Thông tin tài liệu
I HC M THÀNH PH H CHÍ MINH oOo NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG MSSV: 1053012873 2014 gian - . DANH MC HÌNH: Hình 1.1. Th hin t l mc bnh và t l t vong trên toàn th gii [13] 04 05 Hình 1.3. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) nam gii trên th gii [13] 06 Hình 1.4. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) n gii trên th gii [13] 06 Hình 1.5. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) nam gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.6. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) n gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.7. Các loi thuu tr nh th EGFR [20] 12 Hình 1.8. EGFR 13 Hình 1.9. Cu trúc th th EGFR [37] 14 Hình 1.10. V trí gen K-Ras trên NST s 12 15 Hình 1.11. [4] 17 Hình 3.1. T l t bin ca by v trí ph bin trên gen K-ras ng s 34 Hình 3.2.K-rast bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR) và các mi/mu dò (trong phn ng AS Real-time PCR) 42 Kt qu PCR vi cp mi K-ras trên 2 mu bnh phm 9 và 16. Thang chun 100 bp 46 Hình 3.6. Kt qu DNA và n mi K-ras. Thang chun 100 bp. 47 Hình 3.7. Kt qup mi K-ras. Thang chun 100 bp. 48 Hình 3.8. Mt st bin phát hic bi trình t 49 Hình 3.9. Kt qu gii trình t codon 12 và 13 trên các mu 51 Hình 3.10. Mu 33 vi tín hiu nn b nhiu 51 Hình 3.11. Kt qu-PCR trên ba mu 18, 20 và 16. 55 Hình 3.12. Kt qu-PCR trên ba mn ng 75 V, thi gian 30 phút) 56 Hình 3.13. Kt qu-PCR trên ba mn dng 75 V, thi gian 50 phút) 56 Hình 3.14. Kt qu AS Real-time PCR phát hit bin G12A âm tính trên tt c các mu th nghim 57 Hình 3.15. Kt qu AS Real-u 1 và 16 57 DANH MC BNG: Bng 2.1. Thành phn phn ng PCR vi K-ras 24 Bng 2.2. Chu k nhit cho phn ng PCR vi K-ras 25 Bng 2.3. Thành phn phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 2.4. Chu k nhit cho phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho 31 Bng 3.4. T l t bin by v trí ph bin trên gen K-ras 31 Bng 3.5. S c gch i) codon 12 và 13 dt bin 34 Bng 3.6. trên gen K-ras 35 Bng 3.7. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 39 Bng 3.8. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng AS- PCR và AS Real-time PCR phát hit bin ni tri trên exon 1 gen K-ras 40 Bng 3.9. Ch s OD ca 3 mu 5, 16, 17 43 Bng 3.10. 45 Bng 3.11. Ký hit bin phát hic 51 Bng 3.12. Tng s t bin trên các mu 52 DANH MC CH VIT TT A : Adenine ANOVA : Analysis of value AS-PCR : Allele-specific Polymerase Chain Reaction AS-Real-Time PCR : Allele-specific Real Time Polymerase Chain Reaction ATP : Adenosine triphosphate ADP : Adenosine diphosphate BCR : Breakpoint cluster region BLAST : Basic Local Alignment Search Tool bp : base pair C : Cytosine COLD-PCR : Coamplification at Lower Denaturation temp PCR DNA : Deoxyribonucleic acid EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid EGF : Epidermal Growth Factor EGFR : Epidermal Growth Factor Receptor ErbB : V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene hom- olog FISH : Fluorescent in situ hybridization G : Guanidine Grb2 : Growth factor receptor-bound protein 2 HRM : High Resolution Melting K-ras : Kirsten-ras/ V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog LNA-PCR : Locked nucleic acid PCR MAPK : Mitogen Activated Protein kinase MEK : Mitogen Activated Protein kinase kinase NCBI : National Center for Biotechnology Information OD : Optical Density PCR : Polymerase Chain Reaction PI3K : Phosphoinositide 3-Kinase RNA : Ribonucleic acid SDS : Sodium dodecyl sulfat SNP : Single-nucleotide polymorphism SSCP : Single-strand conformation polymorphism TE : Tris 0,1M - EDTA 0001M TGF- : Transforming Growth Factor- TKIs : Tyrosine Kinase Inhibitors Tm : Nhi nóng chy UTR : Untranlated region UV : Ultraviolet WHO : World Health Organization 65 67 46 1 1. 3 2. CANCER): 4 3. 8 4. . 9 4.1.V ca liu pháp nh 9 4.2.V thuu tr: 10 5. N: 12 6. EGFR: 12 7. K-ras: 15 8. --REAL-TIME PCR: 18 1. VT LIU 19 2. U 19 2.1.Khai thác d liu và kho sát in silico 19 2.2.Kho sát in vitro 21 PH 1. KT QU KHAI THÁC D LIU VÀ KHO SÁT IN SILICO 28 1.1 Khai thác d liu - Các lot bin trên gen K-ras 28 1.2.Kt qu kho sát in silico 36 2. KT QU THC NGHIM: 42 2.1.Tách chit DNA và kim tra DNA b gen sau tách chit: 42 u kin phn 46 2.3.Kt qu-gii trình t phát hit bin trên gen K-ras 48 2.4.Kt quAlelle-Specific PCR (AS-PCR) phát hit bin trên gen K-ras 54 1. KT LUN 59 2. 59 TÀI LIU THAM KHO 60 PH LM LÂM SÀNG VÀ GII PHU BNH CA 19 MU I TRC TRÀNG 65 PH LC 2: PHÂN TÍCH KT QU GII TRÌNH T CA 19 MI TRC TRÀNG VÀ 1 MU VÚ 67 [...]... lâm sàng trong vi c phát tri n các li u pháp th h m i ch 7 K-ras: Tham kh o t ngu n: http://ghr.nlm.nih.gov/gene /KRAS, gen K-ras mô t c Gen K-ras (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene hom- olog/ Kirsten-ras) n m trên NST s 12, v trí 12p12.1, mã hóa cho protein K- ras [46] Hình 1.10 V trí gen K-Ras trên NST s 12 Nhi u công trình nghiên c u trên th gi c th c hi n nh m phân tích tình tr ng gen K-ras... nhân sinh h c, ch ng h n nhi m trùng virus, vi khu n ho c ký sinh trùng theo WHO, ung vong và 7.6 2008, và các là nguyên nhân hàng ca ung vong 13% trong các ca vong) chính là: (1.370.000 vong) dày (736.000 vong) Gan (695.000 vong) tràng (608.000 Vú (458.000 C trên cung (275.000 vong) vong) vong) 3 Kho ng 70% c a t t c các ca t vong do ung nh p th p và trung bình c WHO d x y ra ng h p t vong t b nh ung. .. c tràng không th y thông s b Không nh ng có th phát hi c các lo i b ng, nên th c hi n n i soi i tràng bi n ch ng mà còn có th th c hi n sinh thi t các mô V i s phát tri n c a ngành sinh h c phân t pháp ch th trình t [19, 29] hóa mô mi n d ng d ng sinh h c phân t c phát tri n C t bi n trên các gen liên quan b ng PCR [5], gi i m tra phát hi n kháng nguyên b ng nh c giúp cho vi c phát hi n s chính xác. .. nhân N i tràng và c c t b , nó có t th H u h t các ung 4 i tr u xu t phát t tràng (g i tràng và tr c i tr c tràng) có th xâm l n và gây t n h i mô và n nh th i hay gan) S lan tràng c , tuy nhiên nó v ra b ph n khác c cg n nh i là i tr c tràng m c dù kh i u x y M u tr i tr c tràng là r t h n ch [17] .2 và 1.3 n 60% Â - 5 Hình 1.3 T l m c các b tr c tràng (màu vàng) Hình 1.4 T l m c các b tr c tràng (màu... bi n gen K-ras có ph n ng kém khi t bi n K-ras c cho là m u tr v i các thu c c ng h p xu t hi n s m 1 trong CRC và chi m kho ng 30-40 % [4] Nh t bi n ph bi n nh nh trong CRC x y ra trong exon 1 Nh ng kh i u mà có m exon 1 (codon 12 và/ho c 13) c a gen K-ras s u tr s d ng ch t c t bi n ng v c ch EGFR, bao g m cetuximab ho c pani- tumumab Nh ng thành t u trong nghiên c u k thu t sinh h c phân t i trong. .. ng m mv im c u tr b nh này , v i mong mu n ch t ng t u i tr c tràng tr li u pháp nh i c t bi n trên gen K-ras m t cách chi ti ra m t c th gi i công b qua nh ng áp i tr c tràng nh m xác b nh Vi ra kh t h u tr thích h p cho t ng b nh nhân c th giúp gi m th i u tr cho b nh nhân 2 1 T : [44] Ung phát sinh thành bào bào u là bào bình quá trình ung tác giai các các là u ác tính di thay này là và các tác nhân... chính xác cao i tr c tràng 8 4 : S phá v ng c at bào là trung tâm c a vi c d nb g nh n s phát tri i phân t - nguyên nhân d c ng thông tin tri n v ng v vi c M t trong nh u tr p lý và hi u qu u tr Thu t ng [35] li u pháp nh thu c ch c n m t th h m i c a c s n xu t nh m can thi p vào m c tiêu phân t c th ng là m c cho là có vai trò quan tr ng trong phát tri n sinh kh i u Vi nh các g d a trên m t s hi u bi... nam gi i trên th gi i [13] bi i n gi i trên th gi i [13] ,6 ,6 %) (Hình 1.4 và 1.5) 6 Hình 1.5 T l m c T l m c các b i tr c tràng (màu vàng) bi nam gi i t i Vi t Nam [13] Hình 1.6 T l m c các b nh ung th tr c tràng (màu vàng) bi i n gi i t i Vi t Nam [13] Các nguyên nhân [33] [14] - Polyp: c tính [17, 33] - 7 - -70, trong khi cá - Nh ng ph n t ng m ng tr c t cb - M t trong nh t bi i tr c tràng ng d... bi n x t ng gen này bi u hi n quá m c [17] 3 [17]: Xét nghi m máu ch phân: khi m c b i tràng ng s rò r máu ng phân và th i ra Xét nghi m máu trong phân có th s phát hi n cm ng nh các thành ph n máu, liên t c nhi u l n ki m tra n u cho th y k t qu ng t ch y máu mãn tính ki m tra có hay không s t n t i c a các kh Ch p X quang: Có th quan sát hình nh c h th ng tiêu hóa, c n ph i ng tiêu hóa i tràng, có... trên toàn th gi i 13,1 tri u vào 2030 và t l t vong trên toàn th gi i [13] 2 T (COLORECTAL CANCER): i tràng là ph n cu i c a ng tiêu hóa (t n cùng là h u môn) Kh tr c tràng phát tri n t niêm m c thành i i tr c tràng Nh ng kh i u lành c g i là polyp Kh i u ác tính c cg i tr c tràng [17] Nh ng kh i u polyp lành tính không th xâm l n vào nh ng mô lân c n và không th n nh Nh ng ng có th c t b d dàng trong . oOo NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG . Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho. 3.2. K-ras t bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR)
Ngày đăng: 24/11/2014, 02:36
Xem thêm: Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng, Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng