát các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa Error! Bookmark not defined 3.3.3.2 Đặc điểm sinh lý Error! Bookmark not defined 3.3.3.3 Đặc điểm sinh hóa Error! Bookmark not defined vii 3.3.3.4 So sánh tính tương đồng di truyền dựa hệ số Jascard Error! Bookmark not defined 3.3.3.5 Phân tích trình tự rDNA 16S Error! Bookmark not defined 3.3.4 Định danh nấm men Error! Bookmark not defined 3.3.4.1 Khảo sát các đặc điểm hình thái nấm men Error! Bookmark not defined 3.3.4.2 Xác định số đặc tính sinh hóa nấm men Error! Bookmark not defined Chƣơng 4: KẾT QUẢ - THẢO LUẬN Error! Bookmark not defined 4.1 Kết phân lập làm Error! Bookmark not defined 4.2 Kết sàng lọc các chủng có khả tương tác với thực vật Error! Bookmark not defined 4.2.1 Khảo sát khả kích thích tăng trưởng thực vật các chủng VSV điều kiện in vitro Error! Bookmark not defined 4.2.2 Khảo sát khả kích thích sự nảy mầm hạt giống Error! Bookmark not defined 4.3 Định danh vi sinh vật Error! Bookmark not defined 4.3.1 Kết quan sát hình thái Error! Bookmark not defined 4.3.2 Định danh vi vi khuẩn 59 4.3.2.1 Kết khảo sát các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa 59 4.3.2.2 Phân tích trình tự rDNA 16S .70 4.3.3 Định danh nấm men .77 4.3.3.1 Quan sát các đặc điểm hình thái nấm men 77 4.3.3.2 Các đặc điểm sinh lí, sinh hóa .80 Chƣơng 5: KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ Error! Bookmark not defined.2 5.1 Kết luận Error! Bookmark not defined.2 5.2 Đề nghị Error! Bookmark not defined viii TÀI LIỆU THAM KHẢO ………………………………………… ………….85 PHỤ LỤC ix DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT Bp Base pair EDTA Ethylene-Diamine-Tetraacetic-Acid MS Murashige Skoog, 1962 CMS Môi trường bổ sung 2% cao thịt 2% casein MMS môi trường Methanol Minerol Salts Gram (-) Gram âm Gram (+) Gram dương PPFM Pink-Pigment Facultative Methylotrophic PCR Polymerase chain reaction MSo Môi trường khoáng MS không có nitrogen DNA Deoxyribonucleotide Acid Taq Tag polymerase LDC Lysine decarboxylase PHB Poly-beta-hydroxybutyrate viii 15 61.533333 X 15 73.600000 X contrast difference limits - 5.00000 5.12740 - -4.00000 5.12740 - -6.80000 5.12740 * - -12.4667 5.12740 * - -2.06667 5.12740 - 4.26667 5.12740 - 9.00000 5.12740 * - -24.5333 5.12740 * Trọng lƣợng tƣơi Analysis of variance -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -Between groups 211571.41 26446.426 19.056 0000 Within groups 24981.33 18 1387.852 -Total (corrected) 236552.74 26 Table of means for TLAMMST.rm_tuoi by TLAMMST.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 486.00000 6.506407 21.508540 454.03960 517.96040 477.66667 34.901449 21.508540 445.70627 509.62706 430.33333 13.220355 21.508540 398.37294 462.29373 3 600.66667 29.475037 21.508540 568.70627 632.62706 572.66667 34.299336 21.508540 540.70627 604.62706 339.66667 9.024658 21.508540 307.70627 371.62706 377.33333 10.268615 21.508540 345.37294 409.29373 437.66667 21.403530 21.508540 405.70627 469.62706 593.33333 6.173420 21.508540 561.37294 625.29373 -Total 27 479.48148 7.169513 7.169513 468.82802 490.13495 Multiple range analysis for TLAMMST.rm_tuoi by TLAMMST.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 339.66667 X 377.33333 XX 430.33333 XX 437.66667 XX 477.66667 X 486.00000 X 572.66667 X 593.33333 X 3 600.66667 X contrast difference limits 0 0 0 0 - 8.33333 55.6667 -114.667 -86.6667 146.333 108.667 48.3333 -107.333 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 * * * * * Trọng lƣợng khô Analysis of variance -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -Between groups 211571.41 26446.426 19.056 0000 Within groups 24981.33 18 1387.852 -Total (corrected) 236552.74 26 Table of means for TLAMMSK.TL_kho by TLAMMSK.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 78.33333 4.3716257 3.7957091 72.69314 83.97353 73.33333 4.9103066 3.7957091 67.69314 78.97353 59.33333 1.8559215 3.7957091 53.69314 64.97353 3 108.00000 3.2145503 3.7957091 102.35980 113.64020 107.66667 5.7831172 3.7957091 102.02647 113.30686 53.00000 2.3094011 3.7957091 47.35980 58.64020 58.66667 1.4529663 3.7957091 53.02647 64.30686 63.33333 2.3333333 3.7957091 57.69314 68.97353 89.00000 5.1316014 3.7957091 83.35980 94.64020 -Total 27 76.74074 1.2652364 1.2652364 74.86068 78.62081 Multiple range analysis for TLAMMST.rm_tuoi by TLAMMST.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 339.66667 X 377.33333 XX 430.33333 XX 437.66667 XX 477.66667 X 486.00000 X 572.66667 X 593.33333 X 3 600.66667 X contrast difference limits - 8.33333 63.9208 - 55.6667 63.9208 - -114.667 63.9208 * 0 0 - -86.6667 146.333 108.667 48.3333 -107.333 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 63.9208 * * * * Phụ lục 3: Khảo sát khả tương tác thực vật vi sinh vật có khả cố định nitơ môi trường MSo Chiều cao chồi thuốc Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 69.314286 11.552381 17.016 Within groups 66.533333 98 678912 Total (corrected) 135.84762 104 Table of means for TLAMSOH.Chieucao by TLAMSOH.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 15 3.2000000 2000000 2127458 2.9014017 3.4985983 15 2.8000000 2794553 2127458 2.5014017 3.0985983 15 2.2000000 1745743 2127458 1.9014017 2.4985983 15 3.9333333 1817027 2127458 3.6347350 4.2319316 15 2.3333333 1868706 2127458 2.0347350 2.6319316 15 4.4666667 2363747 2127458 4.1680684 4.7652650 15 2.3333333 2108185 2127458 2.0347350 2.6319316 -Total 105 3.0380952 0804104 0804104 2.9252357 3.1509548 Multiple range analysis for TLAMSOH.Chieucao by TLAMSOH.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 15 2.2000000 X 15 2.3333333 XX 15 2.3333333 XX 15 2.8000000 XX 15 3.2000000 X 15 3.9333333 X 15 4.4666667 X contrast difference limits - 0.40000 0.59720 - 1.00000 0.59720 * - -0.73333 0.59720 * - 0.86667 0.59720 * - -1.26667 0.59720 * - 0.86667 0.59720 * Chiều dài rễ Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 54775.048 9129.1746 160.713 Within groups 5566.800 98 56.8041 Total (corrected) 60341.848 104 Table of means for TLAMSOR.chieu_dai by TLAMSOR.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 15 63.26667 2.3165382 2.4763736 59.79096 66.74237 15 69.80000 2.5358384 2.4763736 66.32430 73.27570 15 26.53333 1.3447133 2.4763736 23.05763 30.00904 15 108.80000 3.7786367 2.4763736 105.32430 112.27570 15 68.33333 2.5348366 2.4763736 64.85763 71.80904 15 70.73333 1.8007053 2.4763736 67.25763 74.20904 15 68.06667 2.3185929 2.4763736 64.59096 71.54237 -Total 105 67.93333 9359813 9359813 66.61964 69.24703 Multiple range analysis for TLAMSOR.chieu_dai by TLAMSOR.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 15 26.53333 X 15 63.26667 X 15 67.46667 XX 15 68.06667 XX 15 69.80000 X 15 70.73333 X 15 111.60000 X contrast difference limits - -6.53333 5.62289 * - 36.7333 5.62289 * - -48.3333 5.62289 * - -4.20000 5.62289 - -7.46667 5.62289 * - -4.80000 5.62289 Trọng lƣợng tƣơi Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 38975.905 6495.9841 10.109 Within groups 8996.667 14 642.6190 Total (corrected) 47972.571 20 Table of means for TLAMSOT.rm_tuoi by TLAMSOT.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 269.00000 15.620499 14.635790 246.79786 291.20214 255.33333 17.947454 14.635790 233.13119 277.53547 205.00000 12.220202 14.635790 182.79786 227.20214 3 295.00000 12.288206 14.635790 272.79786 317.20214 226.33333 4.409586 14.635790 204.13119 248.53547 347.66667 23.168465 14.635790 325.46453 369.86881 257.66667 8.762293 14.635790 235.46453 279.86881 -Total 21 265.14286 5.531809 5.531809 256.75124 273.53448 Multiple range analysis for TLAMSOT.rm_tuoi by TLAMSOT.NT -Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups -2 205.00000 X 226.33333 XX 255.33333 XX 257.66667 XX 269.00000 XX 3 295.00000 X 347.66667 X -contrast difference limits - 13.6667 44.4043 - 64.0000 44.4043 * - -26.0000 44.4043 - 42.6667 44.4043 - -78.6667 44.4043 * - 11.3333 44.4043 Trọng lƣợng khô Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 2240.2857 373.38095 48.401 0000 Within groups 108.0000 14 7.71429 Total (corrected) 2348.2857 20 Table of means for TLAMSOK.TL_kho by TLAMSOK.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 37.666667 8819171 1.6035675 35.234093 40.099240 31.666667 1.4529663 1.6035675 29.234093 34.099240 41.000000 2.3094011 1.6035675 38.567427 43.432573 3 47.333333 8819171 1.6035675 44.900760 49.765907 34.666667 8819171 1.6035675 32.234093 37.099240 62.333333 2.1858128 1.6035675 59.900760 64.765907 30.333333 1.8559215 1.6035675 27.900760 32.765907 -Total 21 40.714286 6060915 6060915 39.794859 41.633712 Multiple range analysis for TLAMSOK.TL_kho by TLAMSOK.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 30.333333 X 31.666667 X 34.666667 XX 37.666667 XX 41.000000 X 3 47.333333 X 62.333333 X contrast difference limits - 6.00000 4.86515 * - -3.33333 4.86515 - -9.66667 4.86515 * - 3.00000 4.86515 - -24.6667 4.86515 * - 7.33333 4.86515 * Phụ lục 4: Khảo sát khả kích thích nảy mầm hạt đậu xanh chủng vi sinh vật phân lập môi trường chọn lọc MMS MSo Tỉ lệ nảy mầm đậu xanh tƣơng tác với vi sinh vật phân lập môi trƣờng MMS Nhóm 1: Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 26259.200 23 1141.7043 55.253 0000 Within groups 971.167 47 20.6631 Total (corrected) 27230.366 70 Table of means for MMS1H.SHNM by MMS1H.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 90.333333 8819171 2.6244441 86.599166 94.06750 50.333333 1.4529663 2.6244441 46.599166 54.06750 71.666667 1.4529663 2.6244441 67.932499 75.40083 3 39.333333 2.1858128 2.6244441 35.599166 43.06750 35.000000 5773503 2.6244441 31.265833 38.73417 72.666667 1.7638342 2.6244441 68.932499 76.40083 99.666667 3333333 2.6244441 95.932499 103.40083 68.000000 2.6457513 2.6244441 64.265833 71.73417 73.333333 7.2648316 2.6244441 69.599166 77.06750 81.666667 2.4037009 2.6244441 77.932499 85.40083 10 84.333333 3.1797973 2.6244441 80.599166 88.06750 11 44.333333 4.3333333 2.6244441 40.599166 48.06750 12 79.333333 3.5276684 2.6244441 75.599166 83.06750 13 76.333333 1.2018504 2.6244441 72.599166 80.06750 14 65.333333 2.3333333 2.6244441 61.599166 69.06750 15 76.333333 1.4529663 2.6244441 72.599166 80.06750 16 65.666667 1.4529663 2.6244441 61.932499 69.40083 17 81.000000 2.3094011 2.6244441 77.265833 84.73417 18 32.666667 1.4529663 2.6244441 28.932499 36.40083 19 57.666667 2.7284509 2.6244441 53.932499 61.40083 20 54.666667 8819171 2.6244441 50.932499 58.40083 21 74.333333 2.3333333 2.6244441 70.599166 78.06750 22 46.000000 3.0550505 2.6244441 42.265833 49.73417 23 17.500000 5000000 3.2142745 12.926598 22.07340 -Total 71 64.718310 5394718 5394718 63.950727 65.48589 Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups -23 17.500000 X 18 32.666667 X 35.000000 X 3 39.333333 XX 11 44.333333 XX 22 46.000000 XX 50.333333 XX 20 54.666667 X 19 57.666667 X 14 65.333333 X 16 65.666667 X 68.000000 XX 71.666667 XXX 72.666667 XXXX 73.333333 XXX 21 74.333333 XXXX 13 76.333333 XXX 15 76.333333 XXX 12 79.333333 XXX 17 81.000000 XX 81.666667 XX 10 84.333333 XX 90.333333 X 99.666667 X -contrast difference limits - 40.0000 7.46833 * - 18.6667 7.46833 * - 51.0000 7.46833 * - 55.3333 7.46833 * - 17.6667 7.46833 * - -9.33333 7.46833 * - 22.3333 7.46833 * - 17.0000 7.46833 * - 8.66667 7.46833 * - 10 6.00000 7.46833 - 11 46.0000 7.46833 * - 12 11.0000 7.46833 * - 13 14.0000 7.46833 * - 14 25.0000 7.46833 * - 15 14.0000 7.46833 * - 16 24.6667 7.46833 * - 17 9.33333 7.46833 * - 18 57.6667 7.46833 * - 19 32.6667 7.46833 * - 20 35.6667 7.46833 * - 21 16.0000 7.46833 * - 22 44.3333 7.46833 * - 23 72.8333 8.34985 * Nhóm 2: Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 26528.000 23 1153.3913 96.451 0000 Within groups 574.000 48 11.9583 Total (corrected) 27102.000 71 Table of means for MMS2H.SHNM by MMS2H.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 90.333333 8819171 1.9965248 87.494158 93.17251 24 45.666667 1.8559215 1.9965248 42.827491 48.50584 25 99.666667 3333333 1.9965248 96.827491 102.50584 26 51.000000 3.0550505 1.9965248 48.160824 53.83918 27 86.000000 2.6457513 1.9965248 83.160824 88.83918 28 45.666667 2.1858128 1.9965248 42.827491 48.50584 29 81.666667 8819171 1.9965248 78.827491 84.50584 30 77.000000 5773503 1.9965248 74.160824 79.83918 31 49.333333 2.3333333 1.9965248 46.494158 52.17251 32 27.333333 8819171 1.9965248 24.494158 30.17251 33 80.000000 1.0000000 1.9965248 77.160824 82.83918 34 56.000000 1.1547005 1.9965248 53.160824 58.83918 35 85.333333 8819171 1.9965248 82.494158 88.17251 36 32.000000 1.1547005 1.9965248 29.160824 34.83918 37 59.333333 1.4529663 1.9965248 56.494158 62.17251 38 45.333333 1.2018504 1.9965248 42.494158 48.17251 39 80.000000 2.0816660 1.9965248 77.160824 82.83918 40 74.000000 3.2145503 1.9965248 71.160824 76.83918 41 66.666667 1.8559215 1.9965248 63.827491 69.50584 42 79.000000 2.6457513 1.9965248 76.160824 81.83918 43 76.333333 1.8559215 1.9965248 73.494158 79.17251 44 84.666667 3.1797973 1.9965248 81.827491 87.50584 45 86.333333 1.2018504 1.9965248 83.494158 89.17251 46 69.333333 3.8441875 1.9965248 66.494158 72.17251 -Total 72 67.833333 4075389 4075389 67.253789 68.41288 Multiple range analysis for MMS2H.SHNM by MMS2H.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 32 27.333333 X 36 32.000000 X 38 45.333333 X 24 45.666667 X 28 45.666667 X 31 49.333333 X 26 51.000000 XX 34 56.000000 XX 37 59.333333 X 41 66.666667 X 46 69.333333 XX 40 74.000000 XX 43 76.333333 XX 30 77.000000 XX 42 79.000000 XXX 33 80.000000 XXX 39 80.000000 XXX 29 81.666667 XXXX 44 84.666667 XXXX 35 85.333333 XXX 27 86.000000 XX 45 86.333333 XX 90.333333 X 25 99.666667 X contrast difference limits - 24 44.6667 5.67835 * - 25 -9.33333 5.67835 * - 26 39.3333 5.67835 * - 27 4.33333 5.67835 * denotes a statistically significant difference Tỉ lệ nảy mầm đậu xanh tƣơng tác với vi sinh vật phân lập mơi trƣờng MSo Nhóm 1: Analysis of variance -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 9191.9167 15 612.79444 91.633 Within groups 214.0000 32 6.68750 Total (corrected) 9405.9167 47 Table of means for HATMSo1.SHNM by HATMSo1.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 89.000000 1.1547005 1.4930394 86.849029 91.15097 46.333333 8819171 1.4930394 44.182363 48.48430 76.000000 1.1547005 1.4930394 73.849029 78.15097 3 74.000000 1.1547005 1.4930394 71.849029 76.15097 65.000000 1.7320508 1.4930394 62.849029 67.15097 93.333333 1.7638342 1.4930394 91.182363 95.48430 73.000000 2.6457513 1.4930394 70.849029 75.15097 79.333333 1.4529663 1.4930394 77.182363 81.48430 67.000000 1.7320508 1.4930394 64.849029 69.15097 59.333333 2.3333333 1.4930394 57.182363 61.48430 10 74.000000 1.1547005 1.4930394 71.849029 76.15097 11 98.000000 5773503 1.4930394 95.849029 100.15097 12 88.333333 8819171 1.4930394 86.182363 90.48430 13 54.000000 1.1547005 1.4930394 51.849029 56.15097 14 65.000000 1.1547005 1.4930394 62.849029 67.15097 15 81.666667 1.4529663 1.4930394 79.515696 83.81764 -Total 48 73.958333 3732599 3732599 73.420591 74.49608 Multiple range analysis for HATMMO1.SHNM by HATMSo1.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 46.333333 X 13 54.000000 X 59.333333 X 65.000000 X 14 65.000000 X 67.000000 X 73.000000 X 3 74.000000 X 10 74.000000 X 76.000000 XX 79.333333 XX 15 81.666667 X 12 88.333333 X 89.000000 X 93.333333 X 11 98.000000 X contrast difference limits - 42.6667 4.30194 * - 13.0000 4.30194 * - 15.0000 4.30194 * - 24.0000 4.30194 * - -4.33333 4.30194 * - 16.0000 4.30194 * - 9.66667 4.30194 * - 22.0000 4.30194 * - 29.6667 4.30194 * - 10 15.0000 4.30194 * - 11 -9.00000 4.30194 * - 12 0.66667 4.30194 - 13 35.0000 4.30194 * - 14 24.0000 4.30194 * - 15 7.33333 4.30194 * Nhóm Analysis of variance Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level Between groups 8718.8235 16 544.92647 103.313 0000 Within groups 179.3333 34 5.27451 Total (corrected) 8898.1569 50 Table of means for MSONHOM2.SHNM by MSONHOM2.NT -Stnd Error Stnd Error 95 % LSD Level Count Average (internal) (pooled s) intervals for mean -0 89.000000 1.1547005 1.3259600 87.094134 90.90587 16 84.666667 1.7638342 1.3259600 82.760800 86.57253 17 82.666667 1.2018504 1.3259600 80.760800 84.57253 18 71.333333 8819171 1.3259600 69.427467 73.23920 19 99.333333 6666667 1.3259600 97.427467 101.23920 20 83.333333 1.2018504 1.3259600 81.427467 85.23920 21 62.333333 1.4529663 1.3259600 60.427467 64.23920 22 95.666667 6666667 1.3259600 93.760800 97.57253 23 95.000000 1.1547005 1.3259600 93.094134 96.90587 24 77.000000 1.7320508 1.3259600 75.094134 78.90587 25 80.666667 1.4529663 1.3259600 78.760800 82.57253 26 52.000000 1.5275252 1.3259600 50.094134 53.90587 27 57.000000 1.5275252 1.3259600 55.094134 58.90587 28 66.333333 1.7638342 1.3259600 64.427467 68.23920 29 71.666667 1.2018504 1.3259600 69.760800 73.57253 30 78.000000 1.5275252 1.3259600 76.094134 79.90587 31 84.666667 8819171 1.3259600 82.760800 86.57253 -Total 51 78.274510 3215925 3215925 77.812269 78.73675 Multiple range analysis for MSONHOM2.SHNM by MSONHOM2.NT Method: 95 Percent LSD Level Count Average Homogeneous Groups 26 52.000000 X 27 57.000000 X 21 62.333333 X 28 66.333333 X 18 71.333333 X 29 71.666667 X 24 77.000000 X 30 78.000000 X 25 80.666667 XX 17 82.666667 XX 20 83.333333 XX 16 84.666667 X 31 84.666667 X 89.000000 X 23 95.000000 X 22 95.666667 XX 19 99.333333 X contrast difference limits - 16 4.33333 3.81173 * - 17 6.33333 3.81173 * - 18 17.6667 3.81173 * - 19 -10.3333 3.81173 * - 20 5.66667 3.81173 * - 21 26.6667 3.81173 * - 22 -6.66667 3.81173 * - 23 -6.00000 3.81173 * - 24 12.0000 3.81173 * - 25 8.33333 3.81173 * - 26 37.0000 3.81173 * - 27 32.0000 3.81173 * - 28 22.6667 3.81173 * - 29 17.3333 3.81173 * - 30 11.0000 3.81173 * - 31 4.33333 3.81173 * Phụ lục 5: Trình tự đoạn gen rDNA 16S chủng 6012a gagtttgatcatggctcagagcgaacgctggcggcaggcttaacacatgcaagtcg aacgggcaccttcgggtgtcagtggcagacgggtgagtaacacgtgggaacgtgcc cttcggttcggaataactcagggaaacttgagctaataccggatacgcccttttgg ggaaaggtttactgccgaaggatcggcccgcgtctgattagcttgttggtggggta acggcctaccaaggcgacgatcagtagctggtctgagaggatgatcagccacactg ggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaa tgggcgcaagcctgatccagccatgccgcgtgagtgatgaaggccttagggttgta aagctctttgtccgggacgataatgacgtgtaccggaagaataagccccggctaac ttcgtgcCAGCAGCCGCGGTAATACgaagggggctagcgttgctcggaatcactgg gcgtaaagggcgcgtaggcggccgattaagtcgggggtgaaagcctgtggctcaac cacagaattgccttcgatactggttggcttgagaccggaagaggacagcggaactg cgagtgtagaggtgaaattcgtagatattcgcaagaacaccagtggcgaaggcggc tgtctggtccggttctgacgctgaggcgcgaaagcgtggggagcaaacaggattag ataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatgccagccgttggcctgcttgcag gtcagtggcgccgctaacgcataaggcattccgcctggggagtacggtcgcaagat taaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagcatgtggtttaat tcgaagcaacgcgcagaaccttaccatcccttgacatggcatgttacctcgagaga tcggggatcctcttcggaggcgtgcacacaggtgctgcatggctgtcgtcagctcg tgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccacgtccttagttgc catcattcagttgggcactctagggagactgccggtgataagccgcgaggaaggtg tggatgacgtcaagtcctcatggcccttacgggatgggctacacacgtgctacaat ggcggtgacagtgggacgcgaaaccgcgaggtcgagcaaatccccaaaaaccgtct cagttcggattgcactctgcaactcgggtgcatgaaggcggaatcgctagtaatcg tggatcagcacgccacggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcac accatgggagttggtcttacccgagggagatgcgccaccctcaaggatgcaggcga ccacggtagggtcagcgactggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtaggggaacc tgcggctggacacctccttagag Phụ lục 6: Kết giải trình tự ... Việc phân loại vi khuẩn được thực vào năm 1987, Ferdinad Cohn phân nhóm vi khuẩn dựa vào hình dạng tế bào Mặc dù phương pháp phân loại dựa vào hình thái sớm cho thấy không có hiệu phân. .. trực phân bên vỏ tế bào gây nên các nốt sần bất định (các nốt sần tiếp tục kéo dài phụ thuộc vào sự liên tục mô phân sinh đỉnh); các chủ khác đậu nành, vi khuẩn gây sự phân chia trực phân. .. [22]  Sữ dụng khóa phân loại Thơng thường để định danh các lồi vi khuẩn mục tiêu theo phương thức truyền thống, người ta thường dựa vào các khóa phân loại, đó khóa phân loại Prokaryote