Đang tải... (xem toàn văn)
ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA GIỐNG LAN RƢ ̀NG Dendrobium THU THÂ ̣ P TẠI THA ̀NH PHÔ ́ HỒ CHÍ MINH VÀ RƢ ̀NG NAM CÁT TIÊN BẰNG KỸ THUÂ ̣ T RAPD
Dendrobium T H 2007 Dendrobium T H 2007 TS. CN. iii : - - - : - - TS. - , . TP. HCM , Nai . , , . iv , . , 9/2007. Dendrobium : TS. , TS. , CN. . : , . , , Dendrobium. Dendrobium , , . , Dendrobium, , , . h cao. , . , 10 Dendrobium c Version 2.1 Winboot. . 6 : OPAC10, OPAH13, 0PB01, OPB08, S1384, U693 . , x 10 Dendrobium. , h 5 0.39 0.79. v SUMMARY Genetic diversity analysis of wild Dendrobium stem at Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest by RAPD Supervisor: Tran Thi Dung 1 , PhD; Vo Thai Dan 2 , PhD; Luu Phuc Loi 1 , BSc Student: Truong Minh Dung 1 1 Department of Biotechnology, Nong Lam university, Ho Chi Minh city 2 Faculty of Agriculture, Nong Lam university, Ho Chi Minh city To analysis the genetic diversity of wild Dendrobium orchid, six decamers were used for 10 wild Dendrobium species, collected from Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province). Collecting 10 species from Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province), optimizing of protocols for DNA extraction and purification, constructing of protocol for RAPD, analyzing the genetic of 10 wild Dendrobium species by RAPD and constructing the dendrogram by NTSYSpc 2.1 software, Winboot program are the objective of the study. Methods - To identify 10 wild Dendrobium species with genotype. - Extraction of total DNA from fresh tissue of 10 wild Dendrobium species. - Six random primer: OPAC10, OPAH13, OPB01, OPB08, S1384, U693 were used to analysis of genetic diversity. - Following RAPD reactions, dendrogram were constructed by NTSYSpc 2.1 and Winboot program. Conclusion Six decamers are enough to compare the identity of all samples. We could use those primers to establish the methodology to perform genetic comparisons in Vietnam. Besides, the genetic diversity among 10 wild Dendrobium species were established to support the breeder overcome difficulties in plant salection. vi Trang iii . iv SUMMARY . v . vi . ix x x xi 1. . 1 1.1. . 2 1.2. ung 2 2. 3 Dendrobium 3 . 3 Dendrobium 5 6 8 . 11 11 14 . 14 2.3.2.2. Primer . 14 2.3.2.3. dNTP . 16 2.3.2.4. MgCl2 . 17 2.3.2.5. Taq 17 vii 2.3.5.6. Buffer 17 . 18 18 18 . 18 . 19 19 2.5. Winboot 26 2.5.1. NTSYSpc version 2.1 26 2.5.2. Winboot . 28 2.6 . 29 2.6.1. 29 2.6.2. nh h 31 3. 32 . 32 32 3.1.2 . 32 32 Dendrobium . 32 3.2.2. T- . 34 34 36 36 . 36 - . 45 4.1. Dendrobium 45 viii 4.2. . 48 4.3. . 53 4.4. 10 Dendrobium d 54 4.5. 10 Dendrobium b 2.1 Winboot 60 - 69 5.1. . 69 5.2. 70 . 71 ix AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism bp: base pair CTAB: Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide DNA: Deoxyribonucleic acid dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate EB: extraction buffer EDTA: Ethylene Diamine Tetra acetic Acid mM: milimolar (milimol/lite) NCT: OD: Optical density PCR: Polymerase Chain Reaction pmol: Picomol RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism RNA: Ribonucleic acid Rnase: Ribonuclease SSR: Simple Sequence Repeat Ta : Annealing t TAE: Tris Acetate EDTA TE: Tris EDTA TP. HCM: UPGMA: Unweighted Pair Group Method with Arithmetic VNTR: variable number tandem repeat x Trang 11 34 . 37 . 40 42 42 4.1. Dendrobium 46 4.2. Dendrobium . 47 B 50 4.4. (ng/) 51 . 53 . 53 . 55 Dendrobium thu 62 Trang 3 qu 50 . 51 [...]... thu th p t ̀ Tha nh phô Hồ Chí Minh và rƣ ng Nam C t Tiên Nô ̣i dung - Điề u tra và thu thâ p các gi ́ ng lan rƣ ng Dendrobium t ̀ Tha nh phô Hồ Chí Minh và rƣ ng Nam Ca t Tiên dƣ̣a trên đă ̣c điể m hinh tha i ̀ - T ́ i ƣu phƣơng pha p ly trích DNA t ̉ ng s ́ t ̀ mẫu lá t ơi cho đô ̣ tinh sa ̣ch và ổn định cao - Xây dƣ̣ng quy trình PCR dƣ̣a trên kỹ thu t RAPD cho t ính đa hình... Dendrobium thu th p t i Nam Ca t Tiên 58 xi Hình 4.12 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Tha nh phô Hồ Chí Minh 58 Hình 4.13 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Nam Ca t Tiên 59 Hình 4.14 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p. .. Dendrobium thu th p ta ̣i Thành ph ố Hồ Chí Minh và rƣ ng Nam C t Tiên bằ ng kỹ thu t RAPD K ́ t quả của đề tài này t o cơ sở cho việc xây dựng thƣơng hiệu cho cây lan Vi t Nam nói chung và cây lan Thành phố Hồ Chí Minh nói riêng 1.2 Mục tiêu – nô ̣i dung – yêu cầu đề t i Mục tiêu Xây dựng phƣơng ph p nghiên cứu t i ƣu nhằm phân t ch sự đa dạng di truyền của giống lan r ̀ng Dendrobium, thu th p. .. th p t i Thành phố Hồ Chí Minh 59 Hình 4.15 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Nam Ca t Tiên 60 Hình 4.16 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Tha nh phô Hồ Chí Minh 60 Hình 4.17 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Nam. .. các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Thành phố Hồ Chí Minh 54 Hình 4.6 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Thành phố Hồ Chí Minh 55 Hình 4.7 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Nam Ca t Tiên 56 Hình 4.8 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAH13 đối với các giống lan. .. lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Thành phố Hồ Chí Minh 56 Hình 4.9 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAH13 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Nam Ca t Tiên 57 Hình 4.10 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium thu th p t i Thành phố Hồ Chí Minh 57 Hình 4.11 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các giống lan r ̀ng Dendrobium. .. nh t Trong đề t i này chúng t i tiến hành nghiên cứu t nh đa dạng về di truyền của gi ́ ng lan rƣ ng Dendrobium b ̀ng kỹ thu t RAPD vì đây là kỹ thu t đơn giản, cho k t quả nhanh, và đặc bi t là không cần phải bi t trƣớc trình t bộ gen của đối t ợng 2 Trên cở sở đó , chúng t i đa ti ́ n hành nghiên cƣ́u và thƣ̣c hiê ̣n đề tài : Đa nh giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium. .. b t că p của primer th p để t o điều kiện b t că p không nghiêm ngă t Nhi t độ b t că p của phản ứng là 300C360C Chính vì yếu t đặc hiệu th p nên k t quả RAPD thƣờng có độ lă p lại không cao và khó t i ƣu phản ứng Đây chính là trở ngại lớn nh t của RAPD vì k t quả phụ thu c r t nhiều yếu t nhƣ thành phần phản ứng PCR (đặc bi t là thành phần Mg2+ và ch t lƣợng DNA bản mẫu), các thi t bị... - Phân tich s ̣ đa da ̣ng di truyề n của các gi ́ ng lan rƣ ng ́ Dendrobium dƣ̣a trên primer RAPD - Phân tích s ̣ đa da ̣ng di truyề n của các gi ́ ng lan khảo sa t bằ ng phầ n mề m NTSYSpc version 2.1 và Winboot Yêu cầu - Đinh danh chinh xác các gi ́ ng lan dƣ̣a trên đă ̣c điể m hinh tha i ̣ ́ ̀ - Li trích DNA t ̉ ng s ́ t ̀ mẫu lá với độ tinh sa ̣ch cao - Xây dựng đƣợc qui trình PCR... pH t ̀ 0.5 – 1.0 cũng làm giảm số lƣợng của sản phẩm PCR Khi thay đổi nhi t độ, Tris ảnh hƣởng đến pH của buffer, ảnh hƣởng đến sƣ ho t động của Taq polymerase 2.4 Đa dạng di truyền – m t số phƣơng ph p nghiên cứu đa dạng di truyền 2.4.1 Đa dạng di truyền Đa dạng di truyền là t p h p t t cả các gen khác nhau của t t cả các cá thể thực v t, động v t, nấm, và vi sinh v t Đa dạng di truyền t n t i . Genetic diversity analysis of wild Dendrobium stem at Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest by RAPD Supervisor: Tran Thi Dung 1 , PhD; Vo Thai Dan. Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province). Collecting 10 species from Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province), optimizing