Khảo sát tình trạng Methyl hóa gen p16INK4α tại các đảo CpG thuộc vùng Promoter trên một số bệnh ung thư

84 438 1
Khảo sát tình trạng Methyl hóa gen p16INK4α tại các đảo CpG thuộc vùng Promoter trên một số bệnh ung thư

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

Thông tin tài liệu

17 B GIÁO DC VÀ ÀO TO TRNG I HC M TP.HCM BÁO CÁO KHÓA LUN TT NGHIP Tên đ tài: KHO SÁT TÌNH TRNG METHYL HÓA GEN p16 INK4  TI CÁC O CpG THUC VỐNG PROMOTER TRểN MT S BNH UNG TH KHOA CỌNG NGH SINH HC CHUYểN NGÀNH: Vi sinh - Sinh hc phơn t CBHD: PGS.TS. Lê Huyn Ái Thúy ThS. Lao c Thun SVTH: Lý Th Tuyt Ngc MSSV: 1053012493 Khóa: 2010 - 2014 Tp. H Chí Minh, tháng 5 nm 2014. LI CM N Tôi xin bƠy t lòng kính trng vƠ bit n chơn thƠnh đi vi PGS.TS. Lê Huyn Ễi Thúy, ngi luôn đy nhit huyt vi khoa hc đƣ truyn cho tôi ngn la đam mê trong nghiên cu vƠ luôn giúp đ tôi lúc khó khn. Xin chơn thƠnh cm n ThS. Lao c Thun, ngi thy đƣ luôn tn tình hng dn, đng viên vƠ giúp đ tôi trong sut quá trình thc hin đ tƠi. Tôi cng xin cm n ThS.Trng Kim Phng vƠ tt c các thƠnh viên trong phòng Thí Nghim Sinh Hc Phơn T - Trng H M TP.HCM đƣ h tr, giúp đ tôi trong sut thi gian va qua. Cui cùng con xin bƠy t lòng bit n sơu sc đn Ba M vƠ em đƣ luôn yêu thng, chm sóc, đng viên vƠ to điu kin tt nht cho con. Tp H Chí Minh, Tháng 5, 2014 Tuyt Ngc DANH MC CÁC BNG BIU PHN 1 TNG QUAN TÀI LIU PHN 2. VT LIU VÀ PHNG PHÁP Bng 2.1. Bng mi gen p16 INK4  Bng 2.2. Các bc tách chit phenol/chloroform Bng 2.3. ThƠnh phn dung dch lysis buffer Bng 2.4. Các bc chn b Ct conversion reagent (EZ1) Bng 2.5. ThƠnh phn phn ng PCR PHN 3. KT QU VÀ THO LUN Bng 3.1. Khái quát tình hình methyl hóa gen p16 INK4 trên mt s bnh ung th Bng 3.2. Phng pháp đc s dng trong 24 công trình nghiên cu Bng 3.3. Loi mu bnh phm đc s dng trong 24 công trình nghiên cu Bng 3.4. Bng trung bình tn s có trng s trên mt s bnh ung th Bng 3.5. Khái quát tình hình methyl hóa gen p16 INK4 trên bnh ung th vú Bng 3.6. Khái quát tình hình methyl hóa gen p16 INK4 trên bnh ung th c t cung Bng 3.7. Bng trung bình tn s có trng s  các TBUT, TBBT vƠ ung th theo giai đon trên bnh ung th vú Bng 3.8. Bng trung bình tn s có trng s  các TBUT, TBBT vƠ ung th theo giai đon trên bnh ung c t cung Bng 3.9. Kt qu kho sát các đc tính vt lỦ ca mi Bng 3.10. Bng nng đ vƠ cht lng DNA tách chit Bng 3.1. Bng kt qu s b phng pháp MSP Bng 3.13. Bng mô t đc đim mu bnh phm ung th vú Bng 3.13. Mi tng quan gia t l methyl hóa ti vùng promoter  gen p16 INK4 vi ung th vú Bng 3.14. Mi tng quan gia t l methyl hóa ti vùng promoter  gen p16 INK4 vi các yu t lơm sƠng trên bnh nhơn ung th vú Bng 3.15. Mc đ liên quan gia tính cht methyl hóa ti vùng promoter  gen p16 INK4 vi ung th vú DANH MC HÌNH V VÀ S  PHN 1. TNG QUAN TÀI LIU Hình 1.1. T l mc bnh vƠ t l t vong trên toƠn th gii Hình 1.2. T l mc bnh ung th vú trên toƠn th gii Hình 1.4. Mô t ung th vú Hình 1.5. Ung th c t cung Hình 1.6. C ch epigenetics bao gm hin tng methyl hóa DNA, bin đi histone vƠ micro - RNA Hình 1.7. Quá trình methyl hóa DNA Hình 1.8. C ch methyl hóa DNA chuyn hóa 5 - cystosine (5C) thƠnh 5 methylcytosine (m5C) Hình 1.λ. C ch bin đi epgenetics gơy im lng gen Hình 1.10. Mô hình methyl hóa DNA Hình 1.11. Mô hình methyl hóa DNA  các trình t lp li Hình 1.12. nh gen p16 INK4 trên NST s λ thuc b gen ngi Hình 1.13. Quá trình phiên mƣ gen p16 INK4  Hình 1.14. C ch hình thƠnh khi u Hình 1.15. X lỦ sodium bisulfite vƠ s chuyn đi cytosine thƠnh uracil PHN 2. VT LIU VÀ PHNG PHÁP Hình 2.1. Chu trình nhit bin đi bisulfite ca EZ DNA METHYLATION - GOLDTM kit Hình 2.2. Chu k gradient nhit cho phn ng PCR Hình 2.3. Chu k nhit cho phn ng PCR PHN 3. KT QU VÀ THO LUN Hình 3.1. Tn s methyl hóa trung bình có trng s ca các gen p16 INK4 trong các mu ung th phi, vú, c t cung vƠ đi trc trƠng Hình 3.2. Tn s methyl hóa trung bình có trng s ca gen p16 INK4 trong ung th vú vƠ phơn chia theo các giai đon bnh Hình 3.3. Tn s methyl hóa trung bình có trng s ca gen p16 INK4 trong ung th c t cung vƠ phơn chia theo các giai đon bnh Hình 3.4. nh v gen p16 INK4 trên NST s λ Hình 3.5. S đ hình nh các vùng đo CpG trên trình t gen kho sát Hình 3.6. V trí các vùng promoter, 5’UTR vƠ exon 1 trên trình t kho sát Hình 3.7. Trình t gen p16 INK4 vƠ s phơn b các v trí phiên mƣ trên trình t Hình 3.8. V trí trình t mi methyl trên vùng trình t promoter thuc gen p16 INK4 Hình 3.λ. Kt qu phn ng gradient nhit đ trong khong 51 o C - 62 o C Hình 3.10. Kt qu đin di sn phm MSP Hình 3.11.Kt qu gii trình t sn phm MSP DANH MC CH VIT TT 5C V trí carbon s 5 BSP Bisulfite sequencing PCR C Cytosine CDK Cyclin Depedent Kinase CKIs Cyclin Kinase Inhibitors CpG Cystosine phosphate Guanine DNMT DNA methyltranfarase EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid G Guanidine Kb Kilo base pair M5C Nhóm methyl (CH 3 ) gn vƠo C s 5 MSP Methylation specific PCR NCBI National Center for Biotechnology Information NST Nhim sc th OD Optical Density PCR Polymerase Chain Reaction Pha G Pha GAP Pha M Mitosis Pha S Pha Synthesis pRB Product of retinoblastoma RT - PCR Real time PCR SAM S - adenosyl - L - methionine SDS Sodium dodecyl sulfat TBBT T bƠo bình thng TBUT T bƠo ung th T m Nhit đ nóng chy T a Nhit đ lai UTCTC Ung th c t cung UTDTT Ung th đi trc trƠng UTP Ung th phi UTR Untranlated region UTV Ung th vú MC LC Li cm n DANH MC CỄC BNG BIU DANH MC HÌNH V VÀ S  DANH MC CH VIT TT T VN  1 PHN 1. TNG QUAN TÀI LIU 1.1. TÌNH HÌNH NGHIểN CU TRONG VÀ NGOÀI NC 3 1.2. TNG QUAN V UNG TH 4 1.2.1. Khái nim ung th 4 1.2.2. Tình trng ung th trên th gii vƠ Vit Nam 4 1.2.3. Tng quan ung th vú 7 1.2.4. Tng quan ung th c t cung 10 1.3. EPIGENETICS 13 1.3.1. nh ngha 13 1.3.2. Hin tng epigenetics 13 1.3.3. o CpG 14 1.3.4. Chu k t bƠo vƠ gen p16 INK4  15 1.3.5. Methyl hóa DNA 16 1.3.6. Tng quan v gen p16 INK4  20 1.3.7. Con đng dn đn s điu hòa bt thng gen p16 INK4   các bnh ung th 22 1.3.8. Các phng pháp phát hin s methyl hóa 24 PHN 2. VT LIU VÀ PHNG PHỄP 2.1. THI GIAN VÀ A IM NGHIểN CU 26 2.2. VT LIU VÀ PHNG PHỄP NGHIểN CU 26 2.2.1.Vt liu 26 2.2.2. Phng pháp 26 PHN 3. KT QU VÀ THO LUN 3.1. KT QU KHAI THỄC D LIU 35 3.1.1. Khai thác d liu trên mt s loi ung th 35 3.1.2. Khai thác d liu trên ung th vú vƠ ung th c t cung 40 3.2. KHO SỄT IN SILICO 46 3.2.1. Xác đnh cu trúc gen, v trí gen p16 INK4  46 3.2.2. Kho sát v trí vƠ cu trúc đo CpG thuc vùng promoter gen p16 INK4  46 3.2.3. ánh giá mi 49 3.3. KT QU THC NGHIM 52 3.3.1. Kt qu tách chit DNA 52 3.3.2. Kt qu phn ng MSP trên các mu mô đúc paraffin 53 3.3.3. Gii trình t sn phm MSP 55 3.3.4. Mô t đc đim mu bnh phm ung th vú theo ch tiêu lơm sƠng vƠ cn lơm sƠng 57 3.3.5. Xác đnh mi tng quan gia s methyl hóa gen p16 INK4  vƠ bnh ung th 58 [...]... ng d n 1.3.7.1 S u b t ns u ng gen p16INK4 b t b nh ung ng trong ung - oncogene [54] Gen p16INK4 p16INK4 [66][65] 1.3.7.2 ch methyl b t hay ng gen p16INK4 trong ung p16INK4 (hypermethylation) gen [28][54] p16INK4 methyl -binding protein) [36] g deacetylases histone) y Tuy t Ng c Trang 22 a lu n t t nghi p d p16INK4 (gene silencing) [36][13][62] p16INK4 3 [13] Khi gen p16INK4 (retinoblastoma) 1 sang... t nghi p 1.2.4 T ng quan ung 1.2.4.1 Ung c t cung c t cung (Cervicial Cancer) UTCT [80] UTCTC 1.2.4.2 Y u t nguy b nh ung c t cung: [88] Virus HPV (Human papilloma irus HPV UTCTC [17][9] c - Tuy t Ng c Trang 10 a lu n t t nghi p [80] 5 1.2.4.3 c t cung [81] lo i ung ,u microinvasive ,k adenosarcoma, adenofibroma, adenomyoma , ung t 1.2.4.4 giai n ung c t cung [87] n cung: in sitiu) ,g Tuy t... 1.3.6.2.Vai gen p16 NST 9 [14][37] Gen p16INK4 [37][79] gen gen p16INK4 ch c Gen p16INK4 [29][18][35][27][3] gen p16INK4 - cyclin [8][25] Gen p16INK4 1 [37] sang pha G0 Gen p16INK4 - reg [59] [59] g Trong pha G0 Khi gen p16INK4 1 [71] p16INK4 p16INK4 [56] Gen p16INK4 p16INK4 terminal kinase 3 (glycin - - - terminal - [7][55] Tuy t Ng c Trang 21 a lu n t t nghi p Khi gen p16INK4 p16INK4 [27][73]... ng ung theo Globocan (2012), tr [53] h ung th , g 12 Tuy t Ng c [48] Trang 5 a lu n t t nghi p [53] 2 1.2.2.2 tr ng ung c t cung trong ch [20] 0 [20][32][9] 3 Tuy t Ng c g [52] Trang 6 a lu n t t nghi p 1.2.3 T ng quan ung 1.2.3.1 ni m ung invasive) (metastasize [84] [92] 4 1.2.3.2 y u t nguy 1.2.3.3 ung [84] lo i ung 1 [53] Tuy t Ng c Trang 7 a lu n t t nghi p in situ (vasive 1.2.3.4 giai n ung. .. SFRP1 - oncogen) [58] Tuy t Ng c [54] u [38][58] Trang 19 a lu n t t nghi p (methyl 3- - methylcytosine glyco [58] [58][54] [54] 11 1.3.6 T ng quan v gen p16INK4 g i gen p16INK4 1.3.6.1 V 12 Tuy t Ng c gen p16INK4 tr NST NST 9 gen [79] Trang 20 a lu n t t nghi p Gen p16INK4 2A) CDKN2A (Cyclin - Depedent Kinase inhibitor cyclin kinase, MST1 (multiple tumor suppressors 1) u, 21 t 1.3.6.2.Vai gen p16... p TV onal Agency c l p16INK4 p16INK4 Gen p16INK4 hay cyclin Tuy t Ng c CDKN2A (Cyclin - Depedent Kinase inhibitor 2A) kinase, gen 21 NST 9 Trang 1 a lu n t t nghi p gen Gen p16INK4 suppression gene) pha G1 sang pha G0 io ch p16INK4 p16INK4a p16INK4a Nam Tuy t Ng c Trang 2 a lu n t t nghi p 1.1 T T Bio - marker (apoptosis) Jha A K u c gen p16INK4 hi p15INK4b c k t qu t n s u sinh thi cung c [22]... p gen p16INK4 1.3.4 Chu k t Gen p16INK4 1 (GAP 1), S (Synthesis), G2 pha G2 1 [17] o - 1 - cyclin (CDKs retinoblastoma gene -E [59][34] 2 - - 1/S, G2 [17][26] 1 enzyme kinase (CKIs - Cyclin cyclin/CDK retinoblastoma genes), gen [37][17][40] Tuy t Ng c Trang 15 a lu n t t nghi p - [26]55][17][37] 1.3.5 Methyl 1.3.5.1 DNA nh 3- - phosphate - guanine 5 - methylcytosine (m5C) [21] 1.3.5.2 Hi n ng methyl. .. t nghi p [44] 7 8 methylcytosine (m5C) [91] 1.3.4.3 methyl lo i vai DNA methylatranferase (DNMT) trong DNA de novo methyltranfarase de novo [54][5][58] de novo 3- - de novo Tuy t Ng c Trang 17 a lu n t t nghi p de novo [54][5][58][10] enzy (maintenance DNA enzyme [6] [54] DNMT N de novo transferase 1.3.4.4 Epigenetics trong ung [21] [38] [75] [6] [19] 9 Methyl , [51] DNA trong ung Bio - marker)... cung c [22] c p16 ng s u ns iuc cung, t n s DAPK, p16, MGMT l u [73] u kh ng s p16INK4 , RASSF1A, RAR2 [70] u hi u kh i u Vallian S u p16INK4 gen methyl ung [67] Iran, t ng s ng u s methy tm gen p16INK4 , p14ARF cyclinD2, Slit2 p16INK4 , p14ARF , CyclinD2, Tuy t Ng c Trang 3 a lu n t t nghi p Slit2 [57] p16INK4 in silico [33] 1.2 1.2.1 ni m ung c [92] 1.2.2 tr ng ung th gi i Vi t Nam 2012 u kh g... nghi p Trong 1.2.4.5 ch n ung c t cung (CC) [90][89] Ch n hay t , vong cao Ch n b nh PAP - p u tr Surgery adiati (C Tuy t Ng c Trang 12 a lu n t t nghi p T tia X p Brachytherapy arboplatin, Paclitaxel, Topotecan, Gemcitabine [73] 1.3 EPIGENETICS 1.3.1 nh [47] 1.3.2 Hi n ng epigenetics microRNAs [21] Tuy t Ng c Trang 13 a lu n t t nghi p 6 h - RNA [45] g sinh [54] 1.3.3 o CpG - 4,0 [21][38] [21][58][64] . trung bình tn s có trng s trên mt s bnh ung th Bng 3.5. Khái quát tình hình methyl hóa gen p16 INK4 trên bnh ung th vú Bng 3.6. Khái quát tình hình methyl hóa gen p16 INK4 trên. nh các vùng đo CpG trên trình t gen kho sát Hình 3.6. V trí các vùng promoter, 5’UTR vƠ exon 1 trên trình t kho sát Hình 3.7. Trình t gen p16 INK4 vƠ s phơn b các v trí phiên mƣ trên. cu phát hin s methyl hóa các gen trên các mu máu vƠ khi u ca các bnh nhơn ung th t cung, tn s methyl hóa gen DAPK, p16, MGMT ln lt lƠ 60%, 28,2% vƠ 18,8% trên các mu khi u vƠ

Ngày đăng: 24/11/2014, 01:13

Từ khóa liên quan

Tài liệu cùng người dùng

  • Đang cập nhật ...

Tài liệu liên quan