31 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG BẠCH ĐÀN Trần Hồ Quang, Trần Thanh Trăng Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam TÓM TẮT Chỉ thị phân tử (RFLP, AFLP, RAPD, Microsatellite) đã được sử dụng trong chọn giống bạch đàn và thu được nhiều kết quả khả quan trên một số hướng chính sau (1) xác định cây cá thể, con lai, (2) đánh giá cấu trúc di truyền quần thể chọn giống, (3) chọn giống dựa trên chỉ thị phân tử cho các tính trạng có giá trị kinh tế (kháng sâu, bệnh, kháng hạn, kháng lạnh v v ). Trong việc xác định con lai, với 6 chỉ thị microsatellite người ta đã xác định được 22% con lai bạch đàn là không phải từ bố mẹ của chúng. Tỷ lệ giao phấn chéo của bạch đàn Eucalyptus urophylla cũng đã được xác định bằng chỉ thị AFLP và RAPD. Kết quả nghiên cứu này đã cho thấy bạch đàn E. urophylla có mức độ thụ phấn chéo khá cao (90%). Bằng việc thiếp lập bản đồ di truyền liên kết bằng các chỉ thị RAPD, người ta đã xác định được gen kháng bệnh rỉ sắt (Puccinia psidii) của cây bạch đàn E. grandis. Các chỉ thị phân tử đã và đang được tiếp tục nghiên cứu và ứng dụng sẽ góp phần làm tăng hiệu quả việc chọn giống cây rừng. Từ khóa: Bạch đàn, chọn giống, chỉ thị phân tử, kháng bệnh I. GIỚI THIỆU Chi Bạch đàn (Eucalyptus) gồm 700 loài thuộc họ Myrtaceae (Brooker, 2000) là loài cây mọc nhanh có nguồn gốc từ Úc và được phân bố rộng rãi ở các nước Papua New Guinea, Timor, Sulawesi, Nam Trung Quốc, Việt Nam, Lào, Philippines trên nhiều dạng lập địa khác nhau. Bạch đàn có 22 nhiễm sắc thể (2n = 22) (Potts và Wiltshire, 1997) và hệ gen có kích thước từ 370 – 700 triệu cặp bazơ (Million base pairs – Mbp) với kích cỡ trung bình là 650 Mbp (Grattapaglia và Bradshaw, 1994). Bạch đàn cung cấp các sản phẩm gỗ cho ngành công nghiệp giấy, ván dăm và cho những nhu cầu sử dụng của người dân. Cùng với keo - loài cây mọc nhanh khác - tại Việt Nam, bạch đàn là một trong những nhóm loài quan trọng được gây trồng để cung cấp nguyên liệu cho sản xuất gỗ, giấy, xây dựng và đóng đồ gia dụng (Lê Đình Khả và cộng sự, 2003). Tổng diện tích rừng trồng bạch đàn ở Việt Nam năm 2008 là 586,000ha (Iglesias-Trabado và Wilstermann, 2008). Chỉ thị phân tử ADN (CTPT) được phát triển từ những năm 1970s bắt đầu bằng kỹ thuật lai Southern (Sourthern hybridazations) như là RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism - Đa hình độ dài đoạn cắt giới hạn). Tiếp đến là sự ra đời của các chỉ thị dựa trên phản ứng trùng hợp chuỗi (Polymerase Chain Reaction - PCR) như: đa hình các đoạn khuyếch đại ngẫu nhiên (Random Amplified Polymorphic DNA – RAPD) (Welsh và McClelland, 1990; Williams và cộng sự, 1990), đa hình chiều dài các đoạn được khuyếch đại (Amplified Fragment Length Polymorphism - AFLP) (Vos và cộng sự 1995) và chỉ thị vi vệ tinh hay còn gọi là trình tự lặp lại của những đoạn đơn giản (simple sequence repeats (SSRs) (Weber và May 1989). Từ khi ra đời đến nay, chỉ thị phân tử đã được sử dụng rộng rãi trong các chương trình cải thiện giống cây trồng nói chung và cây rừng nói riêng và các kết quả đạt được đã góp phần giúp cho quá trình chọn giống nhanh hơn, hiệu quả hơn. II. MỘT SỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA CTPT ĐỐI VỚI CHỌN GIỐNG BẠCH ĐÀN 32 Chỉ thị phân tử được sử dụng trong các chương trình chọn giống bạch đàn với các hướng chủ yếu như sau: 2.1. Xác định cá thể, con lai (individual identification) Kiểm chứng và phân biệt các cá thể, dòng trong quần thể chọn giống là một trong những ứng dụng chính của chỉ thị phân tử và là việc làm cần thiết trước khi tiến hành các nghiên cứu tiếp theo như lai giống, nhân giống vô tính, vv. Việc nhầm lẫn giữa các dòng, cây trội do các nguyên nhân chủ quan và khách quan sẽ làm ảnh hưởng đến hiệu quả của chọn giống. Chỉ thị phân tử RAPD đã được sử dụng để phân biệt và kiểm chứng các dòng bạch đàn E.grandis, E.camaldulensis và E. nitents (Keil và Griffin, 1994). Các tác giả này đã sử dụng 36 chỉ thị RAPD để phân biệt và xác định lại các dòng cây. Kết quả đã chỉ ra rằng trong số 10 dòng bạch đàn E. grandis và E. camaldulensis, có 4 dòng bị gắn nhầm nhãn. Kirst và cộng sự (2005) đã sử dụng 3 chỉ thị vi microsatellite để phân biệt 192 cây trội trong khảo nghiệm xuất xứ/hậu thế bạch đàn grandis (E. grandis) tại Brazin. Bằng các tính toán của mình, các tác giả đã chỉ ra rằng, với 1 chỉ thị microsatellite có thể phân biệt được 43% cá thể trong quần thể; với 2 chỉ thị microsatellite thì có thể phân biệt được 95% và khi tăng lên 3 chỉ thị microsatellite thì tất cả các cá thể trong quần thể đều phân biệt được. Hiện nay, bằng kỹ thuật lai giống khống chế, nhiều tổ hợp lai trong và khác loài bạch đàn đã chứng tỏ năng suất và chất lượng của các con lai đều vượt trội so với bố mẹ và đã được công nhận (Lê Đình Khả và cộng sự, 2003). Tuy nhiên lai giống khống chế là một quá trình bao gồm nhiều bước như thu hạt phấn từ cây đơn lẻ, khử hoa đực, thụ phấn, chụp bao cách ly vv. Các bước này đòi hỏi tỷ mỷ để tránh nhầm lẫn, nhất là nhầm lẫn về nguồn hạt phấn lạ. Bằng việc sử dụng 6 chỉ thị vi vệ tinh (microsatellite), Cupertino và cộng sự (2009) đã phát hiện trong số 305 con lai của 14 tổ hợp lai bạch đàn trong loài và khác loài, 22% con lai không phải từ bố mẹ chúng và tỷ lệ này biến động từ 4,5% (E. dunni-grandis x E. urophylla-globulus) đến 72,7% (E. urophylla x E. urophylla-globulus). Điều này cho thấy chỉ thị phân tử rất có hiệu quả trong việc giảm thiểu những rủi ro có thể xẩy ra trong lai giống cây rừng. 2.2. Đánh giá cấu trúc di truyền quần thể chọn giống (Population structure) Quần thể chọn giống (vườn giống, rừng giống, khảo nghiệm hậu thế, vv) là một phần quan trọng trong cải thiện giống cây rừng. Đây là nơi tập hợp nhiều nguồn vật liệu giống và có mức độ đa dạng di truyền cần thiết (White và cộng sự, 2007). Do vậy việc đánh giá đa dạng và cấu trúc di truyền quần thể chọn giống là việc làm cần thiết. Các chỉ tiêu để đánh giá chủ yếu là mức độ biến dị di truyền, mức độ giao phấn chéo, mối quan hệ họ hàng của các nguồn vật liệu giống trong quần thể. Mức độ biến dị di truyền được xác định thông qua việc đánh giá tần số các alen trong quần thể (Na), mức độ dị hợp tử mong đợi (He), mức độ nội phối (Fis) v v Bằng việc sử dụng 6 chỉ thị microsatellite, mức độ biến dị di truyền của vườn giống bạch đàn E. urophylla tại Ba Vì sau 2 lần tỉa thưa đã được xác định (Trần Hồ Quang và cộng sự, 2009). Kết quả cho thấy mức độ đa dạng di truyền của vườn giống khá cao He = 0.88 và mức độ nội phối thấp (Fis  0,125) . Điều này cho thấy vườn giống này sau khi tỉa thưa vẫn giữ được nền tảng di truyền rộng và đa dạng. Do đó hạt giống được tạo ra từ vườn giống này có mức độ đa dạng di truyền cao. Mức độ giao phấn chéo của vườn giống bạch đàn E. urophylla cũng đã được xác định bằng các chỉ thị AFLP & RAPD (Gaiotto và cộng sự, 1997) hay chỉ thị microsatellite cho bạch đàn Eucalyptus morrisbyi (Jones và cộng sự, 2005) vv. Các kết quả nghiên cứu trên đều cho thấy mức độ giao phấn chéo của bạch đàn là khá cao: t m = 90% cho E. urophylla và 91% cho Eucalyptus morrisbyi. Các kết quả này cũng chỉ ra rằng bạch đàn là loài cây có đặc điểm thụ phấn chéo chiếm ưu thế. Mối quan hệ họ hàng của các xuất xứ, các loài bạch đàn cũng được xác định thông qua các chỉ thị phân tử của DNA lục lạp (cpDNA). Do DNA lục lạp có tính bảo thủ cao và ít bị thay đổi trong quá trình tiến hóa, nên được sử dụng nhiều trong việc phân loại. Byrne và Hines (2004) đã sử dụng chỉ thị RFLP của cpDNA để xác định mối quan hệ họ hàng của 19 quần thể bạch đàn Eucalyptus loxophleba. Kết quả cho thấy có sự tương đồng khá cao giữa phân bố về mặt địa lý và phân bố trong cây phân loại. 2.3.1. Chọn giống dựa trên chỉ thị phân tử (Marker-Assisted Selection) Mục tiêu chính của chọn giống cây rừng là tăng số lượng và cải thiện chất lượng sản phẩm gỗ, cải thiện các đặc tính sinh học như tính chống chịu điều kiện ngoại cảnh bất lợi, chống chịu sâu bệnh vv. Đối với phương pháp chọn giống truyền thống, các gia đình và cây cá thể được chọn theo kiểu hình có thể lưu giữ được các biến dị di truyền tích lũy. Tuy nhiên do cây rừng có chu kỳ sinh trưởng dài ngày, nên chọn giống 33 theo kiểu hình cho đa số các tính trạng thường đòi hỏi thời gian dài. Do vậy, sử dụng các chỉ thị phân tử liên quan với tính trạng quan tâm đã được áp dụng để có thể chọn lọc những cá thể mang tính trạng tốt ngay từ giai đoạn vườn ươm. Những tính trạng số lượng được gọi là Quantitative Trait Loci (QTL). QTL được hiểu là vùng nhiễm sắc thể có chứa một hoặc nhiều gen xác định tính trạng số lượng. QTL được thực hiện gồm các bước như thiết lập quần thể con lai khống chế, xây dựng bản đồ di truyền liên kết sử dụng các chỉ thị phân tử, thu thập số liệu kiểu hình cho tính trạng cần quan tâm ở quần thể con lai và sau cùng xác định mối liên kết quan trọng giữa chỉ thị phân tử và tính trạng quan tâm 2.3.2. Chọn giống cho tính trạng có giá trị kinh tế Cho đến nay, nhiều QTL đã được xác định cho các tính chất có giá trị kinh tế của bạch đàn như sinh trưởng, tỷ trọng gỗ, hàm lượng cellulose, lignin v.v Gần đây người ta đã tìm thấy 3 QTL cho đường ngang ngực ở Bạch đàn E. globulus (Bundock và cộng sự, 2008), 2 QTL cho tỷ trọng gỗ (Freeman và cộng sự, 2009). Tương tự, 3 QTL cho đường kính ngang ngực và 5 QTL cho tỷ trọng gỗ cũng đã được xác định ở Bạch đàn E. grandis (Grattapaglia và cộng sự, 1996). 2.3.3. Chọn giống kháng bệnh, kháng các điều kiện ngoại cảnh bất lợi Việc ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống bạch đàn đã được một số nước trên thế giới quan tâm nghiên cứu. Brondani và cộng sự (1998) thuộc khoa Tế bào học của trường Đại học Brasilia (Brazil) đã nghiên cứu phát triển lập bản đồ liên kết sử dụng chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) cho Bạch đàn Eucalyptus grandis và E. urophylla. Nghiên cứu này đã sử dụng một số lượng lớn các chỉ thị SSR cho bạch đàn và ghi nhận rằng các chỉ thị SSR này chứa đựng rất nhiều thông tin hữu ích cho việc thiết lập bản đồ cũng như xác định các đặc điểm cá thể một cách hoàn thiện. Họ đã xây dựng được một bộ bao gồm 20 chỉ thị SSR ký hiệu từ EMBRA1 đến EMBRA20 (Eucalyptus microsatelites from Brazil) với tính đa hình cao khi sử dụng với Bạch đàn E. grandis và E. urophylla. Cấu trúc DNA và kích thước của các đoạn mồi (bao gồm cả mồi xuôi (forward) và mồi ngược (reverse) tương ứng cho 20 chỉ thị SSR trên được thể hiện ở bảng 1 trong “Development, characterization and mapping of microsatelite markers in Eucalyptus grandis and E. urophylla” (Brondani và cộng sự, 1998). Từ một nghiên cứu khác Brondani và cộng sự (2006), đã phát triển được một bộ chỉ thị SSR mới, bao gồm 230 (ký hiệu với tiền tố EMBRA) cho bạch đàn. Từ 380 chỉ thị ban đầu được nghiên cứu, có 230 chỉ thị thể hiện tính đa hình cao, có thể được dùng để giải thích cho các kiểu gen và lập bản đồ gen liên kết. Trong số các chỉ thị SSR này, đã có 48 chỉ thị phát triển riêng cho E. globulus (đặt tên là EMCRC), 8 chỉ thị phát triển cho E. nitens (ký hiệu EMEn), 8 chỉ thị cho E. sieberi (ký hiệu EMEs) và 13 chỉ thị cho E. leucoxyon (ký hiệu EMEl). Gần đây đã có thêm 35 chỉ thị SSR được phát triển dựa vào chuỗi DNA lục lạp (cpDNA) của E. globulus. Với 230 chỉ thị SSR (EMBRA), các tác giả đã xây dựng được bản đồ liên kết của 243 vị trí (loci) từ 11 nhóm liên kết, bao phủ khoảng 90% bộ gen của bạch đàn Eucalyptus, tương đương với 1568 cM và khoảng cách trung bình giữa các chỉ thị SSR là 8.4 cM. Tại trường Đại học Tasmania, Úc, Bundock và cộng sự (2000) đã nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) và microsatellite để lập bản đồ liên kết cho cây Bạch đàn Eucalyptus globulus. Trong nghiên cứu này nhóm tác giả đã sử dụng các chỉ thị SSR phát triển cho loài Bạch đàn Eucalyptus urophylla và Eucalyptus grandis để lập bản đồ liên kết cho cây bạch đàn E. globulus. Các chỉ thị microsatellite được sử dụng như EMBRA17, EMBRA18, EMBRA5, EMBRA12, EMBRA16, EMCRC7, EMCRC6, CSIRO03, CSIRO10, CSIRO13 Kết quả nghiên cứu đã lập được các bản đồ liên kết cho cả nhóm cây bố và cây mẹ. Kết quả nghiên cứu cũng chỉ ra rằng các chỉ thị microsatellite phát triển cho các loài bạch đàn có quan hệ gẫn gũi với nhau và có thể sử dụng để lập bản đồ liên kết. Năm 2002, tại Mỹ, (Agrama và cộng sự.) công bố đã lập bản đồ gen liên kết cho Bạch đàn trắng Eucalyptus camaldulensis bằng các chỉ thị phân tử RAPD, RFLP, và microsatellite cùng các dữ liệu phân ly từ 92 cây con Bạch đàn trắng có quan hệ gần gũi với nhau. Các dữ liệu được phân tích mối liên kết sử dụng phần mềm lập bản đồ gen JOINMAP. Phân tích mối liên kết đã xác định được 168 chỉ thị phân tử bao phủ bộ gen của Bạch đàn trắng E. camaldulensis với độ dài 1236 cM. Số lượng các nhóm liên kết được xác định tương đương với số lượng chromosomes (n=11) của loài bạch đàn. Bản đồ gen này được sử dụng để xác định các vùng hay các đoạn gen của loài bạch đàn trắng E. camaldulensis liên quan đến một số tính trạng quan trọng như xác định chất lượng gỗ, tinh dầu. Cũng trong nghiên cứu này, nhóm tác giả đã sử dụng 18 chỉ thị SSR, trong đó 14 chỉ thị được dùng để lập bản đồ gen liên kết. Đó là các chỉ thị EMBRA1, EMBRA2, 34 EMBRA3, EMBRA5, EMBRA8, EMBRA9, EMBRA10, EMBRA11, EMBRA14, EMBRA15, EMBRA16, EMBRA17, EMBRA19 và EMBRA20. Cho đến nay đã có khoảng 450 cặp mồi microsatellite mang các đoạn lặp lại (AG)n và (AC)n với tên gọi EMBRA đã được các nhà khoa học Brazil phát triển để nghiên cứu trên bạch đàn (Brondani và cộng sự, 1998; 2002 và 2006). Năm (5) cặp mồi có kí hiệu FMRSA được phát triển bằng phương pháp ISSR và có khả năng được sử dụng ở các loài cây khác nhau đã được chứng minh tại Trường Đại học Pretoria của Nam Phi. Mười hai (12) cặp mồi có kí hiệu EMCRC dùng để nhân bản các chỉ thị SSR ở cây bạch đàn cũng đã được công bố tại Trường Đại học Tasmania của Úc (Steane và cộng sự, 2001). Ngoài ra còn khoảng 30 cặp mồi mang các đoạn lặp lại (CA)n và (CAG)n cũng đã được tạo ra bằng việc sử dụng thư viện bộ gen (Ottewell và cộng sự, 2005). Mặc dù số lượng các chỉ thị dùng cho việc phân tích rất đa dạng; tuy nhiên cho đến nay mới chỉ có hệ thống mồi EMBRA là được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu chọn dòng, thiết lập bản đồ liên kết cho các cặp lai và phân tích các locut tính trạng số lượng (QTL) có lợi (Kirst và cộng sự, 2005; Marques và cộng sự, 2002; Rungis và cộng sự, 2004). Có thể nói rằng cho đến nay thông tin về các chỉ thị SSR ở cây Bạch đàn là rất phong phú về số lượng (Brondani và cộng sự, 2006; Yasodha và cộng sự, 2008). Tuy nhiên thông tin về những ứng dụng các chỉ thị SSR này trong các nghiên cứu chọn lọc Bạch đàn có tính chống chịu bệnh còn rất hạn chế. Về ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống Bạch đàn kháng bệnh: Tại Brazil, Junghans và cộng sự (2003) đã sử dụng chỉ thị phân tử để nhận biết loài Bạch đàn Eucalyptus grandis kháng bệnh gỉ sắt (Puccinia psidii Winter). Bệnh gỉ sắt là một trong những bệnh bạch đàn nguy hiểm nhất ở Brazil và cũng được xem như là loại bệnh nguy hiểm tiềm năng trên toàn thế giới. Trong công trình nghiên cứu này, nhóm tác giả đã sử dụng một tổ hợp lai chéo gồm 10 gia đình cây bạch đàn kháng bệnh và cây bạch đàn mẫn cảm với bệnh gỉ sắt để nghiên cứu. Các con lai ở thế hệ F1 được nhiễm bệnh gỉ sắt nhân tạo để xác định tỷ lệ phân ly theo tính trạng kiểu hình trong gia đình. Kết quả quan sát đã khẳng định có gen điều khiển sự kháng bệnh gỉ sắt và nhóm tác giả đã tìm ra được một gia đình (G38xG21) có tính trạng phân ly theo kiểu hình tuân theo quy luật của Melden (tỷ lệ 1:1). Để xác định các chỉ thị phân tử liên quan đến đoạn gen (locus) kháng bệnh, nhóm tác giả đã sử dụng 1000 cây con bạch đàn E. grandis của gia đình phân ly chuẩn (G38xG21) và 980 mồi RAPD để phân tích bằng phương pháp BSA. Một bản đồ liên kết (giữa các chỉ thị RADP và gen kháng bệnh gỉ sắt) được xây dựng xung quanh đoạn gen Ppr1 (gen kháng bệnh Puccina psidii). Nhóm này bao gồm 6 chỉ thị RAPD với 1 cửa sổ gen dài 5 cM. Chỉ thị RAPD AT9/917 cùng phân ly với gen Ppr1 mà không có sự tái tổ hợp nào trong tổng số 994 phân bào. Từ kết quả này các tác giả đã xây dựng lên chỉ thị STS để nhận biết gen kháng bệnh gỉ sắt đối với bạch đàn Eucalyptus grandis. Hiện chưa tìm được bất cứ công trình nghiên cứu nào công bố về ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống bạch đàn kháng bệnh ở Việt Nam. Tuy nhiên tiềm năng nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống bạch đàn kháng bệnh ở Việt Nam là khả thi. Hiện Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam đang triển khai nghiên cứu đề tài: “Chọn tạo giống Bạch đàn trắng (Eucalyptus camaldulensis) kháng bệnh đốm lá (Cryptosporiopsis eucalypti) bằng chỉ thị phân tử” thuộc Chương trình trọng điểm phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực nông nghiệp và phát triển nông thôn đến năm 2020. Cho đến nay nhóm tác giả đã chọn được 10 dòng Bạch đàn trắng kháng bệnh và 10 dòng Bạch đàn trắng mẫn cảm với bệnh đốm lá (Cryptosporiopsis eucalypti) tại hiện trường rừng trồng Bạch đàn ở các tỉnh Bình Dương và Đồng Nai. Nhóm thực hiện cũng đã thu thập được các mẫu bệnh đốm lá từ 3 miền: bắc, trung, nam để nghiên cứu về mối quan hệ di truyền của chúng. Kết qủa phân tích DNA của các mẫu bệnh cho thấy các mẫu bệnh thu ở mỗi miền địa lý có mối quan hệ loài chặt chẽ với nhau và có sự phân hóa của các mẫu thu từ các vùng khác nhau với độ biến động nhỏ (dưới 10%). Bên cạnh đó, nhóm thực hiện cũng đã lai được 10 tổ hợp lai có kiểm soát giữa các dòng bạch đàn kháng bệnh và mẫn cảm với bệnh đốm lá, mở đầu cho việc nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống Bạch đàn trắng kháng bệnh. III. TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG CÂY RỪNG TẠI VIỆT NAM Do đặc điểm cây rừng là những loài có thời gian sinh trưởng dài; vì thế, nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử sẽ đóng góp rất hữu hiệu trong việc hỗ trợ phương pháp lai tạo và chọn giống truyền thống nhằm 35 nâng cao hiệu quả công tác phát triển giống cây rừng. Một số lĩnh vực mà chỉ thị phân tử có tiềm năng ứng dụng hiệu quả có thể được mô tả như sau: - Xác định các chỉ thị liên quan đến tính trạng sinh trưởng và chất lượng gỗ (tỷ trọng gỗ, hàm lượng cellulose, lignin, chiều dài sợi gỗ v v ). - Xác định các chỉ thị phân tử có liên quan đến tính trạng kháng, chống chịu các điều kiện bất lợi của môi trường và sâu, bệnh hại. - Nghiên cứu mối quan hệ di truyền giữa các cá thể, quần thể phục vụ chương trình lai tạo và bảo tồn. TÀI LIỆU THAM KHẢO Agrama, H.A., George, T.L., Salah, S.F., 2002. Construction of genome map for Eucalyptus camaldulensis DEHN. Silvae Genetica 51, 201-206. Brondani, R.P.V., Brondani, C., Grattapaglia, D., 2002. Towards a genus-wide reference linkage map for Eucalyptus based exclusively on highly informative microsatellite markers. Mol. Genet. Genomics 267, 338- 347. Brondani, R.P.V., Brondani, C., Tarchini, R., Grattapaglia, D., 1998. Development, characterization and mapping of microsatellite markers in Eucalyptus grandis and E-urophylla. Theor. Appl. Genet. 97, 816-827. Brondani, R.P.V., Williams, E.R., Brondani, C., Grattapaglia, D., 2006. A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. BMC Plant Biol. 6, Brooker, M.I.H., 2000. A new classification of the genus Eucalyptus L'Her. (Myrtaceae). Aust. Syst. Bot. 13, 79-148. Bundock, P.C., Hayden, M., Vaillancourt, R.E., 2000. Linkage maps of Eucalyptus globulus using RAPD and microsatellite markers. Silvae Genetica 49, 223-232. Bundock, P.C., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2008. Detection and stability of quantitative trait loci (QTL) in Eucalyptus globulus. Tree Genet. Genomes 4, 85-95. Byrne, M., Hines, B., 2004. Phylogeographical analysis of cpDNA variation in Eucalyptus loxophleba (Myrtaceae). Aust. J. Bot. 52, 459-470. Cupertino, F.B., Leal, J.B., Vidal, P.O., Gaiotto, F.A., 2009. Parentage testing of hybrid full-sib families of Eucalyptus with microsatellites. Scand. J. Forest Res. 24, 2-7. Freeman, J.S., Whittock, S.P., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2009. QTL influencing growth and wood properties in Eucalyptus globulus. Tree Genet. Genomes 5, 713-722. Gaiotto, F.A., Bramucci, M., Grattapaglia, D., 1997. Estimation of outcrossing rate in a breeding population of Eucalyptus urophylla with dominant RAPD and AFLP markers. Theor. Appl. Genet. 95, 842- 849. Grattapaglia, D., Bertolucci, F.L.G., Penchel, R., Sederoff, R.R., 1996. Genetic mapping of quantitative trait loci controlling growth and wood quality traits in Eucalyptus grandis using a maternal half-sib family and RAPD markers. Genetics 144, 1205-1214. Grattapaglia, D., Bradshaw, H.D., 1994. Nuclear DNA content of commercially important Eucalyptus species and hybrids. Canadian Journal of Forest Research 24, 1074-1078. Iglesias-Trabado, G., Wilstermann, D., 2008. Eucalyptus universalis. Global cultivated eucalypt forests map 2008 Version 1.0.1 In GIT Forestry Consulting’s EUCALYPTOLOGICS: Information resources on Eucalyptus cultivation worldwide. . Retrieved from <http://www.gif-forestry.com> [Mar 29th 2009] Jones, R.C., McKinnon, G.E., Potts, B.M., Vaillancourt, R.E., 2005. Genetic diversity and mating system of an endangered tree Eucalyptus morrisbyi. Aust. J. Bot. 53, 367-377. Junghans, D.T., Alfenas, A.C., Brommonschenkel, S.H., Oda, S., Mello, E.J., Grattapaglia, D., 2003. Resistance to rust (Puccinia psidii Winter) in Eucalyptus: mode of inheritance and mapping of a major gene with RAPD markers. Theor. Appl. Genet. 108, 175-180. 36 Keil, M., Griffin, A.R., 1994. Use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers in the discrimination and verification of genotypes in Eucalyptus. . Theor. Appl. Genet. 89, 442–450. Kha, L.D., Thinh, H.H., Cuong, N.V., 2003. Improvement of eucalypts for reforestation in Vietnam. in Turnbull J (Ed.) Eucalypts in Asia. ACIAR Proceedings 111, 71-81. Kirst, M., Cordeiro, C.M., Rezende, G., Grattapaglia, D., 2005. Power of microsatellite markers for fingerprinting and parentage analysis in Eucalyptus grandis breeding populations. J. Hered. 96, 161-166. Marques, C.M., Brondani, R.P.V., Grattapaglia, D., Sederoff, R., 2002. Conservation and synteny of SSR loci and QTLs for vegetative propagation in four Eucalyptus species. Theor. Appl. Genet. 105, 474-478. Ottewell, K.M., Donnellan, S.C., Moran, G.F., Paton, D.C., 2005. Multiplexed microsatellite markers for the genetic analysis of Eucalyptus leucoxylon (Myrtaceae) and their utility for ecological and breeding studies in other Eucalyptus species. J. Hered. 96, 445-451. Potts, B.M., Wiltshire, R.J.E., 1997. Eucalyptus genetics and genecology. in Eucalyptus ecology: individuals to ecosystem, edited by J.E. Williams & J. C. Z. Woinarski. University Press, Cambridge, UK 56- 91. Rungis, D., Berube, Y., Zhang, J., Ralph, S., Ritland, C.E., Ellis, B.E., Douglas, C., Bohlmann, J., Ritland, K., 2004. Robust simple sequence repeat markers for spruce (Picea spp.) from expressed sequence tags. Theor. Appl. Genet. 109, 1283-1294. Steane, D.A., Vaillancourt, R.E., Russell, J., Powell, W., Marshall, D., Potts, B.M., 2001. Development and characterisation of microsatellite loci in Eucalyptus globulus (Myrtaceae). Silvae Genetica 50, 89-91. Trần Hồ Quang, Nguyễn Văn Lâm, Trần Bá Lực, Ngô Thị Minh Duyên, Mai Phương Thúy, 2009. Đánh giá cấu trúc quần di truyền vườn giống bạch đàn urô (Eucalypytus urophylla) làm cơ sở chọn giống Tạp chí Nông nghiệp và phát triển nông thôn 140, 82-85. Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., Vandelee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M., Zabeau, M., 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Res. 23, 4407- 4414. Weber, J.L., May, P.E., 1989. Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction. American Journal of Human Genetics 44, 388-396. Welsh, J., McClelland, M., 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res. 1990, 7213-7218. White, T.L., Adams, W.T., Neale, D.B., 2007. Forest genetics. CABI Publishing, CAB International, Wallingford, UK Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., Tingey, S.V., 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 18, 6531-6535. Yasodha, R., Sumathi, R., Chezhian, P., Kavitha, S., Ghosh, M., 2008. Eucalyptus microsatellites mined in silico: survey and evaluation. Journal of Genetics 87, 21-25. APPLICATIONS OF GENETIC MARKERS IN EUCALYPT BREEDING Tran Ho Quang, Tran Thanh Trang Forest Science Institute of Vietnam SUMMARY Genetic markers (RFLP, AFLP, RAPD, Microsatellite) are using in Eucalyptus breeding and achieved in following applications: (1) individual identifications, (2) population structures (3) and marker-assisted selection for economical improtant traits (insect and disease resistance, drought resistance, cold resistance 37 etc.). In individual identification, by using 6 microsatellite markers, 22% hybrid progenies of Eucalypt did not come from their parents. The outcrossing rate of Eucalyptus urophylla was identified by genetic markers AFLP and RAPD. This result showed that E. urophylla had a high outcrossing rate (90%). By establishing genetic maping using RAPD markers, the mode of inheritance of resistance, rust pathogen (Puccinia psidii) in the Eucalyptus grandis, was identified. Genetic markers have been applied and increased the effects of forestry tree breeding program. Keywords: Breeding, disease resistance, Eucalyptus, genetic markers, . trình nghiên cứu nào công bố về ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống bạch đàn kháng bệnh ở Việt Nam. Tuy nhiên tiềm năng nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống bạch đàn. bệnh đốm lá, mở đầu cho việc nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống Bạch đàn trắng kháng bệnh. III. TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG CÂY RỪNG TẠI VIỆT NAM. 31 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG BẠCH ĐÀN Trần Hồ Quang, Trần Thanh Trăng Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam TÓM TẮT Chỉ thị phân tử (RFLP, AFLP,